ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE

UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement.
Directeur de thèse : Pr D. Debroas - [e-mail] (http://www.lmge.univ-
bpclermont.fr/spip.php?rubrique27)
Rôle de la biosphère rare microbienne dans le fonctionnement des écosystèmes – Approche par
séquençage haut débit
La biosphère rare est un concept récent en écologie microbienne qui a émergé suite à l'utilisation des techniques
de séquençage à haut débit. En effet, ces approches ont montré, dans de nombreux écosystèmes, la présence en
nombre infime d’une myriade d'espèces microbiennes (bactéries, archées et microeucaryotes). Des études
récentes montrent clairement l'existence d'une biosphère toujours rare et active mais dont le rôle dans le
fonctionnement des écosystèmes reste une énigme. Une étude à l'échelle (méta-) génomique de ces espèces
rares pourrait être une façon de comprendre ou, du moins, d'émettre des hypothèses sur leur rôle. En parallèle,
des études récentes basées sur le traitement bioinformatique (e.g. cross-assemblage) de données publiques ont
permis d'assembler et d'annoter de nouveaux génomes. L'objectif de cette thèse sera donc, dans la continuité des
travaux de l'équipe d'accueil, de caractériser la biosphère rare en développant des méthodes originales de
génomique et/ou bioinformatique. Ce travail bénéficiera des moyens obtenus dans le cadre de l'ANR EUREKA.
-Debroas D, Hugoni M, Domaizon I. (2015) Evidence for an active rare biosphere within freshwater protists
community. Mol Ecol. 17. doi : 10.1111/mec.13116.
- Mylène Hugoni, & Najwa Taib, Didier Debroas, Isabelle Domaizon, Isabelle Jouan-Dufournel, Gisèle Bronner, Ian
Salter, Hélène Agogué, Isabelle Mary, Pierre E. Galand. (2013) Structure of the rare archaeal biosphere and
seasonal dynamics of active ecotypes in surface coastal waters. Proc Natl Acad Sci U S A. 110(15):6004-9.
ATTENTION L'ENSEMBLE DU TEXTE NE DOIT PAS DEPASSER
1990 CARACTERES, ESPACES COMPRIS.
Dans l’exemple proposé inclut dans le cadre : n= 1730 caractères