Spectrométrie de masse dans l`identification bactérienne

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38
ème
Colloque National
des Biologistes des Hôpitaux
Montpellier
–
28/09 au 02/10/2009
ACNBH
Agrément FMC
N
°
100 168
DECLARATION D’INTERET
DANS LE CADRE DE MISSIONS DE FORMATION
REALISEES POUR L’ACNBH
Dr. Alain Gravet exerçant au CH de Mulhouse déclare sur l’honneur
ne pas avoir d'intérêt
, direct ou indirect (financier) avec les entreprises
pharmaceutiques, du diagnostic ou d’éditions
en relation avec le DMDIV et/ou le sujet présenté
.

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Spectrométrie de masse et
identification bactérienne
Dr. Alain Gravet
Laboratoire de Microbiologie
Centre Hospitalier de Mulhouse

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L’identification bactérienne
identification phénotypique (1)
L’identification d’un micro
-
organisme est une étape
importante dans le diagnostic d’une maladie infectieuse
Orientation famille bactérienne, un genre, voire une espèce :
Morphologie des colonies, morphologie après coloration,
caractéristiques de croissance, pigmentation, odeur, caractère
caractéristiques de croissance, pigmentation, odeur, caractère
hémolytique sur gélose au sang, catalase, oxydase
Pour une identification plus précise : utilisation de galeries
d’identification biochimique manuelles ou pouvant être lues
sur automates
Des tests d’agglutination peuvent également être utilisés
pour l’identification bactérienne

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L’identification bactérienne
identification phénotypique (2)
Galeries biochimiques d’identification
Miniaturisation des tests : Système Api
®
de
bioMérieux
Etude du métabolisme (incubation de 18
-
24h, éventuellement 48h)
Recherche d’activités enzymatiques (pas de croissance nécessaire,
inoculum plus important)
inoculum plus important)
Automates
utilisation de substrat
chromogénique
, fluorescent ou
fluorogéniques
lecture colorimétrique,
tubidimétrique
ou
fluorométrique
. Méthode dépendant du fabricant
Systèmes
Vitek
®
, Phoenix
®
,
Walk
-
away
®
,
Taxons +/
-
différents selon le fabricant, différentes cartes ou
cartouches (BG
-
…)
Certains taxons absents
: anaérobie… en développement

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Identification moléculaire des
micro
-
orgnismes
Bouleversement de l’identification, mises en évidence des erreurs et des
insuffisances de l’identification phénotypique
Analyse de la séquence du gène de l’ARN 16S pour les bactéries et
comparaison avec les banques électroniques de séquences (
GenBank
,
MBL…)
99% de similarité identifie à l’espèce, 97
-
99 le genre, <
97% possible
nouvelle espèce
Autres possibilités
: séquençage du gène
rpo
B
, puce à ADN
Utilité:
Identification des bactéries fastidieuses
Les mycobactéries (PCR, hybridation)
Lorsque identification peu performante (
Acinetobacter
)
Discordance identification et antibiogramme par exemple
Isolement dans une circonstance inhabituelle