Le monde microbien - ifsi du chu de nice 2012-2015
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Le monde microbien K. RISSO – Interne Infectiologie/Pneumologie Objectifs de ce cours Au terme de ce cours l’étudiant devra être capable: De définir le terme « microbien » De définir les différents agents qu’il comporte De définir les réservoir de chacun de ces agents Les micro-organismes ? Micro-organisme : organisme visible au microscope Bactéries Virus Champignons Parasites Prions (ATNC) Les Bactéries structure d’une bactérie : Bactéries Dès l’arrivée au laboratoire : examen direct (parfois), résultat immédiat puis mise en culture, résultat >= 24h puis antibiogramme, résultat >= 48h Cocci Gram + Cocci Gram - Bacille gram + Bacille gram - Classification des bactéries Forme : Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram – Pouvoir respiratoire : Cocci Bacilles Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies Mobilité Les bactéries Morphologie variable selon les espèces: Sphérique (cocci) Allongée (bacille) Incurvée (vibrion) Spiralée (spirelle) Irrégulière (corynébactérie) Ramifiée (actinomycète) Bactéries aérobies: ont besoin d’oxygène pour se développer Bactéries anaérobies: se développent dans les milieux dépourvus d’oxygène Cocci gram + Staphylocoques Staphylocoque doré ( staphylocoque aureus : SA) Staphylocoque non doré ( staphylocoque coagulase négative, S. blanc, S. Epidermidis …) Streptocoques S. Pneumoniae (Pneumocoque) Autres streptocoques Entérocoque Cocci Gram + Cocci gram Neisseria (meningitidis, gonorrhoeae, neisseria) Bacilles gram + Corynébactéries Anaérobies: Clostridium (difficile, perfringens, tetani, botulinum) Bacilles gram Entérobactéries : Colibacille (E.coli...), Proteus (vulgaris, mirabilis), Serratia, Entérobacter, … Non entérobactérie Pseudomonas (dont P. aeruginosa = Pyocyanique) Acinetobacter Bacille gram - Principaux Germes des IN 85 % = BACTERIES ENTEROBACTERIES STAPHYLOCOQUES PYOCYANIQUES ENTEROCOQUES Mais TOUTE Bactérie peut être responsable Cas particuliers Bacille de Koch (aérien, endoscopies) Légionella (eau) Reservoirs 1014 bactéries / être humain 100 000 000 000 000 10 x plus que de cellules eucaryotes rhinopharynx : 108/ml colon : 1011/ml FLORES DE L'ENVIRONNEMENT Eau potable : 100 bact/ml Air : 100 à 100 000 bact/cm3 Sol : 106 à 107 bact/gr S aureus : S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)…. Clostridium difficile : Habitat : flore cutanée (nez, périné) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée…. Habitat : Flore digestive colite enterocoque Habitat : Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…) E coli : Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…) Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-muq…) Pseudomonas aeruginosa Habitat : Environnement Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… Acinetobacter baumannii : Habitat : Environnement / peau Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… Peau Flore résidente – flore transitoire Provenance : Autres mains, tube digestif, rhinopharynx, milieu extérieur / surfaces Bactéries : Staph coag nég, strepto, S.aureus (gites), anaérobies Naso-pharynx Staphylocoque doré Streptocoque pneumoniae autres streptocoques neisseria sp Donc surtout des Cocci Gram + Tube digestif Anaérobies (Bacteroïdes, Clostridium...) Entérobactéries (E.coli, P.mirabilis, K.pneumoniae, Enterobacter, Citrobacter, Serratia) Streptocoques Entérocoques Serratia sp P.aeruginosa Donc surtout des Bacille gram - Les bactéries Les mycobactéries mycobactérium tuberculosis mycobactérium non tuberculosis (avium, xenopi...) Bactérie atypiques: Chlamydia (pneumoniae, trachomatis), ureaplasma, mycoplasama pneumoniae Les bactéries anaérobies: clostridium, propionibacteries... Les virus Définition Micro-organismes visibles seulement au microscope électronique Taille: 0,2 à 0,3 µm Ils tirent leur énergie exclusivement du métabolisme de la cellule qu'ils infectent. Multiplication intracellulaire obligatoire Architecture des virus : le virus n’est pas une cellule, acaryotes (limite entre le vivant et le non vivant) . Ils ont tous : Une capside protéique Un acide nucléique (ARN ou ADN) Quelquefois : des glucides et des lipides Les virus VHB – VHC – VIH VRS Grippe : HxNy Autres Exemples de maladies virales : rougeole, oreillons, poliomyélite, rhume, varicelle, grippe, fièvre jaune, dengue, Chikungunya, SIDA Classification Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale Diagnostic : culture difficile (cellules), biologie moléculaire (PCR), sérologie Champignons Mousses, champignons, levures, moisissures Pas de photosynthèse, tous st hétérotrophes Eucaryote: plusieurs chromosomes Etres unicellulaire (levure) ou pluricellulaire (mycélium) qui appartiennent au règne végétal. Levures : Candida albicans…. Ch. filamenteux : Aspergillus Champignons Environnement : Aspergillus CHEZ l’IMMUNODEP. Pneumopathies Infections systémiques graves ISO Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés Parasites Définition: être vivant animal ou végétal qui pendant une partie ou la totalité de son existence vit aux dépends d’un autre organisme appelé Hôte. Les parasites de l’homme sont répartis en plusieurs classes : Les protozoaires : être unicellulaire doté de mouvement amibe, trypanosome, giardia, trichomonas, toxoplasme selon les cas il se déplace grâce à des plasmopodes (rhizopodes), des flagelles, une membrane ondulante ou des cils. Existent sous forme asexuée ou à potentiel sexué, mobile ou enkystée, intra ou extracellulaire Les métazoaires (vers). nématodes (vers ronds) trématodes (vers plats) cestodes (vers plats segmentés) Transmission : Soit directe sans l’intermédiaire d’un individu Soit indirecte, avec l’intervention d’un facteur extérieur qui se trouve soit au niveau de l’environnement ou soit un organisme actif comme un moustique. C’est un vecteur : c’est quelqu’un ou quelque chose qui transmet l’infection d’un individu à un autre. La pénétration du parasite se fait soit par voie trans-cutanée soit par voie buccale. Ectoparasites Ectoparasites : Ectoparasites : poux, gale, puces… Transmission inter-humaine (poux – gale…) Environnement : poux de poules…. Transmission – épidémie – traitement contraignant en cas d’épidémie Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC) Définition Il s'agit de particules infectieuses, non bactériennes, non virales, susceptibles de s'accumuler dans les cellules de l'hôte, principalement au niveau du système nerveux central, les organes lymphoïdes. Ces sont des protéines pathogènes résistantes, responsables d'une spongiose et d'une mort neuronale suivies de la mort du patient. Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC) Maladie de Creutzfeld Jacob Prions C’est la plus petite particule infectante connue décrite en 1982, constituée de protéines hydrophobes ne renfermant ni ADN ni ARN. De ce fait, les prions ne sont pas des virus. Ils sont responsables de certaines encéphalopathies à évolution lente (exemple de la maladie de la vache folle) . Iatrogène (hormone de croissance, neurochirurgie ...) Familiale Sporadique Nouveau variant (viande de boeuf)
