Proposition de stages M2 2015-2016 Blanquet-Diot
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PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 ANNĒE 2015-2016 Titre du stage : Etude des protéines sécrétées et de surface chez les Escherichia coli entérohemorrhagiques en conditions digestives humaines simulées. ___________________________________________________________________________ Laboratoires d’accueil : EA 4678 CIDAM Conception, Ingénierie et Développement de l’Aliment et du Médicament, Université d’Auvergne 28, place Henri Dunant, 63000 Clermont-Ferrand, France Equipe BaDiAl Adaptation des bactéries aux environnements digestif et alimentaire. INRA Auvergne-Rhône-Alpes, UR454 Microbiologie, 63122 Saint-Genès Champanelle, France Encadrants : Stéphanie Blanquet-Diot, MCU HDR Téléphone : 04 73 17 83 90 Mail : [email protected] Mickael Desvaux, DR2 Téléphone : 04 73 62 47 23 Mail : [email protected] ___________________________________________________________________________ Résumé Les Escherichia coli entérohémorragiques -EHEC- (en particulier le sérotype O157:H7) sont des pathogènes émergents responsables de toxi-infections alimentaires pouvant se compliquer d’atteintes potentiellement mortelles pour l’Homme. La sécrétion des protéines joue un rôle majeur dans les interactions du pathogène avec son environnement. En particulier, certaines protéines sécrétées et localisées en surface des cellules bactériennes sont impliquées dans les processus de colonisation, notamment l'adhésion et la formation de biofilms. La régulation de ces facteurs de virulence dans l’environnement digestif humain est un paramètre essentiel dans la pathogénicité bactérienne mais qui reste très peu connu du manque de modèles d’étude adaptés. L’objectif du stage est d'identifier ces protéines de surface chez la souche de référence Escherichia coli O157:H7 EDL 933 en conditions digestives humaines simulées. Pour ce faire, deux approches originales et pertinentes seront associées : (i) un modèle gastro-intestinal dynamique appelé TIM qui reproduit au mieux les paramètres physico-chimiques du tractus digestif supérieur chez l’homme et (ii) une nouvelle approche de protéomique basée sur une procédure de marquage spécifique à la biotine et une séparation hors-gel en LC-MS/MS. La caractérisation des principales protéines identifiées dans l’environnement digestif sera effectuée en suivant une approche de génétique fonctionnelle qui implique la construction de mutants de délétion puis leur caractérisation phénotypique (tests d'adhésion et de formation de biofilms, localisation subcellulaire). __________________________________________________________________________ Principales publications des deux équipes : - Etienne-Mesmin L, Livrelli V, Privat M, Denis S, Cardot JM, Alric M, Blanquet-Diot S. 2011. Effect of a new probiotic Saccharomyces cerevisiae strain on the survival of Escherichia coli O157:H7 in a dynamic gastrointestinal model. Appl. Environ. Microbiol. 77:1127-1131. - Chagnot C, Listrat A, Astruc T, Desvaux M. 2012. Bacterial adhesion to animal tissues: protein determinants for recognition of extracellular matrix components. Cellular Microbiology. 14(11):1687-1696. - Renier S, Micheau P, Talon R, Hébraud M, Desvaux M. 2012. Subcellular localization of extracytoplasmic proteins in monoderm bacteria: rational secretomics-based strategy for genomic and proteomic analyses. PLoS One. 7(8):e42982. - Chagnot C, Agus A, Renier S, Peyrin F, Talon R, Astruc T, Desvaux M. 2013. In vitro colonization of the muscle extracellular matrix components by Escherichia coli O157:H7: the influence of growth medium, temperature and pH on initial adhesion and induction of biofilm formation by collagens I and III. PLoS One. 8:e59386. - Thevenot J, Etienne-Mesmin L, Denis S, Chalancon S, Alric M, Livrelli V, Blanquet-Diot S. 2013. Enterohemorraghic Escherichia coli O157:H7 survival in an in vitro model of the human large intestine and interactions with probiotic yeasts and resident microbiota. Appl. Environ. Microbiol. 79(3):1058-1064. - Thevenot J, Cordonnier C, Rougeron A, Le Goff O, Nguyen HTT, Denis S, Alric M, Livrelli V, Blanquet-Diot S. 2015. Enterohemorrhagic Escherichia coli infection has donordependent effect on human gut microbiota and may be antagonized by probiotic yeast during interaction with Peyer’s patches. Appl. Microbiol. Biotechnol. Jun 18. [Epub ahead of print]. Techniques utilisées : Manipulation de bactéries pathogènes (laboratoire de confinement L3), microbiologie (ensemencements et numérations bactériennes, tests d’adhésion et de formation de biofilm), digestion artificielle (TIM), biologie moléculaire (techniques de génie génétique, PCR, clonage, surexpression, remplacement allèlique, complémentation)
