Application de la cytométrie de flux à la microbiologie médicale

Application de la cytométrie de flux
à la microbiologie médicale
A. Älvarez-Barrientos et coll. (Clin Microbiol Rev
2000 ; 13 : 167-95) viennent de faire paraître une
mise au point sur les potentialités de la cytométrie
en flux en microbiologie médicale. Plusieurs défis
sont actuellement posés à l’analyse microbiologique d’échantillons biologiques : l’obtention de
réponses plus rapides, une amélioration des techniques afin d’obtenir une aide encore meilleure
pour les choix thérapeutiques et, enfin, l’abaissement des coûts d’analyses. Les récents développements de la cytométrie en flux sont passés en
revue : ils pourraient répondre à certains de ces
défis. Cette technique permet, par exemple, de
mettre en évidence des micro-organismes
uniques ou multiples par leur capacité à diffracter un faisceau lumineux ou à se fixer à certains
fluorochromes. Ces fluorochromes peuvent être
utilisés soit seuls (ceux, par exemple, capables de
se fixer non sélectivement sur des acides
nucléiques), soit couplés à des anticorps ou à des
sondes nucléiques spécifiques. La sensibilité des
bactéries à des antibiotiques peut aussi être
déterminée rapidement (deux à trois heures actuellement) de façon quantitative et reproductible.
Dans ce domaine, l’aspect le plus novateur de cette
technique est la possibilité de détecter au sein d’une
population bactérienne des sous-populations hétérogènes présentant des réponses différentes à un
antibiotique donné.
Les concentrations minimales bactéricides peuvent
aussi être déterminées d’emblée, sans passer par la technique traditionnelle de réalisation longue et fastidieuse.
Il est aussi possible de détecter des morphotypes différents de Pseudomonas aeruginosa dans les sécrétions
bronchiques de patients ayant une mucoviscidose, ou
de mettre en évidence des sous-populations de Helicobacter pylori ayant des déterminants de pathogénicité
différents. Il est encore possible de détecter des smallcolony variants au sein d’une population de Staphylococcus aureus : ces variants ont une morphologie particulière et un spectre de sensibilité aux antibiotiques qui
leur est propre. Enfin, il semble aussi loisible d’utiliser
cette technologie pour contrôler ex vivo l’activité antimicrobienne de traitements antibiotiques sans passer
par l’étape de la culture.
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En résumé, cet article fait le point sur les possibilités
qu’offre aujourd’hui en microbiologie (bactériologie,
virologie, parasitologie) la cytométrie en flux. Cette
technique permet de réaliser certaines des phases
analytiques plus rapidement que les techniques
de culture traditionnelles. Son originalité est d’étudier les bactéries individuellement et non pas en
termes de population, comme le font les méthodes
classiques. Cependant, elle est encore peu répandue dans les laboratoires de microbiologie, et il
serait utile que des industriels en réalisent l’automatisation.
Y. Piémont, Strasbourg
Différentes quasi-espèces
de virus de l’hépatite C
dans le sérum,
les cellules mononucléées
sanguines et le foie
Le virus de l’hépatite C (VHC) est présent chez
chaque patient sous la forme d’une quasi-espèce,
mélange de variants génétiquement différents mais
apparentés les uns aux autres. Il n’infecte pas que
les hépatocytes. M. Okuda et coll. (Hepatology 1999 ;
29 : 217-22) proposent une approche élégante du rôle
des cellules mononucléées sanguines (PBMC) dans
la persistance de ce virus. La variabilité génomique
du VHC est étudiée chez 13 patients, simultanément
dans le sérum, le foie et les PBMC. La quasi-espèce
virale présente dans chaque compartiment biologique
est analysée par RT-PCR et séquençage de 8 à 14 clones
par échantillon, dans un domaine hypervariable de la
région E2, qui code pour une protéine d’enveloppe du
virus. Ce travail illustre remarquablement la variabilité
des quasi-espèces (3,7 à 59,3 % de variation en acides
aminés chez un même patient) et leur complexité croissante dans les PBMC, le foie puis le sérum. Pour trois
patients, le variant dominant diffère dans les trois compartiments. Souvent, des séquences virales communes
sont identifiées dans deux des trois compartiments (foie
et PBMC : 5 patients ; foie et sérum : 5 ; sérum et
PBMC : 7). Il existe toutefois des variants viraux spécifiques du foie, des PBMC, ou, chez tous les patients, du
sérum. Il est possible que des variants viraux particuliers
aient été sélectionnés par la technique de clonage, ou la
taille limitée de la biopsie hépatique. Néanmoins, ce
La Lettre de l’Infectiologue - Tome XV - n° 6 - juin 2000
travail suggère que le VHC circulant est issu de la multiplication virale dans les deux autres compartiments. La
détection occasionnelle dans les PBMC d’ARN VHC
“négatifs” (intermédiaires de réplication) conforte la
démonstration. Même si la réplication du VHC dans les
cellules d’origine lymphoïde est vraisemblablement
moins intense que dans le foie, les auteurs suggèrent
que les PBMC pourraient représenter un site idéal de
sélection de souches virales résistantes lors de traitements par l’interféron.
M.E. Lafon, Bordeaux
août 2000
X. de La Tribonnière, Tourcoing
3-8 août, Sun Valley, États-Unis
Comprehensive review of HIV management, summer symposium
University of California, San Francisco,
department of medicine, CME, UCSF
Box 0656, San Francisco, CA 941430656, États-Unis
Tél. : (1) 415 476 52 08
Fax : (1) 415 476 35 42
Internet : http ://www.medicine.ucsf.edu/
programs/cme
13-16 août, Santa Fe, États-Unis
6th annual topics in infectious diseases for
primary care
Office of Continuing Medical Education, Johns Hopkins University school of medicine, Turner 20, 720
Rutland avenue, Baltimore, Maryland 21205-2195,
États-Unis
Tél. : (1) 410 955 29 59
Fax : (1) 410 955 08 07
E-mail : [email protected]
22-27 août, Cold Spring Harbor, États-Unis
Molecular genetics of bacteria & phages
Cold Spring Harbor Laboratory, meeting & courses
Office, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor,
NY 11724-2213, États-Unis
Tél. : (1) 516 367 83 46
Fax : (1) 516 367 88 45
Internet : http ://www.cshl.org/meetings
26-30 août, Toronto, Canada
28th ISH : Congress of the International Society of
Hematology
ISH 2000 Secretariat, 275, Bay Street, Ottawa, ON,
K1R 5Z5, Canada
Tél. : (1) 613 238 99 98
Fax : (1) 613 236 27 27
E-mail : [email protected]
Internet : http ://www.ish2000.org
29 août-3 septembre, Liège, Belgique
2nd World Congress on vaccines and immunization
Pr E. Kurstak.
Fax : (1) 514 695 05 14
E-mail : [email protected]
Dates limites d’abstract août 2000
août
13-15 septembre, Toronto, Canada
2nd International Workshop on Adverse Drug Reactions and Lipodystrophy in HIV
International Medical Press, 2989 Piedmont Road,
Atlanta, Georgia 30305, États-Unis
Tél. : (1) 404 233 64 46
Fax : (1) 404 233 28 27
E-mail : [email protected]
10 août
11-14 décembre, Hong Kong, Chine
7th Western Pacific Congress of Chemotherapy and
Infectious Diseases
MV Destination Management Limited, Room 609,
Austin Tower, 22 Austin Avenue, Tsim Sha Tsui,
Kowloon, Hong Kong
Tél. : (852) 27 35 81 18. Fax : (852) 27 35 82 82
E-mail : [email protected]
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La Lettre de l’Infectiologue - Tome XIV - n° 6 - juin 1999
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