Master Ecosciences, Microbiologie PROPOSITION SUJET

Master Ecosciences, Microbiologie Parcours Recherche « Ecologie Microbienne » ème
Bâtiment Dubois – 2 étage Université Claude Bernard Lyon 1 69622 – VILLEURBANNE CEDEX Tel : 04 72 43 13 77 E-­‐mail : master2.ecomi@univ-­‐lyon1.fr http://spiral.univ-­‐lyon1.fr/Files_m/M5298/WEB/EcologieMicrobienne.htm PROPOSITION SUJET de MASTER 2015-­‐2016 TITRE : Rôle d’un système de sécrétion dans la compétition bactérienne chez Acinetobacter baumannii Nom, Prénom du Maitre de Stage : Sarah Bigot Qualité : Chargée de Recherche Téléphone : 04 72 72 26 21 E-­‐mail : [email protected] Laboratoire d’accueil, Responsable et équipe : BMSSI-­‐IBCP-­‐CNRS UMR5086-­‐Université Lyon1 Directeur : Jean Michel Jault, Equipe « Cell Biology of Bacterial pathogenicity » dirigée par Suzana Salcedo Adresse : 7, passage du Vercors, 69367 Lyon. Nom du candidat éventuellement proposé : S'il n'est pas retenu, acceptez-­‐vous un autre candidat ? Oui -­‐ Non Description du sujet au verso ⇒ Sujet (objectif, démarche et technique, collaboration(s),...) : Les bactéries n’ont pas un mode de vie isolé mais sont constamment en contact avec
d'autres microorganismes partageant ainsi leur habitat. Afin de survivre, prendre avantage et ainsi
coloniser une niche environnementale, les bactéries ont développé des armes protéiques
complexes afin de nuire à d'autres bactéries. Ainsi, grâce notamment au système de sécrétion
CDI (Contact-Dependent growth Inhibition), elles exportent des effecteurs antibactériens
directement dans les bactéries cibles. Afin de se protéger elles-mêmes contre le suicide et la
fratricide, les bactéries attaquantes co-produisent également des protéines d’immunité. Il a été
montré récemment une implication de ces systèmes dans la formation de biofilm, communauté
bactérienne engluée dans une matrice d’exopolysaccharides.
Notre équipe a pour modèle d’étude la bactérie Acinetobacter baumannii, bacille à Gram
négatif responsable d’infections opportunistes chez l’homme, particulièrement chez les personnes
immunodéprimées. Les infections nosocomiales causées par la bactérie Acinetobacterbaumannii sont de plus en plus récurrentes en France comme dans toute l’Europe et sont
difficiles à traiter notamment par sa capacité à former des biofilms sur des surfaces abiotiques et
biotiques.
Nous avons identifié récemment au sein de l’espèce Acinetobacter plusieurs systèmes CDI. Nous
proposons alors de débuter un projet de recherche basé sur un axe principal visant à déterminer
le rôle joué par ces systèmes dans la compétition inter-bactérienne ainsi que dans la
formation de biofilms. Dans le cadre de ce projet, l’expression de ces systèmes sera évaluée
dans différentes conditions rencontrées par A. baumannii (test de différents milieux de culture
bactériens, différentes températures, en contact avec des cellules eucaryotes...) par des approches
de PCR quantitative et fusion transcriptionnelles. Ces résultats permettront d’évaluer ensuite
l’activité anti-bactérienne en réalisant des tests de compétition entre bactéries. Enfin, des tests de
formation de biofilms par microscopie seront effectué afin de déterminer le rôle joué par ses
systèmes dans ce processus.
Des approches de microbiologie, génétique moléculaire et microscopie seront abordées dans ce
stage.