Canevas de demande d’habilitation d’une offre de formation du niveau de Master. 20/07/2008 Page 5 sur 37
B. Exposé des motifs
1. Contexte et Objectifs de la formation :
La formation répond aux exigences de la recherche en microbiologie en apportant une ouverture sur
les applications dans les secteurs sanitaire, environnemental et industriel. L'enseignement permettra de
conforter les acquis conceptuels et expérimentaux grâce aux approches génomiques, protéomiques,
génétiques et biochimiques. Cette spécialité entend former les étudiants aux enjeux actuels de la
microbiologie à la fois dans les domaines fondamentaux (génétique, expression des génomes,
physiologie), médicaux (interactions hôtes-pathogènes, physiopathologie, prophylaxie, approches
thérapeutiques) et appliqués (utilisation industrielle des microorganismes, nouveaux outils
d'investigation du monde microbien, écologie microbienne, microbiologie environnementale). Cette
formation leur permettra de comprendre les microorganismes dans leurs différents aspects,
structuraux, fonctionnels et évolutifs.. Nous visons une formation dans les domaines de la
microbiologie moléculaire qui donnera à nos étudiants une formation de haut niveau en
Biotechnologie microbienne ce qui leur permettra de poursuivre des stages dans des laboratoires
d’excellence à l’étranger. Ainsi, nous favoriserons le transfert des nouvelles technologies vers
notre pays. Pour atteindre ces objectifs, l'équipe de formation s’appuie :
-sur des enseignements dont la valeur est reconnue depuis longtemps (génétique, biologie moléculaire
de la cellule, microbiologie)
-sur des enseignements créés plus récemment (génomique, biodiversité, évolution, génétique
multifactorielle,)
2. Profils et Compétences visés :
Ce parcours privilégie l’analyse du fonctionnement de microorganismes très divers tant procaryotes
(archea, bactéries lactiques, cyanobactéries, streptomycètes...), qu’eucaryotes (levures diverses,
champignons filamenteux, amibes...). Pour analyser ces fonctions, l’accent est mis sur l’utilisation de
raisonnements génétiques et physiologiques et sur les approches moléculaires. Il ne s'agit pas d'un
enseignement de Microbiologie Générale ou de Systématique, mais des notions générales dans ces
domaines ainsi qu’en physiologie microbienne seront acquises dans ce parcours. Une part importante
de l’enseignement concerne l’apport de la génomique à l’exploration de la biodiversité microbienne.
L'accumulation de séquences génomiques de ces organismes conduit à un profond bouleversement des
approches et des thématiques envisageables. Un de nos objectifs est de former des étudiants qui
participeront à ce renouveau de la microbiologie. Cette formation académique constitue, également,
une spécialisation en prise directe avec les réalités socio-économiques. Elle répond au besoin de
former des étudiants maîtrisant les acquis modernes de la microbiologie capables d'appréhender les
problèmes écologiques de la sauvegarde des écosystèmes et de la biodiversité, de la bioprotection et de
la lutte phytosanitaire et de la réhabilitation des sites environnementaux affectés par la pollution
industrielle et agricole. Cette spécialité comporte un seul parcours qui dans le futur peut être
subdivisée en trois voire même plus. Les étudiants de cette mention pourront se diriger vers les métiers
de la recherche et de l’enseignement supérieur, pour lesquels ils auront les meilleures bases théoriques
avec, en plus, une formation sur les approches génomique et du décryptage de la biodiversité des
microorganismes
3. Contextes régional et national d’employabilité :
Le Master de Microbiologie générale a pour vocation première de préparer les étudiants à la recherche
fondamentale. Cependant, la formation des étudiants leur permettra d’intégrer des organismes ou
industries spécialisées dans les biotechnologies, l’agro-alimentaire et en recherche développement
dans le domaine médical ou de l’environnement.