La bactérie et son hôte

La bactérie et son hôte
Ecole d’été
Département Alimentation Humaine
11 au 13 juillet 2011
Zoom sur les écoles d’été précédentes
Du 15 au 17 juillet 2003
Radicaux libres, stress oxydant, anti-oxydants
Du 15 au 18 juillet 2004
Système nerveux, fonctions cognitives
et comportement alimentaire
Du 14 au 17 juillet 2005
Croissance et vieillissement*
Du 10 au 13 juillet 2006
Tube digestif : interface avec l’environnement*
Du 9 au 12 juillet 2007
Evaluation du risque toxicologique des aliments*
Du 7 au 10 juillet 2008
Comportement du consommateur*
Du 6 au 9 juillet 2009
Homéostasie et nutrition*
Du 5 au 8 juillet 2010
Phyto-micro-constituants alimentaires :
du végétal au consommateur*
*Ces éditions font également l’objet d’un document de synthèse disponible
sur le site internet du Département
www.inra.fr/alimentation_humaine
Ecole d’été 2011 - Département Alimentation Humaine La bactérie et son hôte

C ’est avec un petit pincement au coeur que j’introduis pour la dernière fois le
fascicule de la neuvième école d’été du département Alimentation humaine. Tout
au long de mes deux mandats de chef de département, j’ai tenu à perpétuer cet
évènement initié en 2003 par celui qui a été successivement mon prédécesseur, mon
directeur scientifique et mon ami, Xavier Leverve. L’objectif de ces écoles ont été et sont,
je le rappelle, de sensibiliser les jeunes chercheurs du département à l’analyse d’articles
scientifiques en développant leur esprit critique et en élargissant leur connaissance dans
des champs de la recherche qui ne sont la plupart du temps pas le leur ! … et le tout
dans un cadre agréable et détendu favorisant les échanges entre jeune et moins jeune
générations sans soucis de protocole et de hiérarchie.
Chaque année, ces journées d’échanges ont invariablement enthousiasmé aussi bien les
jeunes chercheurs que les animateurs des sessions et les responsables du département.
Mes successeurs à la tête du département poursuivent en 2012 cette tradition, et je m’en
réjouis.
En 2011, sur les bords du lac d’Annecy, nous nous sommes penchés sur la bactérie et
son hôte. La thématique s’éloigne volontairement des centres d’intérêt du département
AlimH. Les bactéries ne sont en effet pas l’apanage de l’intestin de l’homme et nous
avons ainsi exploré d’autres matrices comme le sol, les plantes et le lait et découvert les
analogies stupéfiantes du dialogue flore-hôte entre règnes. Nous n’avions par contre pas
anticipé que l’actualité nous rattraperait lorsque la session sur les bactéries pathogènes
chez l’homme a été pensée.
Rien de tout ceci n’aurait pu être réalisé sans Jean Fioramonti qui a proposé, organisé et
animé cette l’école, ni sans Nathalie Guillot et l’équipe administrative du département
pour la coordination logistique de ces journées. Une mention spéciale revient à Jeannine
Goacolou et Claire Gaudout qui ont réalisé ce recueil à partir de leurs notes et des heures
d’enregistrements effectués au cours des trois journées pleines et riches d’échange de
cette école d’été.
Patrick Etievant, chef du département Alimentation humaine
de 2004 à 2011, président du centre INRA de Dijon

Directeur de la publication : Patrick Etievant
Réalisation : Jeannine Goacolou, Claire Gaudout
Impression : Imprimerie Decombat
Photos en page de couverture : INRA
Comment se déroule l’école d’été ?
L’école d’été réunit doctorants, post-doctorants et jeunes chercheurs dans un lieu
convivial pendant 6 demi-journées, autour d’une thématique qui va leur permettre
d’approfondir leurs connaissances, dans un domaine plus ou moins proche de leur sujet
de thèse ou de leur activité quotidienne.
Le principe veut que, tour à tour, au cours de ces journées, les participants soient dans
la position d’enseigné et d’enseignant. Chaque thématique, déclinant le thème choisi,
s’articule autour d’une demi-journée de travail.
Tout d’abord, le chercheur senior sollicité par le département présente une synthèse
de l’état de l’art. Puis cinq articles scientifiques sélectionnés par celui-ci sont ensuite
présentés de façon critique par les doctorants sous forme de présentations orales de
10 minutes.
L’article en question, choisi et préparé au préalable par l’étudiant, donne ensuite
lieu à un débat animé par le chercheur, qui peut également aider l’étudiant dans sa
présentation si nécessaire.
L’objectif est donc au moins triple :
• développer l’esprit critique et de la discussion contradictoire des jeunes vis-à-
vis et autour des travaux publiés dans la littérature qu’ils considèrent souvent
comme « paroles d’évangile ».
• permettre aux jeunes de passer plusieurs journées consécutives avec des
chercheurs renommés dans les domaines traités et de leur offrir des perspectives
de contacts futurs.
• offrir un cadre convivial, second point fort de cette école, permettant
d’instaurer des connections fortes entre des étudiants et jeunes chercheurs qui
n’auraient jamais eu l’occasion de se rencontrer, ainsi qu’un climat relationnel
de chercheur à chercheur avec les organisateurs et les intervenants.

Ces bactéries qui vivent avec les plantes
Session animée par Nemo PEETERS page 5
Biologie des sols : un enjeu majeur en agroécologie
Session animée par Philippe LEMANCEAU page 19
Des bactéries et des hommes : du commensal au pathogène
Session animée par Eric OSWALD page 35
Dangers microbiologiques associés à la consommation d’aliments
contaminés : modalités de surveillance et de gestion du risque associé
Session animée par Estelle LOUKIADIS page 53
Etude fonctionnelle de l’écosystème microbien
et de la matrice fromagère
Session animée par Pascal BONNARME page 67
Les microorganismes, acteurs incontournables dans l’élaboration
de la qualité des fromages
Session animée par Eric BEUVIER page 85
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