Notions de Microbiologie - CHU de Saint

Notions de microbiologie
générale
Journée des correspondants en hygiène débutants du
20-11-2015
Dr J GAGNAIRE-Unité d’hygiène inter-hospitalièreService des Maladies infectieuses
Différents agents infectieux
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les bactéries
les virus
les champignons
les parasites
(Les prions=ATNC=Agents Transmissibles Non
Conventionnels )
Notions de microbiologie et d’échelle
Structure d’une bactérie
Formes des bactéries
cocci
bacille
Forme spiralée
Coloration différentielle: coloration de Gram
bactéries Gram + colorées en violet
bactéries Gram - en rose
EXAMEN
DIRECT
Cocci à Gram +
en amas
Cocci à Gram +
en chainette
Cocci à Gram +
en diplocoques
Cocci à Gram en diplocoques, en grains de café
(staphylocoques)
(streptocoques)
(pneumocoque
= streptocoque)
(Neisseria spp.)
Au total
• Cocci Gram +
-Ex : staphylocoque, streptocoque, pneumocoque etc…
• Cocci Gram –
-Ex : méningocoque, gonocoque etc…
• Bacille Gram +
-Ex : corynebacterie, clostridium, bacillus, listeria, etc…
• Bacille Gram
-Ex : entérobactéries, pseudomonas etc…
• Autres bactéries :
-Ex : mycobactéries (Mycobacterium tuberculosis)-bactéries atypiques :
mycoplasme, chlamydia…-
Les bactéries multi résistantes aux ATB =BMR
Les bactéries émergentes hautement résistantes
aux ATB=BHRe
BMR les + fréquentes, résistantes par différents
mécanismes + ou – transférables entre bactéries,
résistances aux ATB acquises (≠naturelles) :
• SARM = BMR
• Entérobactéries résistantes aux C3G
(production de BLSE) = BMR
• Entérobactéries résistantes aux carbapénèmes
(production de carbapénémases)= BHRe
• Entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) =
BHRe
ER+PCC chez
patients avec FR
d’acquisition de
BHRe
(rapatriement,
hospitalisation
étranger dans les
6 mois…)
Structure d’un virus
et « mode de vie »
-Génome : ARN ou ADN
-Capside protéique : cubique ou hélicoidale
-Enveloppe
CLASSIFICATION
1 virus = 1 génome avec une protection, dans le milieu extérieur
Le virus nécessite pour son développement un parasitisme
intracellulaire absolu
Absence de croissance, structure définitivement organisée
Principaux virus rencontrés
A- Virus respiratoire
Grippe, VRS (virus respiratoire syncytial),
Varicelle, Oreillons, Rubéole, Rougeole...
B- Virus entériques
Rotavirus, Adenovirus, Entérovirus, Hépatite A…
C- virus cutanés
Herpes, Varicelle …
D- Virus du sang et des tissus
Hépatite B, Hépatite C, HIV…
Différentes techniques de diagnostic
microbiologique pour les agents
infectieux
• Cultures : ++ bactéries
• Recherche d’antigène (ex : recherche Ag
streptocoque A)
• Recherche d’anticorps = sérologies
• Mise en évidence du génome (ex : PCR )
Culture bactériennes
(besoins en nutriments, en oxygène ou non
(aérobie/anaérobie-…), facteurs de croissance, 37°C ou 30°C…)
Autres agents infectieux
• les champignons : microscopiques (levures :
candida, moissures : aspergillus, penicillium…)
• les parasites : ectoparasites et endoparasites
• (Les prions) : conversion d’une protéine ?
Flore microbienne (=microbiote)
Ensemble des micro-organismes présents en un
site donné. Essentiellement des bactéries et
champignons.
La contamination par des agents infectieux peut
être limitée par cette flore
Distinction selon l’habitat
• Micro-organismes commensaux : (latin mensa :
table) résidents habituels de la peau et des
muqueuses des animaux et des êtres humains =
flore humaine.
• Micro-organismes saprophytes : (grec sapros :
fumier) résidents habituels de l’environnement
(terre, eau) se nourrissent de la matière
organique en décomposition = flore
environnementale
=notion de flore transitoire (flore
environnementale + d’autres individus)
/cm2 de peau
/g de selles
1014 bactéries versus 1013 cellules dans le corps humain !
La flore cutanée
• Répartition hétérogène sur la peau :
- Bactéries aérobies : couches superficielles. (Genres
staphylococcus, corynebacterium
- Bactéries anaérobies : follicules pileux, glandes sébacées
(Propionibactérium acnes
• Répartition hétérogène dans la population :
- Staphylococcus aureus : 19 à 40% de la population.
La flore du tube digestif
• Estomac : acidité +++ (pH=2), peu de germes.
• Intestin : présence ++ à partir de l’iléon
terminal, environ 400 espèces différentes,
variation liée à l’alimentation.
• Entérobactéries +++, Anaérobies strictes ++ …
• Fonctions majeures : métabolisme, barrière
contre les autres pathogènes
Mais aussi…
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La flore nasale
La flore buccale
La flore vaginale
La flore des voies aériennes
Distinction selon la pathogènicité
Bactéries pathogène spécifiques : à l’origine
d’une maladie infectieuse bien déterminée
• Virulence+++
• Contagiosité+++
• communautaire>>nosocomiale
Bactéries : tuberculose, typhoide
Virus : grippe, hépatite, rotavirus
Distinction selon la pathogènicité
Bactéries pathogène opportunistes : (= non
pathogènes), normalenent présentes dans la
flore humaine mais qui lors d’une
immunodépression deviennent pathogènes.
Pathogènes commensaux
opportunistes
• Réservoir : flores humaines
• Virulence variable (Staphylocoque doré
>>staphylocoque blanc)
• Non contagieux mais transmission possible entre
individus (manuportée ++)
• Origine : nosocomiale>>communautaire
• Microorganismes :
Bactérie : staphylocoque doré, pneumocoque,
colibacille…
Champignon : candida
Pathogènes saprophytes opportunistes
• Réservoir : environnement : eau/air
• Virulence faible
• Non contagieux mais transmission possible
par contamination par l’environnement
• Origine : nosocomiale>communautaire (rare)
• Microorganismes :
Bactérie : légionnelle
Champignon : aspergillus
Notion de pathogénie pour l’homme
Niveau d’agressivité du micro-organisme.
Fragilité du patient
Pénétration par la bonne porte d’entrée
(ex : le virus de la grippe = porte d’entrée aérienne, si
on mange le virus on ne craint rien).
Quantité de microorganismes (inoculum)
Chaîne de transmission
épidémiologique
Transmission :
• Contact
Réservoirs :
•Aérien :
• Humain
•Gouttelettes
• Environnement
•Aéroporté
Hôte
récepteur
Réservoirs des agents infectieux
• l'homme
• l'animal
• l'environnement (eau, air, surfaces)
d’où notions origines « endogène » ou
« exogène »
Modes de transmission
• par contact (directs
ou indirects)
• par voie aérienne
(gouttelettes,
aérosols)
• par l'intermédiaire
de vecteurs (ex :
insectes)
MERCI DE VOTRE ATTENTION