12.CORRECTION Flore commensale

AIH - Flore commensale, opportuniste, saprophyte, les réservoirs de microorganismes à l’hôpital, les infections nosocomiales
23/04/2014
ROZALEN William L2
Agents infectieux, hygiène, aspects généraux
Professeur P.E. Fournier
Relecteur 2
6 pages
Flore commensale, opportuniste, saprophyte, les réservoirs de microorganismes à l’hôpital,
les infections nosocomiales
Bonnes nouvelles : cette année, pas de question à point négatif en AIH aux examens : les mauvaises réponses
rapportent un 0 au lieu de -1 ! En plus il n'y a qu'un petit ronéo de 6 pages en AIH cette semaine.
Danse de la victoire !
A. Flore bactérienne
I. Bactéries commensales
Ce sont des bactéries colonisant l'homme sans être pathogènes. Elles vivent au contact du revêtement
cutanéo-muqueux d'un hôte sans entraîner d'infection. Elles jouent un rôle dans les défenses du corps humain.
Les bactéries commensales proviennent soit de l'environnement, soit d'autres hôtes (ces bactéries sont
incapables de survivre en dehors de l'hôte).
Cette flore est diversifiée et ces bactéries ne sont pas pathogènes sauf en cas de geste invasif. On les trouve :
–dans la sphère oro-pharyngée (Streptococcus sp.),
–sur le revêtement cutané (Staphylococcus sp. , Propionibacterium sp. , corynébactéries)
–dans le tube digestif : entérobactéries (anaérobies)
–flore génitale : Lactobacillus sp. (anaérobies)
La composition de cette flore varie en fonction de l’âge.
Un être humain c'est 10
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cellules eucaryotes pour 10
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cellules microbiennes. Vivre avec cette flore
commensale est une obligation et une nécessité. La flore commensale se localise en majorité dans le tube
digestif (10
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à 10
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bactéries par gramme de selle).
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Plan
A. Flore bactérienne
I. Les bactéries commensales ou résidentes
II. Les bactéries opportunistes
III. Les bactéries saprophytes
B. Hygiène hospitalière
I. Les infections nosocomiales
II. Le CLIN

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II. Bactéries opportunistes
Les bactéries opportunistes ne donnent pas de maladie chez les sujets sains, mais peuvent devenir pathogènes
chez les sujets immunodéprimés.
Ce sont des bactéries environnementales ou commensales de la peau et des muqueuses de l'homme qui suite à
une immunodépression ou antibiothérapie sont sélectionnées et prolifèrent.
Toute bactérie commensale ou environnementale peut devenir opportuniste : Pseudomonas sp., Acenetobacter
sp., Legionella pneumophilia...
III. Bactéries saprophytes
Les bactéries saprophytes vivent aux dépens d'un hôte. Elles se nourrissent de matières organiques mortes et
participent à leur dégradation. Un germe saprophyte vit habituellement dans l'organisme sans être pathogène
(peau, tube digestif, flore vaginale).
Elles sont susceptibles de devenir pathogènes en cas d'immunodépression. Certaines bactéries (par ex :
staphyloccoque doré) peuvent être à la fois saprophytes, commensales et pathogènes.
B. Hygiène hospitalière
Semmelwels (médecin hongrois) a posé les bases de l'hygiène hospitalière au XIXème siècle. Au cours de ses
études de médecine dans un service de gynéco-obstétrique : il y avait 2 services dédiés aux accouchements :
l'un était assuré par les sages-femmes tandis que l'autre était assuré par des étudiants en médecine. Et selon le
service, les taux de mortalité étaient très différents : près de 100% pour les étudiants en médecine, contre des
taux plus normaux pour l'époque pour les sages-femmes. Il s'est aperçu que les étudiants en médecine faisaient
les accouchements juste après les autopsies de cadavres (alors que les sages-femmes ne faisaient pas d'autopsie,
d'où les mortalités plus basses). Il eut l'idée des solutions chlorées à base de citron pour les mains, ce qui
améliora bien les conditions d'accouchement dans cet hôpital et lui apporta une certaine célébrité en jetant les
bases de l'antisepsie.
I. Les infections nosocomiales
Une infection nosocomiale est une infection acquise à l'hôpital, qui n'est ni en incubation, ni présente à
l'admission. Elle peut être secondaire ou pas à un acte invasif. Les infections nosocomiales concernent tout
soin médical (celles survenant dans un cabinet de médecine générale aussi par exemple).
Le délai en hospitalisation d'apparition des signes d'une infection est généralement de 48h.
2 particularités : Les patients opérés en chirurgie : en l'absence de matériel prothétique, on considère qu'une
infection est nosocomiale si elle se développe jusqu'à 30 jours après le geste. En cas de prothèse ou d'implant,
l'infection nosocomiale peut se développer 1 an après le geste (parfois beaucoup plus : un patient a développé
une infection 6 ans après une opération, à cause de plafonds imbibés d'eau et d'aspergillus dans la salle de
réanimation.)
Le taux de prévalence des infections nosocomiales en France est de 4-6%, avec environ 800 000 cas/an. On
dénombre 8000 à 9000 décès/an, dont 4000 dont le pronostic vital n'était pas engagé avant (nombre
probablement sous-estimé à cause des bactériémies sur cathéter).
A Marseille, il y a moins de 2000 infections nosocomiales par an (soit 1,7 cas pour 1000 admissions), ce qui
représente 20 à 30 décès par an.
Ces infections nosocomiales sont essentiellement urinaires (40%), mais elles peuvent aussi être pulmonaires
(20%), dépendantes du site opératoire (18%), sur cathéter (6%), ou autre...
Ces chiffres ne sont pas à retenir :il faut juste savoir que les infections urinaires sont les plus courantes.
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La gestion du risque infectieux hospitalier consiste à connaître les acteurs, les réservoirs, les modes de
transmission, les facteurs de risque...
Les protagonistes sont les malades, le matériel médical, l'équipe médicale et l'hôpital lui même.
•Les réservoirs des microorganismes : on distingue l'environnement inanimé de l'environnement animé.
L'environnement inanimé comprend :
–Locaux : En pratique peu d'infections nosocomiales sont liées aux locaux eux-mêmes, à un détail près :
le travail sur faux plafond. Les faux plafonds ne sont pas bien entretenus. S'accumule ainsi une
poussière remplie de champignons filamenteux (surtout Aspergillus sp.).
On trouve aussi des bactéries (P. aeruginosa, entérobactéries) ou des virus (rotavirus, calicivirus,
astrovirus, adénovirus, virus respiratoire syncytial). Retenir surtout Aspergillus.
–Matériel médical : On tend à utiliser le plus souvent possible du matériel stérile à usage unique. Le
problème qui persiste est sur le matériel non stérilisable. Il y a des problèmes avec les endoscopes (qui
ne peuvent pas être stérilisés) et nécessitent des protocoles de désinfection très stricts qui ne sont pas
toujours respectés : des problèmes se posent en particulier avec les prions qui causent des maladies
neurodégénératives. Les prions sont très contagieux et des mesures d'isolement sont prises en cas de
suspicion de prion.
–Savon : Le Savodoux (flacon rose) utilisé pendant longtemps n'était pas antiseptique . Il a été à l'origine
d'épidémie d'infection à Serratia sp. (bactérie à Gram-). Ce savon était très sale et contaminé. Par
mesure d'économie, on achetait 10 flacons pour une pompe. Ainsi, une pompe contaminée transmettait
le germe à tous les flacons...
–Blouses : Pour que les choses soient bien faites, on devrait disposer d'une blouse par jour.
Malheureusement c'est impossible (sauf dans quelques services : bloc opératoire ou service de
réanimation). Ces blouses constituent un grand réservoir de micro-organismes.
–Eau : Dans l'eau, les bactéries trouvent un allié inattendu : les amibes qui se comportent un peu comme
des macrophages. Les bactéries associées aux amibes sont multiples : Legionella pneumophilia surtout
et d'autres (moins importantes) La protection se fait par enkystement : la bactérie est à l'intérieur de
l'amibe et la menace thermique ou chimique utilisée habituellement pour purifier l'eau (Chlore ou
réchauffement) ne les atteint pas... Dans l'idéal il faut qu'il y ait peu/pas de Legionella dans l'eau de la
ville. Hors il y en a beaucoup dans le réseau d'eau de l'hôpital : réservoirs, eau chaude, réseau vieux
(tartre, biofilm), réseau mal conçu (bras morts : l'eau ne circule pas et permet le développement
d'amibes et de légionelle), système de décontamination insuffisant (chlore)...
–Air : Réservoir de champignons filamenteux. 2 épisodes malheureux : 2 cas d'infections Aspergillus à
Marseille : une fois dans un bloc de chirurgie cardiaque à cause d'une contamination de la ventilation.
Une autre lors de l'ouverture du pavillon étoile, la ventilation n'était pas correcte et plusieurs cas
d'aspergillose se sont déclarés.
La secousse des draps peut propager des staphylocoques dorés dans l'air.
–Alimentation : La fabrication est standardisée, des contrôles réguliers sont effectués pour éviter les
défauts de préparation ou de conservation. Les pathogènes disponibles dans l’alimentation sont
Salmonella, Shigella, E. coli entéropathogène, S. aureus, des calicivirus, des astrovirus, le virus de
l'hépatite A...
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L'environnement animé se compose des :
–Patients non infectés (porteurs d'une flore commensale sensible aux antibiotiques). Une colonisation
par la flore hospitalière s'effectue en 72h (aussi appelée flore transitoire). Ces bactéries portent des
gènes de résistance aux antibiotiques. 30% de la population porte S. aureus (le plus souvent de façon
asymptomatique) dans le tube digestif, le nez, les aisselles, l'aine... Un malade porteur de S. aureus ne
présente pas trop de risque en l'absence de chirurgie...
La vésicule biliaire peut porter Salmonella.
L'utilisation d'antibiotiques contribue à la sélection de microorganismes (C. difficille, P. aeruginosa).
Il y a aussi une augmentation de la charge bactérienne digestive.
Ces patients sont des réservoirs pour eux-mêmes et pour les autres.
–Patients infectés : plaie infectée, grippe, CMV, rotavirus, tuberculose, Salmonella, Shigella, E. coli
entéropathogène, etc.
–Familles qui sont porteuses d'une flore communautaire. A condition qu'ils respectent les règles
d'isolement il n'y a pas de souci... Certains sujets sont infectés par le rhume, la grippe, la rougeole.
–Le personnel soignant. Nous sommes porteurs de S. aureus, ainsi que d'une flore hospitalière. Il y a un
grand rôle des mains (qui contribuent à 90% des infections nosocomiales). Il y a des défauts de
vaccination (grippe et rougeole ne sont pas des vaccins obligatoires).
–Animaux, et en particulier la sangsue médicinale (Hirudo medicinalis) utilisée en microchirurgie (et
chirurgie plastique surtout) car elle produit l'un des plus puissants anticoagulants connus. Lors d'une
reconstruction d'un doigt par exemple, les chirurgiens ne peuvent pour des raisons pratiques mettre en
route que la circulation artérielle. Le greffon est alors suralimenté en sang artériel et va gonfler
provoquant une nécrose de l'artériole. On peut scarifier ou utiliser la sangsue pour drainer le sang. Elle
n'est pas douloureuse et l'anticoagulant permet de ne pas nécroser le greffon. Le souci, c'est que
Aeromonas hydrophila se situe dans le tube digestif de la sangsue (ces 2 organismes sont symbiotes) et
il peut ainsi y avoir des infections du patient à cette bactérie.
II. Le CLIN
Le Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales est obligatoire depuis 1988 dans toutes les structures
hospitalières privées ou publiques.
Les attributions essentielles de ce comité sont les suivantes :
–Organisation de la surveillance permanente des infections dans l’hôpital, au moyen de méthodes
épidémiologiques adaptées,
–Encouragement et encadrement des actions de prévention contre l’infection hospitalière,
–Diffusion de l’information sur les infections nosocomiales,
–Recommandations de conduites à tenir (protocoles de soins, protocoles d’antibioprophylaxie ou
d’antibiothérapie),
–Expertise technique auprès de l’administration de l’hôpital (choix des équipements, avis sur les travaux,
méthodes et produits d’entretien, choix du matériel à usage médical, …),
–Réactivité, capacité d’intervention en réponse aux résultats, aux cas démontrés, à la demande des
services.
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Le CLIN publie les précautions standards :
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