sujet 2012- 01 - Aix

Organisme d’accueil :
CNRS Délégation Provence et Corse
31, chemin Joseph Aiguier
13402 Marseille Cedex 20
France
Laboratoire d’accueil :
Information Génomique & Structurale
UPR 2589-CNRS
Aix-Marseille Université Parc Scientifique de Luminy,
Institut de Microbiologie de la Méditerranée
163 Avenue de Luminy - case 934
13288 Marseille cedex 09 (France)
Tel: [phone]
fax: [phone]
http://www.igs.cnrs-mrs.fr
Activités confiées :
Amplification de girus marin par la mise en culture d’échantillons environnementaux en
présence d’Acanthamoeba
Le projet de stage porte sur la remise en culture de la fraction « girus » d’échantillons
environnementaux filtrés dans le cadre de la mission TARA-océans. Les girus correspondent
à des virus géants capable d’infecter des organismes marins de type eucaryote.
Le stagiaire devra déterminer les conditions de remises en culture appropriées à
l’amplification des virus infectieux sur les amibes tout en limitant la propagation de bactéries
éventuellement présentes sur les filtres.
Les cas d’infection induisant une mort cellulaire seront analysés en microscopie à
fluorescence ainsi qu’en microscopie électronique afin de déterminer la nature de l’agent
infectieux ainsi que l’influence de l’infection sur le cycle cellulaire de l’hôte Acanthamoeba.
Les échantillons montrant une amplification de virus possibles seront produits
massivement afin de procéder à une extraction d’ADN dans le but de caractériser plus
précisément l’agent infectieux, puis par des méthodes d’analyse de séquence et de phylogénie
de déterminer de quel type viral il s’agit ainsi que de sa place dans la phylogénie des virus
géants. .
Encadrement :
Responsable : Chantal Abergel, Directeur de Recherche CNRS