Les agents infectieux

Les agents infectieux
Dr Benoit MOTTET-AUSELO
Médecin hygiéniste, CH Roanne
07/02/2017
Définition : Agent infectieux
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Agent infectieux : virus, bactérie, parasite,
champignon, protozoaires responsable
d'une infection
Infection : envahissement et destruction
de tissus vivants par des microorganismes
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entraine un conflit entre l'hôte et l'agent
infectieux
aboutit à des lésions
Un peu d'histoire
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Aristote : idée d'une contagion invisible de
certaines maladies mais sans preuve
Girolamo Fracastoro : médecin italien du XVème :
attribue la syphilis et la tuberculose à des "êtres
vivants invisibles capables de se multiplier"
XVIème siècle, Von Hutten et Paracelse
affirmèrent l'existence de germes vivants
invisibles mais leurs idées n'eurent guère de
succès
Un peu d'histoire
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XVIIème : Antoni Van Leeuwenhoek, drapier
découvreur des « animalicules ». Il dessina en 1680
des bactéries présentes dans le tartre de ses dents
ainsi que des levures de bière.
XVIIIème : Lazzaro Spallanzani, abbé faisant pousser
des microorganismes dans du jus de viande placé
dans une bouteille
Pasteur (1822-1895) : mise en évidence du rôle des
micro-organismes "microbes" comme agents de
certaines maladies et de leur implication comme
agents de la fermentation des aliments (absence de
génération spontanée)
Koch (1843-1910) : culture de bactéries et découverte
du bacille de la tuberculose
Infection
Une infection peut être :
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locale (peau, gorge, intestin...)
régionale (bras, poumon...)
générale (plusieurs régions du
corps)
bénigne (gravité nulle)
maligne (très grave)
aiguës (jours)
subaiguës (semaines)
chroniques (mois voire années)
Les agents infectieux
• Acaryotes [a (sans) et caryon (noyau)]
• Procaryotes [pro (avant) et caryon (noyau)]
• Eucaryotes
• Unicellulaire
• Pluricellulaire
• Très souvent invisibles à l'œil nu
Les agents infectieux
Parasites [protozoaires : proto (premier)
et zoa ( animal)]
Champignons (moisissures et
levures)
Bactéries
Virus
Prions ou agents transmissibles non
conventionnels (ATNC)
Les agents infectieux
Cheveu : 40 à 100 µm
Les bactéries
Vocabulaire

Bactériologie : Science qui étudie les bactéries
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Bactériémie : bactéries dans le sang

Bactéricide : Tue les bactéries
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Bactériostatique : Empêche la multiplication des
bactéries
Bactéries : généralités
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Cellules relativement simples
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Procaryotes
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Structure

Matériel nucléaire

Membrane cytoplasmique

Paroi cellulaire

+/- Capsule
Bactérie : matériel nucléaire
• Chromosome
– Unique et circulaire
– Propre à la bactérie
• Plasmides
– Molécule d’ADN distincte du
chromosome
– Non essentiel à la survie
– Transmissible
Bactérie : paroi
• Enveloppe rigide assurant l'intégrité
de la bactérie
• Protection des choc osmotiques
• Enveloppe la membrane plasmatique
• Composée de sucres : polysacharides
• Uni- ou bi-membrane
– Uni-membrane : Gram positif
– Bi-membrane : Gram négatif
Bactérie : paroi Gram +
Bactérie : paroi Gram -
Bactérie : paroi
Violet
Rose
Bactérie : classification
Non exhaustif
Cocci
Gram +
Gram -
Staphylococcus epidermidis,
Staphylococcus aureus, …
Clostridium difficile,
Clostridium perfringens,...
Streptococcus agalactiae
Enterococcus faecalis,
Enterococcus faecium,
Neisseria meningitidis
Bacille
Listeria monocytogenes
Enterobacteriaceae : Salmonella
typhi, Escherichia coli, Proteus
mirabilis, Klebsiella pneumoniae, …
Non fermentant : Pseudomonas
aeruginosa, …
Bactéries : réservoir
Ubiquitaires : présentes dans tous les
types de biotopes rencontrés sur Terre :
sol, eaux douces, marines ou
saumâtres, air, profondeurs océaniques,
déchets radioactifs, croûte terrestre,
peau, intestin des animaux...
Bactéries : type de bactéries
 Saprophyte
 Se nourrissent de matières organiques en
décomposition
 Environnement
 Commensale
 Vivent aux dépens d’un autre organisme sans lui
causer de dommage
 Flore résidente qui présente un effet barrière
 Pathogène
 Capacité à induire des troubles morbides chez
l’hôte
 Lié à la virulence et à la susceptibilité individuelle
 Parfois flore normale = portage sain
(pneumocoque, méningocoque)
Colonisation
Bactéries : croissance
• Respiration :
– Aérobie : croissance avec de l'oxygène
– Anaérobie : croissance sans oxygène,
l’oxygène les tues
– Anaérobies facultatifs : croissance avec ou
sans oxygène
• Température :
– Mésophiles : optimum 37°C (E. coli, …)
– Thermophile : optimum ≈ 45-70°C (L.
pneumophila, …)
– Psychrophiles : optimum ≈ 10-15°C (P.
aeruginosa, …)
30’
Bactéries : multiplication
30’
• Fission binaire => clones bactériens
• Toutes les 30 minutes si un milieu favorable
• Échange de matériel génétique (plasmide)
possible => transfert de résistances
Bactéries : sporulation
• Stratégie de survie de certaines
bactéries
• Stress ou carence
• Forme métaboliquement inactive
• Résistance
– aux gels hydro-alcoolique !
– aux détergents-désinfectants classiques
• Survie et dissémination dans
l’environnement
– Clostridium botulinum
– Clostridium tetani
– Clostridium difficile, …
Bactéries : biofilm
• Bactéries peuvent
– s'attacher aux surfaces
– s'associer entre elles
– s'entourer d'un polymère organique
– se détacher secondairement
• Milieu propice de prolifération
• Refuge de bactéries sur
– les dispositifs médicaux
– les sols
– les tuyauteries
Protection contre
les désinfectants et
les antibiotiques
Bactéries : relation hôte-pathogène
• Bactéries pathogènes
– Pathogène même chez le sujet "sain"
– peuvent appartenir à la flore
commensale (pneumocoque,
méningocoque, …) => susceptibilité
individuelle
• Bactéries opportunistes
– pathogènes chez les sujets aux défenses
immunitaires altérées
– souvent commensales
Pathogénie ≠ virulence
Bactéries : virulence
• Adhésion (pili, …)
• Toxines (ex: V. cholerae, C. diphteriae, C. tetani, …)
– action à distance possible
– Parfois seule la toxine est pathogène
• Inflammation (abcès, dysenterie, angine, …)
• Dissémination à partir de la porte d'entrée
– intracellulaire (M. tuberculosis, L. monocytogenes)
– extracellulaire +++ (E. coli, méningite à N. meningitidis,...)
Bactéries : résistance aux antibiotiques
• Bcp divisions = Probabilité mutations ↗
→ Apparition de résistances
• Risque sélection germes résistants
– Concentration antibiotique < CMI
– ATB inadaptés, …
• Transmission des résistances (plasmides)
Bactéries : chez l'homme
 Cellules : 10 000 milliards
 Bactéries : 100 000 milliards (1 à 2 kg)
Bactéries : culture et identification
Services
Prélèvement
Laboratoire
culture
Une colonie de bactérie (plusieurs
milliards de la même bactérie)
•Culture nécessite du temps +++)
•Une bactérie suffis
Bactéries : culture et identification
 Ne pas contaminer un prélèvement
 Respect des consignes de prélèvement : se
désinfecter des mains, désinfecter le site de
ponction, matériel stérile
 Ne pas prélever pour rien
 Germe de la peau sur la peau, oui et alors ?
 BU+ sans signes cliniques, oui et alors ?
Bactéries : culture et identification
exemple ECBU
• Patient symptomatique +++
• Patient continent :
– Toilette au savon doux avec gant de toilette et une serviette propre
– Urines de milieu de jet dans un flacon stérile
• Patient incontinent :
– Toilette au savon doux avec un gant de toilette et une serviette
propre
– + toilette avec savon antiseptique chez la femme
– Sondage intermittent / collecteur pré-connecté / penilex
– Prélèvement via le site de prélèvement préalablement désinfecté
• Patient sondé :
– Ne jamais déconnecté la sonde du sac collecteur
– Prélèvement via le site de prélèvement préalablement désinfecté
Bactéries : culture et identification
exemple hémoculture
• Patient symptomatique +++
• Désinfecter les bouchons des flacons +++
• Détersion et désinfection de la zone de prélèvement
• Prélever les flacons aérobies en PREMIER (purge air
tubulure)
• Prélever
– 3 fois deux flacons
– 1 fois 6 flacons +++
Les virus
Virus : Vocabulaire
 Virologie : Science qui étudie les virus
 Virémie : Présence de virus dans le sang
 Virucide : Tue les virus
Virus : généralités
•
•
•
•
Acaryote
Très petit (10-9 mètres)
Nécessite cellule hôte
Utilise la machinerie de cette cellule
• Structure :
– ADN/ARN
– Capside virale
– Enveloppe virale
Virus : génome
• ADN
– Hépatite B, Varicelle, Herpès,...
• ARN
– VIH, Hépatite A, Rubéole, Grippe, …
– mutations +++
• Monocaténaire ou bicaténaire
• Polarité : sens / anti-sens
Virus : capside
• Structure protéique rigide
• Enferme le génome
• Protège de l'environnement extérieur
• +/- attachement cellulaire
Virus : enveloppe
• Inconstant
• Bourgeonnement de ¢ hôte
– Cytoplasmique (grippe, HIV, …)
– Nucléaire (Herpesviridae, …)
– Organite : golgi, …
• Bicouche lipidique
• Fragiles
– Contact rapproché
– Détruits par détergents
Virus : comparaison virus nu / enveloppé
Virus enveloppés
(VIH, Hépatite B,
Hépatite C,
Grippe,...)
Virus nus
(Rotavirus,
Hépatite A,...)
+
Stabilité dans l'environnement
Élimination dans les selles
Rare
+
Élimination dans la gorge
+
+
Contamination interhumaine directe, respiratoire,
salivaire, sexuelle ou oculaire
+
Contamination interhumaine indirecte oro-fécale
+
Transmission préférentielle pendant la saison
froide
+
Inactivation par solvants
+
+/-
Virus : multiplication
1. Attachement
– Récepteurs
– Cellules cibles
Virus : multiplication
2. Pénétration
– Endocytose => V. nus + enveloppés
– Injection directe => V. nus
– Fusion membrane => V. enveloppés
Virus : multiplication
3. Décapsidation
4. Réplication du génome
4. Synthèse de protéines
5. Assemblage
6. Libération
– Exocytose
– Lyse cellulaire
Virus : identification
Identification moléculaire
(PCR, …)
Test rapide
Sérologies
indirecte
Virus : quelques exemples
 Rhume
 Grippe
 Varicelle
 Rougeole
 mononucléose infectieuse
 VIH
 SRAS
 Ébola
 …
VACCINATION ++++++++
Les champignons
Champignons : Vocabulaire
 Mycologie : Science qui étudie les champignons
 Fongique : qui se rapporte aux champignons
 Mycose : infection par un champignon
 Fongémie : Présence de champignons dans le sang
 Fongicidie : Tue les champignons
Champignons : généralités
 Eucaryote Uni- ou Pluri-cellulaire
 Paroi chitineuse ou cellulosique
 Immobiles
 Se nourrissent par l’absorption des
molécules organiques
Champignons : généralités
 Trois grand groupes :
– Levures
– Filamenteux
– Dermatophytes
• Reproduction sexuée et/ou asexuée
• Production de spores
Champignons : dermatophytes
• Filamenteux
• Contamination :
– Inter-humaine : Trichophyton rubrum, …
– Zoonose : Microsporum canis, …
• Atteinte de :
– Peau (intertrigo, herpes circiné, …)
– Cheveux (teigne, …)
– Onychomychose
Champignons : Levures
 Candidoses : infection due à Candida
 Infections locales :
– plis cutanés
– Perlèches
– Atteinte de la peau et des
muqueuses
 Infections systémique :
– atteinte massive d'organes
– Candidémie
Champignons : filamenteux
• Aspergillus
• Atteinte pulmonaire +++
• Terrain immunodéprimé
• Poussière
– Terre
– Travaux, …
Grave !!!
Les Agents Transmissibles
Non Conventionnels (ATNC)
Les Agents Transmissibles Non
Conventionnels (ATNC) : généralités
• Prion
• Protéine (pas de génome !)
Les Agents Transmissibles Non
Conventionnels (ATNC) : maladies
• Tremblante du mouton, Maladie de la vache folle,
Maladie de Creutzfeld-Jakob, Kuru, cas familiaux
•
•
•
•
•
•
•
Dégénérescence du système nerveux central
Incubation longue (années)
Troubles de l'équilibre et de la sensibilité
Démence
Systématiquement fatale
Absence de traitement
Diagnostic de certitude => Autopsie
Les Agents Transmissibles Non
Conventionnels (ATNC) : classifications
• Patient ni suspect ni atteint
• Patient suspect ou atteint
– Apparition récente sans rémission
– 1 signe clinique neurologique
– 1 trouble intellectuel ou psychiatrique
– Élimination de toute autre cause
Les Agents Transmissibles Non
Conventionnels (ATNC) : risque
• Tissus à risque
– SNC avec ME, hypophyse et duremère
– Rétine et nerf optique
– Ganglion spinal et trijumeau
– Muqueuse olfactive
– Formations lymphoïdes organisées (v-MCJ)
• Risque ne concerne que quelques actes
Les Agents Transmissibles Non
Conventionnels (ATNC) : actes à risque
• Neurochirurgie (sauf rachis)
• Chirurgie ophtalmologique touchant
– Nerf optique
– Rétine
• Chirurgie ORL touchant la muqueuse olfactive
• v-MCJ : chirurgie avec contact, biopsie ou curage d’un
ganglion, ou contact, biopsie ou exérèse d’une formation
lymphoïde organisée, les intubations ou utilisations de
masque laryngé, les endoscopies ou échographies passant
par le carrefour aérodigestif, les endoscopies rectale
Les Agents Transmissibles Non
Conventionnels (ATNC) : stérilisation
• Vapeur d'eau (autoclave)
• 134°C
• 18 minutes
Les parasites
Parasites : Vocabulaire
 Parasitologie médicale : Science qui étudie les
parasites responsables de maladies humaines
 Parasiticide ou antiparasitaire : Traitement qui
tue les parasites
 Vermifuge : Traitement qui tue les parasites
digestifs
Parasites : généralités
• Organisme vivant qui tire profit d'un autre organisme pour se
nourrir, s'abriter ou se reproduire
• Protozoaires : eucaryote unicellulaire
• Helminthes : vers
• Arthropodes
• Réservoir : élément dans lequel un parasite se maintient et assure
sa survivance
• Vecteur : transmet le parasite
• Hôte intermédiaire : être vivant dans lequel le parasite séjourne
pour devenir infestant
• Hôte définitif : héberge la forme adulte du parasite
Parasites : cycles évolutifs
• cycles directs courts :
– parasite immédiatement infestant (amibes)
– parasite auto-infestant : la forme parasitaire émise larves ou œufs
est immédiatement infestante (anguillules et oxyures)
• cycles directs longs :
– court séjour dans le milieu extérieur des œufs ou larves pour
maturation (ascaris, anguillules, ankylostomes)
• Cycles indirects :
– Passe par un ou des hôtes intermédiaires ou vecteur
transformateur :
•
•
•
•
poissons (bothriocéphale, Opistorchis)
crustacés (douve de Chine)
mollusques (douves et schistosomes)
mammifères (taenias)
Parasites : mode d'infestation
• Directe :
– voie orale
(douves)
– transcutanée
(bilharzies)
– aérienne
(micromycètes)
– sexuelle
(Trichomonas)
• Hôte Intermédiaire
– voie orale (porc +
taenia)
– piqûres (filaires,
paludisme)
– déjections (maladie
de Chagas)
– sécrétions
d’insectes
hématophages
(borréliose)
Parasites : helmintes
Ascaris
• Nématodes : vers ronds non segmentés
– Certains ovipares (œufs) : trichocéphale, oxyure, ascaris, …)
– Certains sont vivipares (embryons) : ver de Guinée
• Plathelminthes : vers plats, non recouverts de chitine
– non segmentés : trématodes (douves, schistosomes,…)
– Segmentés : cestodes (Taenia, Echinococcus, …)
Douve du foie
Ténia
Parasites : paludisme
• Plasmodium
falciparum, vivax,
malariae, ovale
• Piqûres de
moustiques
(anophèle ♀)
• Cycle hépatique
• Envahit les hématies
et les détruits
Parasites : Douve
Parasites : arthropodes
• Ectoparasites : parasites de la peau ou des
phanères ( cheveux, poils )
• gale ( Sarcoptes scabiei )
• poux ( Pediculus capitis et P. humanus )
• morpions ( Phthirus pubis )
Parasites : Pediculus capitis
Parasites : Phthirus pubis
Parasites : Sarcoptes scabiei
• Ubiquitaire, tous les âges, tous les milieux
sociaux, tous les continents
• Transmission :
– Contacts étroits prolongés
– direct : contacts intime prolongés
– indirect : environnement contaminé (linge, literie,
mobilier, …)
Parasites : Sarcoptes scabiei
• Accouplement sur l’hôte
• Après fécondation, le mâle meurt et la femelle
creuse un sillon dans la couche cornée de
l’épiderme
• Elle progresse de 1 à 2 mm par jour et pond 35 œufs par jour pendant un à deux mois
• Œufs éclosent en trois-quatre jours
• Stade adulte en 15 jours
Parasites : Sarcoptes scabiei
• Incubation : 4-6 semaines
• Clinique :
– Prurit à recrudescence vespérale et nocturne
– Lésions spécifiques (mains, avants bras, plis, …) :
• sillon : lésion rouge, sinueuse, filiforme de
quelques millimètres de long
• vésicule perlée : base érythémateuse et vésicule
translucide
• nodule scabieux : rouge/brun cuivré et infiltré à la
palpation
Parasites : Sarcoptes scabiei
• Pas de guérison spontanée
• Traitement en deux prises
• Résistance au gel hydro-alcoolique
– Gants
– Savon doux