sujet 2014-4 - Aix

Organisme d’accueil :
CNRS Délégation Provence et Corse
31, chemin Joseph Aiguier
13402 Marseille Cedex 20
France
Laboratoire d’accueil :
Information Génomique & Structurale
UMR7256-CNRS
Aix-Marseille Université Parc Scientifique de Luminy,
Institut de Microbiologie de la Méditerranée
163 Avenue de Luminy - case 934
13288 Marseille cedex 09 (France)
Tel: [phone]
fax: [phone]
http://www.igs.cnrs-mrs.fr
Activités confiées :
Détection et étude de virus géants par la mise en culture d’échantillons environnementaux
en présence d’amibes des genres Acanthamoeba et Dictyostelium.
Lors de son stage, l’étudiant sera chargé d’amplifier la fraction virus géants contenue
dans des échantillons environnementaux collectés dans le cadre de différentes missions,
notamment TARA-océans.
Le stagiaire devra déterminer les conditions appropriées de remise en culture des virus
infectant les amibes des genres Acanthamoeba afin de les rendre capables d’infecter
Dictyostelium.
Les infections produites seront étudiées de façon approfondie, en microscopie optique
et électronique pour déterminer la nature de l’agent infectieux ainsi que les différentes
étapes du cycle infectieux.
Les virus géants potentiels seront ensuite analysés selon plusieurs dimensions
(génomique, protéomique…etc..) dans le but de les caractériser plus précisément et de
déterminer leur place dans la phylogénie des virus géants.
Les outils permettant la manipulation génétique de Dictyostelium étant bien établis, la
découverte de virus géants capables d’infecter Dictyostelium ouvrira la voie à l’étude
moléculaire approfondie de ces organismes et des relations hôte-pathogène.
Encadrement :
Nadège Philippe, Ingénieur de Recherche CNRS
Responsable : Chantal Abergel, Directeur de Recherche CNRS