fiche_resume 2017

Profil N° (à remplir par VAS) FINANCEMENT Demandé
Acquis
Fiche Résumé du sujet de thèse 2017 Champs disciplinaire génomiques, génétiques
Titre de la thèse : (1-2 lignes)
L'étude des mutations associées au risque de cancer chez l’homme et la souris exposés au chlordécone
3 mots-clés : (1 ligne) ACRONYME
mutation / exome / epigénétique
Unité/équipe encadrante :
U1085, Avenir team4 Méiose, recombinaison, épigénétique
Nom du responsable scientifique
Fatima Smagulova
nom du codirecteur le cas échéant :
Contact :
Fatima Smagulova [e-mail]
Contexte socioéconomique et scientifique : (10 lignes)
L’exposition aux substances toxiques environnementales pourrait avoir un impact sur les cellules germinales
et engendrer des changements dans de nombreux organes chez adult. Dans notre étude de program d’ATIP-Avenir
nous avons exposé des souris gestantes au Chlordécone (CD). La descendance male de ces souris traitées a été
croisée durant trois générations et les testicules des males de la troisième génération ont étés analysés. En utilisant
l’approche de RNA-seq, nous avons trouvé 412 gènes différentiellement exprimés. Nous avons observé que
plusieurs gènes qui ont un rôle dans le développement du cancer chez l’homme sont dérégulés. Nos résultats
suggèrent que l’exposition aux substances toxiques environnementales pourrait engendrer des changements au
niveau des ARN et des modifications épigénétiques des histones qui sont transmis à la descendance. Nous avons
montré que l’exposition des embryons au CD engendre l’apparition de variantes structurales au sein du génome,
suggérant que cette exposition pourrait engendrer des mutations génétiques.
Les hypothèses et questions posées (8 lignes)
Nous émettons l’hypothèse que l’exposition des embryons au CD est dommageable pour le génome. Pour
tester cette hypothèse, nous allons procéder a la détection de mutations a l’échelle du génome entier en utilisant la
technique de séquençage de NGS. Les taches dans cette étude sont 1) Effectuer le séquençage des exomes de
souris exposées au CD pendant le développement à l'échelle du génome. Cet objectif est conçu pour révéler les
mutations dans les régions codantes causées par l'exposition au CD. 2) Effectuer l'analyse intégrative des mutations
de l'ADN, des données RNA-seq et épigénétiques, chez les souris exposées au CD au cours du développement. 3)
Effectuer le séquençage des exomes du génome humain exposé au CD pendant le développement. Cet objectif vise
à révéler les aberrations génétiques dans le génome humain. Nous comparerons également les mutations identifiées
avec les mutations associées au cancer en utilisant la base de données COSMIC.
Les grandes étapes de la thèse et démarche (10-12 lignes)
La première année nous effectuerons la plupart des expériences, y compris la séquençage d’exomes chez les
hommes et souris, le cartographie des mutations. Le deuxième année nous allons effectuer l'analyse des régions
instable dans le génome de la souris et les hommes et nous effectuerons l'analyse intégrative et nous préparerons
des données pour manuscrit. La priorité à l'analyse sera donnée pour des gènes impliqués dans la réparation de
l'ADN, les oncogènes et les fonctions de modification de la chromatine, en raison de son rôle connu dans le
développement du cancer. Pour une analyse initiale, au moins 20 échantillons de chaque groupe seront initialement
analysés. Étape importante est l'analyse de données de séquençage. Cette partie sera faite en collaboration avec
collègue, I. Rogozin et P’Khil, de l'Institut National de la Santé aux Etats-Unis, qui sont partenaires dans notre
projet et experts dans une analyse de séquençage
Approches méthodologiques et techniques envisagées (4-6 lignes)
Nous utiliserons des échantillons d'ADN provenant d'échantillons de sang de cordon obtenus chez des enfants
inclus dans la cohorte mère-enfant TIMOUN en Guadeloupe. L'exposition prénatale au CD a été déterminée en
mesurant la concentration de CD dans le sang de cordon. Afin de révéler les mutations dans les régions codantes
des souris exposées au CD, nous utiliserons la technologie de reséquençage d'exome avec la technologie
développée par Illumina. Le séquençage de l'exome du génome entier est une approche du séquençage des régions
codantes du génome. Parmi les échantillons disponibles (n ~ 140), nous choisirons un groupe témoin de ceux qui
n'ont pas été exposés. Nous analyserons des échantillons humains pour la présence de mutations dans des régions
de codage en utilisant un reséquençage d'exome entier. Toutes les questions d’éthique du travail avec des
échantillons humains et des animaux seront respectées selon les règles de l'éthique de travail de l'UE.
Compétences scientifiques et techniques requises par le candidat (2 lignes)
génomiques, génétiques, bioinformatique