Propriétés virologiques et sérologiques de l`infection à virus

Propriétés virologiques et sérologiques
de l’infection à virus Chikungunya :
bilan de l’épidémie dans les DFA
4èmes JIRVS des Antilles-Guyane,
Schoelcher, Martinique, 5-7 Nov 2015
L. Epelboin, A. Ducos, A. Enfissi, B. Labeau, L.Bremand, D. Moua,
F. Djossou, S.Matheus, D. Rousset
1
1.1 Chikungunya : le virus
Virus à ARN simple brin
Famille des Togaviridae
Genre Alphavirus
• >30 espèces
• 7 complexes antigéniques distincts
Complexe virus Semliki Forest :
virus Chikungunya, virus Mayaro
Complexe VEE :
virus Cabassou, virus Mucambe, virus Tonate
1.2 Chikungunya : alphavirus
source : Weaver et al, 2012
1.3 Chikungunya : phylogénie
3 clades
Afrique de l’Ouest ,
Asiatique
ECSA (East-CentralSouth- African)
dont lignage Ocean Indien
(IOL)
ECSA
Source : Volk S M et al. J. Virol. 2010;84:6497-6504
2.1 CNRA-IPG : Bilan de l’épidémie à Chikungunya
Objectif :
Evaluation des propriétés virologiques et sérologiques de l’infection à virus
Chikungunya
Méthodes :
Bilan des activités de diagnostic d’infection par le virus Chikungunya de
décembre 2013 à Août 2015 au CNRA-IPG - analyse retrospective / BDD du CNR
Algorithme utilisé pour le diagnostic :
en fonction du délai entre prélèvement et début des symptômes
Entre J0 et J4 : qRT-PCR
Entre J5 et J7 : qRT-PCR et sérologie (IgM / IgG anti-CHIKv)
Au delà de J7 : sérologie seule
Techniques utilisées : techniques maisons
2.2
Techniques utilisées : techniques « maison »
qRT-PCR multiplex Chikungunya et Dengue d’après :
Panning et al., EID 2008 pour le chikungunya (nsP1)
Callahan et al., JCM 2001 pour la dengue (NS5)
Primers
ChikS
ChikAS
DenF1
DenR1
TGATCCCGACTCAACCATCCT
GGCAAACGCAGTGGTACTTCCT
AAGGACTAGAGGTTAKAGGAGACCC
GGCGYTCTGTGCCTGGAWTGATG
241-261
323-302
10589–10613
10699–10677
TCCGACATCATCCTCCTTGCTGGC
AACAGCATATTGACGCTGGGAGAGACC
AACAGCATATTGACGCTGGGAAAGACC
300-277
10610–10636
10616–10642
Sondes
ChikP
DenProb1-3
DenProb2-4
Sérologies :
Réactifs spécifiques « maison » : ascites hyperimmunes et antigènes
(produits sur souris et cerveaux de souriceaux nouveaux-nés)
MAC- et GAC-ELISA pour IgM et IgG anti virus Chikungunya
Autres MAC-ELISA réalisés en routine pour IgM anti virus
Dengue, SLE, YF, Tonate et Mayaro.
Résultats
Echantillons analysés : > 19 000 sérums de décembre 2013 à août 2015
2847 Antilles (1167 Martinique / 1680 Guadeloupe)
16492 Guyane
> 45% pos pour le Chikungunya (qRT-PCR et/ou sérologie)
800
70%
700
60%
600
50%
40%
400
30%
300
20%
200
10%
100
0
0%
1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53
week
% CHIK Pos
500
Samples nb
3.1
Saint Martin
Saint Barthélémy
Martinique
Guyane
Guadeloupe
% pos CHIKV
3.2
Résultats virologiques : co-infections Dengue/Chikungunya
Antilles : début 2014, co-circulation de virus Dengue et Chikungunya
-> détection de co-infections virales
Recherche parallèle des 2 virus par RT-PCR sur les premiers prélèvements (janvier 2015)
Nbre PCR
DEN / CHIK
% plvts
positifs
% pos
Dengue
% pos
Chikungunya
% pos
DEN+CHIK
Guadeloupe
156
31
20
13
1.28
Martinique
204
53
9
45
0.98
Total Antilles
360
44
14
31
1.11
Guyane : pas de co-infection …mais pas de co-circulation
3.2
Résultats virologiques : cinétique virémie
Sélection de prélèvements
patients avec plvts séquentiels
(plvts séquentiels : 2826)
infection chikungunya confirmée biologiquement (qRT-PCR)
(504)
date de début de maladie
(481)
qRT-PCR réalisée sur le plvt
(341)
Résultats :
341 plvts : de J0 à J330 / dernier pos J14?
296 prélèvements (/ 272 patients) de J0 à J7
Jours
0
1
2
3
4
5
6
7
Nbre
plvts
38
97
53
53
30
14
6
5
% pos
100
100
98
96
87
71
100
40
estimation des virémies..
virémies élevées (107 copies/ml) / autres arboviroses
( ++ âge <1an : 109 copies/ml)
décroissante rapide dès le 5ème jour
3.2
Résultats sérologiques : cinétique anticorps (IgM)
Sélection de prélèvements
patients avec plvts séquentiels
(plvts séquentiels : 2826)
infection chikungunya confirmée (qRT-PCR et/ou seroconversion)
(555)
date de début de maladie
(500)
sérologie réalisée sur le plvt (IgM)
(486)
Résultats :
Délai en
j
0
1
2
3
4
5
6-15
16 50
50 150
150
-250
>250
Nb Plvts
23
37
16
27
16
27
111
117
78
28
20
486 plvts : de J0 à J396
Evolution des IgM anti Chikungunya
Cinétique IgM :
100,0%
90,0%
>50% à J5
70,0%
60,0%
50,0%
40,0%
IgM douteuses
30,0%
IgM positives
20,0%
10,0%
Délai en jours par rapport au début des symptômes
>300
250-300
201-250
151-200
101-150
41-50
51-100
31-40
21-30
16-20
6-10
11-15
5
4
3
2
1
0,0%
0
décroissance lente sur 10 mois
% prélèvements
90- 100% de 10j à 3 mois
80,0%
3.2
Résultats sérologiques : cinétique anticorps IgG
Sélection de prélèvements
patients avec plvts séquentiels
(plvts séquentiels : 2826)
infection chikungunya confirmée (qRT-PCR et/ou seroconversion)
(555)
date de début de maladie
(500)
sérologie réalisée sur le plvt (IgG)
(281)
Résultats :
Délai en j
0
1
2
3
4
5
6-15
16 50
50 150
150
-250
>250
Nb Plvts
9
12
7
10
9
9
50
62
67
27
19
281 plvts : de J0 à J396
Evolution des IgG anti Chikungunya
Cinétique IgG :
100,0%
Apparition au cours de 2ème sem
90,0%
>50% au-delà de J15
70,0%
% prélèvements
puis plateau
80,0%
60,0%
50,0%
40,0%
IgG douteuses
30,0%
IgG positives
20,0%
10,0%
0,0%
Délai en jours par rapport au début des symptômes
3.4
Résultats sérologiques – réactivités croisées
IgM arbovirus : 5/6 antigènes testés en routine (Dengue, (Fièvre jaune), ESL, Tonate, Mayaro, Chikungunya)
Antilles : 1213 sérologies / 352 (24%) IgM Chikungunya +
Guyane : 8647 sérologies / 1668 (19%) IgM Chikungunya +
IgM Chikungunya + : réactivités croisées alphavirus (Tonate, Mayaro)
Réactivité
alphavirus (%)*
Total Antilles
Total Guyane
1,1
14,3
Cayenne/Kourou
11,6
Saint Laurent
15,4
Périph. Cayenne
16,4
Autres CDS
25,0
* % plvts IgM Ton/May+
parmi les plvts IgM Chik+
-> Réactivation d’immunité préexistante vis-à-vis des
alphavirus, à l’occasion d’une nouvelle infection à alphavirus
Guyane : circulation endémique des virus Tonate et Mayaro
Concept « original antigenic sin »
Lanciotti et al, EID 2007 avec ex : Flavirus / Zikavirus
4. Conclusions
Caractéristiques similaires à celles décrites pour ECSA
Virémies :
élevées
> autres arbovirus
notamment chez les jeunes enfants
corrélation CV et clinique à évaluer..
Sérologies :
IgG :
> J15
spécificité meilleure qu’attendue
au détriment de sensibilité ..
IgM :
5j – 2/3 mois
persistance (30%) ->10 mois
pb de réactivation croisée d’IgM alphavirus
Difficultés d’interprétation des sérologies Chikungunya
prévisibles à distance en Guyane