Recherche heuristique dans les
bases de données
L’algorithme BLAST
Nadia El-Mabrouk
Problématiques
Est-ce que cette séquence contient un gène?
Est-ce que ce gène fait partie d’une famille
connue?
Quelle est la fonction de cette protéine?
Est-ce que cette protéine existe dans
d’autres organismes?
Est-ce que d’autres protéines ont les mêmes
domaines ou motifs structuraux?
Rappel – Alignement de séquences
Seq1
Seq2
Seq1
Seq2
Alignement local:
Seq1
Seq2
Alignement global:
Recherche de motif:
Alignement local
Similarité locale entre S1 et S2: Valeur max d’un alignement
entre deux facteurs qcq de S1 et S2
Exemple: Score 2 pour match et -1 pour mismatch ou espace
CAGCAC TT – GG AT TCTCGG
l l l l l
TAGT TT A GG -T GGCAT
Problème: Retrouver les deux facteurs des deux séquences de
similarité locale maximale
Fonction de score pour les substitutions de nucléotides ou
d’AA
Fonction de score pour les trous (gaps)
Matrice BLOSUM 62
Score positif pour les identités,
et négatif pour les mismatchs
1 / 24 100%
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