Application de la cytométrie de flux à la microbiologie médicale

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La Lettre de l’Infectiologue - Tome XV - n° 6 - juin 2000
A. Älvarez-Barrientos et coll. (Clin Microbiol Rev
2000 ; 13 : 167-95) viennent de faire paraître une
mise au point sur les potentialités de la cytométrie
en flux en microbiologie médicale. Plusieurs défis
sont actuellement posés à l’analyse microbiolo-
gique d’échantillons biologiques : l’obtention de
réponses plus rapides, une amélioration des tech-
niques afin d’obtenir une aide encore meilleure
pour les choix thérapeutiques et, enfin, l’abaisse-
ment des coûts d’analyses. Les récents dévelop-
pements de la cytométrie en flux sont passés en
revue : ils pourraient répondre à certains de ces
défis. Cette technique permet, par exemple, de
mettre en évidence des micro-organismes
uniques ou multiples par leur capacité à diffrac-
ter un faisceau lumineux ou à se fixer à certains
fluorochromes. Ces fluorochromes peuvent être
utilisés soit seuls (ceux, par exemple, capables de
se fixer non sélectivement sur des acides
nucléiques), soit couplés à des anticorps ou à des
sondes nucléiques spécifiques. La sensibilité des
bactéries à des antibiotiques peut aussi être
déterminée rapidement (deux à trois heures actuel-
lement) de façon quantitative et reproductible.
Dans ce domaine, l’aspect le plus novateur de cette
technique est la possibilité de détecter au sein d’une
population bactérienne des sous-populations hété-
rogènes présentant des réponses différentes à un
antibiotique donné.
Les concentrations minimales bactéricides peuvent
aussi être déterminées d’emblée, sans passer par la tech-
nique traditionnelle de réalisation longue et fastidieuse.
Il est aussi possible de détecter des morphotypes diffé-
rents de Pseudomonas aeruginosa dans les sécrétions
bronchiques de patients ayant une mucoviscidose, ou
de mettre en évidence des sous-populations de Helico-
bacter pylori ayant des déterminants de pathogénicité
différents. Il est encore possible de détecter des small-
colony variants au sein d’une population de Staphylo-
coccus aureus : ces variants ont une morphologie parti-
culière et un spectre de sensibilité aux antibiotiques qui
leur est propre. Enfin, il semble aussi loisible d’utiliser
cette technologie pour contrôler ex vivo l’activité anti-
microbienne de traitements antibiotiques sans passer
par l’étape de la culture.
En résumé, cet article fait le point sur les possibilités
qu’offre aujourd’hui en microbiologie (bactériologie,
virologie, parasitologie) la cytométrie en flux. Cette
technique permet de réaliser certaines des phases
analytiques plus rapidement que les techniques
de culture traditionnelles. Son originalité est d’étu-
dier les bactéries individuellement et non pas en
termes de population, comme le font les méthodes
classiques. Cependant, elle est encore peu répan-
due dans les laboratoires de microbiologie, et il
serait utile que des industriels en réalisent l’auto-
matisation.
Y. Piémont, Strasbourg
Le virus de l’hépatite C (VHC) est présent chez
chaque patient sous la forme d’une quasi-espèce,
mélange de variants génétiquement différents mais
apparentés les uns aux autres. Il n’infecte pas que
les hépatocytes. M. Okuda et coll. (Hepatology 1999 ;
29 : 217-22) proposent une approche élégante du rôle
des cellules mononucléées sanguines (PBMC) dans
la persistance de ce virus. La variabilité génomique
du VHC est étudiée chez 13 patients, simultanément
dans le sérum, le foie et les PBMC. La quasi-espèce
virale présente dans chaque compartiment biologique
est analysée par RT-PCR et séquençage de 8 à 14 clones
par échantillon, dans un domaine hypervariable de la
région E2, qui code pour une protéine d’enveloppe du
virus. Ce travail illustre remarquablement la variabilité
des quasi-espèces (3,7 à 59,3 % de variation en acides
aminés chez un même patient) et leur complexité crois-
sante dans les PBMC, le foie puis le sérum. Pour trois
patients, le variant dominant diffère dans les trois com-
partiments. Souvent, des séquences virales communes
sont identifiées dans deux des trois compartiments (foie
et PBMC : 5 patients ; foie et sérum : 5 ; sérum et
PBMC : 7). Il existe toutefois des variants viraux spéci-
fiques du foie, des PBMC, ou, chez tous les patients, du
sérum. Il est possible que des variants viraux particuliers
aient été sélectionnés par la technique de clonage, ou la
taille limitée de la biopsie hépatique. Néanmoins, ce
Application de la cytométrie de flux
à la microbiologie médicale
Différentes quasi-espèces
de virus de l’hépatite C
dans le sérum,
les cellules mononucléées
sanguines et le foie

La Lettre de l’Infectiologue - Tome XIV - n° 6 - juin 1999
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travail suggère que le VHC circulant est issu de la multi-
plication virale dans les deux autres compartiments. La
détection occasionnelle dans les PBMC d’ARN VHC
“négatifs” (intermédiaires de réplication) conforte la
démonstration. Même si la réplication du VHC dans les
cellules d’origine lymphoïde est vraisemblablement
moins intense que dans le foie, les auteurs suggèrent
que les PBMC pourraient représenter un site idéal de
sélection de souches virales résistantes lors de traite-
ments par l’interféron.
M.E. Lafon, Bordeaux
3-8 août, Sun Valley, États-Unis
Comprehensive review of HIV manage-
ment, summer symposium
University of California, San Francisco,
department of medicine, CME, UCSF
Box 0656, San Francisco, CA 94143-
0656, États-Unis
Tél. : [phone]
Fax : [phone]
Internet : http ://www.medicine.ucsf.edu/
programs/cme
13-16 août, Santa Fe, États-Unis
6th annual topics in infectious diseases for
primary care
Office of Continuing Medical Education, Johns Hop-
kins University school of medicine, Turner 20, 720
Rutland avenue, Baltimore, Maryland 21205-2195,
États-Unis
Tél. : [phone]
Fax : [phone]
E-mail : [email protected]
22-27 août, Cold Spring Harbor, États-Unis
Molecular genetics of bacteria & phages
Cold Spring Harbor Laboratory, meeting & courses
Office, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor,
NY 11724-2213, États-Unis
Tél. : [phone]
Fax : [phone]
Internet : http ://www.cshl.org/meetings
26-30 août, Toronto, Canada
28th ISH : Congress of the International Society of
Hematology
ISH 2000 Secretariat, 275, Bay Street, Ottawa, ON,
K1R 5Z5, Canada
Tél. : [phone]
Fax : [phone]
E-mail : [email protected]
Internet : http ://www.ish2000.org
29 août-3 septembre, Liège, Belgique
2nd World Congress on vaccines and immunization
Pr E. Kurstak.
Fax : [phone]
E-mail : [email protected]
Dates limites d’abstract août 2000
août
13-15 septembre, Toronto, Canada
2nd International Workshop on Adverse Drug Reac-
tions and Lipodystrophy in HIV
International Medical Press, 2989 Piedmont Road,
Atlanta, Georgia 30305, États-Unis
Tél. : [phone]
Fax : [phone]
E-mail : [email protected]
10 août
11-14 décembre, Hong Kong, Chine
7th Western Pacific Congress of Chemotherapy and
Infectious Diseases
MV Destination Management Limited, Room 609,
Austin Tower, 22 Austin Avenue, Tsim Sha Tsui,
Kowloon, Hong Kong
Tél. : [phone]. Fax : [phone]
E-mail : [email protected]
31 août
3-7 décembre, Queensland, Australie
7th International Meeting on hepatitis C virus and
related viruses
Hepatitis 2000, PO Box 3496, South Brisbane Q.
4101, Australie
Tél. : [phone]. Fax : [phone]
E-mail : [email protected]
Internet : http ://www.icms.com.au/hepcv
août 2000
X. de La Tribonnière, Tourcoing
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