Microbiote intestinal, bactéries

« Flore digestive
le bien et le mal »
Frédérique Beuhorry-Sassus – Céline Cabrérizo
18ème JIP – Romans sur Isère – 19 juin 2014
Précision réglementaire :
Nous n’avons aucun conflit d’intérêt
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Appareil digestif humain
Système ouvert et donc colonisé par les bactéries
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Composition de la flore digestive
 Flore digestive = microbiote intestinal
 Milieu complexe - Composition :
 Bactéries
 Champignons
 Bactériophages
 Archae
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Microbiote varie le long du tube
digestif en quantité et en qualité
 1014 bactéries
 10 fois plus que
les cellules
humaines
 > 1000 espèces
Dans le colon, 99.9% des bactéries sont des anaérobies
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Bonnes bactéries et
bonne santé –
G.Corthier, 2011
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Microbiote intestinal, bactéries
Le colon est la seule zone colonisée de façon permanente par une flore résidente
 La flore dominante
– 109 à 1011/g ; germes anaérobies : Bacteroides,
Bifidobacterium, Peptostreptococcus…
 La flore sous-dominante
– 106 à 108/g ; bactéries aéro-anaérobies facultatives :
Entérobactéries surtout E.coli, streptocoques, lactobacilles…
 La flore de passage
– < 106/g ; ne s’implante pas sauf circonstances pathologiques
– Polymorphe (bactéries : entérobactéries, Pseudomonas…,
levures)
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Divisions majoritaires = Phyla en
biologie moléculaire
Les bactéries dominantes du microbiote sont réparties en 3 phyla majeurs
 Phylum Firmicute : 60-75%
– Bactéries gram+,
 Phylum Bacteroidetes : 30-40%
– Bactéries Gram-,
 Phylum Actinobacteria : 1-5%
– Bifidobactéries
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Microbiote varie dans le temps
 Le tube digestif est stérile in utero
 Il est rapidement colonisé après la naissance
avec une flore simple à partir des flores de sa
mère et de son environnement proche
– Ordre d’implantation défini :
• 1 – bactéries aérobies
• 2 – bactéries anaérobies
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Microbiote varie dans l’espace
La composition du microbiote est très dépendante des
facteurs environnementaux (alimentation, hygiène…)
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Un microbiote personnalisé
 La plus grande partie des espèces dominantes dans
le microbiote fécal d’un individu lui sont propres.
– Empreinte fécale spécifique de l’individu
 Cependant, un petit nombre d’espèces (quelques
dizaines) pourraient constituer un ensemble partagé
par la plupart des individus
– Noyau central
 « Nous sommes tous assez semblables mais loin
d’être identiques »
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Un 19 juin
Tube Digestif et Microbiote
se sont unis
pour le meilleur…
Microbiote intestinal et Métabolisme
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Microbiote nourricier
 Rôle dans la digestion :
– Production de vitamines
– Dégradation de substrats en métabolites assimilables
 Régénération des cellules intestinales
 Régulation du poids
Microbiote intestinal et
Système immunitaire
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Microbiote protecteur
 Intestin : réserve de chasse gardée
– Occupation du territoire
– Puise toutes les ressources énergétiques
Effet barrière
Microbiote justicier
 Système de renseignement : Stimule, collabore et fait
évoluer le système immunitaire
=> acquisition de tolérance
 Système d’alarme : Alliance entre bactéries
contre l’envahisseur
Microbiote intestinal et
autres implications
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Microbiote docteur
 « Antidépresseur » : Implication dans le
comportement (humeur, capacité
d’intégration…)
 « Antalgique » : Rôle dans la perception de la
douleur
 Anti-allergène
Un équilibre à préserver
… et pour le pire…
Le microbiote intestinal est un réservoir
de gènes de résistance aux antibiotiques
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Bactéries MultiRésistantes : BMR
E.coli sauvage
E.coli BMR / BLSE
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 Transmission des gènes
– Verticale : de mère en filles
– Horizontale : entre bactéries d’espèces différentes
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Effet des antibiotiques sur le
microbiote intestinal
Inspiré du diaporama de D.Lepelletier CHU Nantes : Gestion des excreta 2013
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Le microbiote intestinal peut être le
réservoir de bactéries hautement
résistantes
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K.pneumoniae
sauvage
K.pneumoniae
BLSE = BMR
K.pneumoniae
EPC = BHRe
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Bactéries hautement résistantes
émergentes : BHRe
 Entérobactéries productrices de carbapénémases –
EPC
– Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli…
 Entérocoques résistants aux glycopeptides - ERG
– Enterococcus faecium
 Impasse thérapeutique prévisible à court ou moyen
terme
 Bactéries de la flore intestinale de l’homme
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Le microbiote intestinal peut héberger
Clostridium difficile
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Clostridium difficile : CD
 Bacille gram positif anaérobie strict
 Bactérie sporulée
– Spores résistantes à de nombreux désinfectants
– Persistent plusieurs semaines dans
l’environnement
 Eau, sol, intestin de l’homme et de l’animal
 Principale cause des diarrhées nosocomiales
chez l’adulte dans les pays industrialisés
– Souches toxinogènes
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Clostridium difficile : CD (2)
 3 facteurs nécessaires pour obtenir une
infection digestive liée à CD
– Présence de CD
– Sécrétion de toxines par CD
– Diminution de la flore protectrice (effet barrière)
• Par antibiotiques, anticancéreux…
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FIN
Merci de votre attention
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