Offre de Doctorat CIFRE Titre de la thèse Etude métagénomique comparative pour identifier l'influence des cultures protectrices sur la fonctionnalité des écosystèmes altérants de charcuteries selon leur teneur en sel et le type de conditionnement. Compétences cognitives et techniques acquises par le doctorant Le doctorant aura une solide formation en microbiologie et biologie moléculaire associée à une connaissance des produits carnés, ce qui est une garantie d’ouverture pour des débouchés dans le monde non seulement académique mais aussi particulièrement dans les milieux professionnels de l’industrie agro-alimentaire. Cette formation sera doublée d’une connaissance sur les écosystèmes microbiens alimentaires et sur l’acquisition de fortes compétences dans l’analyse bioinformatique des données de séquençage à haut débit et sur les tests statistiques appliqués à l’écologie microbienne Domaine de savoir : Microbiologie/ écologie microbienne /écosystèmes complexes Domaines de compétences : Production de matériel biologique et données : biologie moléculaire ADN/ARN – microbiologie/Analyses de données : analyse de données haut débit, séquençage/NGS, Bio informatique/biostatistique Structures & Laboratoires d'accueil Aérial , Institut Technique Agro Industriel,250 rue Laurent Fries, 67412 Illkirch Contact : [email protected] INRA, UMR1319 Micalis. Equipe Flore Lactique & Environnement Carné. Centre de Recherches de Jouy-en-Josas. F-78350 Jouy-en-Josas. Contact : [email protected],