Introduction à la Bio-Informatique - Département d`informatique et de

Nadia El-Mabrouk
DIRO, Université de Montréal
Introduction à la Bio-Informatique
IFT3295- Aut 2011

Plan
yQu’est-ce que la Bio-Informatique?
yProbématiques liées aux trois macro-molécules
yADN
ySéquençage
yAnnotation
yARN
yARN non-codants
yTranscriptome
yProtéines
yProblématiques Bio-Informatiques classiques
yConcepts de similarité
yRecherche dans les banques de données
yAlignement multiple
yPhylogénie
yGénomique comparative

Qu’est-ce que la Bioinformatique?
Origine
yApparue dans les années 1960, après que les biologistes
aient découverts comment séquencer de l’ADN et des
protéines.
yMargaret O. Dayhoff: répertoire de protéines,
yWalter M. Fitch: phylogénie, matrices de distance,
yRussel F. Doolittle : l’un des premiers à avoir utilisé
l’ordonateur pour analyser les protéines.
yMichael S. Waterman: L’un des fondateurs de la
« Biologie Computationelle »
y…

Qu’est-ce que la Bioinformatique?
yChamps multi-disciplinaire impliquant la
biologie, l’informatique, les mathématiques, les
statistiques dont l’objectif est d’analyser les
séquences biologiques et de prédire la fonction et
la structure des macromolécules.
yDe plus en plus, la bioinformatique est
développée dans un but d’application à
l’agriculture, la pharmacologie, la médecine.
yDiscipline qui évolue en fonction des nouveaux
problèmes posés par la biologie.

Qu’est-ce que la Bioinformatique?
«Biologie Computationnelle »
yBiology “computationnelle”:
yDéveloppement d’algorithmes efficaces permettant de
résoudre un problème biologique spécifique.
yMéthodologie générale:
yDéfinir un modèle d’évolution;
yFormaliser le problème;
yÉtudier la complexité théorique du problème;
yDévelopper des algorithmes permettant de le résoudre;
yS’il y a lieu, prouver l’exactitude de l’algorithme
yTester l’efficacité de l’algorithme sur des données simulées;
yL’appliquer à des données biologiques