Profil N° (à remplir par VAS) FINANCEMENT Demandé Acquis Fiche Résumé du sujet de thèse 2017 Champs disciplinaire génomiques, génétiques Titre de la thèse : (1-2 lignes) L'étude des mutations associées au risque de cancer chez l’homme et la souris exposés au chlordécone 3 mots-clés : (1 ligne) mutation / exome / epigénétique ACRONYME Unité/équipe encadrante : U1085, Avenir team4 Méiose, recombinaison, épigénétique Nom du responsable scientifique Fatima Smagulova nom du codirecteur le cas échéant : Contact : Fatima Smagulova [email protected] Contexte socioéconomique et scientifique : (10 lignes) L’exposition aux substances toxiques environnementales pourrait avoir un impact sur les cellules germinales et engendrer des changements dans de nombreux organes chez adult. Dans notre étude de program d’ATIP-Avenir nous avons exposé des souris gestantes au Chlordécone (CD). La descendance male de ces souris traitées a été croisée durant trois générations et les testicules des males de la troisième génération ont étés analysés. En utilisant l’approche de RNA-seq, nous avons trouvé 412 gènes différentiellement exprimés. Nous avons observé que plusieurs gènes qui ont un rôle dans le développement du cancer chez l’homme sont dérégulés. Nos résultats suggèrent que l’exposition aux substances toxiques environnementales pourrait engendrer des changements au niveau des ARN et des modifications épigénétiques des histones qui sont transmis à la descendance. Nous avons montré que l’exposition des embryons au CD engendre l’apparition de variantes structurales au sein du génome, suggérant que cette exposition pourrait engendrer des mutations génétiques. Les hypothèses et questions posées (8 lignes) Nous émettons l’hypothèse que l’exposition des embryons au CD est dommageable pour le génome. Pour tester cette hypothèse, nous allons procéder a la détection de mutations a l’échelle du génome entier en utilisant la technique de séquençage de NGS. Les taches dans cette étude sont 1) Effectuer le séquençage des exomes de souris exposées au CD pendant le développement à l'échelle du génome. Cet objectif est conçu pour révéler les mutations dans les régions codantes causées par l'exposition au CD. 2) Effectuer l'analyse intégrative des mutations de l'ADN, des données RNA-seq et épigénétiques, chez les souris exposées au CD au cours du développement. 3) Effectuer le séquençage des exomes du génome humain exposé au CD pendant le développement. Cet objectif vise à révéler les aberrations génétiques dans le génome humain. Nous comparerons également les mutations identifiées avec les mutations associées au cancer en utilisant la base de données COSMIC. Les grandes étapes de la thèse et démarche (10-12 lignes) La première année nous effectuerons la plupart des expériences, y compris la séquençage d’exomes chez les hommes et souris, le cartographie des mutations. Le deuxième année nous allons effectuer l'analyse des régions instable dans le génome de la souris et les hommes et nous effectuerons l'analyse intégrative et nous préparerons des données pour manuscrit. La priorité à l'analyse sera donnée pour des gènes impliqués dans la réparation de l'ADN, les oncogènes et les fonctions de modification de la chromatine, en raison de son rôle connu dans le développement du cancer. Pour une analyse initiale, au moins 20 échantillons de chaque groupe seront initialement analysés. Étape importante est l'analyse de données de séquençage. Cette partie sera faite en collaboration avec collègue, I. Rogozin et P’Khil, de l'Institut National de la Santé aux Etats-Unis, qui sont partenaires dans notre projet et experts dans une analyse de séquençage Approches méthodologiques et techniques envisagées (4-6 lignes) Nous utiliserons des échantillons d'ADN provenant d'échantillons de sang de cordon obtenus chez des enfants inclus dans la cohorte mère-enfant TIMOUN en Guadeloupe. L'exposition prénatale au CD a été déterminée en mesurant la concentration de CD dans le sang de cordon. Afin de révéler les mutations dans les régions codantes des souris exposées au CD, nous utiliserons la technologie de reséquençage d'exome avec la technologie développée par Illumina. Le séquençage de l'exome du génome entier est une approche du séquençage des régions codantes du génome. Parmi les échantillons disponibles (n ~ 140), nous choisirons un groupe témoin de ceux qui n'ont pas été exposés. Nous analyserons des échantillons humains pour la présence de mutations dans des régions de codage en utilisant un reséquençage d'exome entier. Toutes les questions d’éthique du travail avec des échantillons humains et des animaux seront respectées selon les règles de l'éthique de travail de l'UE. Compétences scientifiques et techniques requises par le candidat (2 lignes) génomiques, génétiques, bioinformatique