Liste complète des analyses réalisées en Bactériologie

BIOLOGIE CLINIQUE
Laboratoire de MICROBIOLOGIE MEDICALE – Bactériologie (1)
Nb codes demande
38
Code secteur: MBA
Tour 3, 2ème étage, portes 2/33A, 2/1A, 2/3, 2/4, 2/5, 2/51 et 2/12
Responsables de secteur : P. Melin (MBA)
Responsables techniques : Christine Art (MBA)
(1) Recherche et identification d'agents infectieux par méthodes conventionnelles (culture, microscopie, antigènes)
* analyses non accréditées
CODE Demande
PROPRIETE MESUREE
ECHANTILLON (humain)
METHODE/APPAREIL
accrédité
non accrédité (*)
accred. Demandée (D)
VOIES URINAIRES (urine mi-jet; urine sondée; urine-sonde à demeure; urine-ponction sus-pubienne; urine premier jet; urine après massage prostatique;
Examen "microscopique" du sédiment:
recherche semi-quantitative des éléments
figurés (leucocytes, érythrocytes, bactéries, Urines
levures, cristaux, cylindres hyalins et
cylindres à inclusions)
SU
Inclus dans AERU
AERU
LEVU
MRSAU
Examen microscopique direct après
coloration de Gram.
Culture aérobie avec identification des
microorganismes isolés en nombre
cliniquement significatif
Recherche de levures par culture et
identification des levures isolées
Recherche de MRSA (Staphylococcus
aureus meticilline résistant) par culture
(dépistage)
Cytométrie de flux sur urine homogénisée et/ou examen
microscopique sans coloration du culot de centrifugation
/Sysmex UF 1000 et/ou microscope
*
Urines
Coloration de Gram /Mirastainer, microscope
*
Urines
Culture quantitative sur milieux appropriés /Incubateurs
*
Urines
Culture quantitative sur milieu approprié /Incubateurs
*
Urines
Culture sur milieu sélectif différentiel /Incubateurs
*
VOIES RESPIRATOIRES (frottis de gorge; frottis des fosses nasales; lavage/aspiration/frottis nasopharyngé; expectoration; aspiration trachéoAERFR
MRSAFR
LEVFR
AFSV
Inclus dans AERR/AERQR
AERR
AERR / AERQR
ANAR
Inclus dans MYCR
MYCR
LEGIR
Mise en culture bactériologique comportant
au moins la recherche de Streptococcus
pyogenes (groupe A)
Recherche de MRSA (Staphylococcus
aureus meticilline résistant) par culture
(dépistage)
Recherche de levures par culture et
identification des levures isolées
Recherche de l'association fuso-spirillaire
de Vincent par examen microscopique
Examen microscopique direct après
coloration de Gram.
Culture aérobie avec identification des
bactéries pathogènes probables
/quantitativement significatives isolées
Culture aérobie quantitative avec
identification des bactéries pathogènes
probables présentes à >10.000 CFU/ml
Culture anaérobie avec identification des
bactéries pathogènes probables
Recherche de champignons (spores et
filaments mycéliens) par examen
microscopique direct après coloration au
calcofluor
Recherche de champignons et de levures
par culture et identification des
champignons/levures isolées
Recherche de Legionella par culture
Gorge
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés
/Incubateurs
*
Gorge, fosses nasales
Culture sur milieu sélectif différentiel /Incubateurs
*
Gorge
Culture semi-quantitative sur milieu approprié /Incubateurs
*
Coloration de Gram ou coloration simple appropriée
/Microscope
Coloration de Gram sur frottis à l'exception des lavages
Tout type de prélèvement respiratoire broncho-alvéolaires pour lesquels la coloration est réalisée
après concentration de l'échantillon par cyto-centrifugation
(excepté gorge/nez)
sur lame /Mirastainer, Microscope
Gorge
Expectoration / Aspiration
trachéobronchique
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés
/Incubateurs
Lavage bronchoalvéolaire / Aspiration
trachéobronchique chez le patient
Culture quantitative sur milieux appropriés /Incubateurs
intubé
Culture sur milieux appropriés ; générateur d'atmosphère
Lavage bronchoalvéolaire
GENbox anaer /jarre, incubateurs
Lavage bronchoalvéolaire
Coloration au calcofluor /Microscope à fluorescence
Tout type de prélèvement respiratoire Culture sur milieux appropriés /Incubateurs
Tout type de prélèvement des voies
respiratoires basses
*
*
*
*
*
*
*
Culture sur milieu sélectif différentiel approprié /Incubateurs *
SANG, MOELLE ou CELLULES SOUCHES (en flacon pour hémoculture: sang prélevé par ponction veineuse/sang prélevé au niveau d'un cathéter ; tube
AERH ou AERHP
ANAH
MYCH
AGCR
Culture aérobie avec identification des
bactéries isolées
Culture anaérobie avec identification des
bactéries isolées
Recherche de champignons et de levures
par culture et identification des
champignons/levures isolées
Antigène de Cryptococcus neoformans
Sang, moelle ou cellules souches
Culture en flacon BactAlert FA ou PF, 35°C /BactAlert 3D
*
Sang, moelle ou cellules souches
Culture en flacon BactAlert SN ou FN, 35°C /BactAlert 3D
*
Sang, moelle ou cellules souches
Culture en flacon BactAlert FA ou PF, 35°C /BactAlert 3D
*
Sang (tube sec), serum
Dosage semi-quantitatif par méthode d'agglutination;
Trousse Meridian®
*
VOIES DIGESTIVES (selles; biopsie gastro-duodénale; tubage gastrique)
AERS
Mise en culture bactériologique comportant
la recherche de Salmonella, Shigella,
Selles
Yersinia et Campylobacter
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés y compris
un bouillon d'enrichissement sélectif ; générateur
d'atmosphère GENbox microaer /jarre, incubateurs
*
CLDI
Diagnostic de l'infection intestinale
associée au Clostridium difficile , par
Selles
culture et recherche des toxines A ou B du
Clostridium difficile
Culture sur milieu sélectif différentiel approprié ; générateur
d'atmosphère GENbox anaer /jarre, incubateurs
*
HEPID
Recherche d'Helicobacter pylori par culture Biopsie gastro-duodénale
Culture sur milieu sélectif approprié; générateur
d'atmosphère GENbox microaer /jarre, incubateurs
*
TRACTUS GENITAL (Frottis d'endocol; frottis vaginal; frottis vagino-rectal; frottis de la vulve; frottis urétral; sperme; frottis du pénis; frottis rectal; autre à
inclus dans AERG
AERG
LEVG
DSB
GONCG
MRSAG
Examen microscopique direct après
coloration de Gram.
Culture aérobie avec identification des
bactéries pathogènes (probables) isolées
Recherche de levures par culture et
identification des levures isolées
Tout type de prélèvement génital
Coloration de Gram /Microscope
*
Tout type de prélèvement génital
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés
/Incubateurs
*
Tout type de prélèvement génital
Culture semi-quantitative sur milieu approprié /Incubateurs
*
Culture sur milieux appropriés y compris un bouillon
d'enrichissement sélectif /Incubateurs
*
Endocol, urètre, rectum
Culture sur milieu sélectif approprié /Incubateur
*
Frottis vaginal
Culture sur milieu sélectif différentiel /Incubateur
*
Dépistage prénatal de streptocoques
Frottis vagino-rectal, frottis vaginal,
groupe B par culture après enrichissement
frottis rectal
sélectif, chez la femme enceinte.
Recherche de gonocoques par culture
Recherche de MRSA (Staphylococcus
aureus meticilline résistant) par culture
(dépistage)
BIOPSIES, FROTTIS, LIQUIDES (Biopsie, prélèvement osseux, valve cardiaque, pus, préciser l'origine; frottis de plaie superficielle/suture, de peau brûlée,
inclus dans AERD, AERF,
AERL
MQ.A06
Examen microscopique direct après
coloration de Gram.
Biopsie, frottis divers, pus, liquides
biologiques divers
Coloration de Gram sur frottis, empreinte et pour les liquides
céphalo-rachidiens, liquides pleuraux, liquides articulaires,
*
la coloration est réalisée après concentration de l'échantillon
par cyto-centrifugation sur lame /Mirastainer, microscope
1/3
AERD, AERF, AERL
ANAD, ANAF, ANAL
Inclus dans MYCD, MYCL
MYCD, MYCF, MYCL
Inclus dans MYCL
LEVF
Culture aérobie avec identification des
bactéries pathogènes probables
/quantitativement significatives isolées
Culture anaérobie avec identification des
bactéries pathogènes probables
/quantitativement significatives isolées
Recherche de champignons (spores et
filaments mycéliens) par examen
microscopique direct après coloration
Recherche de champignons et de levures
par culture et identification des
champignons/levures isolées
Recherche de Cryptococcus par examen
microscopique après concentration
Recherche de levures par culture
Biopsie, frottis divers, pus, liquides
biologiques divers
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés
/Incubateurs
Biopsie, frottis divers, pus, liquides
biologiques divers
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés ; générateur
*
d'atmosphère GENbox anaer /jarre, incubateurs
Biopsie, pus, liquides biologiques
divers
Coloration au calcofluor /Microscope à fluorescence
*
Biopsie, frottis divers, pus, liquides
biologiques divers
Culture sur milieux appropriés /Incubateurs
*
LCR
Examen microscopique entre lame et lamelle après
coloration négative à l'encre de chine /Microscope
*
Frottis divers
Culture semi-quantitative sur milieu approprié /Incubateurs
*
*
CATHETERS (Cathéter artériel, central, veineux, autre, et préciser l'origine)
AERC
LEVC
Culture aérobie avec identification des
microorganismes isolés en nombre
cliniquement significatif
Recherche de levures par culture et
identification
Cathéters
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés (méthode
de Maki: "cathéter roulé") /Incubateurs
*
Cathéters
Culture sur milieu approprié /Incubateurs
*
TOUT TYPE DE PRELEVEMENT
Examen microscopique après
coloration de Gram:
Détermination de la présence de
bactéries, de levures et d'éléments
mycéliens, description de la morphologie
et de la réaction au Gram des bactéries
observées, évaluation de la présence de
Recherche de champignons (spores et
filaments mycéliens) par examen
microscopique direct après coloration
au calcofluor
Culture aérobie des bactéries et fungi
aérobies, micro-aérobies et anaérobies
facultatifs.
Tout type de prélèvements,
microrganismes isolés, milieux de
culture liquide
Tout type de prélèvements
Examen microscopique après coloration de Gram
/Mirastainer, microscope
- d'un dépôt ou étalement sur lame du prélèvement,
- ou d'une suspension d'un microorganisme préparée à
partir d'une colonie isolée,
- ou d'une goutte d'un milieu de culture liquide après
coloration de Gram
Examen microscopique en fluorescence après coloration
au calcofluor /Microscope à fluorescence
*
*
Tout type de prélèvement, culture
sur milieux solides ou en milieux
liquides
Mise en culture avec isolement sur des milieux
spécifiques et incubation dans des conditions spécifiques.
- Les choix des milieux de culture et conditions
d'incubation sont basés sur la nature des prélèvements et
des pathogènes potentiels suspectés. Utilisation de
milieux nutritifs, différentiels, sélectifs et d'enrichissement.
Culture anaérobie des bactéries
Tout type de prélèvement, culture
sur milieux solides ou en milieux
liquides
Recherche de levures par culture
Tout type de prélèvement, culture
sur milieux solides
Recherche de champignons par culture
Tout type de prélèvement, culture
sur milieux solides
- Conditions d'incubation :
. En aérobiose: 30°C, 35°C /Incubateurs
. En aérobiose + 5-7% CO2: 35°C /Incubateurs
. En microaérophilie: 35°C, 42°C; GENbox microaer
/jarre, incubateurs
*
. En flacon BactAlert FA , PF, 35°C /BactAlert 3D
Mise en culture avec isolement sur des milieux
appropriés. Les choix des milieux de culture est basé sur
la nature des prélèvements et des pathogènes potentiels
suspectés. Utilisation de milieux nutritifs et sélectifs.
- Conditions d'incubation :
. En anaérobiose: 35°C; GENbox anaer /jarre,
incubateurs
*
. En flacon BactAlert SN, FN, 35°C /BactAlert 3D
Mise en culture avec isolement sur des milieux
spécifiques et incubation dans des conditions spécifiques
en aérobiose (30, 35°C). Les choix des milieux de
culture et conditions d'incubation sont fondés sur la
nature des prélèvements et des pathogènes potentiels
suspectés. Utilisation de milieux nutritifs, sélectifs,
*
différentiels. /Incubateurs
Mise en culture sur des milieux spécifiques et incubation
dans des conditions spécifiques en aérobiose (28, 35°C).
Les choix des milieux de culture et conditions d'incubation
sont fondés sur la nature des prélèvements et des
pathogènes potentiels suspectés. Utilisation de milieux
nutritifs, sélectifs /Incubateurs
*
Recherche de mycobactéries par culture Tout type de prélèvement
Identification par des tests
biochimiques, enzymatiques, de
croissance et immunologiques utilisés
isolément ou en combinaison
Bactéries, levures isolées en culture
- Tests biochimiques ou enzymatiques sans sous-culture:
catalase, oxydase, coagulase, indol, hydrolyse de
l’hippurate, béta-glucuronidase, uréase, ...
- Tests de croissance en présence de facteurs de
croissance ou d'inhibiteurs: satellitisme, bacitracine,
optochine, …
- Systèmes commerciaux d'indentification:
. Galeries API de bioMérieux : 20E (entérobactéries),
20NE (bacilles Gram négatif non fermentant), 20Strep
(Streptocoques), 32Staph (Staphylocoques), 32C
(Candida ), Api Coryne (Corynebactéries et Bacilles Gram
positif), ApiNH (Haemophilus et Neisseria ), 32ANA
(anaérobes)
. Cartes Vitek : Id-GN, Id-GP, Id-YST et Id-NH
- Tests d'agglutination avec des sera spécifiques
(Salmonella groupe, Shigella groupe, Vibrio cholerae , ...)
ou des particules de latex spécifiques (streptocoques betahémolytiques, S.pneumoniae , S.aureus , ...)
Bactéries, levures, fungi isolés
Identification par détermination du profil
des protéines ribosomales
Bactéries aérobies /anaérobies
Détermination de la sensibilité aux
isolées en culture
agents antimicrobiens. Plusieurs
méthodes peuvent être utilisées
isolément ou en combinaison:
MQ.A06
*
/Incubateurs, miniAPI software, Vitek2
MALDI-TOF MS (Spectrométrie de masse) /Biotyper
*
MALDI-TOF (Bruker)
Habituellement les tests de sensibilité sont réalisés sur les
bactéries pathogènes ou cliniquement significatives
probables.
*
2/3
- Sensibilité aux antibiotiques
déterminée par la méthode de diffusion
de disques en milieu gélosé (Méthode de
Kirby Bauer) . Les résultats sont
exprimés en catégories: S (Sensible), I
(Intermédiaire) et R (Résistant)
Méthode de diffusion standardisée par type de bactéries
sur milieux Mueller-Hinton + sang ou HTM. Utilisation de
disques papier. Mesure des diamètres d'inhibition et
interprétation des résultats bruts en accord avec l'édition
la plus récente du CLSI (Clinical Laboratory Standards
Institute) et expertise de l'antibiogramme. Lorsque des
critères d'interprétation ne sont pas publiés par le CLSI,
les référentiels alternatifs utilisés sont l'EUCAST (Comité
européen de l'antibiogramme) et le CASFM (Comité
français de l'antibiogramme). /Incubateurs, jarre
- Sensibilité aux antibiotiques:
détermination des concentrations
minimales inhibitrices (CMI en mg/L)
par la micro-méthode en dilution VITEK
2® bioMérieux et interprétation des
résultats en catégories: S (Sensible), I
(Intermédiaire) et R (Résistant).
Technique quantitative standardisée de détermination de
CMI par l'utilisation conjointe de l'automate Vitek2
bioMérieux et des cartes AST (Antimicrobial susceptibility
testing) Vitek. L'automate calcule les CMI et interprète les
résultats bruts en accord avec l'édition la plus récente du
CLSI (Clinical Laboratory Standards Institute) et de son
système d'expertise de l'antibiogramme (Advance Expert
System software Vitek). Cartes AST /Vitek2
*
MQ.A06
- Sensibilité aux antibiotiques:
détermination des concentrations
minimales inhibitrices (CMI en mg/L)
par la méthode de diffusion de
bandelettes Etest® en milieu gélosé et
interprétation des résultats en catégories:
S (Sensible), I (Intermédiaire) et R
(Résistant).
Bactéries aérobies /anaérobies
/fungi / mycobactéries à croissance
rapide isolés en culture
- Sensibilité aux antifungiques:
détermination des concentrations
minimales inhibitrices (CMI en mg/L) par
méthode de dilution en milieu liquide et
interprétation des résultats en catégories:
S (Sensible), I (Intermédiaire) et R
(Résistant).
- Sensibilité aux antibiotiques. Les
résultats sont exprimés en catégories: S
(Sensible), I (Intermédiaire) et R
(Résistant)
- Sensibilité aux antibiotiques. Les
résultats sont exprimés en catégories: S
(Sensible), I (Intermédiaire) et R
(Résistant)
Levure isolée en culture
Isolat de Mycobacterium
tuberculosis complex
*
Technique quantitative standardisée de diffusion en agar
d'un gradient de concentration d'antibiotique sur
bandelettes Etest® (sur milieux Mueller-Hinton + sang ou
HTM). Lecture des CMI et interprétation des résultats
bruts en accord avec l'édition la plus récente du CLSI
(Clinical Laboratory Standards Institute) et expertise de
l'antibiogramme. Lorsque des critères d'interprétation
ne sont pas publiés par le CLSI, les référentiels alternatifs
utilisés sont l'EUCAST (Comité européen de
l'antibiogramme) et le CASFM (Comité français de
*
l'antibiogramme). /Incubateurs, jarre
Technique quantitative standardisée de détermination de
CMI par dilution en milieu liquide en microplaque. Lecture
visuelle des CMI et interprétation des résultats en accord
avec l'édition la plus récente du CLSI (Clinical Laboratory
Standards Institute). Microplaque Sensititre ® (Trek
Diagnostics System) /Incubateurs
*
Technique en milieu liquide sur automate MGIT /MGIT
D
Mycobactérie autre que
M .tuberculosis isolée en culture
Technique en milieu liquide sur automate MGIT ou sur
Bactec radiométrique 460. /MGIT, Bactec 460,
incubateurs
*
3/3