exprimés dans le Pca RC

La signature d’expression de la lignée germinale dans les adénocarcinomes prosta5ques Romain Mathieu (M2 – Urologie, CHU Rennes) F. Chalmel (CR1) – M. Primig (DR2) – Inserm U625 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Enjeux du cancer de prostate (Pca) Stade précoce De nouveaux marqueurs pronos5ques… « surdiagnos5c » « surtraitement » Stade avancé De nouvelles cibles thérapeu5ques… Discussion Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Cancer Tes5s Genes Déﬁni5on :
exprimés spéciﬁquement dans le tes5cule déréprimés dans certains cancers soma5ques Quelles fonc5ons ? Spermatogénèse Cancérogénèse immortalité propriétés
anti-apoptotiques altérations chrom. instabilité chrom. migration métastases Cancer/Tes2s an2gens, gametogenesis and cancer. Andrew J. G. Simpson et al; Rev Cancer. 2005 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Cancer Tes5s Genes Déﬁni5on :
exprimés spéciﬁquement dans le tes5cule déréprimés dans certains cancers soma5ques Quelles fonc5ons ? Quel(s) intérêt(s) clinique(s)? Marqueurs de mauvais pronos5c Nouvelles cibles thérapeu5ques : vaccinothérapie Cancer/tes2s (CT) an2gens: poten2al targets for immunotherapy. Caballero OL et al. Cancer Sci. 2009 Objec5f : Iden5ﬁer une signature d’expression de la lignée germinale dans les adénocarcinomes prosta5ques Introduc5on & Objec5fs Données brutes Classiﬁca;on des échan;llons Matériel et méthodes Filtra;on Pca Discussion Sélec;on de gènes candidats Valida;on protéique Sélec5on manuelle Immunohisto chimie Western Blot Intersec5on avec banque de données Données d’expression Prétraitement Comparaison Résultats Données cliniques pathologiques Analyse fonc;onnelle Spéciﬁcité ;ssulaire Annota;ons Contrôle Qualité Normalisa;on RMA Méthodes sta5s5ques LIMMA Pathways Calcul d’enrichissement Introduc5on & Objec5fs Données brutes Classiﬁca;on des échan;llons Matériel et méthodes Filtra;on Pca Discussion Sélec;on de gènes candidats Valida;on protéique Sélec5on manuelle Immunohisto chimie Western Blot Intersec5on avec banque de données Données d’expression Prétraitement Comparaison Résultats Données cliniques pathologiques Analyse fonc;onnelle Spéciﬁcité ;ssulaire Annota;ons Contrôle Qualité Normalisa;on RMA Méthodes sta5s5ques LIMMA Pathways Calcul d’enrichissement Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Données d’expression de près de 631 échan;llons humains Hybridées sur « Human Genome U133 Plus 2.0 microarrays » Cancer de prostate Tissus sains Prostate saine Tes5s 45 autres 5ssus sains Adénocarcinome prosta5que 16 11 532 72 Hormonosensibilité Hormono sensibles 68 Résistant à la castra2on 4 Score de Gleason Stade tumoral T G5-‐6 G7 G8-‐10 T2 T3-‐T4 24 31 13 45 20 Groupes pronos5ques Pronos2c -‐ 27 Pronos2c + 36 Introduc5on & Objec5fs Données brutes Classiﬁca;on des échan;llons Matériel et méthodes Filtra;on Pca Discussion Sélec;on de gènes candidats Valida;on protéique Sélec5on manuelle Immunohisto chimie Western Blot Intersec5on avec banque de données Données d’expression Prétraitement Comparaison Résultats Données cliniques pathologiques Analyse fonc;onnelle Spéciﬁcité ;ssulaire Annota;ons Contrôle Qualité Normalisa;on RMA Méthodes sta5s5ques LIMMA Pathways Calcul d’enrichissement Introduc5on & Objec5fs Intensité Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques Filtra;on des transcrits Etape 1 : exprimés dans le Pca RC NE dans la prostate saine E dans le groupe Pca RC Etape 2: spéciﬁquement exprimés dans le Pca RC NE dans le groupe HS Etape 3 : préféren2ellement exprimés dans le tes2s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques Filtra;on des transcrits Etape 1 : exprimés dans le Pca RC NE dans la prostate saine E dans le groupe Pca RC Etape 2: spéciﬁquement exprimés dans le Pca RC NE dans le groupe HS Etape 3 : préféren2ellement exprimés dans le tes2s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques Filtra;on des transcrits Etape 1 : exprimés dans le Pca RC NE dans la prostate saine E dans le groupe Pca RC Etape 2: spéciﬁquement exprimés dans le Pca RC NE dans le groupe HS Etape 3 : préféren2ellement exprimés dans le tes2s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques Filtra;on des transcrits Étape 1 : exprimés dans le Pca RC NE dans la prostate saine E dans le groupe Pca RC Etape 2: spéciﬁquement exprimés dans le Pca RC NE dans le groupe HS Etape 3 : préféren2ellement exprimés dans le tes2s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques Filtra;on des transcrits Étape 1 : exprimés dans le Pca RC NE dans la prostate saine E dans le groupe Pca RC Etape 2: spéciﬁquement exprimés dans le Pca RC NE dans le groupe HS Etape 3 : préféren2ellement exprimés dans le tes2s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques Filtra;on des transcrits Étape 1 : exprimés dans le Pca RC NE dans la prostate saine E dans le groupe Pca RC Etape 2: spéciﬁquement exprimés dans le Pca RC NE dans le groupe HS Etape 3 : préféren2ellement exprimés dans le tes2s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques Filtra;on des transcrits Étape 1 : exprimés dans le Pca RC NE dans la prostate saine E dans le groupe Pca RC Etape 2: spéciﬁquement exprimés dans le Pca RC NE dans le groupe HS Etape 3 : préféren2ellement exprimés dans le tes2s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques 45 autres 5ssus sains Tes5s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Stratégie des ﬁltra5ons sta5s5ques 45 autres 5ssus sains Tes5s Pca RC Pca HS Prostate saine seuil Introduc5on & Objec5fs Données brutes Classiﬁca;on des échan;llons Matériel et méthodes Filtra;on Pca Discussion Sélec;on de gènes candidats Valida;on protéique Sélec5on manuelle Immunohisto chimie Western Blot Intersec5on avec banque de données Données d’expression Prétraitement Comparaison Résultats Données cliniques pathologiques Analyse fonc;onnelle Spéciﬁcité ;ssulaire Annota;ons Contrôle Qualité Normalisa;on RMA Méthodes sta5s5ques LIMMA Pathways Calcul d’enrichissement Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Filtra5ons Sta5s5ques Pca Transcrits puces aﬀymetrix U133 plus 2.0 100000 10000 1000 100 10 1 Pca RC Pca HS gl5-‐6 gl7 54613 54613 54613 54613 gl8-‐10 T2 T3T4 54613 54613 54613 prono + pronos -‐ 54613 Discussion 54613 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Filtra5ons Sta5s5ques Pca Discussion Transcrits puces aﬀymetrix U133 plus 2.0 Etape 1 Transcrits exprimés dans groupe d’intérêt 100000 10000 1000 100 10 1 Pca RC 1366 Pca HS gl5-‐6 gl7 gl8-‐10 64 65 68 119 T2 67 T3T4 87 prono + pronos -‐ 83 73 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Filtra5ons Sta5s5ques Pca Discussion Transcrits puces aﬀymetrix U133 plus 2.0 Etape 1 Transcrits exprimés dans groupe d’intérêt 100000 Etape 2 Transcrits spéciﬁquement exprimés dans le groupe d’intérêt 10000 1000 100 10 1 Pca RC 1046 Pca HS gl5-‐6 gl7 gl8-‐10 T2 T3T4 35 0 0 3 0 4 prono + pronos -‐ 2 6 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Filtra5ons Sta5s5ques Pca Discussion Transcrits puces aﬀymetrix U133 plus 2.0 Spéciﬁcité 2ssulaire Etape 1 Transcrits exprimés dans groupe d’intérêt 100000 Etape 2 Transcrits spéciﬁquement exprimés dans le groupe d’intérêt Etape 3 PE dans le tes5s 10000 1000 100 10 1 Pca RC 1046 108 Pca HS gl5-‐6 gl7 gl8-‐10 T2 T3T4 35 3 0 0 3 0 4 prono + pronos -‐ 2 6 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Filtra5ons Sta5s5ques Pca Discussion Transcrits puces aﬀymetrix U133 plus 2.0 Spéciﬁcité 2ssulaire Etape 1 Transcrits exprimés dans groupe d’intérêt 100000 Etape 2 Transcrits spéciﬁquement exprimés dans le groupe d’intérêt Etape 3 PE dans le tes5s 10000 1000 100 CT gene connu 10 1 Pca RC 1046 108 Pca HS gl5-‐6 gl7 gl8-‐10 T2 T3T4 35 3 0 0 3 0 4 prono + pronos -‐ 2 6 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Pca Résistant à la castra5on 108 Transcrits Préféren5ellement exprimés dans le tes5s 20/130 Cancer Tes5s genes connus 6 MAGE 4 SSX 80 CT genes candidats PS Pca RC Pca HS tes5s Niveau d’expression élevé faible Autres 5ssus sains Introduc5on & Objec5fs Données brutes Classiﬁca;on des échan;llons Matériel et méthodes Filtra;on Pca Discussion Sélec;on de gènes candidats Valida;on protéique Sélec5on manuelle Immunohisto chimie Western Blot Intersec5on avec banque de données Données d’expression Prétraitement Comparaison Résultats Données cliniques pathologiques Analyse fonc;onnelle Spéciﬁcité ;ssulaire Annota;ons Contrôle Qualité Normalisa;on RMA Méthodes sta5s5ques LIMMA Pathways Calcul d’enrichissement Introduc5on & Objec5fs Données brutes Classiﬁca;on des échan;llons Matériel et méthodes Filtra;on Pca Discussion Sélec;on de gènes candidats Valida;on protéique Sélec5on manuelle Immunohisto chimie Western Blot Intersec5on avec banque de données Données d’expression Prétraitement Comparaison Résultats Données cliniques pathologiques Analyse fonc;onnelle Spéciﬁcité ;ssulaire Annota;ons Contrôle Qualité Normalisa;on RMA Méthodes sta5s5ques LIMMA Pathways Calcul d’enrichissement Introduc5on & Objec5fs Données brutes Classiﬁca;on des échan;llons Matériel et méthodes Filtra;on Pca Discussion Sélec;on de gènes candidats Valida;on protéique Sélec5on manuelle Immunohisto chimie Western Blot Intersec5on avec banque de données Données d’expression Prétraitement Comparaison Résultats Données cliniques pathologiques Analyse fonc;onnelle Spéciﬁcité ;ssulaire Annota;ons Contrôle Qualité Normalisa;on RMA Méthodes sta5s5ques LIMMA Pathways Calcul d’enrichissement Introduc5on & Objec5fs Données brutes Classiﬁca;on des échan;llons Matériel et méthodes Filtra;on Pca Discussion Sélec;on de gènes candidats Valida;on protéique Sélec5on manuelle Immunohisto chimie Western Blot Intersec5on avec banque de données Données d’expression Prétraitement Comparaison Résultats Données cliniques pathologiques Analyse fonc;onnelle Spéciﬁcité ;ssulaire Annota;ons Contrôle Qualité Normalisa;on RMA Méthodes sta5s5ques LIMMA Pathways Calcul d’enrichissement Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Valida5ons protéiques Western Blot Lysat protéique §  Lignées cellulaires PNT1 LnCap PC3 § Tes;s humain § Tes;s rat Immunohistochimie Coupes paraﬃnées §  Tes;s rat / humain §  Tissus prosta;ques Étude 1 Prostate Saine (n=5) Pca Hormonosensibles (n=15) Pca Résistant à la castra<on (n=8) Étude 2 (TMAs CHU Poi<ers) Pca Hormonosensibles (n= 224) -‐ ≠ stades T -‐ ≠ score de Gleason -‐ métas / non métas Pca Résistant à la Castra<on (n=50) Prostate saine (n= 57) Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Immunohistochimie Transcriptomique Western Blot -‐ -‐ -‐ -‐ -‐ -‐ ++ ++ 0.016 136/178 177/187 1.3 10^-‐6 -‐ -‐ 0/5 2/15 6/8 0.002 40/105 55/148 NS -‐ -‐ 5/5 15/15 8/8 NS SPT -‐ 0/5 0/15 1/7 NS SPG SPC SPC SPT humain Hu Tes5s rat PC3 P value LnCap Pca RC -‐ Pca HS + Pca RC + Pca HS -‐ PNT1 SPT rondes SPC pachytene Tubule séminifère Tes5s Global Pca RC Pca HS Prostate saine 2/5 4/15 7/8 -‐ CEP78 Gènes cibles 1.3 10^-‐45 -‐ MIPOL + 25/156 133/133 -‐ MageA2 -‐ SPG SPC SPC SPT SPT 1/5 2/15 8/8 5.6 10^-‐5 ++ MageA12 -‐ Tes5s P value + Étude 2 PS TFU625 Étude 1 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Immunohistochimie Transcriptomique Western Blot -‐ -‐ -‐ -‐ -‐ -‐ ++ ++ 0.016 136/178 177/187 1.3 10^-‐6 -‐ -‐ 0/5 2/15 6/8 0.002 40/105 55/148 NS -‐ -‐ 5/5 15/15 8/8 NS SPT -‐ 0/5 0/15 1/7 NS SPG SPC SPC SPT humain Hu Tes5s rat PC3 P value LnCap Pca RC -‐ Pca HS + Pca RC + Pca HS -‐ PNT1 SPT rondes SPC pachytene Tubule séminifère Tes5s Global Pca RC Pca HS Prostate saine 2/5 4/15 7/8 -‐ CEP78 Gènes cibles 1.3 10^-‐45 -‐ MIPOL + 25/156 133/133 -‐ MageA2 -‐ SPG SPC SPC SPT SPT 1/5 2/15 8/8 5.6 10^-‐5 ++ MageA12 -‐ Tes5s P value + Étude 2 PS TFU625 Étude 1 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Immunohistochimie Transcriptomique Western Blot -‐ -‐ -‐ -‐ -‐ -‐ ++ ++ 0.016 136/224 33/50 1.3 10^-‐6 -‐ -‐ 0/5 2/15 6/8 0.002 40/224 20/50 NS -‐ -‐ 5/5 15/15 8/8 NS SPT -‐ 0/5 0/15 1/7 NS SPG SPC SPC SPT humain Hu Tes5s rat PC3 P value LnCap Pca RC -‐ Pca HS + Pca RC + Pca HS -‐ PNT1 SPT rondes SPC pachytene Tubule séminifère Tes5s Global Pca RC Pca HS Prostate saine 2/5 4/15 7/8 -‐ CEP78 Gènes cibles 1.3 10^-‐45 -‐ MIPOL + 124/224 50/50 -‐ MageA2 -‐ SPG SPC SPC SPT SPT 1/5 2/15 8/8 5.6 10^-‐5 ++ MageA12 -‐ Tes5s P value + Étude 2 PS TFU625 Étude 1 Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion TFU625 Tes5s humain Adénocarcinome prosta5que rat Hormonosensible Résistant à la castra5on Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion TFU625 n
Marquage
TFU625
p (Chi²)
Marquage
TFU625
(% cellules +)
p
Statut hormonal du Pca
Metastases 20
18+/20
80% (0-100)
Resistant à la castration (CRPCs) 50
50+/50
70% (20-95)
Hormonosensible (HSPCs) 224
Prostate normale 57
120+/224
<0.0001
5% (0-95)
5+/57
0% (0-90)
Cancer de prostate localisé (T2) 139
62+/139
0% (0-95)
cancer de prostate localement avancé (T3) 85
58+/85
< 0,0001
(Kruskall
Wallis)
TNM (HSPCs)
0,0006
25% (0-90)
0,02
(MannWhitney)
score de Gleason (HSPCs)
Gleason 5-6 51
23+/51
Gleason 7 161
85+/161
Gleason 8-10 12
12+/12
0% (0-95)
0,002
5% (0-95)
60% (5-90)
0,02
(KruskallWallis)
Introduc5on & Objec5fs Matériel et méthodes Résultats Discussion Perspec5ves TFU625 : études fonc5onnelles iden2ﬁca2on des gènes cibles ac2va2on / inac2va2on Valida5on de nouveaux marqueurs poten;els de Pca (CT genes ou non) 1 tumorothèque prostate au service de ces nouvelles études Remerciements Inserm U625 Frédéric CHALMEL Michael PRIMIG Bertrand EVRARD Aurélie LARDENOIS Pr RIOUX-‐LECLERCQ Pr FROMONT ARTP

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