Pipelines MUGQIC - Wiki de Calcul Québec

Pipelines
MUGQIC
2014-12-08

Pipeline
Application qui permet de coordonnées l’exécution d’un
groupe de logiciels en série de telle façon que la sortie d'un
logiciel sert d'entrée pour le suivant.
exemple : Galaxy “workflows”

Pipelines MUGQIC
● Développé par l’équipe de bioinformatique du Centre d’
Innovation Génome Québec et Université McGill
● Programmes PERL/(Python) qui génèrent une liste de
commandes bash spécifiques aux serveurs HPC.
● Commandes pour soumettre les tâches à l’
ordonnanceur.
● Gestion des dépendances entre les étapes d’un
pipeline.
● Configurable par le biais d’un fichier d’initialisation.

DNA-seq

RNA-seq