Flore bactérienne, infections nosocomiales : cours d'AIH

AIH - Flore commensale, opportuniste, saprophyte, les réservoirs de microorganismes à l’hôpital, les
infections nosocomiales
18/05/16 (10h-11H)
PERASSE Ninon L2
CR : Juliette Phélip
AIH
Professeur P.E Fournier
6 pages
Flore commensale, opportuniste, saprophyte, les réservoirs de microorganismes à l’hôpital, les infections
nosocomiales
A. Flore bactérienne
I. Bactéries commensales
Les bactéries commensales sont des bactéries vivant au dépend de l’homme sans être pathogènes. Elles vivent
au contact du revêtement cutanéo-muqueux d’un hôte. Les bactéries commensales proviennent soit de
l’environnement, soit d’autres hôtes (bactéries en principe incapables de survivre en dehors d’un hôte).
Cette flore est diversifiée et ces bactéries ne sont pas pathogènes sauf en cas de geste invasif.
On les trouve :
•Dans la sphère oro-pharyngée (Streptococcus sp.),
•Sur le revêtement cutané (Staphylococcus epidermidis,Propionibacterium sp (responsable de l’acné,
peut devenir opportuniste lors de la pose d’implants). , corynébactéries)
•Dans le tube digestif : entérobactéries (anaérobies)
•Flore génitale :Lactobacillus sp., bactéries anaérobies. Permet la colonisation du nouveau né lors
d’accouchement par voie basse.
La composition de cette flore varie en fonction de l’âge.
Un être humain c'est 10^14 cellules eucaryotes pour 10^15 cellules microbiennes. Vivre avec cette flore
commensale est une obligation et une nécessité. La flore commensale se localise en majorité dans le
tube digestif (10^9 à 10^12 bactéries par gramme de selles).
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Plan
A. Flore bactérienne
I. les bactéries commensales ou résidentes
II. Les bactéries opportunistes
III. Les bactéries saprophytres
B. Hygiène hospitalière
I. les infections nosocomiales
II. le CLIN

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infections nosocomiales
II. Bactéries opportunistes
Les bactéries opportunistes ne donnent pas de maladie chez les sujets sains, mais peuvent devenir pathogènes
chez les sujets immunodéprimés.
Ce sont des bactéries environnementales ou commensales de la peau et des muqueuses de l'homme qui suite à
une immunodépression ou antibiothérapie sont sélectionnées et prolifèrent.
Toute bactérie commensale ou environnementale peut devenir opportuniste : Pseudomonas sp. (principal
agent qui infecte les enfants atteint de mucovicidose), Acenetobacter sp., Legionella pneumophilia...
III. Bactéries saprophytes
Les bactéries saprophytes vivent aux dépend d'un hôte. Elles se nourrissent de matières organiques mortes et
participent à leur dégradation. Un germe saprophyte vit habituellement dans l'environnement et la plupart sont
inoffensives pour l’homme.
Elles sont susceptibles de devenir pathogènes en cas d'immunodépression (Aspergillus sp.), CR : ou
d'inoculation trans-cutané (Clostridium tetani).
Certaines bactéries (par ex : staphyloccoque doré) peuvent être à la fois saprophytes, commensales et
pathogènes.
B. Hygiène hospitalière
Semmelwels (médecin hongrois) a posé les bases de l'hygiène hospitalière au XIXème siècle. Au cours de ses
études de médecine dans un service de gynéco-obstétrique : il y avait 2 services dédiés aux accouchements :
l'un était assuré par les sages-femmes tandis que l'autre était assuré par des étudiants en médecine. Et selon le
service, les taux de mortalité étaient très différents : près de 100% pour les étudiants en médecine, contre des
taux plus normaux pour l'époque pour les sages-femmes. Il s'est aperçu que les étudiants en médecine faisaient
les accouchements juste après les autopsies de cadavres (alors que les sages-femmes ne faisaient pas d'autopsie,
d'où les mortalités plus basses). Il eut l'idée des solutions chlorées à base de citron pour les mains, ce qui
améliora bien les conditions d'accouchement dans cet hôpital et lui apporta une certaine célébrité en jetant les
bases de l'antisepsie.
I. Les infections nosocomiales
Une infection nosocomiale (ou associée aux soins) est une infection acquise à l'hôpital, qui n'est ni en
incubation, ni présente à l'admission. Elle peut être secondaire ou pas à un acte invasif. Les infections
nosocomiales concernent tout soin médical (celles survenant dans un cabinet de médecine générale aussi par
exemple).
Le délai en hospitalisation d'apparition des signes d'une infection est généralement de 48h (ou plus) (CR : Une
infection peut donc être nosocomiale seulement si elle se développe au delà de 48h après l'entrée à l’hôpital)
On distingue 2 particularités concernant les patients opérés en chirurgie :
–En l'absence de matériel prothétique, on considère qu'une infection est nosocomiale si elle se
développe jusqu'à 30 jours après le geste.
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–En cas de prothèse ou d'implant, l'infection nosocomiale peut se développer 1 an après le geste
(parfois beaucoup plus : un patient a développé une infection 6 ans après une opération, à cause de plafonds
imbibés d'eau et d'aspergillus dans la salle de réanimation.)
Épidémiologie :
Le taux de prévalence des infections nosocomiales en France est de 4-6% de toutes les hospitalisation, ce qui
correspond à environ 800 000 cas par an. On dénombre 8000 à 9000 décès par an, dont 4000 dont le pronostic
vital n'était pas engagé avant (nombre probablement sous-estimé à cause des bactériémies sur cathéter).
A Marseille, il y a moins de 2000 infections nosocomiales par an (soit 1,7 cas pour 1000 admissions), ce qui
représente 20 à 30 décès par an.
Ces infections nosocomiales sont essentiellement urinaires (40%), mais elles peuvent aussi être pulmonaires
(20%), dépendantes du site opératoire (18%), sur cathéter (6%), ou autre...
Ces chiffres ne sont pas à retenir : il faut juste savoir que les infections urinaires sont les plus courantes.
La gestion du risque infectieux hospitalier consiste à connaître les acteurs, les réservoirs, les modes de
transmission, les facteurs de risque...
Les protagonistes sont les malades, les microbes, le matériel médical et les médicaments, l'équipe médicale et
l'hôpital lui même.
Les réservoirs des microorganismes : on distingue l'environnement inanimé de l'environnement animé.
•L'environnement inanimé comprend :
- Locaux : En pratique peu d'infections nosocomiales sont liées aux locaux eux-mêmes (le ménage fait à
l’hôpital suffit à éliminer les risques), à un détail près : les travaux sur faux plafond. Les faux plafonds ne sont
pas bien entretenus. S'accumule ainsi une poussière remplie de champignons filamenteux (surtout Aspergillus
sp.). On trouve aussi des bactéries (P. aeruginosa, entérobactéries) ou des virus (rotavirus, calicivirus,
astrovirus, adénovirus, virus respiratoire syncytial (VRS)). Retenir surtout Aspergillus.
- Matériel médical : Peut être contaminé par n’importe quel type de micro-organisme
ho sp it a li e r. Problème : défaut de lavage, de stérilisation (si stérilisable), défaut de stockage (humidité,
poussière), défaut d’utilisation et défaut de traçabilité (histoire des endoscopes). On tend à utiliser le plus
souvent possible du matériel stérile à usage unique. Le problème qui persiste est sur le matériel non
stérilisable. Il y a des problèmes avec les endoscopes (qui ne peuvent pas être stérilisés) et nécessitent des
protocoles de désinfection très stricts qui ne sont pas toujours respectés : des problèmes se posent en
particulier avec les prions qui causent des maladies neurodégénératives. Les prions sont très contagieux et
des mesures d'isolement sont prises en cas de suspicion de prion.
-Savon : il est la cible de microorganismes à tropisme hydrique. Le Savodoux (flacon rose) utilisé
pendant longtemps n'était pas antiseptique. Il a été à l'origine d'épidémie d'infection à Serratia sp. (bactérie à
Gram-). Ce savon était très sale et contaminé. Par mesure d'économie, on achetait 10 flacons pour une
pompe. Ainsi, une pompe contaminée transmettait le germe à tous les flacons...
-Blouses : peuvent être contaminées par tous les types de microorganisme hospitalier. Pour que les
choses soient bien faites, on devrait disposer d'une blouse par jour. Malheureusement c'est impossible (sauf
dans quelques services : bloc opératoire ou service de réanimation).
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-Eau : Dans l'eau, les bactéries trouvent un allié inattendu : les amibes qui se comportent un peu
comme des macrophages. Les bactéries associées aux amibes sont multiples : Legionella pneumophilia surtout
et d'autres (moins importantes) La protection se fait par enkystement : la bactérie est à l'intérieur de
l'amibe et la menace thermique ou chimique utilisée habituellement pour purifier l'eau (Chlore ou
réchauffement) ne les atteint pas... Dans l'idéal il faut qu'il y ait peu/pas de Legionella dans l'eau de la ville.
Hors il y en a beaucoup dans le réseau d'eau de l'hôpital : réservoirs, eau chaude, réseau vieux (tartre,
biofilm), réseau mal conçu (bras morts : l'eau ne circule pas et permet le développement d'amibes et de
légionelle), système de décontamination insuffisant (chlore)...
-Air : champignons filamenteux (Aspergillus sp.). 2 épisodes malheureux : 2 cas d'infections
Aspergillus à Marseille : une fois dans un bloc de chirurgie cardiaque à cause d'une contamination de la
ventilation. Une autre lors de l'ouverture du pavillon étoile, la ventilation n'était pas correcte et plusieurs cas
d'aspergillose se sont déclarés. La secousse des draps peut propager des staphylocoques dorés dans l'air.
CR : Il y a peu de contamination par l'air qui aboutissent à des infections nosocomiales.
- Alimentation : La fabrication est standardisée, des contrôles réguliers sont effectués pour éviter
les défauts de préparation ou de conservation. Les pathogènes disponibles dans l’alimentation sont Salmonella,
Shigella, E. coli entéropathogène, S. aureus, Calicivirus, Astrovirus, le virus de l'hépatite A (VHA)...
CR : Aujourd'hui il n'y a plus de cuisine dans les hôpitaux, donc moins de problèmes.
•L'environnement animé se compose des :
-Patients non infectés (porteurs d'une flore commensale sensible aux antibiotiques). Une
colonisation par la flore hospitalière s'effectue en 72h (aussi appelée flore transitoire). Ces bactéries
portent des gènes de résistance aux antibiotiques : CR : Cette flore a la caractéristique d'être composée de
micro-organismes plus pathogènes et plus resistants. 30% de la population porte S. aureus (le plus souvent de
façon asymptomatique) dans le tube digestif, le nez, les aisselles, l'aine... Un malade porteur de S. aureus ne
présente pas trop de risque en l'absence de chirurgie...
La vésicule biliaire peut porter Salmonella.
L'utilisation d'antibiotiques contribue à la sélection de microorganismes (C. difficille, P. aeruginosa).
Il y a aussi une augmentation de la charge bactérienne digestive. Ces patients sont des réservoirs pour eux-
mêmes et pour les autres.
-Patients infectés : plaie infectée, grippe++, CMV, rotavirus, tuberculose, Salmonella, Shigella, E.
coli, entéropathogène, etc. CR : Il y a mise en place de mesures d'isolement.
-Familles qui sont porteuses d'une flore communautaire. A condition qu'ils respectent les règles
d'isolement il n'y a pas de souci... Certains sujets sont infectés par le rhume, la grippe, la rougeole.
-Le personnel soignant. Nous sommes porteurs de S. aureus, ainsi que d'une flore hospitalière. Il y a
un grand rôle des mains (qui contribuent à 90% des infections nosocomiales). Il y a des défauts de
vaccination notamment contre la grippe et la rougeole qui ne sont pas des vaccins obligatoires.
-Animaux, et en particulier la sangsue
médicinale (Hirudo medicinalis) utilisée en microchirurgie
(et chirurgie plastique surtout) car elle produit l'un des plus puissants anticoagulants connus. Lors d'une
reconstruction d'un doigt par exemple, les chirurgiens ne peuvent pour des raisons pratiques mettre en route
que la circulation artérielle. Le greffon est alors suralimenté en sang artériel et va gonfler provoquant une
nécrose de l'artériole. On peut scarifier ou utiliser la sangsue pour drainer le sang. Elle n'est pas douloureuse
et l'anticoagulant permet de ne pas nécroser le greffon. Le souci, c'est que Aeromonas hydrophila se situe
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dans le tube digestif de la sangsue (ces 2 organismes sont symbiotes) et il peut ainsi y avoir des infections du
patient à cette bactérie.
II. Le CLIN
Le Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales est obligatoire depuis 1988 dans toutes les structures
hospitalières privées ou publiques.
Les attributions essentielles de ce comité sont les suivantes :
–Organisation de la surveillance permanente des infections dans l’hôpital, au moyen de méthodes
épidémiologiques adaptées
–Encouragement et encadrement des actions de prévention contre l’infection hospitalière,
–Diffusion de l’information sur les infections nosocomiales,
–Recommandations de conduites à tenir (protocoles de soins, protocoles d’antibioprophylaxie ou
d’antibiothérapie),
–Expertise technique auprès de l’administration de l’hôpital (choix des équipements, avis sur les travaux,
méthodes et produits d’entretien, choix du matériel à usage médical, …),
– Réactivité, capacité d’intervention en réponse aux résultats, aux cas démontrés, à la demande
des services.
Le CLIN publie les précautions standards : CR : Pour tout le personnel, pour tout patient
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