Bactéries multirésistantes : Surveillance épidémiologique et maîtrise

LES INFECTIONS ASSOCIEES AUX SOINS
ROLE DU LABORATOIRE DE MICROBIOLOGIE
DANS LA POLITIQUE DE MAITRISE
EN ETABLISSEMENT DE SOINS
Professeur Marie Laure Joly Guillou
Laboratoire de bactériologie-Hygiène
Présidente du CLIN
CHU Angers
Le laboratoire de
bactériologie est au
cœur du système
Bac de
prélèvements
Les BMR
Les dépistages
Écologie microbienne
Suivi des infections
Les alertes épidémies
BMR
?
Définies par le
CLIN
Bactéries responsables d’infections difficiles à traiter
en raison d’un faible nombre d’ATB actifs
Bactéries présentant des résistances à au moins
3 familles d’antibiotiques
2 types de BMR en fonction du niveau de l’implication
des soins dans la transmission
SARM
E-BLSE
A. baumannii
ERV
Entérobactéries Hproductrices de Case
P. aeruginosa S. maltophilia
Pourquoi ce choix ?
• Support de la résistance = plasmide
– Ex: BLSE des entérobactéries
Prévention de la dissémination
• Transfert épidémique
=
• Epidémie de souches + épidémie de plasmide
HYGIENE
• Support de la résistance = chromosome
– Mutation naturelle (10-7) + selection
Bon usage
– Ex: P. aeruginosa
et Fluoroquinolones
– Entérobactéries
hyper productrices de
DES ANTIBIOTIQUES
leur céphalosporinases naturelles et CTX
Qu’est il arrivé à nos BLSE ???
Apparition au milieu des années 80 (K. pneumoniae +++)
Épidémies loco-régionales +++ dans les années 90 (Kp puis E. aerogenes)
considérées comme secondaires (hors contexte épidémique) par rapport au SARM
Augmentation inquiétante depuis quelques années (E. coli +++, enzyme = CTX-M) :
A Bichat : incidence E-BLSE > incidence SARM en 2006
Evolution de la densité d’incidence pour 1000 JH - AP-HP
1,2
1
0,86
0,8
0,56
0,6
Tous h™pitaux SARM
Tous h™pitaux BLSE
0,4
0,2
0,47
0,12
0
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
ONERBA, RICAI- Paris 2008
Evolution des différentes espèces
d’entérobactéries βLSE :
C-CLIN Paris Nord – 1998 / 2007
2007
Année de surveillance
2006
E. coli
E. aerogenes
2005
Autres
2004
2003
2002
K. pneumoniae
2001
Autres entérobactéries
Proteus mirabilis
2000
Enterobacter cloacae
1999
Citrobacter koseri.
Citrobacter freundii
1998
Klebsiella oxytoca
Providencia
0%
20%
40%
60%
80%
Proportion des différentes espèces (%)
100%
Autre
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Savoir mettre en évidence les BMR dans les prélèvements cliniques
La recherche spécifique de BMR dans un prélèvement à visée clinique :
c’est du dépistage clinique destiné à répondre à un programme
« isolement »
Le bactériologiste répond aux demandes du programme du CLIN mais il
doit savoir ce qu’il compte
1-Comptabiliser les infections : selon les critères de 100 recommandations
cela évalue< 50% du réservoir BMR.
2-Comptabiliser les prélèvements cliniques (colonisations et infections)
avec toutes les réserves émises, pourrait évaluer 50 à 70% du réservoir
avec une variabilité très importante selon les habitudes bactériologiques
locales.
3- dépistage + colonisations + infections évalue plus de 90% du réservoir
avec une variabilité limitée. Méthodologie basée sur l’exhaustivité.
Doit-on dépister ?
Nouvelles recommandations nationales d’experts 2009
+
Sarm
EBLSE
Réa
MCO
épidémie installée
en cours séjours
Ab
Autres
SARM
SL
épidémie récente
VRE
Pae
SSR
faible incidence
+ patients à
risque
(JC Lucet)
Réa : dépistage entrée + hebdomadaire
MCO : cible
SSR : arrivée + départ en cours séjours
EBLSE « il ne peut pas y avoir une politique uniforme de dépistage comme dans les
années 90 il faut découper les situations et mettre en place un stratégie Un costume
pour chacun. » (V. Jarlier)
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Assurer le dépistage des BMR
Quel(s) prélèvement(s) ?
Les sites à prélever dépendent du type de BMR
SARM
Nez, plaies cutanées
/ escarres,
Rectum +/-
Milieux sélectifs
Commerciaux
ou « Maison »
Additionnés
d’antibiotiques
A. baumannii
E-BLSE
Ecouvillonage
rectal
Peau, rectum, gorge
GISA
SARM
Poolage ?
Avantage : dim. Coûts
Inconvénient : sensibilité.
VRE
Ecouvillonage
rectal
VRE
BLSE
Enrichissement en milieu liquide
Avantages
Augmentation
de la sensibilité
Inconvénients
Augmentation du délai
de rendu
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Assurer le dépistage des BMR : SARM
Référence
(culture)




SASM
+
+
-
-
-
SARM
+
+
+
+
+
Adapté à
1 test
individuel
+
-
+
(cher)
-
-
Série
+
+
-
+
+
15’
2h
1h15
3h
6h
Sensibilité
/
80%
100%
88%
44%
VPN
/
98 %
100%
94%
-
Temps
 Geneohm® (BD Diagnostic)
SARM /SASM /SCN /R met
PCR Q sur SCCmec & orfX
 Cepheid GeneXpert®
SCCmec mais pas mecA
PCR temps réel
 Hyplex staphyloResist® (I2a)
Multiplex PCR Elisa System
mecA - orfX
 BacLite (3M)
milieu cefoxitime bioluminescence
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Savoir mettre en évidence des mécanismes de résistance
• Mise en évidence des BLSE et différencier les céphalosporinases
• synergie entre C3G et acide clavulanique (AC).
Méthode de la double diffusion
Disques additionnés d’AC
Diamètre autour de C3G + inhibiteur ≥
Diamètre autour de C3G seul + 5mm
• Quand ? :
– Si sensibilité diminuée aux C3G pour les entérobactéries des groupes
1 et 2.
– Sensibilité diminuée au FEP pour les entérobactéries du groupe 3,
mais identification difficile si production associée de céphalosporinase
déréprimée.
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Savoir mettre en évidence de nouveaux mécanismes de résistance
IMP, FEP et CTX
CA
10
IMP, FEP et CTX
+ Acide Clav
K. pneumoniae: KPC-2 producing K. pneumoniae (France)*
*Ref: AAC 2005, 4423-24
ESBL + Résistance à Imipéneme; Inoculum dependant, test Ertapenem (CMI >8mg/l)
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Assurer le dépistage des BMR : donner une expertise
• Dans le compte rendu bactériologique
–
–
–
–
Spécifier la ou les BMR retrouvées
Leur site
La méthode utilisée
Ne jamais rendre d’antibiogramme
• Le résultat positif doit
être identifié spécifiquement
(logo, Phrase)
• Un résultat négatif n’exclut pas la possibilité
d’identifier ultérieurement une BMR
Le contrôle de qualité externe microbiologique
•
•
•
•
Mise en place en 2003 par le CCLIN Ouest
4 correspondants régionaux biologistes
Participation en 2003 et 2004 : 115 labos par année
Résultats : nombre de bonnes réponses pour les trois souches
proposées en 2004 .
Région
SAMS
SAMR
Enterobacter
aerogenes BLSE+
Basse Normandie
19/23
20/23
NC /23
Bretagne
25/30
25/30
28/30
Centre
22/28
24/27
20/28
Pays de Loire
26/34
31/34
27/34
Total
92 /115
soit 80 %
101 /115
soit 88 %
75/92
soit 81 %
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Surveiller les infections à partir du laboratoire
Il est indispensable de disposer d’un bon logiciel de gestion de laboratoire
Il est nécessaire de disposer d’un logiciel d’épidémiologie
Le logiciel peut sortir une masse de données qui permet
-d’identifier les infections (cribler sur les critères d’infection comme les
PNN et les seuils de culture)
-de suspecter les infections nosocomiales (prélèvement >48 h
d’hospitalisation)
-Pour une pathologie donnée
La validation doit se faire dans une collaboration entre les services
concernés, l’unité d’hygiène et le microbiologiste
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Savoir mettre en évidence les mécanismes de résistance
Pour cela le microbiologiste doit adhérer à un réseau qui lui permet de
contrôler la validité de ses techniques par l’intermédiaire de contrôles
de qualité annuels.
Réseau régionaux d’hygiène
Réseau interrégionaux (CCLIN)
Derniers résultats de l’inter région ouest : plus de 90% de résultats corrects
Mais tous les laboratoires ne participent pas
« Epidémie régionale» à
Acinetobacter baumannii βLSE
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE
Les épidémies
Participe à l’investigation de cas groupés d’infections nosocomiales
en jouant en 1er lieu son rôle d’alerte.
Identifie les cas microbiologiques
Met en place le dépistage au sein du laboratoire
Dès lors qu’une source ou un réservoir d’origine environnementale
est suspectée : légionelloses nosocomiales, infections à Acinetobacter
baumannii, infections à Pseudomonas aeruginosa, épidémie
persistantes à SARM….le bactériologiste propose les prélèvement
environnementaux nécessaires à l’investigation de l’épidémie.
Accompagne l’hygiéniste et les services clinique dans la gestion de
l’épidémie
Participe à l’évaluation de modifications de protocoles d’entretien
des locaux ou de traitement de matériel ….
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE DANS LA MAITRISE DES BMR
Réaliser un document d’écologie microbienne à disposition des
services cliniques 1 fois par an au moins
Objectif :
 Elaborer un document qui permette d’ouvrir la discussion entre
microbiologistes, cliniciens, unité d’hygiène et commission des antibiotiques

Identifier les problèmes de résistance et de BMR dans les services de
l’hôpital

Sensibiliser et former les cliniciens à l’épidémiologie et la maîtrise des BMR

Discuter chaque année les protocoles d’antibiothérapie de première intention
à partir de ces documents
Les taux de BMR
Les % de R aux principales familles d’antibiotiques des principales espèces
bactériennes
Distribution des bactériémies
Surveillance des infections sur des protocoles issus du CLIN mais rélisés à
partir du laboratoire
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE
Organiser les alertes microbiologiques destinées à l’unité d’hygiène
Tisse un lien organique entre la microbiologie et l’hygiène
clinique
Doivent être automatisées pour être rapide et efficaces
Concerne les évènements pour lesquels une action des
hygiénistes est à mettre en place
exemple :
isolement et Clostridium difficile
BMR
Episode épidémique
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE
Organiser les alertes microbiologiques
Selon le décret du 26 juillet 2001 et la circulaire du 22 janvier 2004
Le caractère rare ou particulier d’une bactérie impliquée dans une
infection dépend de l’écologie locale et de l’expertise du
bactériologiste.
Ex VRE, souche GISA, épidémie, Acinetobacter multi résistant, KPC
Les alertes informatives destinées aux cliniciens pour lesquelles
des mesures particulières sont prises :
Ex programme BMR
Elles peuvent être automatisées à partir du laboratoire ou du
système de gestion des admissions pour des patients réadmis
.
services
SG
admissions
Base
microbiologique
du 1er JANVIER
au
15/09/
09
et jusqu'au
29/09/
09
BLSE
Cl
os
dif
Aci.
Baum.
Pyo P11
SARM
BLSE
Cl
o
s
di
f
4
7
4
7
0
4
8
4
2
11
1
0
0
2
11
1
0
4
2
13
2
1
5
2
13
2
1
URGENCES PED
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
UMC PEDIATRIQUE
0
0
2
3
0
0
0
2
3
0
PEDIATRIE ONCO
2
3
1
2
3
2
4
1
2
3
MEDECINE E
1
0
6
3
0
2
0
6
3
0
PEDIATRIE 3e
1
0
5
0
1
1
0
6
0
1
NEO NAT
0
0
10
1
0
0
0
10
1
0
MEDECINE D
5
7
1
9
0
5
7
2
11
1
DERMATOLOGIE
0
3
14
3
1
0
3
15
3
1
RHUMATOLOGIE
0
0
3
3
0
0
0
3
3
0
MAL INFECTIEUSES
1
3
10
6
3
1
3
12
6
4
REA MEDICALE
3
3
14
14
2
4
3
14
22
2
CHIR VISCERALE
4
1
2
0
0
4
1
2
0
0
CHIR ENFANT
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
URGENCES
2
1
11
13
1
2
1
11
14
1
UROLOGIE
1
0
3
3
0
1
0
4
3
0
ORL CCF
0
1
3
0
0
0
1
3
0
0
DCO
4
1
4
2
0
4
1
4
2
0
COG
2
0
2
3
0
2
0
2
3
0
REA CHIR A
6
2
1
3
1
6
2
1
3
1
Aci.
Baum
.
Pyo P11
SARM
MEDECINE A
5
0
D EDN
0
DMIG
Alerte
BLSE
LE ROLE DU MICROBIOLOGISTE ENVIRONNEMENTAL
Un programme annuel de prélèvements « de routine »
Surveillance de la qualité microbiologique de l’eau : eau
chaude (légionelles), eau froide alimentaire, eau pour soins
standard, eau de lavage chirurgical des mains, eau de
rinçage de matériel, eau de laveur désinfecteur
d’endoscope….
Surveillance de la qualité du traitement d’air dans les blocs
opératoires, la salle de conditionnement de la stérilisation,
les secteurs prenant en charge les patients
d’hématologie……
Surveillance de la qualité du bio-nettoyage des surfaces
dans les blocs opératoires, les secteurs de production
centralisée de nutrition parentérale…
Surveillance de la qualité du traitement des endoscopes non
autoclavables….
EOH
Laboratoire de
microbiologie
clinique
Communication des résultats
non conformes
d
Validation
programme
Laboratoire de microbiologie
environnementale
CLIN
Mise en commun de techniques,
matériel, ± personnel…
Bilan annuel
Prélèvements en fonction
du programme
défini (routine) +
circonstances particulières
Communication des
résultats non conformes
Demandes
ponctuelles
Services
Techniques
Interventions (réseau d’eau, systèmes de
traitement de l’air,…)
Interventions, évaluation
des pratiques
Services cliniques
Système
d’information