Recherche heuristique dans les bases de données L`algorithme

Recherche heuristique dans les
bases de données
L’algorithme BLAST
Nadia El-Mabrouk

Problématiques
Est-ce que cette séquence contient un gène?
Est-ce que ce gène fait partie d’une famille
connue?
Quelle est la fonction de cette protéine?
Est-ce que cette protéine existe dans
d’autres organismes?
Est-ce que d’autres protéines ont les mêmes
domaines ou motifs structuraux?

Rappel – Alignement de séquences
Seq1
Seq2
Seq1
Seq2
Alignement local:
Seq1
Seq2
Alignement global:
Recherche de motif:

Alignement local
Similarité locale entre S1 et S2: Valeur max d’un alignement
entre deux facteurs qcq de S1 et S2
Exemple: Score 2 pour match et -1 pour mismatch ou espace
CAGCAC TT – GG AT TCTCGG
l l l l l
TAGT TT A GG -T GGCAT
Problème: Retrouver les deux facteurs des deux séquences de
similarité locale maximale
Fonction de score pour les substitutions de nucléotides ou
d’AA
Fonction de score pour les trous (gaps)

Matrice BLOSUM 62
Score positif pour les identités,
et négatif pour les mismatchs