Gène - Institut de Mathématiques de Marseille, UMR 7373

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 Gains et pertes de fonction ciblés à l’aide d’un vecteur d’électroporation
MEDIAL
+
-
observation
E 2.5
GFP: Green Fluorescent Protein
Pulse électrique 75V /10ms
• Protéine extraite d’une méduse
• Pic d’émission 395 nm
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Purification du
plasmide
Culture
bactérienne
plasmide
Linéarisation
par des
enzymes de
restriction
Ligation
+
Vecteur
Gene d’intérêt
ou rapporteur
plasmide
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techniques de coloration spécifique
Caille morphologiquement reconnaissable du noyau de poulet
Taille sensiblement similaire pendant la première partie de
l'embryogenèse.
Les tissus de caille greffés dans l'embryon de poulet s'intègrent
parfaitement (en quelques heures) à l'hôte et participent à la formation
des organes et tissus de l'hôte
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Mise en application de techniques de mathématiques
appliquées, informatique, statistiques, intelligence
artificielle, chimie, biochimie pour résoudre des
problèmes biologiques.
Domaines d’application :
Analyse de séquences (Comparaison de Génomes)
Annotation de Génomes
Datamining et Base de Données
Evolution des espèces
Analyse de l’expression et de la régulation
Prédiction de structures protéiques
Modélisation de systèmes biologiques
Analyse d’image à haut débit.
…
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Le Système MyoBase
MyoBase
Curator
Données
d’expériences : In situ,
Microarrays, Biopsies
Ajout de nouvelles
données,
Mise à jour …
MyoBase
Core database
Views
API
Views
API
Views
API
MyoBase
Manager
Views
API
Public Web Site
MyoBase
Loader
API: Application Programming interface
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
Gene
ontology
Domaines
protéiques
Articles
Pubmed
Base de
données
spécifiques
Données
cliniques
Pathologies
Microarray
Gène
Spécificité Muscle
Pathways
Information
génomiques
Orthologie
Expression
Intégration / Corrélation
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Détection de l’expression
d’un gène spatio / temporelle
Nécessité d’établir un
vocabulaire contrôlé
décrivant l’anatomie aux
stades de développement
remarquables
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mesenchyme
| | | head mesenchyme
| | | | mesenchyme derived from head mesoderm
| | | | mesenchyme derived from neural crest
| | | trunk mesenchyme
| | | | intermediate mesenchyme
| | | | lateral mesenchyme derived from mesoderm
| | | | paraxial mesenchyme
| | | | | mesenchyme derived from trunk neural crest
| | | | | | lateral migration pathway mesenchyme
| | | | | | medial migration pathway mesenchyme
| | | | | somites
| | | | | | myotomes
| | | | | | | epaxial region
| | | | | | | fast muscle cells
| | | | | | | hypaxial region
| | | | | | | myoseptum
| | | | | | | slow muscle cells
| | | | | | | | muscle pioneers
Anatomie Zebra fish au stade pharyngula
In situ Zebra fish au stade pharyngula
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Organisme complet à 1 stade de développement
tissu sain ou pathologique …
Extraction d’ARNm
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
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 

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Orthologie
?????
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






• 
– 
– 
– 
Basé sur les homologies de séquence
Base de données d’arbres phylogénétiques
manuellement validés
L’orthologie dans MyoBase est basée sur le nombre de
méthodes et non pas sur un score de similarité.

• “Prédire” l’expression d’un gene non connu chez la
drosophile