Liste complète des analyses réalisées en Bactériologie

Laboratoire de MICROBIOLOGIE MEDICALE – Bactériologie (1
)
Nb codes demande
Code secteur: MBA 38
Tour 3, 2ème étage, portes 2/33A, 2/1A, 2/3, 2/4, 2/5, 2/51 et 2/12 Responsables de secteur : P. Melin (MBA)
Responsables techniques : Christine Art (MBA)
(1) Recherche et identification d'agents infectieux par méthodes conventionnelles (culture, microscopie, antigènes)
* analyses non accréditées
CODE Demande PROPRIETE MESUREE ECHANTILLON (humain) METHODE/APPAREIL accrédité
non accrédité (*)
accred. Demandée (D)
SU
Examen "microscopique" du sédiment:
recherche semi-quantitative des éléments
figurés (leucocytes, érythrocytes, bactéries,
levures, cristaux, cylindres hyalins et
cylindres à inclusions)
Urines Cytométrie de flux sur urine homogénisée et/ou examen microscopique sans coloration du culot de centrifugation
/Sysmex UF 1000 et/ou microscope *
Inclus dans AERU Examen microscopique direct après
coloration de Gram. Urines Coloration de Gram /Mirastainer, microscope *
AERU Culture aérobie avec identification des microorganismes isolés en nombre
cliniquement significatif Urines Culture quantitative sur milieux appropriés /Incubateurs *
LEVU Recherche de levures par culture et
identification des levures isolées Urines Culture quantitative sur milieu approprié /Incubateurs *
MRSAU Recherche de MRSA (Staphylococcus
aureus meticilline résistant) par culture
(
dépista
g
e
)
Urines Culture sur milieu sélectif différentiel /Incubateurs *
AERFR Mise en culture bactériologique comportant
au moins la recherche de Streptococcus
py
o
g
enes
(g
roupe A
)
Gorge Culture semi-quantitative sur milieux appropriés
/Incubateurs *
MRSAFR Recherche de MRSA (Staphylococcus
aureus meticilline résistant) par culture
(
dé
p
ista
g
e
)
Gorge, fosses nasales Culture sur milieu sélectif différentiel /Incubateurs *
LEVFR Recherche de levures par culture et
identification des levures isolées Gorge Culture semi-quantitative sur milieu approprié /Incubateurs *
AFSV Recherche de l'association fuso-spirillaire
de Vincent par examen microscopique Gorge Coloration de Gram ou coloration simple appropriée /Microscope *
Inclus dans AERR/AERQR Examen microscopique direct après
coloration de Gram. Tout type de prélèvement respiratoire (excepté gorge/nez)
Coloration de Gram sur frottis à l'exception des lavages
broncho-alvéolaires pour lesquels la coloration est réalisée
après concentration de l'échantillon par cyto-centrifugation
sur lame /Mirastainer, Microscope
*
AERR Culture aérobie avec identification des bactéries pathogènes probables
/quantitativement significatives isolées
Expectoration / Aspiration
trachéobronchique Culture semi-quantitative sur milieux appropriés /Incubateurs *
AERR / AERQR Culture aérobie quantitative avec identification des bactéries pathogènes
probables présentes à >10.000 CFU/ml
Lavage bronchoalvéolaire / Aspiration
trachéobronchique chez le patient
intubé Culture quantitative sur milieux appropriés /Incubateurs *
ANAR Culture anaérobie avec identification des
bactéries pathogènes probables Lavage bronchoalvéolaire Culture sur milieux appropriés ; générateur d'atmosphère GENbox anaer /jarre, incubateurs *
Inclus dans MYCR
Recherche de champignons (spores et
filaments mycéliens) par examen
microscopique direct après coloration au
calcofluor
Lavage bronchoalvéolaire Coloration au calcofluor /Microscope à fluorescence *
MYCR Recherche de champignons et de levures par culture et identification des
champignons/levures isolées Tout type de prélèvement respiratoire Culture sur milieux appropriés /Incubateurs *
LEGIR Recherche de Legionella par culture Tout type de prélèvement des voies
respiratoires basses Culture sur milieu sélectif différentiel approprié /Incubateurs *
AERH ou AERHP Culture aérobie avec identification des
bactéries isolées Sang, moelle ou cellules souches Culture en flacon BactAlert FA ou PF, 35°C /BactAlert 3D *
ANAH Culture anaérobie avec identification des
bactéries isolées Sang, moelle ou cellules souches Culture en flacon BactAlert SN ou FN, 35°C /BactAlert 3D *
MYCH Recherche de champignons et de levures par culture et identification des
champignons/levures isolées Sang, moelle ou cellules souches Culture en flacon BactAlert FA ou PF, 35°C /BactAlert 3D *
AGCR Antigène de Cryptococcus neoformans Sang (tube sec), serum Dosage semi-quantitatif par méthode d'agglutination;
Trousse Meridian® *
AERS Mise en culture bactériologique comportant
la recherche de Salmonella, Shigella,
Yersinia et Campylobacter Selles Culture semi-quantitative sur milieux appropriés y compris
un bouillon d'enrichissement sélectif ; générateur
d'atmosphère GENbox microaer /jarre, incubateurs *
CLDI
Diagnostic de l'infection intestinale
associée au Clostridium difficile , par
culture et recherche des toxines A ou B du
Clostridium difficile
Selles Culture sur milieu sélectif différentiel approprié ; générateur
d'atmosphère GENbox anaer /jarre, incubateurs *
HEPID Recherche d'Helicobacter pylori par culture Biopsie gastro-duodénale Culture sur milieu sélectif approprié; générateur
d'atmosphère GENbox microaer /jarre, incubateurs *
inclus dans AERG Examen microscopique direct après
coloration de Gram. Tout type de prélèvement génital Coloration de Gram /Microscope *
AERG Culture aérobie avec identification des
bactéries pathogènes (probables) isolées Tout type de prélèvement génital Culture semi-quantitative sur milieux appropriés /Incubateurs *
LEVG Recherche de levures par culture et
identification des levures isolées Tout type de prélèvement génital Culture semi-quantitative sur milieu approprié /Incubateurs *
DSB Dépistage prénatal de streptocoques groupe B par culture après enrichissement
sélectif, chez la femme enceinte.
Frottis vagino-rectal, frottis vaginal,
frottis rectal Culture sur milieux appropriés y compris un bouillon d'enrichissement sélectif /Incubateurs *
GONCG Recherche de gonocoques par culture Endocol, urètre, rectum Culture sur milieu sélectif approprié /Incubateur *
MRSAG Recherche de MRSA (Staphylococcus
aureus meticilline résistant) par culture
(
dépista
g
e
)
Frottis vaginal Culture sur milieu sélectif différentiel /Incubateur *
inclus dans AERD, AERF,
AERL Examen microscopique direct après coloration de Gram. Biopsie, frottis divers, pus, liquides biologiques divers
Coloration de Gram sur frottis, empreinte et pour les liquides
céphalo-rachidiens, liquides pleuraux, liquides articulaires,
la coloration est réalisée après concentration de l'échantillon
par cyto-centrifugation sur lame /Mirastainer, microscope
*
VOIES DIGESTIVES (selles; biopsie gastro-duodénale; tubage gastrique)
TRACTUS GENITAL (Frottis d'endocol; frottis vaginal; frottis vagino-rectal; frottis de la vulve; frottis urétral; sperme; frottis du pénis; frottis rectal; autre
à
BIOPSIES, FROTTIS, LIQUIDES (Biopsie, prélèvement osseux, valve cardiaque, pus, préciser l'origine; frottis de plaie superficielle/suture, de peau brûlée,
BIOLOGIE CLINIQU
E
VOIES URINAIRES (urine mi-jet; urine sondée; urine-sonde à demeure; urine-ponction sus-pubienne; urine premier jet; urine après massage prostatique;
VOIES RESPIRATOIRES (frottis de gorge; frottis des fosses nasales; lavage/aspiration/frottis nasopharyngé; expectoration; aspiration trachéo-
SANG, MOELLE ou CELLULES SOUCHES (en flacon pour hémoculture: sang prélevé par ponction veineuse/sang prélevé au niveau d'un cathéter ; tube
MQ.A06 1/3

AERD, AERF, AERL Culture aérobie avec identification des bactéries pathogènes probables
/quantitativement significatives isolées
Biopsie, frottis divers, pus, liquides
biologiques divers Culture semi-quantitative sur milieux appropriés /Incubateurs *
ANAD, ANAF, ANAL Culture anaérobie avec identification des bactéries pathogènes probables
/quantitativement significatives isolées
Biopsie, frottis divers, pus, liquides
biologiques divers Culture semi-quantitative sur milieux appropriés ; générateur d'atmosphère GENbox anaer /jarre, incubateurs *
Inclus dans MYCD, MYCL Recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen
microscopique direct après coloration
Biopsie, pus, liquides biologiques
divers Coloration au calcofluor /Microscope à fluorescence *
MYCD, MYCF, MYCL Recherche de champignons et de levures par culture et identification des
champignons/levures isolées
Biopsie, frottis divers, pus, liquides
biologiques divers Culture sur milieux appropriés /Incubateurs *
Inclus dans MYCL Recherche de Cryptococcus par examen
microscopique après concentration LCR Examen microscopique entre lame et lamelle après
coloration négative à l'encre de chine /Microscope *
LEVF Recherche de levures par culture Frottis divers Culture semi-quantitative sur milieu approprié /Incubateurs *
AERC Culture aérobie avec identification des microorganismes isolés en nombre
cliniquement significatif Cathéters Culture semi-quantitative sur milieux appropriés (méthode
de Maki: "cathéter roulé") /Incubateurs *
LEVC Recherche de levures par culture et
identification Cathéters Culture sur milieu approprié /Incubateurs *
Examen microscopique après
coloration de Gram: Examen microscopique après coloration de Gram
/Mirastainer, microscope
- d'un dépôt ou étalement sur lame du prélèvement,
- ou d'une suspension d'un microorganisme préparée à
partir d'une colonie isolée,
- ou d'une goutte d'un milieu de culture liquide après
coloration de Gram
Recherche de champignons (spores et
filaments mycéliens) par examen
microscopique direct après coloration
au calcofluor
Tout type de prélèvements Examen microscopique en fluorescence après coloration
au calcofluor /Microscope à fluorescence
*
Mise en culture avec isolement sur des milieux
spécifiques et incubation dans des conditions spécifiques.
- Les choix des milieux de culture et conditions
d'incubation sont basés sur la nature des prélèvements et
des pathogènes potentiels suspectés. Utilisation de
milieux nutritifs, différentiels, sélectifs et d'enrichissement.
- Conditions d'incubation :
. En aérobiose: 30°C, 35°C /Incubateurs
. En aérobiose + 5-7% CO2: 35°C /Incubateurs
. En microaérophilie: 35°C, 42°C; GENbox microaer
/jarre, incubateurs
. En flacon BactAlert FA , PF, 35°C /BactAlert 3D
Mise en culture avec isolement sur des milieux
appropriés. Les choix des milieux de culture est basé sur
la nature des prélèvements et des pathogènes potentiels
suspectés. Utilisation de milieux nutritifs et sélectifs.
- Conditions d'incubation :
. En anaérobiose: 35°C; GENbox anaer /jarre,
incubateurs
. En flacon BactAlert SN, FN, 35°C /BactAlert 3D
Recherche de levures par culture Tout type de prélèvement, culture
sur milieux solides Mise en culture avec isolement sur des milieux spécifiques et incubation dans des conditions spécifiques
en aérobiose (30, 35°C). Les choix des milieux de
culture et conditions d'incubation sont fondés sur la
nature des prélèvements et des pathogènes potentiels
suspectés. Utilisation de milieux nutritifs, sélectifs,
différentiels. /Incubateurs *
Recherche de champignons par culture Tout type de prélèvement, culture
sur milieux solides Mise en culture sur des milieux spécifiques et incubation dans des conditions spécifiques en aérobiose (28, 35°C).
Les choix des milieux de culture et conditions d'incubation
sont fondés sur la nature des prélèvements et des
pathogènes potentiels suspectés. Utilisation de milieux
nutritifs, sélectifs /Incubateurs *
- Tests biochimiques ou enzymatiques sans sous-culture:
catalase, oxydase, coagulase, indol, hydrolyse de
l’hippurate, béta-glucuronidase, uréase, ...
- Tests de croissance en présence de facteurs de
croissance ou d'inhibiteurs: satellitisme, bacitracine,
optochine, …
- Systèmes commerciaux d'indentification:
. Galeries API de bioMérieux : 20E (entérobactéries),
20NE (bacilles Gram négatif non fermentant), 20Strep
(Streptocoques), 32Staph (Staphylocoques), 32C
(Candida), Api Coryne (Corynebactéries et Bacilles Gram
positif), ApiNH (Haemophilus et Neisseria), 32ANA
(
anaérobes
)
. Cartes Vitek : Id-GN, Id-GP, Id-YST et Id-NH
- Tests d'agglutination avec des sera spécifiques
(Salmonella groupe, Shigella groupe, Vibrio cholerae, ...)
ou des particules de latex spécifiques (streptocoques beta-
hémolytiques, S.pneumoniae , S.aureus, ...)
/Incubateurs, miniAPI software, Vitek2
Identification par détermination du profil
des
p
rotéines ribosomales Bactéries, levures, fungi isolés MALDI-TOF MS (Spectrométrie de masse) /Biotyper
MALDI-TOF (Bruker) *
Détermination de la sensibilité aux
agents antimicrobiens. Plusieurs
méthodes peuvent être utilisées
isolément ou en combinaison:
Habituellement les tests de sensibilité sont réalisés sur les
bactéries pathogènes ou cliniquement significatives
probables. *
CATHETERS (Cathéter artériel, central, veineux, autre, et préciser l'origine)
TOUT TYPE DE PRELEVEMENT
Tout type de prélèvements,
microrganismes isolés, milieux de
culture liquide
*
Détermination de la présence de
bactéries, de levures et d'éléments
mycéliens, description de la morphologie
et de la réaction au Gram des bactéries
observées, évaluation de la présence de
Culture aérobie des bactéries et fungi
aérobies, micro-aérobies et anaérobies
facultatifs.
Tout type de prélèvement, culture
sur milieux solides ou en milieux
liquides
*
Culture anaérobie des bactéries Tout type de prélèvement, culture
sur milieux solides ou en milieux
liquides
*
*
Bactéries aérobies /anaérobies
isolées en culture
Identification par des tests
biochimiques, enzymatiques, de
croissance et immunologiques utilisés
isolément ou en combinaison
Bactéries, levures isolées en culture
Recherche de mycobactéries par culture Tout type de prélèvement
MQ.A06 2/3

- Sensibilité aux antibiotiques
déterminée par la méthode de diffusion
de disques en milieu gélosé (Méthode de
Kirby Bauer) . Les résultats sont
exprimés en catégories: S (Sensible), I
(Intermédiaire) et R (Résistant)
Méthode de diffusion standardisée par type de bactéries
sur milieux Mueller-Hinton + sang ou HTM. Utilisation de
disques papier. Mesure des diamètres d'inhibition et
interprétation des résultats bruts en accord avec l'édition
la plus récente du CLSI (Clinical Laboratory Standards
Institute) et expertise de l'antibiogramme. Lorsque des
critères d'interprétation ne sont pas publiés par le CLSI,
les référentiels alternatifs utilisés sont l'EUCAST (Comité
européen de l'antibiogramme) et le CASFM (Comité
français de l'antibiogramme). /Incubateurs, jarre *
- Sensibilité aux antibiotiques:
détermination des concentrations
minimales inhibitrices (CMI en mg/L)
par la micro-méthode en dilution VITEK
2® bioMérieux et interprétation des
résultats en catégories: S (Sensible), I
(Intermédiaire) et R (Résistant).
Technique quantitative standardisée de détermination de
CMI par l'utilisation conjointe de l'automate Vitek2
bioMérieux et des cartes AST (Antimicrobial susceptibility
testing) Vitek. L'automate calcule les CMI et interprète les
résultats bruts en accord avec l'édition la plus récente du
CLSI (Clinical Laboratory Standards Institute) et de son
système d'expertise de l'antibiogramme (Advance Expert
System software Vitek). Cartes AST /Vitek2 *
- Sensibilité aux antibiotiques:
détermination des concentrations
minimales inhibitrices (CMI en mg/L)
par la méthode de diffusion de
bandelettes Etest® en milieu gélosé et
interprétation des résultats en catégories:
S (Sensible), I (Intermédiaire) et R
(Résistant).
Bactéries aérobies /anaérobies
/fungi / mycobactéries à croissance
rapide isolés en culture
Technique quantitative standardisée de diffusion en agar
d'un gradient de concentration d'antibiotique sur
bandelettes Etest® (sur milieux Mueller-Hinton + sang ou
HTM). Lecture des CMI et interprétation des résultats
bruts en accord avec l'édition la plus récente du CLSI
(Clinical Laboratory Standards Institute) et expertise de
l'antibiogramme. Lorsque des critères d'interprétation
ne sont pas publiés par le CLSI, les référentiels alternatifs
utilisés sont l'EUCAST (Comité européen de
l'antibiogramme) et le CASFM (Comité français de
l'antibiogramme). /Incubateurs, jarre *
- Sensibilité aux antifungiques:
détermination des concentrations
minimales inhibitrices (CMI en mg/L) par
méthode de dilution en milieu liquide et
interprétation des résultats en catégories:
S (Sensible), I (Intermédiaire) et R
(
Résistant
)
.
Levure isolée en culture Technique quantitative standardisée de détermination de
CMI par dilution en milieu liquide en microplaque. Lecture
visuelle des CMI et interprétation des résultats en accord
avec l'édition la plus récente du CLSI (Clinical Laboratory
Standards Institute). Microplaque Sensititre® (Trek
Diagnostics System) /Incubateurs *
- Sensibilité aux antibiotiques. Les
résultats sont exprimés en catégories: S
(Sensible), I (Intermédiaire) et R
(
Résistant
)
Isolat de Mycobacterium
tuberculosis complex Technique en milieu liquide sur automate MGIT /MGIT
D
- Sensibilité aux antibiotiques. Les
résultats sont exprimés en catégories: S
(Sensible), I (Intermédiaire) et R
(
Résistant
)
Mycobactérie autre que
M.tuberculosis isolée en culture Technique en milieu liquide sur automate MGIT ou sur
Bactec radiométrique 460. /MGIT, Bactec 460,
incubateurs *
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