Construcción y Evaluación de Modelos Bioinformáticos de Diagnóstico y Pronóstico

Construcción y Evaluación de
Modelos Bioinformáticos de
Diagnóstico y Pronóstico
Intelligent Systems Group
Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial
Departamento de Arquitectura y Tecnología de Computadores
Osasunari Aplikatutako Teknologia eta Adimena
Tecnología y Conocimiento Aplicado a la Sanidad
Bilbao, 14 de Diciembre, 2010
Unibertsitate-Enpresa Sektore Topaketa
Encuentro Sectorial Universidad-Empresa
Recursos humanos
2 Catedráticos
4 Profesores
1 Investigador
Ikerbasque
4 Investigadores post-doctorales
14 Estudiantes de doctorado
Tecnología y Conocimiento Aplicado a la Sanidad
Bilbao, 14 de Diciembre de 2010
Recursos computacionales
Cluster de cómputo DELL
389 procesadores
1.032 Gigas de memoria
8 Teras de disco
Tecnología y Conocimiento Aplicado a la Sanidad
Bilbao, 14 de Diciembre de 2010
Areas metodológicas
MINERIA DE DATOS:
OPTIMIZACION:
Modelos probabilísticos
Modelos clasificatorios
Selección de atributos
Clustering
...
Métodos heurísticos
Algrítmos genéticos
Algorítmos de estimación de
distribuciones
...
COMPUTACION EFICIENTE:
Paralelización de código
Scheduling
Plataformas alternativas (Cloud computing, GPGPU, ...)
...
Tecnología y Conocimiento Aplicado a la Sanidad
Bilbao, 14 de Diciembre de 2010
Aplicaciones en biomedicina
Modelos para diagnóstico
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Expresión de miRNAs en esclerosis múltiple (Biodonostia)
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Expresión génica en distrofia muscular (Biodonostia)
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Expresión génica en demencia fronto-temporal (Biodonostia)
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Expresión génica en cancer de colon (Gaiker)
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Diagnóstico en base a SNPs (UCLA)
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Bilbao, 14 de Diciembre de 2010
Aplicaciones en biomedicina
Predicción del pronóstico
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Implantación de embriones (Hospital Donostia y Clínica del
Pilar)
Meningococcemia (Hospital nuestra Señora de Aránzazu)
Cirrosis con hipertensión portal (Clínica Universitaria de
Navarra y Osakidetza)
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Crohn y colitis ulcerosa (Progenika)
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Esclerosis múltiple (Progenika)
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Bilbao, 14 de Diciembre de 2010
Aplicaciones en biomedicina
Otras aplicaciones
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Predicción de genes asociados a enfermedad y cancer
(PRBB y Universidad Pompeu Fabra)
Lupus Eritematoso Sistémico (Departamento de genética EHU)
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Predicción de tag SNPs (UCSD)
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Inferencia de haplotipos
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Bilbao, 14 de Diciembre de 2010
Colaboraciones
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UCSD
Clínica del Pilar
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UCLA
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Clínica Universitaria de Navarra
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PRBB – Universidad Pompeu Fabra
Departamento de Genética de la UPV
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Gaiker
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Progenika
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Hospital Donostia
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También formamos parte de:
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Instituto de Investigación Biodonostia
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COMBIOMED: Red temática de investigación en biomedicina computacional
Información:
http://www.sc.ehu.es/isg
Contacto:
Jose A. Lozano ([email protected])
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Bilbao, 14 de Diciembre de 2010