Les staphylocoques

UE8 – De l’agent infectieux à l’hôte
Olivier BELMONTE
Date : 15/02/2016 Plage horaire : 14h – 16h
Enseignant : Dr. O. BELMONTE Promo : 2015/2016
Ronéistes : OMARJEE Mohammad / RADJABALY Kayyum
Les staphylocoques
Introduction
I. Habitat et épidémiologie
II. Le Staphylococcus Aureus (SA) (staphylocoque doré)
1. Caractéristiques
A. Pouvoir d’invasion et d’adhésion
B. Pouvoir enzymatique
C. Pouvoir toxinique
2. Les pathologies liées au SA
A. Infections suppuratives superficielles (loco-régionales) et profondes
B. Infections non suppuratives d’origine toxinique
▪Syndrome cutané staphylococcique
▪Choc toxique staphylococcique
▪Infection à leucocidine de Panton-Valentine
▪Intoxications alimentaires
3. Diagnostic au laboratoire
A. Examen direct et culture
B. Techniques d’identification
C. Analyse moléculaire
4. Traitement
III. Les staphylocoques à coagulase négative (SCN)
IV. Sensibilité et Résistances aux antibiotiques
1. Sensibilité aux antibiotiques
2. Résistances aux antibiotiques
3. Données épidémiologiques concernant le niveau de résistance de
Staphylococcus aureus
Conclusion

Nous allons voir ensemble les grandes classes de bactéries, les principaux germes impliqués dans les
pathologies humaines, ce premier cours concernant plus particulièrement les Gram+, surtout les coccis
Gram+.
Vous avez déjà vu la différence entre les bactéries, le fait que certaines aient des colorations Gram+ ou
Gram-, ces différences étant dues à des propriétés de structure.
Il est important de savoir dans quelle direction on part, sur quel type de germe on est face à une infection
suspectée, ce qui permet en général d’avoir une orientation sur les premières thérapeutiques mises en place.
On se base souvent là-dessus car les informations arrivent rapidement et donc il est plus facile de poser un
traitement.
On va surtout parler aujourd’hui des staphylocoques et des streptocoques qui sont des coccis Gram+. Ces
bactéries sont retrouvées de manière très fréquente dans les pathologies humaines, notamment sur les
infections communautaires (en ville), et les streptocoques ont une place importante dans les infections
materno-fœtales soit en pré-, néo ou post-natal.
Introduction
Les staphylocoques, du genre Staphylococcus ont été identifiés en 1800 par Pasteur, et comptent
parmi les premières bactéries qui ont été découvertes. Ils appartiennent à la grande famille des
micrococcacae, où l’on trouve principalement ces derniers mais aussi d’autres germes qui ont peu d’impact
« infectieux ».
On identifie plus d’une 40aine d’espèces différentes dans le genre Staphylococcus. Elles sont impliquées
dans de nombreuses pathologies. Cependant on s’intéressera davantage à une espèce, le staphylococcus
aureus.
Les staphylocoques sont des coccis Gram+, identifiables à l’examen direct, ayant tendance à se disposer en
amas et à se colorer en violet. On parle de la grappe de raisins. Quand on voit sur un rapport de
bactériologie : « présence de coccis Gram+ en amas ou grappe de raisins », il faudra penser directement à
présence de staphylocoques.
Notion extrêmement importante à retenir : coccis Gram+ en amas = staphylocoques !!!
Quand vous aurez une infection où il est
précisé prélèvement purulent avec des
coccis en amas, vous conclurez qu’il
faudra mettre en place, quoi qu’il arrive,
une antibiothérapie couvrant les
staphylocoques. Certes il pourra y avoir
parfois d’autres germes associés, mais il
ne faudra pas négliger les
staphylocoques, qui restent néanmoins
une des espèces les plus virulentes.
Ces staphylocoques ont d’autres
caractéristiques qui ne sont pas
essentielles à retenir, notamment une
catalase positive (technique de laboratoire,
abordée plus loin dans le cours).

Par contre, il est important de connaitre qu’il
s’agit d’un germe aéro-anaérobie.
Le staphylocoque parvient à se développer
dans différents types d’atmosphère
contrairement à certaines bactéries qui sont
anaérobies strictes, se développant donc
qu’en absence d’oxygène et qu’on ne
retrouvera pas dans tout type d’infection tel
que les infections profondes ou digestives. Les
germes aérobies stricts ne se retrouvent
également pas dans tout type d’infection.
Mais les aéro-anaérobies, que ce soit les
staphylocoques ou les streptocoques, sont des
germes présents dans une multitude
d’infections, en tout cas ce ne sont pas les
conditions atmosphériques qui vont les empêcher de se développer. Son caractère aéro-anaérobie facilite sa
mise en culture au laboratoire.
On observe des formes arrondies violacées en amas, oriente
rapidement vers le genre Staphylococcus. On ne distingue pas
à ce stade s’il s’agit d’une souche Aureus ou autre.
I. Habitat / Epidémiologie
Le staphylocoque est impliqué dans beaucoup d’infections, car il est beaucoup présent : L’Homme et
les animaux à sang chaud en sont des réservoirs naturels.
Ils sont ainsi présents naturellement chez l’homme. Nous sommes tous porteurs de centaines de milliers de
staphylocoques, ce n’est pas pour autant qu’on se porte mal. Ce sont ce qu’on appelle des germes
commensaux appartenant à la flore commensale de l’organisme. On verra qu’on a différents types de flores
et selon où on se situe dans l’organisme, on va retrouver de manière systématique un certain nombre de
bactéries.
Les staphylocoques sont donc retrouvés chez l’homme, en particulier le plus virulent d’entre eux, le
staphylococcus aureus (SA) ou staphylocoque doré. Ce dernier est présent dans une proportion non
négligeable de la population, on estime le taux de portage de SA entre 20% et 65% de la population, sans
pour autant développer d’infections : on parle de colonisation. Le portage est transitoire pour certains,
persistant pour d’autres (on a parfois un clone qui persiste chez un individu très longtemps sans qu’il y ait
de complications, mais qui permet la diffusion des germes).
On a un donc un portage endogène de staphylocoques dorés dans un tiers de la population de manière
systématique.

Les staphylococcus non aureus, qu’on appelle blancs ou à coagulase non négative, prolifèrent beaucoup
sur la peau, au niveau de la flore cutanée et parfois vont pouvoir contaminer certains types de prélèvements
qu’on sera amené à réaliser chez le patient. Ils sont non pathogènes et il y a à peu près 100% de porteurs.
Voici quelques zones où peut être localisé le staphylocoque doré (surtout dans région chaudes et humides) :
- fosses nasales +++
- périnée
- vagin
- intestin
- gorge
- peau notamment sur les mains (transmission manuportée !)
A gauche : porteur transitoire. Le SA est souvent retrouvé dans les fosses nasales, que le porteur soit
transitoire ou chronique.
Il existe au sein même des staphylocoques aureus des clones différents. Les porteurs chroniques portent
souvent toujours le même clone, il y’a une certaine affinité. Il a également une charge bactérienne plus
élevée que le porteur transitoire, c’est-à-dire plus de bactéries.
Dans certains cas de figure, vous serez amenés à procéder à des dépistages pour savoir si les personnes
sont porteuses ou non de staphylocoques dorés, et de façon préventive, on pourra par exemple avant
certaines chirurgies, décontaminer le patient porteur de manière à éviter les infections post-opératoires. En
effet, les personnes porteuses de staphylocoques sont plus à risques d’infections.
On fait également du dépistage dans des unités à risques pour vérifier que les patients ne soient pas
porteurs de bactéries multirésistantes (BMR). Parmi ces BMR, il y'a le staphylocoque doré multiresistant,
si il est détecté on va pas essayer de le décoloniser mais plutôt de prendre des mesures complémentaires
pour éviter au patient A porteur de transmettre la bactérie à un autre patient du service qui est fragile et qui
serait amené à être infecté.

Pour rechercher le SA, on fait des prélèvements au niveau du nez : on réalise un écouvillonnage (donc les
fosses nasales= site de prédilection du SA).
Chez les porteurs chroniques, il est déconseillé de faire une décontamination, parce que les patients
reçoivent énormément d’antibiotiques pour très peu de résultats. En effet, le porteur chronique risque de se
faire recoloniser.
Attention, important à comprendre : ce germe staphylocoque doré est présent naturellement chez l’homme.
Le fait de trouver ce germe dans un prélèvement bactériologique, n’est pas forcément anormal et il n’est
absolument pas nécessaire de traiter tout de suite. Il est important de savoir le contexte général, savoir s’il
est forcément impliqué dans une infection et si on va le traiter.
Par exemple, dans les prélèvements vaginaux, le staphylococcus aureus est régulièrement détecté, ce n’est
pas pour autant qu’un traitement antibiotique est prescrit.
Donc attention à cela !!!
En dehors des organismes humains, ces germes sont très répandus dans la nature également : sol,
air, eau… Parfois aussi dans des aliments ce qui peut être problématique. En effet certains types de
staphylocoques, en particulier le doré, peuvent produire des toxines pouvant amener à des troubles digestifs
(intoxication alimentaire). La présence de SA dans l’alimentation est souvent due à une manipulation des
aliments par le personnel soignant infecté.
On trouve donc des staphylocoques dans l’organisme humain, c’est normal. Vous verrez des staphylocoques
non aureus qu’on a tous sur la peau et qui souvent contaminent les prélèvements biologiques. Ils sont
beaucoup moins virulents que le SA et sont des bactéries opportunistes (elles savent profiter pour proliférer
d’un état particulier du patient, souvent des états d’immunodépression avec des défenses immunitaires qui
sont un petit moins efficientes qu’elles ne devraient).
Le staphylocoque doré est celui qui nous intéresse un peu plus car par rapport aux autres, il a un pouvoir de
virulence qui est nettement plus important. Il est capable de provoquer des lésions et agir par
l’intermédiaire de toxines entrainant des symptômes qu’il faut savoir identifier et traiter pour éviter une
surcharge en toxines qui puisse ensuite induire des infections invasives parfois mortelles.
Il faut bien faire cette différenciation entre les staphylocoques.
II. Staphylococcus aureus (SA) = staphylocoque doré
1. Caractéristiques
Il s’agit d’une bactérie qui allie plusieurs atouts pour pouvoir provoquer des infections.
Le SA présente les plus grandes caractéristiques de virulence au sein de la famille staphylocoque. On le
retrouve beaucoup en médecine de ville sur les petites lésions infectieuses bénignes mais également à
l’hôpital dans les infections nosocomiales ou infections graves venant de la ville, nécessitant une
hospitalisation.
A. Pouvoir d’invasion et d’adhésion
Un de ses atouts est sa capacité à adhérer à un organisme.
On a vu qu’il y avait des porteurs plus ou moins chroniques ou intermittents.