STAGE MASTER 2 Année 2015-2016

STAGE MASTER 2
Année 2015-2016
Laboratoire d’accueil : Unité Mixte de Recherche Procédés Alimentaires et Microbiologique (UMR PAM)
Responsable : Pr Patrick GERVAIS.
Equipe Vin ALiment MIcrobiologie et Stress (VALMIS) & Equipe Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB)
Université de Bourgogne – AgroSup Dijon
Maître de stage : Cosette GRANDVALET ([e-mail], tél : [phone]), équipe VAlMiS
Co-encadrement : Hélène LICANDRO ([e-mail], tél : [phone]), équipe PMB
Titre : Identification et caractérisation de gènes impliqués dans l’adaptation au froid de bactéries lactique d’intérêt
technologique
Démarche et problématique
Les bactéries lactiques (BL) appartiennent à un groupe de bactéries bénéfiques qui ont en commun la capacité de produire de l’acide
lactique. Utilisées depuis plus de 4 000 ans pour fabriquer bon nombre de produits fermentés (fromages, yaourts, choucroute,
saucisson, vin…), les BL modifient le milieu dans lequel elles se trouvent, conférant aux aliments une saveur et une texture
particulière tout en améliorant leur conservation. Depuis les années 1980, les bactéries et les ferments lactiques sont utilisés sous
forme concentrée - congelée ou lyophilisée - pour fabriquer des produits fermentés par ensemencement direct. Ces techniques
permettent de simplifier, standardiser et sécuriser les procédés de fabrication, facilitant aussi les innovations. Si cette pratique était à
l’origine intuitive, ses bases scientifiques sont aujourd’hui mieux comprises. L’évolution des connaissances conduit à la sélection et au
développement de nouvelles souches de bactéries lactiques aux propriétés spécifiques. Cette sélection implique une adaptation ou une
acclimatation des bactéries pour survivre aux perturbations physico-chimiques de leur environnement inhérent aux procédés
technologiques (variations de température, de pH, d’hydratation,….). La compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans
ces phénomènes de survie permet une meilleure sélection des souches et une optimisation des procédés.
Des travaux menés sur différentes espèces de bactéries lactiques, montre une résistance exceptionnelle de Lactobacillus casei et
Oenococcus oeni à une diminution rapide de la température environnementale (28°C +0°C hors congélation) ainsi qu’au maintien de
ces bactéries à basses températures (en milieu binaire eau-glycérol).
L’objectif de ce stage est d’identifier et de caractériser les gènes impliqués dans l’adaptation de ces bactéries aux basses températures.
Nous disposons à ce jour de souches mutantes affectées dans l’expression de gènes csp (Cold Shock Protein). La croissance de ces
souches sera suivi à basses températures ainsi que leur capacité à survivre à un choc hypothermique avec ou sans pré-adaptation. Cette
approche physiologique sera complétée par une approche moléculaire visant à évaluer le niveau d’expression des gènes impliqués
dans l’adaptation et/ou l’acclimatation des bactéries aux perturbations thermiques.
Méthodologie
 Matériel biologique : Lactobacillus casei et Oenococcus oeni (souches parentales et mutantes)
 Cinétiques de refroidissement (28°C +0°C), croissance à basse température
 Dénombrement cellulaire par la technique des UFC (numération sur milieu gélosé) et par cytométrie en flux
 Analyse transcriptomique (PCR, RT-PCR, qRT-PCR)
 Clonage moléculaire pour la complémentation de mutants
Profil souhaité
Le (ou la) candidat(e) devra présenter dans son cursus une formation approfondie en biologie cellulaire et en microbiologie. Il (ou
elle) devra maitriser la manipulation de micro-organismes en conditions stériles. L’accomplissement d’un stage en laboratoire au
cours du cursus du (ou de la) candidat(e) n’est pas obligatoire mais sera considéré comme favorable à son recrutement.
Bibliographie
- Licandro-Seraut H#, Brinster S#, van de Guchte M, Scornec H, Maguin E, Sansonetti P, Cavin JF, Serror P. 2012. Development of an
efficient in vivo Pjunc-TpaseIS1223 system for random transposon mutagenesis of Lactobacillus casei. Appl. Environ. Microbiol., 78(15):5417-
23. (IF 3,8)
- Licandro-Seraut H, Scornec H, Pédron T, Cavin JF, Sansonetti PJ. 2014. Functional genomics of Lactobacillus casei establishment in the gut.
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 111(30):e3101-3109. (IF 9,8)
Candidature
Transmettre un CV, le relevé des notes de M1, lettre de motivation aux responsables de l’encadrement.