Spécialité : Microbiologie Intitulé - Thèses et Mémoires

République Algérienne Démocratique et Populaire
ﻟا ةرازوــــﺗــﻌــﻠــﯾــﻟا مــﻌــﻟﺎــﻟا و ﻲــﺑــﺣــﻟا ثــﻌــﻠــﻣـــــــــ ﻲ
Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherches Scientifique
و جردﺗﻟا دﻌﺑ ﺎﻣ ﻲﻓ ﻲﻟﺎﻌﻟا نﯾوﻛﺗﻠﻟ ﺔﻌﻣﺎﺟﻟا ﺔﯾرﯾدﻣ ﺔﺑﺎﯾﻧﻲﻣﻠﻌﻟا ثﺣﺑﻟا و ﻲﻌﻣﺎﺟﻟا لﯾھﺄﺗﻟا
Vice rectorat de la formation supérieure de post-graduation, de l’habilitation universitaire et
de la recherche scientifique
FACULTE DES SCIENCES
DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
LABORATOIRE DE MICROBIOLOGIE APPLIQUEE
THESE
Présentée par :Mohammed Salih BARKA
Pour obtenir le Diplôme de Doctorat
Spécialité : Microbiologie
Intitulé
Recherche et Caractérisation d’Escherichia coli
Entérohémorragique O157:H7 dans les viandes
bovines importées en Algérie
Devant le jury composé de :
Henni Jamal Eddine
Professeur
Université d’Oran
Président
Kihal Mebrouk
Professeur
Université d’Oran
Directeur de thèse
Moussa-Boudjema Boumediene
Professeur
Université de Tlemcen
Examinateur
Abdelwahed Djamel Eddine
Professeur
Université de Tlemcen
Examinateur
Benlahcène Kheira
Maitre de Conférences A
Université d’Oran
Examinateur
Hassaine Hafeda
Maitre de Conférences A
Université de Tlemcen
Examinateur
ANNEE UNIVERSITAIRE : 2011-2012

I
Remerciements
AMonsieur le Professeur KIHAL MEBROUK, mon Directeur de thèse.
J’ai eu le privilège de bénéficier de ses conseils précieux, de son écoute permanente et surtout
de sa patience. Nous sommes reconnaissants de la confiance qu’il nous a accordée et des
discussions enrichissantes que nous avons eues. Nous tenons à lui assurer toute notre
admiration et notre amitié.
AMonsieur le Professeur HENNI Jamal. Nous sommes très sensibles à l’honneur qu’il
nous a fait en acceptant la présidence de notre jury de thèse. Qu’il reçoive ici le témoignage
de notre profonde reconnaissance.
A Monsieur le Professeur MOUSSA-BOUDJEMA Boumediene.
Nous le remercions, d’avoir accepté de juger ce travail. Nous sommes reconnaissants pour
l’intérêt qu’il a porté à ce travail, nous le remerciant aussi pour les corrections qu’il à apporté
à ce travail et nous tenons à lui assurer tout notre respect et toute notre amitié.
A Monsieur le Professeur ABDELWAHAD Djamel Eddine. Nous le remercions d’avoir
accepté de juger ce travail. Qu’il trouve ici l’expression de notre respectueuse gratitude.
A Madame Hassaine Hafeda. Nous la remercions, d’avoir accepté de participer à ce jury.
Qu’elle reçoive ici le témoignage de notre profonde amitié
A Madame BENLAHCENE Kheira. Nous sommes reconnaissants de l’honneur et du plaisir
qu’elle nous a fait en participant au jury de notre thèse. Qu’elle reçoive ici nos sincères
remerciements.
Que chacun d’entre vous soit ici vivement remercié de m’avoir fait
l’honneur d’accepter de participer à ce jury et le plaisir d’assister à
ma soutenance. Recevez ici, l’expression de notre respectueuse
gratitude pour l’attention et l’intérêt que vous avez portés à ce
travail.

II
Je tiens à remercier chaleureusement Boudilmi Benabdallah pour son soutien et pour tous les
moments privilégiés que l’on a passés.
Un grand merci à Khatib et à toute l’équipe du Laboratoire Vétérinaire Régional de
Tlemcen, pour leur aide et leur soutien durant la réalisation de ce travail.
Je remercie infiniment le Docteur Curmi Patrick qui à permis la réalisation de la partie
biologie moléculaire, ainsi que Vandana Joshi et toute l’équipe du Laboratoire Structure et
activité des biomolécules normales et pathologiques.
J’adresse mes plus sincères remerciements à mes amis Noureddine, Khalifa et Abdeljelil
pour leur soutien permanent, leur bonne humeur et tous les fous rires et les moments fabuleux
que l’on a partagés. Un grand, grand Merci.
Une pensée particulière pour…
Mes Parents, sans qui, je n’en serai pas là aujourd’hui. Merci pour tout leur amour et leur
soutien depuis toujours. Ils ont su me donner toutes les chances pour réussir. Qu’ils trouvent,
dans la réalisation de ce travail, l’aboutissement de leurs efforts ainsi que l’expression de ma
plus affectueuse gratitude.Je vous dédie ce mémoire en guise de remerciement et de
reconnaissance pour votre soutien constant et votre présence à mes côtés.
Ma femme Naima, celle qui partage ma vie, mes doutes et mes joies.
Ma mes sœurs Zahira et Wafa, pour leur soutien et toute la complicité qui nous unit.
A mon frère Noureddine, et ses deux enfants, à qui je souhaite une réussite sans faille.
A la mémoire de mes grands-parents, qui m’ont inculqué les valeurs de la vie.
A mon oncle Mohammed.
Toute ma famille et tous mes amis qui me sont chers…

III
Table des matières
Résumé
VI
Absract
VII
ﺺﺨﻠﻣ
VIII
Liste des figures
IX
Liste de tableaux
X
Introduction
1
Synthèse bibliographique
4
1- Données générales sur Escherichia coli
5
1-1-Taxonomie et définitions
5
1-1-1Caractères généraux
5
1-1-2 L’espèce Escherichia coli
6
1-1-2-1 Habitat
6
1-1-3 Les différents pathovars d’E. coli
7
1-1-3-1 E. coli entéropathogène (EPEC)
7
1-1-3-2 E. coli entéro-toxinogènes (ETEC)
7
1-1-3-3 E. coli entérohémorragiques (EHEC)
7
1-1-3-4 E. coli entéro-aggrégatifs (EAggEC)
7
1-1-3-5 E. coli à adhérence diffuse (DAEC)
8
1-1-3-6 E. coli entéro-invasifs (EIEC)
8
1-2-Les sources d’Escherichia coli O157:H7
9
1-2-1 Portage et excrétion de E.coli O157:H7 chez les bovins
10
1-2-2-1 viande bovine
10
1-2-2-2 lait et produits laitiers
11
1-2-2-3 Végétaux
12
1-2-2-4 Eau
12
1-2-2-5 Transmission inter-humaine
12
1-2-2 Dans l’environnement
12
1-3- Pathologie des infections humaines liées aux EHEC
12
1-3-1 Forme asymptomatique et diarrhée non hémorragique
12
1-3-2 Colite hémorragique
12
1-3-3 Syndrome hémolytique et urémique
14
1-3-4 Purpura thrombotique thrombocytopénique
14
1-3-5 Autres aspects cliniques
15
1-3-6 Les pathologies animales à STEC
15
2- Facteurs de virulence, pouvoir pathogène des STEC
15
2-1- Facteurs de virulence des EHEC
15
2-1-1 Les Shiga-like toxines
15
2-1-2 Les facteurs d’adhésion
16
2-1-2-1 Lésions d’attachement-effacement
16
2-1-3 Les entérohémolysines
18
2-2- Les éléments mobiles de pathogénicité
18
2-2-1- Ilots de pathogénicité
18
2-2-2- Plasmides
19
2-2-3- Bactériophages
19
3- Données sur l’élevage en Algérie
20
3-1 L’importation de la viande congelée en chiffres
20

IV
4- Interactions E.coli O157:H7, bactéries lactiques
22
4-1 Rappel sur les bactéries lactiques
22
4-2 Classification et mécanismes d’action des bactériocines
22
4-2-1 Classe I
22
4-2-2 Classe II
22
4-2-3 Classe III
22
4-2-4 Classe IV
23
4-3 Applications des bactériocines dans l’industrie alimentaire
23
5- Antibiorésistance
23
5-1 Définition rapide des additifs alimentaires antibiotiques
23
5-2 Utilisation des antibiotiques en élevage
23
5-3 Risques liés aux antibiotiques
24
5-3-1 Risques pour la santé animale et humaine
25
5-3-1-1 Bactéries résistantes
25
5-4 Principales pathologies microbiennes bovines rencontrées en Algérie
26
5-5 Principaux antibiotiques utilisés en médecine vétérinaire en Algérie
26
5-5-1 Antibiotiques utilisés à titre curatif
26
5-5-2 Antibiotiques utilisés comme facteurs de croissance
27
Matériels et méthodes
28
1- Recherche de E. coli O157:H7 dans la viande.
29
1-1 Echantillonnage
29
1-2 Isolement des E. coli
29
1-3 Méthodes phénotypiques
30
1-3-1 Enrichissement
30
1-3-2 Isolement sur milieu Mac Conkey sorbitol
30
1-3-3 Recherche de la β-glucuronidase
30
1-4 Utilisation des propriétés biochimiques d’E.coli O157:H7
31
1-5 Utilisation Tests immunologiques d’E.coli O157:H7
32
2- Etude des caractéristiques biochimiques des E. coli O157:H7
32
2-1 Température
32
2-2 pH
32
2-3 Activité de l’eau «(AW)
32
2-4 Recherche du pouvoir hémolytique
33
3- Interactions avec les bactéries lactiques
33
3-1 Bactéries lactiques utilisées
33
3-2 Technique utilisée
33
4- Etude de l’antibiorésistance
33
4-1 Technique utilisée
33
4-2 Lecture
34
5- Méthodes génétiques de la détection des E.coli O157:H7
34
5-1 Détection des gènes spécifiques du sérotype E.coli O157:H7
35
5-1-1 stx1 et stx2
36
5-1-2 eae
36
5-1-3 ehx
36
5-2 Recherche des plasmides
36
5-3 Séquençage
38
Résultats
39