Analyse phylogénétique des souches du virus de la fièvre

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U.F.R. Sciences & Techniques Biologiques
École Doctorale BioSE
Thèse
présentée pour l’obtention du titre de
Docteur de l’Université Henri Poincaré, Nancy1
en Biologie Moléculaire
par Tatiana WITTMANN
Analyse phylogénétique des souches du virus de la
fièvre hémorragique Ebola et mise en évidence de
souches atypiques
Soutenance publique le 18 décembre 2007
Membres du jury :
Rapporteurs : M. Xavier de LAMBALLERIE Professeur, Université de Marseille
M. Hervé BOURHY Directeur de recherches Institut Pasteur, Paris
Examinateurs : M. Sylvain BAIZE Chargé de recherches, Institut Pasteur, Lyon
Mme Christiane BRANLANT Directeur de recherches CNRS, Nancy I
M. Éric LEROY Directeur de recherches IRD, Gabon
Directeur de thèse

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À Michel & Fernande JOFFRE, mes grands-parents,
À Jacky & Patricia WITTMANN, mes parents,
À Khalid KETOINE
Qui m’ont forgée et ont fait de moi la personne que je suis.

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Remerciements
Je remercie le Centre International de Recherches Médicales de Franceville, par
l’intermédiaire de son Directeur Général, le Professeur Philippe Blot, d’avoir bien
voulu prendre en charge ces travaux de thèse.
J’adresse également mes remerciements au Docteur Christiane Branlant qui m’a
fait l’honneur de m’accepter au nombre de ses thésards. Je remercie le Docteur Éric
Leroy pour l’honneur qu’il m’a fait en dirigeant cette thèse, pour son dynamisme et sa
patience, son amabilité et sa recherche constante de la perfection.
Merci aux Docteurs Xavier de Lamballerie et Hervé Bourhy pour l’honneur
qu’ils m’ont témoigné en acceptant d’en être les rapporteurs. Merci au Docteur
Sylvain Baize pour l’intérêt qu’il a porté à mes travaux.
Cette thèse n’aurait pas lieu d’être sans le Docteur Maria Makuwa, qui a
accompagné mes premiers pas en virologie et à qui je suis infiniment reconnaissante de
m’avoir lancé dans cette aventure.
Un grand merci également au Docteur Jean-Bernard Lekana-Douki, qui a pris le
temps de relire mes fautes de conjugaison. Ses questions et recherches d’explications
ont permis d’améliorer un peu plus la version finale.
Je n’oublie pas non plus les membres de l’Unité des Maladies Virales
Émergentes, et en particulier André Délicat et Philippe Yaba pour leur bonne humeur
et leurs compétences techniques, le Docteur Brice Kumulungui et Ghislain Moussavou
pour leur capacité de tout discuter et palabrer pour rien. Une pensée spéciale pour le
Docteur Loïs Allela, ancien membre de l’équipe, qui a guidé mes premiers pas en
Afrique et à Franceville, m’a permis d’exercer ma patience et qui continue à l’éprouver
régulièrement.
Je ne peux pas non plus laisser de côté les collègues du service de rétrovirologie,
entre autres : Sandrine Souquière, Augustin Mouinga Ondémé pour ses éditoriaux du
matin, le « bidoc » ya Richard Onanga pour ses discussions et ses conseils avisés,
Armel Mintsa Ndong pour ses conseils à ne pas suivre, ya Guy-Roger Ndong Atome,
et mon voisin le Docteur Ulrich Bisvigou. J’adresse un merci particulier à Chimène
Nze Nkoghe et Sonia Lekana-Douki, membres d’honneur du Club Gastronomique,
sans qui les pauses du vendredi 10h n’auraient pas eu le même goût.
J’adresse également mes remerciements aux travailleurs du CIRMF, Maman
Albertine Nkouyi ; Véronique Ndjougou, documentaliste ; Marguerite Adimina et

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Nicole Mvou, réceptionnistes ; les techniciens et techniciennes, ménagères, secrétaires,
maintenanciers, chauffeurs, … tous ces travailleurs, trop nombreux pour être cités
nommément, qui font vivre le CIRMF et lui apportent leurs joie et bonne humeur.
J’aimerais adresser un merci particulier à mes grand-frères du Shotokan-
Karaté-Municipal de Franceville, la DreamTeam représentée par Esmentho Otounga
Botomo, Christian Chukwuegbo et Wargha Dounda Bamzouzi, qui ont si bien su me
supporter et m’épauler quand j’en avais besoin, qui ont accompli le miracle de me faire
courir, ainsi que pour leurs empis au chantier et leur plus grande dévotion dans leur rôle
de punching-ball !!!
Je n’ai pas de mots pour exprimer la gratitude que j’ai envers notre instructeur, M.
Dominique Mikomba-Liyinda, ceinture noire 3è dan et Président de la ligue du Haut-
Ogooué de Karaté-Do. Il a dépensé sans compter son temps et son énergie à tenter de
nous ouvrir les yeux et l’esprit afin de nous faire prendre conscience de ce que sont l’Art
et la Voie du Karaté. Son enseignement a été inestimable et j’espère, à force de travail,
pouvoir un jour me dire son élève.
Je remercie ma famille : mes grands-parents, mes parents et ma sœur Floriane (la
seule, l’unique, l’incomparable, qui a été d’une efficacité et d’une aide remarquables dans
le dépôt de mon dossier), grandes-tantes, tantes et oncles, cousines et cousins, qui ont
été présents malgré les plus de 6 000 km nous séparant. Leurs lettres et mails remplis de
diaporamas insolites et d’images marrantes m’ont donné l’impression d’être juste à côté
d’eux.
Je remercie également Tantine Marie Christine Mba Ndong qui s’est occupée de
moi comme une mère lors de mes séjours à Libreville, Céline Vebert et Fatma Aït-
Mesbah, les familles Tounkara, Wague et Doucouré pour leur disponibilité, leur joie de
vivre et leur sérénité.
Enfin, merci à toi Khalid pour m’avoir soutenue et poussée dans la dernière ligne
droite, m’avoir changé les idées lors de mes retours toujours trop courts et supporté ces
longues années de séparation.