presentation des résultats QANTI

Atelier Valorial:
Application
des
nouvelles
techniques génomiques à la
microbiologie, l’agroalimentaire et
la sécurité des aliments
Florence POSTOLLEC
1
DST week, Rennes April 21st 2009
Objet de Valorial
:
Accompagner les organismes de recherche
et les IAA dans l'émergence, le montage,
la labellisation et le co-financement
public
de
projets
collaboratifs
innovants.
A ce jour : 140 projets labellisés
[email protected]
Directeur Michel PINEL 06 62 94 18 90
2
Acronyme : QANTI
•
Partenaires :
BBA, PAO, INRA-Agrocampus, ADRIA Développement
•
Objectifs :
Quantification moléculaire de populations bactériennes et de leurs activités métaboliques au sein
des produits laitiers
•
Résultats :
Suivi de 4 flores lactiques lors de la fabrication et affinage de l’Emmental (Actilait)
Formation des partenaires industriels
•
Délégué thématique : Dominique Thuault, ADRIA Développement
•
Financeurs :
3
QANTI
Quantification moléculaire de populations
bactériennes et de leurs activités métaboliques au
sein des produits laitiers
- Résultats, transfert et communication -
DST week, Rennes April 21st 2009
Contexte & objectifs
 Approches moléculaires pour le suivi des populations
dominantes au sein des produits laitiers
– Dynamique & activité des écosystèmes par PCR-TTGE
 Extraction d’ADN et d’ARN
 PCR-TTGE et RT-PCR-TTGE
 Banque de données pour
identification présomptive des
espèces retrouvées dans les
écosystèmes fromagers
Contexte & objectifs
 Approches moléculaires quantitatives au sein de
produits laitiers
– Q-PCR :
 « quantifier » les populations sous-dominantes, en
l’absence de milieu de dénombrement sélectif, grâce
à l’emploi d'amorces spécifiques.
– RT- Q-PCR :
 évaluer l’activité métabolique d’une espèce.
Essais Emmental

Evaluer la croissance, l’activité métabolique et le niveau de stress de 4
bactéries lactiques cibles pendant la fabrication et l’affinage de miniEmmental par outils moléculaires
-
Streptococcus thermophilus ST88 (ST88)
Propionibacterium freudenreichii ITG P14 (P14)
Lactobacillus helveticus LH56 (LH56)
Lactobacillus paracasei LC225 (LC225)
-
Production d’ Emmental à l’échelle pilote (triplicata)
-
PCR-TTGE & RT-Q-PCR-TTGE (16S rRNA)
Q-PCR & RT-Q-PCR (x3)
 Activité métabolique (16S rRNA)
 Niveau de stress (GroL)
Conclusions
 Protocoles
– Répétabilité satisfaisante pour la quantification des populations
et de leur expression: 4 souches bactériennes,
– Application à la fabrication de l’Emmental
 Quantification des espèces sous-dominantes
 Quantification de l’expression des gènes
– criblage de souches d’intérêt technologique ou probiotique.
– étude d’activités enzymatiques parfois difficiles à doser, ayant de
forts impacts sur la qualité finale des produits laitiers
 …à chacun de définir ses amorces en fonction des objectifs!
Transfert & communication

À l’issue de ce programme
-
Formation de 2 jours pour les partenaires industriels
Formation théorique (INRA, ADRIA)
Formation pratique dans les locaux d’ADRIA
 18 participants; commentaires favorables
-
Flash communication à IDF, Dairy Science and Technology week
Postollec F, Falentin H, , Parayre S, Henaff N, Le Bivic P, Richoux R, Thierry A, Sohier D
Growth, metabolic activity and stress of acid lactic bacteria during manufacture and ripening
of swiss-type Emmental cheese by TTGE, real time and RT-Q-PCR.
-
Communication orale au CBL, Comité des Bactéries Lactiques
Falentin H, Le Bivic P, Parayre S, Richoux R, Postollec F, Sohier D
Activité métabolique forte et inattendue des bactéries lactiques jusqu’à la fin de l’affinage de
l’emmental révélée par RT-PCR quantitative.
-
Publication soumise à Int J Food Microbiol
Falentin H, Postollec F, Parayre S, Henaff N, Le Bivic P, Richoux R, Thierry A, Sohier D
Specific metabolic activity of ripening bacteria quantified by quantitative reverse transcription
throughout Emmental cheese manufacture
Pour plus d’information sur ces travaux …
Florence
FlorencePOSTOLLEC
POSTOLLEC
[email protected]
[email protected]
www.adria.tm.fr
www.adria.tm.fr
Hélène FALENTIN
helene.falentin @rennes.inra.fr
5
Acronyme : QuickData
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Partenaires :
Agrocampus Ouest
AFSSA
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Genesystems
SVA Vitré
LEHA
Objectifs :
Mettre au point l’analyse ultra-rapide et
multi-paramétriques de pathogènes en alimentaire
 Detection E. coli O157 pathogène (stx1, stx2, eae, rfbEo157)
 Détection EHEC sérotype O145, O26, O103, O111, H7
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Résultats :
Validation de la méthode de détection et mise au point
d’un kit normalisés AFNOR
Embauche 1 ingénieur R&D, 3 commerciaux / Europe
Déploiement en cours aux États-unis
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Délégué thématique : Dominique Thuault, ADRIA Développement
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Financeurs :
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DST week, Rennes April 21st 2009