Expérience lilloise de la détection des mutations somatiques par
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Détection de mutations somatiques par séquençage haut débit Martin Figeac Plate-forme de génomique fonctionnelle et structurale Service commun de l'Université de Lille 2 IFR114 – IMPRT Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille 1 place de Verdun 59045 Lille Cedex The mutational landscape of the cancer genome (Wood et al) 3 AML Acute myeloid leukemia (AML) : a relatively rare cancer. Incidence of AML increases with age median age at diagnosis : 63 years. 0.7 to 3.9 cases per 100 000 between 0 and 60 years 6.7 to 19.2 cases per 100 000 above 60 years 1.2% of all cancer deaths in Western Countries AML : most common acute leukemia in adults (about 90%) may occur as a secondary cancer after chemotherapy or irradiation (t-AML) (10–20% of all cases of AML) Remission induction rates range from 50 to 85% Long-term disease-free survival occurs in 20 to 40% of patients 40 to 50% in younger patients more aggressive chemotherapy eligible for stem cell transplantation (SCT). Basic AML induction regimen includes cytarabine (ara-C) and anthracyclins. Prognosis factors and AML pretherapy Clinical and biological Molecular Findings • Age Genes Mutations : FLT3 RAS CEBPA P53 c.Kit NPM1 Genes overexpression BAALC ERG, MN1 •Leucocytosis • Cytogénétic findings • “FAB” + DMP • 2nd VS de novo chemosensitivity • RC • Pharmacogenomics • Drug transporter (MDR) • MRD Microarrays: GEP CGH SNP µRNA Cytogenetics Prognosis category Prognosis Groups Favourable 25-30% inv(16)/t(16;16) (10%) t(8;21) (10%) t(15;17) (5-10%) Intermédiary 60% Karyotype normal (40-50%) toutes les autres anomalies dont les t(9;11) Unfavourable 10-15% Slovak et al. Blood 2000 ; 96 : 4075. SWOG-ECOG Chromosomal abnormalities -5/5q-, -7/7q-, 3q26,t(6;9), t(9;22) Complex Karyotypes (≥ 3 or 5 abnormalities) (10-15%) 11q23/MLL except t(9;11) (510%) Novembre 2008, Nature Tumoral : 98 runs, 32.7x Normal : 34 runs, 13.9x 7 Tumoral : 16.5 runs (23.3x) Normal : 13.125 runs (21.3x) Tier 1 : CDC42 NRAS (9%) IDH1 (8%) IMPG2 ANKRD26 LTA4H FREM2 C10Orf62 SRRM1 PCDHA6 CEP170 NPM1 (24%) Tier2 : 1/52 validée sur la cohorte indépendante Septembre 2009 8 9 Études des variations du nombre de copies 10 Plate-Forme de Génomique 11 Plate-Forme de Génomique 12 Plate-Forme de Génomique 13 Délétion de 5pb 14 15 16 17 18 19 20 21 22 Séquençage de populations cellulaires GAIIx/SOLiD 3 SOLiD4 SOLiD 5500XL taux d'erreur # erreurs 3Gb 30x 2% 1.8 milliards 0.06% 54 millions 0.01% 9 millions p-value 1 variant 30x p-value 3 variants 30x ½ 0.02 0.02 8.10-7 0.003 4.10-9 0.08 1 1.10-7 ½ p-value 10 variants 10000x p-value 10 variants 100000x 23 Séquençage de populations cellulaires GAIIx/SOLiD 3 SOLiD4 SOLiD 5500XL taux d'erreur # erreurs 3Gb 30x 2% 1.8 milliards 0.06% 54 millions 0.01% 9 millions p-value 1 variant 30x p-value 3 variants 30x ½ 0.02 0.02 8.10-7 0.003 4.10-9 0.08 1 1.10-7 ½ p-value 10 variants 10000x p-value 10 variants 100000x 24 Quantification de la maladie résiduelle Janus Kinase 2 mutations in SMP NPM1 mutations in LAM 25 Maladie résiduelle et JAK2 26 Barcode 11 : 12% Barcode 9 : 1% 27 Le réarrangement V(D)J, un marqueur non spécifique 28 Le réarrangement V(D)J, des marqueurs non spécifiques 29
