UNIVERSITE DE DIJON Référence GALAXIE : 4239

Le profil détaillé se trouve en page 2 et suivantes
UNIVERSITE DE DIJON Référence GALAXIE : 4239
Numéro dans le SI local :
Référence GESUP : 1220
Corps : Maître de conférences
Article : 26-I-1
Chaire : Non
Section 1 : 65-Biologie cellulaire
Section 2 :
Section 3 :
Profil : Microbiologie
Interaction bactéries/hôte animal
Job profile : Microbiology with a focus on the physiological and molecular mechanisms allowing the
functioning of the bacterial cells in interaction with their environment.
Research fields EURAXESS : Biological sciences Other
Implantation du poste : 0211237F - UNIVERSITE DE DIJON
Localisation : Dijon
Code postal de la localisation :
Etat du poste : Vacant
Adresse d'envoi du
dossier : ESPLANADE ERASME - SPE BP 27877
21078 - DIJON CEDEX
Contact
administratif :
N° de téléphone :
N° de Fax :
Email :
JOELLE SOTTY
RESPONSABLE DU SPE
03 80 39 50 41 03 80 39 50 44
03 80 39 50 69
[email protected]
Date de prise de fonction : 01/09/2014
Mots-clés :
Profil enseignement :
Composante ou UFR :
Référence UFR : SVTE Michel NARCE
Profil recherche :
Laboratoire 1 : A ( ) - Laboratoire non reference
Laboratoire 2 :
Laboratoire 3 :
Laboratoire 4 :
Laboratoire 5 :
Dossier Papier OUI
Dossier numérique physique (CD,
DVD, clé USB) NON
Dossier transmis par courrier
électronique NON e-mail gestionnaire
Application spécifique NON URL application

Campagne d'emplois 2014
Fiche de demande d’implantation et de maintien d’emplois
enseignants-chercheurs et enseignants
Désignation de l’emploi :
Numéro de l’emploi :
Nature de l’emploi :
Section(s) CNU de publication
(ou discipline second degré) : 65ème section
Composante d’affectation : UFR Sciences de la vie, de la Terre et de l’Environnement
Date de nomination demandée : 1 septembre 2014
Profil de publication : Interaction bactéries/hôte animal
Le Maître de Conférences (MCF) participera aux enseignements de Microbiologie en Licences et Masters. En
licence, il s’agit d’assurer un enseignement de Microbiologie visant à mettre en place les bases en L2 avec une
continuité en L3 avec un focus sur les mécanismes physiologiques et moléculaires intervenant dans le
fonctionnement de la cellule bactérienne en relation avec son environnement. En master, il devra réaliser un
enseignement sur la qualité des aliments en lien avec les fonctions du microbiote intestinal. L’objectif est
d’approfondir les enseignements sur les interactions bactérie/hôte animal afin de mieux comprendre le rôle joué
par le microbiote intestinal et l’impact de l’alimentation sur cet équilibre mais également de considérer la
relation microbiote/hôte/pathogène. En recherche, le MCF sera rattaché à une équipe spécialisée dans la réponse
aux stress des bactéries lactiques (Equipe Vin-ALiment-MIcrobiologie-Stress (VALMIS) de UMR A
UB/AgroSupDijon et travaillera en étroite collaboration avec les équipes du Dr Carmen Garrido-Fleury et du Dr
Laurent Lagrost du Centre de Recherche INSERM/uB UMR86 de Dijon. Le thème de recherche porte sur la
caractérisation par des approches in vitro et in vivo de l’effet de souches probiotiques cultivées en biofilm sur le
microbiote intestinal et les conséquences sur l’inflammation et la croissance tumorale. Les modèles animaux sont
le poisson zèbre (Zebrafish) et la souris. Ce projet fait partie d’un des axes de recherche du Labex LipSTIC («
Lipoprotein and Health: Prevention and Treatment of Inflammatory Diseases and Cancer»). Le MCF à recruter
permettra d’introduire dans les équipes ce savoir faire sur les interactions bactéries/hôte dans un contexte
d’écosystèmes complexes (microbiote intestinal) par une approche globale de métagénomique. Il devra maîtriser
les techniques de génomique et de bioinformatique pour l’exploration des écosystèmes microbiens au niveau
intestinal. De plus, des compétences en cultures cellulaires et en biologie moléculaire seront appréciées.
Profil en Anglais / « Job Profil » (300 caractères maximum) :
The “Maitre de conférences” will participate in the teaching of Microbiology in Licenses (Bachelor's degrees)
and Master's degrees. In the license, the aim of the teaching is to set up the bases of microbiology with a focus
on the physiological and molecular mechanisms allowing the functioning of the bacterial cells in interaction with
their environment. In Master's degree, the MCF will have to perform teaching on food quality in connection with
the functions of the gut microbiote. The objective is to develop a teaching on the interactions between bacteria
and host animal to better understand the impact of the food supply on the intestinal microbiote but also to
consider the microbiote/host/pathogens relations. In research, the MCF will work in a team specialized in the
stress response of lactic acid bacteria (Vin-ALiment-MIcrobiologie-Stress team (VALMIS) from UMR A UB /
AgroSupDijon and will work in close collaboration with teams of Dr Carmen Garrido-Fleury and Dr Laurent
Lagrost of the Research center INSERM / uB UMR86 of Dijon. The research topic concerns the characterization
by in vitro and in vivo studies of the impact of probiotic cultivated in biofilm on the intestinal microbiote to take
part in inflammation and tumoral growth. The in vivo models will be the Zebrafish and the mouse. This project is
part of the national research project called Labex LipSTIC ("Lipoprotein and Health: Prevention and Treatment
of Inflammatory Diseases and Cancer"). The MCF to recruit will allow to introduce in the teams this know-how
on the study of the mechanisms involved in bacteria / host cells interactions into a context of complex
ecosystems (microbiote intestinal) by a overall approach of metagenomic. The MCF has to master the techniques
of genomic and bioprocessing to study microbial ecosystems at intestinal level. Furthermore, skills in cellular
cultures and molecular biology will be appreciated.

Justification de la demande :
Le recrutement demandé s’inscrit dans le rapprochement thématique d’une équipe spécialisée dans la réponse
aux stress des bactéries lactiques (Equipe Vin-ALiment-MIcrobiologie-Stress (VALMIS) de UMR A
UB/AgroSupDijon « Procédés microbiologique et alimentaire ») et des équipes du Dr Carmen Garrido-Fleury et
du Dr Laurent Lagrost du Centre de Recherche INSERM/uB UMR866 ‘Lipides, Nutrition, Cancer’ de Dijon.
L’équipe Vin-ALiment-MIcrobiologie-Stress (VALMIS) développe des recherches en lien avec l’adaptation des
micro-organismes à des environnements hostiles. Il peut s’agir d’environnements industriels (vinification) mais
aussi d’environnement biotiques où le micro-organisme interagit non seulement avec l’ensemble de la microflore
(microbiote intestinal) mais également avec les cellules de l’hôte (système immunitaire). Le MCF intègrera le
groupe du Prof Jean Guzzo qui développe des recherches sur l’interaction des bactéries avec l’hôte en lien avec
l’homéostasie du microbiote intestinal par une approche de métagénomique. Le projet a déjà débuté en
novembre 2010 avec une thèse en collaboration avec le CRI. Ce projet fait partie d’un des axes de recherche du
Labex LipSTIC (« Lipoprotein and Health: Prevention and Treatment of Inflammatory Diseases and Cancer »).
A ce jour, l’UFR SVTE compte un professeur de Microbiologie (Mr Jean Guzzo) et deux Maîtres de conférences
(Mme Stéphanie Weidmann-Desroche et Mme Aurélie Rieu-Guigon). Ces trois enseignants assurent les
enseignements de Microbiologie de l’UFR SVTE soit 837 heures équivalent TD réparties en 298 h en L2, 183 h
en L3 (BCP et Biochimie), 135 h en M1 (Qualité des Aliments et Sensorialité) et 221 h en M2 pro
Aliments-Microbiologie-Assurance-Qualité.
En conclusion, pour palier au déficit (représentant 1,3 service au total), nous proposons le recrutement d’un MCF
pour l’enseignement de Microbiologie générale (physiologie, nutrition et croissance, génie génétique, interaction
avec l’hôte) et de la Microbiologie des aliments (L2-L3-M1-M2).
A ce jour, l’UFR SVTE est peu représentée au sein de la mention Sciences des Aliments (Directeur Prof. Jean
Guzzo), plus particulièrement en M1 et M2 (mention co-habilitée avec AgroSupDijon). L’UFR SVTE porte cette
formation niveau master. Les deux années (M1 QAS et M2 AMAQ) sont gérées par les trois enseignants de
microbiologie en collaboration avec AgroSup Dijon. Le M1 QAS compte environ 60 étudiants chaque année et
la spécialité M2 AMAQ une quarantaine d’étudiants. Il nous paraît indispensable de conforter les forces de
l’UFR SVTE impliquées dans cette thématique agro-alimentaire attractive pour les étudiants et porteuse pour la
région Bourgogne afin de maintenir une représentativité notable. Ce domaine d’activité économique est une
source importante de placements de nos étudiants.

Enseignement :
Filières de formation concernées :
Le nouveau Maître de Conférences participera aux enseignements de Microbiologie en Licences et en Masters.
Le MCF interviendra en L2 et L3 (Cours Magistraux, Travaux Dirigés et Travaux Pratiques). Il s’agit d’un
enseignement de Microbiologie qui vise à mettre en place les bases en L2 avec une continuité en L3 BCP et
Biochimie avec un focus sur les mécanismes physiologiques et moléculaires intervenant dans le fonctionnement
de la cellule bactérienne en lien avec l‘environnement.
Le MCF participera aussi à l’enseignement en M2 pro AMAQ en assurant des Cours Magistraux, Travaux
Dirigés et Travaux Pratiques. L’enseignement de Microbiologie à ce niveau est fortement accès sur la
valorisation des connaissances du monde microbien dans le domaine de l’Agro-Alimentaire et
Agro-environnement. Dans le cadre de ce M2 pro, il sera nécessaire de s’impliquer dans les suivis et rapports de
stages, synthèses bibliographiques et visite d’usine.
Objectifs pédagogiques et besoins d’encadrement :
L’enseignement de la Microbiologie à l’UFR SVTE permet à nos étudiants d’acquérir des notions fondamentales
approfondies sur la diversité et la fonctionnalité des micro-organismes avec un éclairage fort sur les applications
dans différents domaines. Nous avons déjà renforcé l’aspect génomique et post-génomique de notre
enseignement avec le recrutement d’Aurélie Rieu-Guigon. L’objectif désormais est d’approfondir les
enseignements par la connaissance des interactions bactérie/hôte afin de mieux expliciter le rôle joué par le
microbiote intestinal et l’impact de l’alimentation sur cet équilibre mais également de considérer la relation
microbiote/hôte/pathogène. L’objectif est aussi de donner à nos étudiants un niveau satisfaisant en Microbiologie
pour accéder aux différents masters proposés en Biochimie, en Sciences du végétal, en Nutrition et bien sûr en
Microbiologie des aliments.
Contact enseignement :
Jean Guzzo (Professeur), Tél : [phone] ; [email protected]
Stéphanie Weidmann-Desroche (MCF), Tél : [phone] ; [email protected]
Recherche :
Au sein du pôle Aliment, notre laboratoire a une expertise sur la formation de biofilms bactériens, la réponse au
stress des micro-organismes, plus particulièrement chez les bactéries lactiques. Ces compétences scientifiques et
techniques sont actuellement appliquées aux bactéries probiotiques afin de sélectionner des souches et de les
caractériser pour leur activité probiotique. Nous disposons au laboratoire des outils permettant de caractériser in
vitro la capacité de souches de Lactobacillus spp à former des biofilms, à limiter la croissance sessile de
bactéries pathogènes et à induire un effet anti-inflammatoire dans des modèles de culture cellulaire in vitro.
Notre volonté est de conforter avec ce recrutement un projet de recherche original et ambitieux qui allie les
compétences à la fois du Centre de Recherche INSERM de Dijon (Equipes du Dr Carmen Garrido et du Dr
Laurent Lagrost) et l’UMR Procédés microbiologique et alimentaire (Equipe VALMIS, Prof. Jean Guzzo). Ce
projet s’inscrit dans l’un des axes de recherche du Labex lipSTIC (« Lipoproteins and Health : Prevention and
Treatment of Inflammatory Diseases and Cancer »). Les études in vitro seront prolongées par des approches in
vivo permettant de caractériser l’impact de souches probiotiques présélectionnées (approche in vitro) sur le
microbiote intestinal et par conséquent sur l’inflammation et la croissance tumorale chez le poisson zèbre
(zebrafish) et chez la souris. Pour cela, nous disposons d’un souchier de Lactobacillus spp avec certaines
bactéries marquées par fluorescence permettant le suivi de leur implantation dans le modèle poisson Zèbre.
Le MCF à recruter permettra d’introduire sur la place dijonnaise ce savoir faire sur les interactions bactéries/hôte
dans un contexte d’écosystèmes complexes (microbiote intestinal) en lien avec l’inflammation. Il devra maîtriser
les techniques d’approches globales de métagénomique avec de bonnes compétences d’interprétation et de
valorisation des données par des techniques de bioinformatique afin de caractériser l’écosystème microbien
digestif. De plus, des compétences de cultures cellulaires et de biologie moléculaire pour l’exploration à la fois
de la réponse bactérienne et celle des cellules hôtes seront appréciées.
Laboratoire(s) d'accueil :
UMR A UB/Agrosup Dijon PAM (Procédés Alimentaires et Microbiologiques)
Equipe VALMIS (Vin-ALiment-MIcrobiologie-Stress) Institut Jules Guyot
et
Centre de Recherche INSERM/uB UMR866 ‘Lipides, Nutrition, Cancer’ de Dijon
Contact recherche :
Prof. Jean Guzzo, Tél : [phone] ; [email protected]

Dr. Carmen Garrido, Tél [phone] ; [email protected]
Dr. Laurent Lagrost, Tél [phone] ; [email protected]