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P2-UE8-BELMONTE-Staphylocoques-19 02 18

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UE8 – De l’agent infectieux à l’hôte
Olivier BELMONTE
Date : 19/02/2017
Plage horaire : 14-16h
Promo : 2017/2018
Enseignant : Olivier Belmonte
Ronéistes :
Tamim SAIDALI
Tristan LE ROUX
Ce genre de
cours mamène
Les Staphylocoques
Introduction
I.
II.
Habitat et épidémiologie
Le Staphylococcus aureus (SA) ou Staphylocoque doré
1. Caractéristiques
a.
b.
c.
Invasion et adhésion
Pouvoir enzymatique
Pouvoir toxinique
2. Pathologies liées
a.
b.
Infections suppuratives superficielles
Infections non suppuratives d’origine toxinique
3. Diagnostic au laboratoire
4. Traitement
III. Les Staphylocoques à coagulase négative (SCN) ou « blancs »
IV. Sensibilité et résistances aux antibiotiques
1. Sensibilité
2. Résistance
3. Données épidémiologiques concernant le niveau de résistance de SA
Conclusion
Rappel : la différence entre bactéries Gram+/- qui est une coloration permettant de mettre en avant des
différences dans la structure de leur paroi. C'est, en pathologie humaine, important de savoir sur quel type de
germe on est face à une infection ce qui permet en général d'avoir une idée de l'orientation thérapeutique à
mettre en place. On se base souvent là-dessus car les informations arrivent rapidement et donc il est plus
facile de poser un traitement.
On va surtout parler aujourd’hui des staphylocoques et des streptocoques qui sont des coccis Gram+. Ces
bactéries sont retrouvées de manière très fréquente dans les pathologies humaines, notamment sur les
infections communautaires (en ville) ou nosocomiales (à l’hôpital), et les streptocoques ont une place
importante dans les infections materno-fœtales soit en pré-, néo ou post-natal.
Introduction
Les staphylocoques, du genre Staphylococcus ont été identifiés en 1800 par Pasteur, et comptent parmi les
premières bactéries qui ont été découvertes. Ils appartiennent à la grande famille des micrococcacae, dans
laquelle le staphylocoque est le principal pathogène.
On identifie plus d’une 40aine d’espèces différentes dans le genre Staphylococcus. Elles sont impliquées
dans de nombreuses pathologies. Cependant on s’intéressera davantage à une espèce, le staphylococcus
aureus. Le Staphylocoque doré est l’un des pathogènes majeurs qu’on peut retrouver en médecine du fait
notamment de sa virulence et de sa fréquence.
Les staphylocoques sont des coccis1 Gram+, identifiables à l’examen direct microscopique dès J0, ayant
tendance à se disposer en amas et à se colorer en violet. On parle de la grappe de raisins. Quand on voit sur
un rapport de bactériologie : « présence de coccis Gram+ en amas ou grappe de raisins », il faudra penser
directement à présence de staphylocoques.
Notion extrêmement importante à retenir : coccis Gram+ en amas = staphylocoques !!!
Quand vous aurez une infection où il est
précisé « prélèvement purulent avec des
coccis en amas », vous conclurez qu’il
faudra mettre en place, quoi qu’il arrive,
une
antibiothérapie
couvrant
les
staphylocoques. Certes il pourra y avoir
parfois d’autres germes associés, mais il
ne faudra pas négliger les staphylocoques,
qui restent néanmoins une des espèces les
plus virulentes. On pourra donc mettre
une antibiothérapie couvrant les staphylo
et ce dès le premier jour.
1
Coccis : de forme arrondie, selon le prof
Ces staphylocoques ont d’autres caractéristiques qui ne sont pas essentielles à retenir, notamment une
catalase positive (technique de laboratoire, abordée plus loin dans le cours).
Cependant il faut retenir qu’il s’agit d’un germe aéro-anaérobie, donc les bactéries se développent en
présence ou en absence d’oxygène, bien que leur développement soit plus optimal dans un environnement
aérobie.
Ce n’est pas le cas de toutes les bactéries : certains germent poussent en anaérobie stricte, on les retrouvera
par exemple seulement dans certains types d’infections profondes ou digestives.
Mais les aéro-anaérobies, que ce soit les staphylocoques ou les streptocoques, sont des germes présents
dans une multitude d’infections, en tout cas ce ne sont pas les conditions atmosphériques qui vont les
empêcher de se développer. Son caractère aéro-anaérobie facilite sa mise en culture au laboratoire.
I.
Habitat et épidémiologie
Les staphylocoques sont des germes commensaux (y compris le S. Aureus) dont l'Homme et les animaux à
sang chaud sont des réservoirs naturels, c’est-à-dire qu'ils sont trouvés de manière physiologique chez eux.
Mais attention, le fait de les porter n'est pas synonyme d'être infecté. L’homme joue le rôle de réservoir, et
va pouvoir transmettre le germe à d’autres individus chez qui il pourra devenir pathologique (pour certains)
ou ne s’exprimera pas (pour d’autres).
Il faut savoir que 30% de la population humaine est porteuse chronique de S. doré, le Staphyloccoque le
plus virulent impliqué en pathologie humaine. On a un donc un portage endogène de staphylocoques
dorés dans un tiers de la population de manière systématique.
Il y a en fait une colonisation cutanée essentiellement dans les régions chaudes et humides : le périnée, le
vagin, l'intestin, au niveau de la gorge, de la peau des mains (transmission manuportée!!) et surtout au
niveau des fosses nasales +++ (de manière presque systématique), ce qui peut exposer le patient à une
infection post-opératoire. On se sert de cette caractéristique de leur présence dans les fosses pour pouvoir
dépister directement les patients à risque assez facilement afin de décoloniser, donc d’effectuer une
décontamination préventive, notamment chez les patients porteurs chroniques de SA – plus à risques.
Remarque sur le schéma : à
gauche se trouve un porteur
transitoire. Le SA est
souvent retrouvé dans les
fosses nasales, que le porteur
soit transitoire ou chronique.
Le portage est transitoire pour certains, chronique pour d’autres, c'est-à-dire que lorsqu’on « décolonise » la
bactérie, celle-ci ne recolonise pas l’hôte (transitoire) ou bien finit par le recoloniser (chronique).
On a un donc un portage endogène de staphylocoques dorés dans un tiers de la population de manière
systématique. Alors que les staphylococcus non aureus, qu’on appelle blancs ou à coagulase non négative,
prolifèrent beaucoup sur la peau, au niveau de la flore cutanée. Ils sont non pathogènes (mais ce sont des
bactéries opportunistes qui savent profiter, pour proliférer, d’un état particulier du patient, souvent des états
d’immunodépression avec des défenses immunitaires qui sont un petit peu moins efficientes qu’elles ne
devraient). Et il y a à peu près 100% de porteurs. Parfois, ils vont pouvoir contaminer certains types de
prélèvements qu’on sera amené à réaliser chez le patient.
Attention, important à comprendre : ce germe staphylocoque doré est présent naturellement chez
l’homme. Le fait de trouver ce germe dans un prélèvement bactériologique, n’est pas forcément anormal et il
n’est absolument pas nécessaire de traiter tout de suite. Il est important de savoir le contexte général, savoir
s’il est forcément impliqué dans une infection et si on va le traiter.
Par exemple, dans les prélèvements vaginaux, le staphylococcus aureus est régulièrement détecté, ce n’est
pas pour autant qu’un traitement antibiotique est prescrit.
Les staphylocoques sont donc répandus chez l’Homme et aussi dans l’environnement éventuellement (eau,
sols), à l’hôpital, comme à l’extérieur.
II.
Le Staphylococcus aureus (SA) ou Staphylocoque doré
Note des ronéistes : sur le précédent ronéo que vous pouvez retrouver sur cdbn, il y a toute une partie en
bleu qu’on a dû retirer car elle était en redondance avec la suite du cours.
1. Caractéristiques
Staphylococcus aureus est une bactérie qui dispose de plusieurs cordes à son arc. C’est un pathogène majeur
grâce à sa capacité à :
•
•
•
Se fixer à différents types de cellules, donc dans différents tissus de l’organisme ;
Se développer, se multiplier et s’étendre dans l’organisme – avec des mécanismes de protection
contre l’immunité innée et acquise, et d’extension via la voie sanguine…
Exprimer des facteurs de virulence, des toxines, soit au site où elle s’est fixée ou à distance du foyer.
a.
Invasion, adhésion et développement
Un de ses atouts est sa capacité à coloniser un organisme, sur la peau ou les muqueuses par adhésion des
cellules et de la matrice extracellulaire via différents supports, différentes protéines. Cette colonisation est
favorisée après une effraction cutanéomuqueuse mais aussi en dehors de toute lésion.
Tout ceci est lié à différentes protéines, des adhésines, localisées à la surface de la bactérie (Il ne nous
demande pas de connaître toutes les protéines) :
•
•
Protéine A (fixation sur Ig, opsonisation),
Protéine de liaison au collagène, à la fibronectine, au fibrinogène…
Une fois fixée aux protéines, une capsule (dans 90% des souches de SA) va lui permettre de résister à la
phagocytose, et aux différentes cellules de l’immunité comme les monocytes, les macrophages ou les PNN,
ce qui va lui permettre de se multiplier.
b.
Pouvoir enzymatique
Dans un deuxième temps la bactérie est capable de se lier à un facteur de la coagulation, la prothrombine
grâce à une enzyme qui est la coagulase. Le complexe ainsi formé s’appelle la staphylothrombine. Ce
complexe va ensuite activer le fibrinogène en fibrine, entraînant la formation d’un caillot (thrombus) qui
protège la bactérie de la phagocytose.
Précisions sur les deux types de coagulases :
•
•
coagulase dite « libre » = SA coagulase positive + => Production d’une protéine capable de coaguler
le plasma humain ou de lapin. In vitro, elle aide à l’identification du SA. In vivo, elle engendre un
risque de thrombophlébite.
coagulase dite « liée » (clumping factor) => capacité de se lier au fibrinogène. In vitro, elle aide à
l’identification du SA. In vivo, elle joue un rôle dans la diffusion hématogène de la bactérie.
La bactérie, dans le cadre d’un phénomène d’extension locale, va produire des toxines ayant pour cible
différents éléments de la membrane cellulaire, provoquant la formation de canaux membranaires.
L’homéostasie de la cellule étant perturbée, la libération des toxines aboutit à terme à une lyse cellulaire
(hémolyse, etc.)
D’autres enzymes sont capables de dégrader le tissu conjonctif à proximité du complexe
staphylothrombique, comme les protéases, l’élastase et la hyaluronidase, ce qui lui permettra de
détruire la barrière cutanéomuqueuse et de gagner la circulation sanguine (diffusion hématogène).
Une fois que la lyse tissulaire a pu avoir lieu et que la bactérie a pu rejoindre la circulation sanguine on
observe une lyse du caillot due à la staphylokinase. Cette dernière active le plasminogène en plasmine
(effet inverse de la coagulase), d’où une dislocation du thrombus, riche en bactéries – favorisant la diffusion
de celles-ci. On observera donc des foyers secondaires (et tertiaires éventuellement) d’infections où se
reproduiront les mêmes phénomènes, on pourra même observer une septicémie dans des cas plus avancés.
Pour résumer :
c.
Pouvoir toxinique (on reverra ces toxines plus loin dans le cours)
Un point important qui caractérise le staphylocoque doré, est sa capacité à pouvoir produire des toxines qui
vont avoir une action soit locale, soit systémique et qui auront un impact sur différentes cellules de
l’organisme. Un SA n'exprime pas forcément toutes ces toxines là, parfois, certains n'en expriment aucune et
des fois, il y en a qui en exprime plusieurs : pas toutes les SA ont les gènes pour ou parfois, ils l'ont mais ne
l'expriment pas.
On verra que les infections à SA peuvent être une infection suppurée localisée à l’endroit où la bactérie s’est
fixée, ou des infections toxiniques qui se produisent à distance de la bactérie puisque la toxine produite a
diffusé dans l’organisme et a attaqué un tissu, pour lequel elle possède un tropisme particulier pouvant ainsi
entrainer des lésions à distance.
Dans cette série de toxines, il y en a pas mal qui sont importantes :
On a les hémolysines qui vont détruire les hématies, ce qui augmente la cytotoxicité de cette bactérie et
permettre aussi de se disséminer plus facilement (dissémination septique de la bactérie).
La Leucocidine de PantonValentine (LPV) attaque les leucocytes et diminue ainsi la capacité de
l’organisme à pouvoir lutter contre l’infection. Elle provoque une cytotoxicité sur PN et macrophages. Elle a
aussi la capacité d’attaquer certains tissus, comme le tissu pulmonaire.
On a des entérotoxines (entero = tube digestif) capable d’induire une symptomatologie digestive, à l’origine
d’intoxication alimentaire.
On a des épidermolysines qui attaquent l’épiderme et pouvant entrainer des syndromes cutanés,
épidermiques importants.
On peut citer également des toxines pyrogènes provoquant l’apparition de fièvre.
La toxine du syndrome du choc toxique (TSST-1) est capable de provoquer des chocs staphylococciques,
avec une hyper réactivité immunitaire pouvant à terme entrainer un choc septique, fatal pour le patient.
2. Pathologies liées
a.
Infections suppuratives superficielles (locorégionales) et profondes
On parlera d’infections suppuratives car il s’agit d’une bactérie pyogène capable de provoquer cette
production de pus, liée à la présence de leucocytes, de macrophages, de polynucléaires neutrophiles essayant
de contrôler cette infection. Le pus est la réponse inflammatoire de l'organisme à la bactérie qui détruit ce
tissu. Ces infections suppuratives, peuvent être soit superficielles soit plus profondes pouvant atteindre
des organes et entrainant des déficits fonctionnels, suite à l’extension par voie hématogène d’une infection
superficielle.
Les infections suppuratives locorégionales sont les infections à SA les plus fréquentes. Il existe
différentes formes (sous) cutanées plus délicates à traiter :
•
•
•
Folliculites pilo-sébacées : folliculites, furoncles...
Péri-onguéales : onyxis, périonyxis…
Tissus sous cutanés : panaris, phlegmons, impétigos, cellulites…
Ces infections bénignes peuvent toucher les muqueuses, notamment dans la sphère ORL : otites, sinusites,
conjonctivites, mastoïdites…
La plupart du temps, sur ces différentes formes d’infections (assez faciles à déceler), le traitement consiste
en un drainage de la plaie. Lorsque l’infection est un peu plus répandue on propose une antibiothérapie
pour aider les défenses immunitaires. Il arrive parfois qu’on rencontre des cas d’infections plus profondes et
très graves qui nécessitent une intervention chirurgicale (détersion).
On a souvent du SA sur ces types de lésions notamment en médecine de ville. Des traitements locaux seront
proposés ; exemple du drainage de l’abcès superficiel, de prise en charge relativement facile, mais à ne pas
négliger car le risque de dissémination du SA existe.
Infections suppuratives profondes :
Les étapes de la septicémie : • Phlébite • Caillot • Emboles septiques (action de la coagulase, fibrinolysine,
hyaluronidase)
Ces emboles sont d’autant plus graves qu’il existe des facteurs de risques rendant la lutte contre ces
infections encore plus difficile => l’immunodépression (ID), les patients polytraumatisés, ceux qui ont subi
une chirurgie lourde, ou encore les âges extrêmes : jeunes enfants et sujets âgés (immunité amoindrie).
Les localisations secondaires des emboles septiques sont variées pouvant aller jusqu'à l’abcès cérébral, ou
l’endocardite infectieuse.
Ces états fragiles vont augmenter le pouvoir de dissémination de la bactérie.
A partir de ce point superficiel et de cette diffusion dans l’organisme, on peut avoir des localisations
secondaires profondes avec des prises en charge beaucoup plus compliquées nécessitant indéniablement des
antibiothérapies pouvant rapidement amener à des tableaux majeurs avec une septicémie ; on peut donc
avoir des atteintes multiples entrainant par exemple des endocardites, des atteintes ostéo-articulaires,
pneumopathies, ostéomyélites (os longs chez enfants, vertèbres chez adultes), arthrites, méningites,
infections urinaires par voie endogène… donc différents types de complications qui partent de ce foyer
initial cutané.
b.
Infections non suppuratives d’origine toxinique
A côté de ces infections suppuratives, il existe les infections d’origine toxinique qui sont liées à la capacité
de la bactérie à produire des toxines. Un SA n'exprime pas forcément tous les types de toxines, parfois,
certains n'en expriment aucun et des fois, il y en a qui en expriment plusieurs : pas toutes les SA ont les
gènes pour ou parfois, ils l'ont mais ne l'expriment pas.
•
Choc toxique staphylococcique
Il est lié à la diffusion de la toxine TSST-1 (ou autres entérotoxines), à partir du foyer de la lésion
(cutanéomuqueuse).
La TSST-1 est donc une toxine staphylococcique capable d’avoir un rôle de super antigène (superAg)
provoquant l'activation simultanée de plusieurs sous-populations lymphocytaires libérant de grandes
quantités de médiateurs (IL, Ingamma, TNF alpha, beta...). On parle d’hyperstimulation avec
hypersensibilité réactionnelle.
Par cette technique de super-Ag, on va donc avoir une stimulation énorme de plusieurs types de
lymphocytes, ce qui va entraîner une réponse immunitaire colossale de l’organisme, bien supérieure à ce qui
normalement attendue. Cette réponse immunitaire est délétère : elle va se retourner contre l’hôte, qui en
voulant lutter, entraîne d’autres lésions contre son propre organisme.
Les symptômes qui apparaissent sont :
•
•
•
•
fièvre (>39°C)
hypotension artérielle
érythrodermie scarlatiniforme généralisée suivie par une desquamation intense (7 à 14j)
Manifestations systémiques : au moins 3 parmi les suivantes : atteintes digestives (diarrhées),
musculaires (myalgies), rénales, hépatiques, hématologiques (thrombopénie), neurologiques
(désorientation, altération de la conscience), conjonctivale, hyperthermie des muqueuses vaginales,
oropharyngienne ou conjonctivale.
On aura donc un choc toxique staphylococcique, qui va donc cumuler ces symptômes cardiovasculaires et
systémiques mettant souvent en jeu le pronostic vital à cause de l’hypersensibilité réactionnelle.
La mortalité est de l’ordre de 10%. Ce choc apparait le plus souvent suite à une infection suppurative,
comme un abcès.
L’enjeu est tout d’abord de répondre au déficit d’organes, par l’apport de drogues (ce ne sont pas des
antibiotiques, mais plutôt des hypertenseurs etc.), puis d’éradiquer la bactérie (bactéricidine) et ses toxines
avec une antibiothérapie à visée antitoxinique.
La recherche de la souche de SA se fait par la recherche de la lésion à distance, puis par biologie
moléculaire (après drainage), avec la recherche des gènes correspondant à la capsule bactérienne de SA, ou
bien par spécificité à l’antibiothérapie.
Question élève : Pourquoi classer le choc toxique staphylococcique dans les infections non suppuratives
alors qu’il intervient suite à une infection suppurative ?
Réponse : Parce que ce choc est lié à la production de la toxine. Il y’a un bon nombre de manifestations
suppuratives dans lesquels ne seront pas présente ce type de staphylocoque, et ce type de symptômes. On
parle ici des conséquences de la production de la toxine, et non du fait qu’il y’ eu une infection suppurative
superficielle. Dans le cas ici présent, on a donc à la fois une infection suppurative, et une non suppurative.
Question élève (2014) : Quelle est la différence entre choc toxique et septique ? Il n’y a pas de différence
initiale, mais si on va plus en détail, on a des réponses différentes aux drogues administrées donc une ATB
différente.
•
Syndrome cutané staphylococcique
Il existe aussi des toxines capables de produire des atteintes cutanées. On parle ici d’exfoliatines (la A et la
B étant les plus fréquentes), souvent présentes à cause de la bactérie en portage nasal (et même pharyngé
ou encore vaginal) ou sur foyer suppuratif, qui vont provoquer ces atteintes de la peau, comme par exemple
le syndrome de la peau ébouillantée chez les jeunes enfants ou les patients immunodéprimés, nécessitant
des greffes cutanées pour recouvrer un tissu cutané normal.
Ainsi cette exfoliatine après avoir été libérée localement,
va pouvoir diffuser à travers la circulation sanguine, et
ayant un tropisme particulier pour la peau, elle
provoquera un décollement intraépidermique entre le
stratum granulosum et stratum spinosum, avec rupture
des cellules adjacentes.
On observe alors des décollements cutanés importants affectant jusqu’à 50% de la surface corporelle
(parfois davantage). Ces enfants sont généralement hospitalisés, pouvant être pris en charges dans les
services des grands brûlés.
Donc au niveau de la clinique, on a un rash scalariforme douloureux (visage, plis, régions péri-orificielles)
puis des décollements bulleux généralisés (liquide clair ou plus purulent). Régression au bout de 2 à 4j.
Pour mettre en évidence la présence de SA, on recherche la source toxinogène au niveau nasal,
rhinopharyngé ou à l’infection suppurée (le plus souvent), puis on draine.
Concernant l’impétigo bulleux, il y a toujours production d’exfoliatines A et B au sein même des lésions
cutanées. On observe un nombre variable de bulles localisées majoritairement aux extrémités des membres,
qui évoluent ensuite vers une ouverture puis ulcération avec formation de croûte. La recherche de la souche
toxinogène est plus facile au niveau des lésions bulleuses et pas forcément à distance.
•
Infection à leucocidine de Panton-Valentine (PVL) dans la pneumonie nécrosante
Cette toxine, la leucocidine, possède une capacité de dissémination assez importante ainsi que celle de lyser
les leucocytes (mais aussi les tissus dans lesquels SA est présent). Elle est souvent incriminée dans les
infections cutanées primitives (furonculoses parfois chroniques), atteintes ostéoarticulaires...
o Des patients porteurs de ce type de SA font souvent des furonculoses chroniques
(furoncles qui récidivent malgré traitement, et évacuation). Du fait de la colonisation de
l’organisme par ce SA, les furoncles arrivent à se réimplanter. Cette chronicité peut être un
mode d’orientation pour suspecter la présence de SA producteur de cette toxine. Il faut
savoir dépister ces patients parce que certaines clones sont contagieux (épidémie
intrafamiliales ou dans les clubs de sport)pour leur faire une décolonisation (réduire ou
éliminer l'inoculum), une décontamination pour réduire le risque d'infection des porteurs eux
même et le risque de contagion. On traite même les sujets-contacts pour éviter qu'ils soient
malades.
L’avantage de ces patients qui font des infections répétées à SA producteurs de cette toxine,
c’est une immunisation à terme contre cette toxine. Ils n’auront pas de formes graves type
pneumonies nécrosantes, mais seulement des problèmes récurrents cutanés. A contrario, les
personnes infectées soit pour la première fois soit de manière épisodique, ne seront pas
immunisées et donc sujettes aux pneumonies nécrosantes.
o Cette toxine peut donc être aussi responsable de pneumonies nécrosantes avec des
destructions du parenchyme pulmonaire. Ce sont des faits qui ont été décrits depuis peu, la
première description date de 2002.
Cette infection concerne plus fréquemment le grand enfant et l’adulte jeune (âge médian
15 ans) qui est plutôt d’évolution péjorative et assez rapidement compliquée.
Elle débute souvent par un syndrome infectieux d’allure virale, d’aspect « pseudo-grippal »
donc au départ on est sur quelque chose de bénin.
Mais rapidement une détresse respiratoire aigüe s’installe avec des hémoptysies liées à
cette nécrose pulmonaire pouvant entrainer par ailleurs une atteinte multi viscérale.
C’est donc une infection très grave avec un risque de mortalité très élevé (50%) (Médiane
de survie 4j).
Il est alors primordial d’agir vite avec un apport d’antibiotiques ayant la capacité d’avoir une
action anti- toxinique (macrolides, rifampicine…) avec parfois des ajouts
d’immunoglobulines pour aider le système immunitaire à prendre en charge l’infection.
Il existe des facteurs péjoratifs : hémoptysie, leucopénie sont associés le plus souvent à une
plus grande mortalité. Cela favorise la mise en place de certains traitements complémentaires
comme l'injection d'immunoglobulines.
Devant un syndrome de nécrose pulmonaire il faut suspecter la présence de staphylocoque.
D’autres souches plus virulentes ont été mises en évidence comme le clone USA300, osef à
priori.
•
Intoxications alimentaires
Les problèmes d’intoxications alimentaires liés au staphylocoque doré présent sur certains aliments (dont les
plus incriminés sont les produits laitiers et les viandes) sont caractérisés par la capacité de ce dernier à
produire des entérotoxines. Ce sont des risques toxi-infection alimentaires (TIAC) L’ingestion
d’entérotoxines préformées au sein de l’aliment contaminé (thermostable, résistantes aux enzymes
digestives) entraine l’apparition de syndromes digestifs (gastro-entérite...).
On estime 15 à 30% d’intoxications alimentaires par SA d’où l’intérêt du dépistage nasal en cuisine de
porteur de SA. Ici, la toxine est déjà présente lors de l’ingestion alimentaire, de ce fait le délai d’apparition
des symptômes, la période d’incubation est assez courte, généralement inférieure à 6 heures contrairement
à d'autres infection avec une période d'incubation plus longue entre 12h et 24h comme la salmonelle. En
gros on dîne, on va se coucher et coup de mal au ventre puis hop’ au WC !
Le tableau clinique, représentatif d’une gastro-entérite, révèle des douleurs abdominales, diarrhées,
vomissements, … on note une absence de fièvre puisque la toxine agit directement au niveau de l’estomac.
Le plus souvent, l’évolution est rapidement favorable en l’absence de traitement. => Mais rares cas de
complications si ingestion massive de toxine : risque de choc toxique staphylococcique !
Attention également au choc hypovolémique dû aux diarrhées et vomissements à répétition.
L’entérocolite staphylococcique est une atteinte digestives, causé par la production d’entérotoxines par le
SA. Ce dernier a réussi à s’implanter dans le tube digestive, souvent suite à une antibiothérapie antérieure
: le traitement va éliminer les bactéries gram négative, notemment celles présentes dans les flores
commensales. L’équilibre entre les espèces bactériennes est rompu, et le SA en profite de pour se
développer.
Les symptômes sont liés à la production de la toxine par le SA : fièvre, diarrhées, parfois sanglantes, atteinte
de l’épithélium digestif. On a une entérocolite pseudomembraneuse pouvant entrainer des perforations
digestives et des complications importantes.
L’Antibiothérapie (ATB) est inutile ; on n’a pas de bactérie à détruire. Il faut éviter tant que possible les
ATB inutiles, qui n’ont pas forcément de conséquences néfastes dans l’instant, mais, qui peuvent, à long
terme, avoir des conséquences écologiques dramatiques.
Schéma récapitulatif :
3. Diagnostic au laboratoire
a.
Examen direct et culture
L’examen direct (ED) correspond à un état des lieux quasi-immédiat. On va pouvoir y retrouver des PNN
par exemple, signe indirect d’infection. Mais la plupart du temps on recherche la présence de bactéries, et
notamment de coccis gram + en amas (= SA).
Ces informations sont données le jour même et permettent ainsi de savoir si le traitement prescrit est
judicieux ou si celui qu’on souhaite donner est adapté à la situation.
Il faut ensuite multiplier ces bactéries sur boite de pétri pour pouvoir les identifier. On va pour cela les
mettre sur des milieux de culture enrichis en différents éléments nutritifs.
Ce n’est pas une bactérie très exigeante, donc en général on obtient une culture facile sur des milieux usuels
non sélectifs.
Après 24 à 48 heures de mises en culture, à 37° et dans les différentes conditions atmosphériques, on pourra
voir des staphylocoques qui se développent.
–
–
–
Possibilité d'utiliser un milieu sélectif si recherche ciblée, ou bien avec un antibiotique particulier
Macroscopie - aspect des colonies : lisse, ronde, bombées, opaques, pigmentation dorée/jaune
Germe aéro/anaérobie. En présence ou absence de CO2.
b.
Techniques d’identification
Il existe plusieurs techniques, ce sont des techniques biochimiques en général. On regarde la capacité de
cette bactérie à transformer certaines protéines, à consommer certains sucres…
Les caractéristiques biochimiques des staphylocoques : (le prof ne s’y attarde pas) Ils sont trop fastidieux...
on n'en fait presque plus:
–
–
–
–
–
Catalase + (transformation du H2O2 en H2O et O2 : observation de bulles d'O2)
Fermentation du glucose, du mannitol
Coagulase libre et liée (différenciation des autres staphylocoques)
Production d'une Dnase
Autres caractères biochimiques (galerie API STAPH...)
On utilise maintenant de plus en plus l’analyse protéomique. Grâce à la spectrométrie de masse, on va
pulvériser cette bactérie et regarder quelles sont les protéines qui constituent sa paroi ou ses membranes.
Tout cela définit ce qu’on appelle le diagnostic direct ; on va directement rechercher la bactérie. On va
vous dire qu’elle est présente parce qu’on l’a reconnue, identifiée parfois sur les données microscopiques, ou
sur des données de biologie moléculaire en allant chercher l’ADN de la bactérie.
On parle aussi de diagnostic indirect. Dans ce cas-là, on va chercher dans l’organisme des preuves de la
présence de la bactérie. On fait alors des sérologies : on cherche des anticorps anti-staphylocoque en
l’occurrence, il en est de même pour d’autres bactéries ou virus avec ainsi des sérologies variées.
Mais il faut savoir que pour les staphylocoques, il n’existe pas de diagnostic indirect, il n’y a jamais de
sérologie anti-staphylocoque car ça n’existe pas parce que tout le monde à déjà été en contact avec des
staphylocoques. La seule façon d’identifier la présence d’un staphylocoque serait de faire ce diagnostic
direct souvent par culture, parfois par biologie moléculaire (PCR…).
Ici à gauche, on a du staphylocoque doré (pour la couleur jaune-doré en
culture) et à droite du staph non aureus.
Ici on a un test de catalase. C’est un test rapide qui
permet de dire s’il y a catalase ou pas et de différencier
les staphylocoques des streptocoques.
Pour des coccis gram+, s’il y a des bulles (libération
d’O2 et H20+) c’est du staph sinon c’est du
streptocoque.
On a là des tests biochimiques :
On peut voir en bas de l’image, des galeries d’identification
biochimique. Dans chaque petite cupule, vous avez soit des
protéines soit des sucres et la présence de la bactérie va entrainer ou
pas leur consommation. La non consommation va entrainer un
virage coloré.
En associant toutes ces caractéristiques-là, on peut différencier les
bactéries les unes des autres.
c.
Analyse moléculaire (biomol)
Un des intérêts de la biologie moléculaire est d’aller chercher de l’ADN de la bactérie dans le prélèvement
en cas d’échec de la culture sur boîte de pétri (oui, ça peut arriver que la bactérie soit capricieuse), par
exemple quand le prélèvement a été effectué après antibiothérapie. D’autres types de bactéries ont une
viabilité limitée hors de l’organisme (trop d’O2, température non optimale).
L’autre intérêt de la biologie moléculaire est d’analyser les souches, identifiées en culture, pour vérifier si
elles sont impliquées ou non dans le syndrome clinique associé. On l’a dit, les facteurs de virulence sont
nombreux, on ne peut pas les identifier sur les techniques vues précédemment, on va donc utiliser la biologie
moléculaire pour détecter les gènes assurant la production de ces toxines. C’est donc un des atouts de la
biologie moléculaire.
Un autre atout est d’analyser la résistance de cette bactérie aux antibiotiques avec un antibiogramme. C’est
quelque chose de peu fréquent, mais la biologie moléculaire permet la recherche, grâce à la PCR, de gènes
de résistance qui vont conférer à la bactérie la capacité de résister à certaines classes d’antibiotiques.
En conclusion l’analyse moléculaire permet une :


Analyse de virulence
o La recherche de toxines circulantes est très délicate (ex : tropisme tissulaire +++…)
o Après isolement d’une souche de SA possibilité d’analyse génotypique pour rechercher des
gènes codant pour les toxines cibles.
Analyse de résistance
o recherche gène de résistance aux bétalactamines
 → mecA
 → Découverte 2011 : mecC
4. Traitement
L’une des premières choses à faire est le drainage des collections purulentes (limiter l’inoculum). Parfois
cela peut suffire, surtout pour les infections superficielles bénignes, sinon on peut leur associer une
antibiothérapie locale (pristinamycine, Ac fucidique) de moins en moins recommandée. Et puis quelque fois,
cette antibiothérapie locale et le drainage ne sont pas suffisants ou impossibles, on ajoute alors des ATB per
os ou par voie injectable. Par voie injectable, cela permet une disponibilité plus rapide et elle peut être
intéressante lorsque l'état ne permet pas l'ingestion ou qu'il s'agit d'un jeune enfant.
On peut aussi être amené à faire une chirurgie comme pour le cas de la facilite nécrosante, pour retirer
chirurgicalement tous les tissus infectés tout en administrant une antibiothérapie.
Le choix de la nature des molécules se fera dans un premier temps de manière empirique, c’est-à-dire
qu’on va utiliser des ATB qui agissent sur les staphylocoques en général.
Ainsi dans le premier temps on choisira du préventif. Par exemple, les Béta lactamines (Péni M) sont les
ATB de premier choix : ils diffusent bien, et sont efficaces.
On peut associer parfois, tout dépend du contexte clinique et de la nature de l’infection, deux ATB et faire
dans ce cas-là une bi-antibiothérapie avec des bêta-lactamines associées à des aminosides ou à d'autres
ATB ayant la particularité de bien diffuser dans le site : on rechercher la synergie notamment pour
atteindre certains territoires notamment ostéo-articulaires ou de prothèses. Certains ATB sont nocifs pour
l’enfant, la femme enceinte, selon le contexte clinique on va devoir adapter le ttt.
Il faut mesurer la sensibilité de la bactérie aux ATB en in vitro. Dans le cas du SA, que l’infection soit
profonde ou superficielle, on réalise quasi-systématiquement un antibiogramme. Ce dernier permet de
vérifier que le traitement est adéquat.
Les principales molécules utilisées sur les staphylocoques (pas toutes à retenir seulement celle en gras) :




Béta lactamines (Péni M) : action sur une protéine de la membrane externe de la bactérie
Aminosides (gentamycine) ou fluoroquinolone (ofloxacine)
Si SARM (staphylocoques dorés résistants à la méticiline = pénicilline de type M). Ces
staphylocoques ont acquis une résistance à la méticilline (ATB appartenant à la classe des béta
lactamines), ils seront également résistants à toutes les béta lactamines. Elle est aussi résistante à
d’autres classes d’ATB, ce qui lui confère le titre honorifique de bactérie multi résistante.
Antibiotique utilisé alors en dernier recours : glycopeptides (vancomycine) !!! Il existe très peu de
résistance à l'heure actuelle de SA à la vancomycine (néphrotoxicité) qui n'est pas très bactéricide,
Souvent substitué par linézolide ou daptomycine (molécules découvertes récemment <15 ans)
III. Les Staphylocoques à coagulase négative (SCN) ou « blancs »
Ces staphylocoques sont présents au sein de la flore commensale de l’organisme et majoritairement sur la
peau (notamment le S. epidermidis). Ils représentent environ 40-50 espèces.
Ils sont très rarement impliqués dans des infections, car généralement non pathogènes. Ils ont la particularité
d’être des bactéries opportunistes, qui s’installent donc sur certains terrains favorables à leur développement:




Immunodépression
Altération de la barrière cutanéomuqueuse +++
Présence prolongée de matériel comme les cathéters ou les perfusions, très sujets au développement
de ces bactéries qui diffusent rapidement dans l’organisme et créent des infections à distance.
Fixation sur matériel prothétique avec parfois des infections difficiles à traiter, tendance de S.
epidermitis à adhérer aux biomatériaux (en chir. Ortho ou vasculaire). L’antibiothérapie est moins
efficace dans ces cas-là car la prothèse n’est pas vascularisée (d’où nécessité de retirer la prothèse
et d’en poser une autre).
On retrouve deux staphylocoques présents dans infections communautaires assez fréquentes :


Staphylococcus saprophyticus : capacité d’adhésion à l’épithélium vésical = cystites chez la jeune
femme.
Les caractéristiques de ce germe sont qu’il est particulièrement résistant à une molécule, souvent
prescrite dans le traitement des cystites, la fosfomycine qui est un antibiotique qui fonctionne bien
sur les entérobactéries, notamment E. coli, la bactérie principalement impliquée dans la cystite.
Staphylococcus lugdunensis : responsable d’infections cutanées, endocardites, abcès, infections
suppuratives profondes… Ce dernier possède des pouvoirs de virulence plus importants, pouvant
s’exprimer chez les immunocompétents, retrouvé donc le plus souvent sur des atteintes cutanées
(abcès, …). Peut aussi être responsable de la contamination d’hémocultures et de prélèvement en cas
de mauvaise détersion cutanée.
IV. Sensibilité et résistances aux antibiotiques
1. Sensibilité
Les staphylocoques ont, à la base, tous le même patrimoine de résistance aux antibiotiques ; on sait que
certains agissent sur ces bactéries et que d’autres n’auront aucune action.
Les staphylocoques à coagulase négative (SCN) ont souvent acquis plus de résistance que le staphylocoque
doré. Ainsi, lors d’infections à SCN, ce qui est relativement rare mais surtout en communautaire, ces
dernières seront plus difficiles à traiter à cause de leur multi résistance.
2. Résistance
On va rechercher chez les staphylocoques deux mécanismes de résistances pour les béta- lactamines
(classe thérapeutique principale utilisée contre eux). Un premier mécanisme de résistance est un mécanisme
enzymatique : la capacité qu’a un staphylocoque à produire une enzyme détruisant les pénicillines
(principale famille des béta-lactamines). On cherche dans ce cas la présence d’une pénicillinase (entre 7 à
9 souches sur 10). C'est le mécanisme de résistance aux ATB le plus fréquemment rencontré. S’il y a
détection de cette enzyme, le traitement ne pourra se contenter que de pénicillines, il faudra associer des
inhibiteurs de pénicillinase. On utilise alors un médicament qu'on appelle l'Augmentin composé
d'amoxiciline (la péniciline) et d'acide clavulanique (l'inhibiteur de la pénicillinase).
D’autres mécanismes que l’on va rechercher c’est de vérifier si la cible de ces antibiotiques existe toujours
chez le staphylocoque. Certains staphylocoques ont encore une fois la capacité à modifier la protéine qui lie
la pénicilline, la PLP, protéine dite « Liant les Pénicillines ». Le staphylocoque pouvant affecter la PLP
sera ainsi insensible à la pénicilline. On sait cependant, que si on inhibe la liaison aux pénicillines, on inhibe
aussi la liaison aux autres béta- lactamines : une résistance à l’ensemble des béta-lactamines sera développée
s’il y a modification de cette cible PLP. C'est ce qu'on retrouve chez les SARM.
3. Données épidémiologiques concernant le niveau de résistance de SA
Actuellement, environ 90% (en métropole) de SA sont résistants aux pénicillines (A, G) par production
de pénicillinase vs 70% à La Réunion.
En première intention, si vous savez qu’il y a du staphylocoque et encore plus s’il y a du SA, on ne met
jamais de pénicilline seule parce qu’on sait que 7 à 8 fois sur 10, cela aboutira à un échec thérapeutique.
Souvent on met soit autres choses, soit une pénicilline associée à un inhibiteur de pénicillinase (les deux
pouvant être regroupés dans un même antibiotique). Cet inhibiteur de pénicillinase comme son nom
l’indique bloque la pénicillinase et permet à la pénicilline d’agir.
En ce qui concerne les staphylocoques dorés multirésistants (SARM) et notamment résistant à la
Méticilline, on peut voir ceux qui ont une modification de la cible des béta-lactamines (PLP) et ainsi donc
résistants à toutes les béta- lactamines.
Souvent, on déplore une association d’une résistance à d’autres classes d’ATB (aminosides, macrolides,
FQ…).
Les SARM deviennent de plus en plus communautaire.
Il y avait un niveau de résistance très important historiquement au niveau des hôpitaux français. Près d’un
SA sur 2 il y a quelques années, était résistant à toutes les BL. On démontre 20 à 40% des souches de SA
Méticilline-Résistant à l’hôpital en métropole…mais à La Réunion, il existe un taux plus faible (<
15%).
Ce n’est pas la diapo du prof mais
un schéma que nous avons trouvé
sur
www.infectiologie.com
concernant l’évolution des BMR en
Europe. Juste pour illustrer
Cependant, des efforts ont été réalisés : isolement du patient et précautions en matière d’hygiène afin de
limiter la diffusion de ce germe (intérêt du dépistage).
Ces SARM, c’est ce que l’on appelle des BMR (bactéries multi résistantes) et ces dernières entrainent une
prise en charge encore plus particulière dans les services de soin où l’on essaye de mettre des précautions
plus sophistiquées autour du patient (chambre seule, matériel unique pour ce patient qui reste dans la
chambre, …).
Cela a été un des efforts mis en place.
L’autre effort a concerné le meilleur usage des antibiotiques, c’est-à-dire que ces résistances sont nées
aussi parce qu’on a soumis l’organisme des personnes et des bactéries qu’elles portaient à de multiples
pressions de sélection d’antibiotiques qui ont fait émerger ces résistances. Le fait de mieux traiter,
d’utiliser des antibiotiques dans un nombre de cas plus pertinent, a fait diminué cette pression de sélection
sur le risque de diffusion de cette bactérie.
On a donc des mesures particulières autour de ces patients porteurs de SARM. Une mesure pertinente, a été
l’utilisation de SHA (solution hydro-alcoolique).
En hygiène hospitalière et dans les soins, cela a été une avancée importante.
« Lave toi bien les mains avant de fouiller dans ton nez »
- Hippocrate
Toutes ces mesures ont porté leurs fruits, puisqu’il y’a aujourd’hui une tendance à la diminution de la
résistance à la méticilline dans les hôpitaux en France, France qui n’est d’ailleurs que 7ème en Europe dans
ce domaine.
On voit la corrélation en jaune de la
consommation de SHA et le taux de SARM
associé (courbe bleu) : on a des courbes
inversées (plus on utilise de SHA, plus le taux de
SARM régresse).
Conclusion
Les staphylocoques, on en porte tous. On parle de staphylocoques commensaux chez l’Homme, mais ils sont
très fréquemment rencontrés au cours des infections bactériennes.
Parmi ces staphylocoques, il faut bien retenir la particularité du Staphylococcus aureus, espèce réellement
majeure en pathologie humaine (infections suppurées superficielles ou profondes…).
Les infections communautaires en médecine de ville seront souvent rencontrées. C’est un pathogène
impliquée dans des infections assez compliquées profondes par des diffusions systémiques à partir de points
superficiels.
Cette bactérie a une virulence importante par sa production de toxines qu’il faut savoir vite détecter et traiter
par des antibiotiques anti-toxiniques, et pas toujours ceux qui ont un effet bactéricide.
Il ne faut pas négliger les staphylocoques blancs, qui sont souvent plus résistants aux antibiotiques.
Dans cette résistance aux antibiotiques, vous avez l’aide des laboratoires qui réaliseront des antibiogrammes
qu’il faut savoir interpréter pour adapter la thérapeutique.
Attention, les données in vitro ne sont pas les seules à prendre en compte pour le choix d’un traitement, mais
elles y contribuent fortement.
Du point de vue épidémiologie, les choses évoluent bien avec les différents moyens mis en place pour
limiter au maximum la diffusion de ces staphylocoques, notamment multi résistants.
KAN TA FINI CE GENRE DE COUR MAMENE
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