Infections Respiratoires
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Infections Respiratoires Infections communautaires : S.Pneumoniae , Haemophilus Bordetella , Legionella Dr V.Leclercq CHU Nice 2009 Contexte • Pneumonie aiguë - pneumopathie communautaire - pneumopathie nosocomiale • Abcès pulmonaire • Surinfection de bronchite chronique Prélèvements • Expectoration (ECBC) : • Difficulté diagnostique : obtenir des prélèvements NON CONTAMINES PAR LA FLORE OROPHARYNGEE • La flore commensale risque de masquer les microorganismes pathogènes responsables d’infections bronchopulmonaires. • Autres: • Aspiration trachéale • Brossage bronchique • Lavage broncho-alvéolaire Flore commensale Epidémiologie • Principaux agents responsables : - Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae - Mycoplasma pneumoniae Legionella pneumophila Chlamydiae pneumoniae - Staphylococcus aureus Bacilles GRAM - : P.aeruginosa, entérobactéries Bactéries anaérobies Moraxella catarrhalis Germes atypiques Analyse bactériologique 1. 2. 3. 4. Examen Direct Cultures Identification Antibiogramme Examen Direct – – – – Aspect macroscopique État frais Coloration de Gram Autres colorations Classes selon Bartlett Murray et Washington Classe Cellules épithéliales / champ (X100) Leucocytes / champ (X100) 1 >25 <10 2 >25 10-25 3 >25 >25 Significatif 4 10-25 >25 Significatif 5 <10 >25 Significatif Interprétation Non ensemencé (contamination salivaire) Non ensemencé (contamination salivaire) Parois bactériennes Parois bactériennes GRAM Membrane externe, LPS GRAM + Peptidoglycane ++ Lipoprotéine Acide lipotechoique LPS Acide techoïque Coloration de GRAM Coloration de Ziehl Neelsen pour la recherche de Mycobactéries Bacilles acido-alcoolo-résistants (ziehl) Legionella en fluorescence Cultures • En fonction de la technique de prélèvement il existe différents seuils significatifs de croissance bactérienne : – Pour le brossage bronchique : 103 UFC/ml – Pour le LBA : 104 UFC/ml S.Pneumoniae Haemophilus Bordetella Legionella S.pneumoniae • • • • Pneumocoque Genre streptococcus Diplocoque à Gram positif Capsulé – Cette capsule est responsable de la virulence : empêche la phagocytose par les polynucléaires. Pouvoir Pathogène • • • • • Commensal (hôte normal) du rhino-pharynx Pneumopathie franche lobaire aiguë (PFLA) Méningites Pleurésies purulentes Otites et de sinusites Pouvoir Pathogène Baisse d’immunité générale ou locale : anomalie du tractus respiratoire, intoxication (alcool), troubles circulatoires, malnutrition, splénectomie… • Affections loco-régionales : bronchite, trachéobronchite,sinusites, otites, conjonctivites, pneumonies franches lobaires aigues( 15-25% bactériémies), pleurésies. 80% des pneumonies bactériennes • Affections à distance: péricardites, méningites, péritonites, arthrites. • Réactions fibrineuses fréquentes =>cloisonnements (pleurauxméningés) aggravent le pronostic. Bactériologie • • • • • • Examen Direct Culture Biochimie Antigènes Sensibilité aux Antibiotiques Traitement Examen Direct Gram X1000 Diplocoque Gram + capsulé Gram X1000 Gram X1000 Culture – Germe exigent : • gélose au sang • anaérobiose ou CO2 • anaérobie aérotolérant – Colonies lisses transparentes + hémolyse α Biochimie • Oxydase – • Catalase – (H2O2 H2O + O) • Sensibilité au sel de cuivre : optochine : lyse de la capsule par les sels biliaires Antigènes • Capsule de nature polysaccharidique • Pneumotest + : mise en évidence d’antigènes polysaccharidiques capsulaires par technique d’agglutination latex. • Pneumocoque non capsulé ne se différencie pas des streptocoques non groupables Antigènes • Antigènes solubles urinaires Sensibilité aux antibiotiques • Résistance naturelle de bas niveau aminosides • Apparition de souches résistantes – 46% R érythromycine – 40% R cotimoxazole • 50% souches sensibilité diminuée à la pénicilline – Le mécanisme de résistance est une modification des PLP et touche aussi d’autres bêta-lactamines (amoxicilline et céfotaxime). • Transfert de matériel génétique (streptocoques commensaux résistants aux antibiotiques et pneumocoque dans le rhino-pharynx) • La détection de pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline G est réalisée avec un disque d’oxacilline 5 mg (OXA-5) selon les critères suivants : – diamètre OXA-5 > 26 mm : souche sensible à la pénicilline G et aux autres b-lactamines. – diamètre OXA-5 < 26 mm : souche de sensibilité diminuée. • CMI : – Penicilline G – Amoxicilline – Céfotaxime S ≤ 0.06 mg/L S ≤ 0.5 mg/L S ≤ 0.5 mg/L R>2 mg/L R>2 mg/L R>2 mg/L Antibiogramme E-test Traitement • Antibiotique de choix penicilline A (amoxicilline) vérifier la sensibilité • Vaccin (23 types polysaccharidiques les plus fréquents) efficacité incomplète – Indication : sujets splénectomisés et âgés – Vaccin heptavalent chez le jeune enfant administré avant 1 an , 3 injections (protection 93%). Haemophilus • Petits bacilles Gram négatif polymorphes (coccobacille) • Aéro-anaérobies facultatifs, immobiles • Parasites obligatoires • Plusieurs espèces: – H. influenzae – H. parainfluenzae – H. aphrophilus – H. aegyptius – H. haemolyticus – H. ducreyi Habitat – Pouvoir pathogène • Muqueuses de animaux à sang chaud • Homme 4 écosystèmes : – – – – Pharynx Bouche plaque dentaire appareil urogénital intestin • H.influenzae espèce la + impliquée • H.parainfluenzae, haemolyticus, paraphrophilus, aphrophilus,haemoglobinophilus, segnis : – commensaux – infections ORL opportunistes (immunodéprimés) – septicémie et endocardite • H.ducreyi : affection vénérienne: le chancre mou Haemophilus influenzae • Commensal de l’oropharynx possède une capsule (6 types a-f) • Souches capsulées de type b : – 95 % des pathologies invasives (enfant <5ans) : – méningites, septicémies, épiglottites, pneumonies, cellulites, arthrites septiques • Infections pulmonaires aiguës de l’enfant dues à différents sérotypes (terrains fragilisés) • Infections de l’adulte facteurs favorisants: – traumatisme crânien, agammaglobulinémie, cancer, alcoolisme,splénectomie,diabète. – souches pas toujours capsulées Haemophilus influenzae • Autres types capsulaires a c d e f plus rarement impliqués dans infections invasives. • Souches non capsulées biotype II ou III pathologies locales (sinusites, otites, poussées de bronchite chronique, surinfection de DDB et mucoviscidose). • Infection virale ou tabagisme favorise colonisation=>infection. Bactériologie • • • • • Examen Direct Culture Biochimie - Classification Antigènes Sensibilité aux Antibiotiques - Traitement Examen Direct Gram X1000 : petits BGN polymorphes Examen Direct Examen Direct Coloration de Gram d'une aspiration bronchique d'un malade en réanimation médicale (mélange avec S. pneumoniae) Culture – Germe exigent : • V : NAD (Vitaminique) • X : Hémine (Inconnu) – Température optimale de croissance 35-37°C Culture Culture sur gélose chocolat + polyvitex avec bacitracine colonies blanc gris en 24 heurs Facteurs de croissance • Facteur V – Thermolabile: NAD (nicotinamide adénine dinucléotide ) ou coenzyme I ou NADP (NAD phosphate) ou coenzyme II. Coenzymes de déshydrogénase présents dans les globules rouges, tissus animaux et végétaux et la plupart des bactéries • Facteur X – Thermostable = hémine (composé contenant du fer dérivé de l’hémoglobine et des enzymes de la chaîne respiratoire(cytochrome, catalase, oxydase) Milieux de culture • Nécessite les facteurs de croissance selon les espèces : X,V ou les 2 • Gélose au sang frais ne convient pas : – (V intraglobulaire et NADase) • Gélose au sang cuit : – gélose chocolat chauffé à 75°C: X et V partiellement détruit par chauffage – adjonction d’ extrait de levure apporte NAD. Classification Facteur X Facteur V oxydase catalase urèase indole H. influenzae + + + + (+) + H. haemolyticus + + + + (+) v H.parainfluenzae - + + V (-) H.paraphrophilus - + + - - - H.segnis - + - - - - H.aphrophilus + - - + - - H.ducreyi + - - - - - Antigènes • La capsule polysaccharidique de certaines souches permet de définir différents sérotypes de a à f • type b ou biotype I est le plus fréquent. Sensibilité aux Antibiotiques Traitement • Bêta-lactamines: – Pénicilline G : Résistance naturelle – Pénicilline A sensible (R acquise par ß-lactamase) : faire céfinase. – Amox + Ac Clav, C2G et C3G sensible • Autres – Erythromycine : Résistant – Bactrim : irrégulier • Vaccin – Nourrisson entre 3 à 12 mois (3 injection, rappel 1 an) Antibiogramme Céfinase Céfinase Bordetella • Genre Bordetella : – Bordetella pertussis : bacille de Bordet-Gengou agent de la coqueluche – Bordetella parapertussis : coqueluche atténuée – Bordetella bronchiseptica : pathogène pour le porc et chien mais aussi chez l’homme – Bordetella avium : coryza du dindon opportuniste chez l’homme Prélèvement Examen Direct • Petit coccobacille Gram négatif coloration bipolaire • Immobile (sauf avium et bronchiseptica) Culture - Biochimie – Aérobie stricte – Exigence en nicotinamide, azote et soufre (BGS) – Culture lente 7j – Colonies en gouttelette de mercure et hémolytique – Catalase + – Oxydase + – Non glucidolytique – Viabilité faible en dehors de l’hôte (sauf bronchiseptica) Diagnostic biologique • Diagnostic direct : – Culture de l’aspiration naso –pharyngée incubée pendant 7 jours sensibilité 50-60%. – IF rapide, manque sensibilité et spécificité. – PCR (séquence ADN pertussis). • Diagnostic indirect : – Sérologie (2 sérums à 4 semaines d’intervalle) rétrospectif. Pouvoir pathogène • Coqueluche (chant du coq): – Incubation silencieuse : 2-3 semaines – Phase catarrhale : toux sèche : qq jours – Phase d’état : toux nocturne de plus de 14 jours avec quintes et reprise inspiratoire difficile sans fièvre, chant du coq, apnées, accès de cyanose, vomissements après les quintes ou encore hyperlymphocytose: 1 mois – Phase de convalescence plusieurs mois. Traitement - Prévention • Hospitalisation enfant <1 an (complication) • Erythromycine réduit la sévérité si appliqué en début de maladie • Isolement du patient (5-7jours) début du traitement • Vaccins – Germes entiers tués – forme isolée (Vaxicoq®) ou combinée à d'autres (DTCOQ®, DTCP®, Tétracoq® ou pentavalent incluant le vaccin contre Haemophilus influenzae : Pentacoq® ou Pent-HIBest®) • [email protected] Legionella Habitat • Bactérie hydro tellurique : – lacs, rivières, – sols humides • Multiplication dans les protozoaires libres : amibes (symbiose) - Température optimale 25 45°C • Réservoirs artificiels: – Tour Aéro-Réfrigérante +++, – Climatisations – Thermes, saunas – Fontaines, nébuliseurs… Legionella • • • • • Bacilles à Gram négatif 46 espèces et 64 sérogroupes 0.5 à 5% des pneumopathies communautaires L. pneumophila. 95% des cas , 80% Lp1 Maladie à déclaration obligatoire . • Transmission : inhalation uniquement Pouvoir pathogène : Legionellose • Pneumonie aiguë • Incubation de 2 à 10 jours • Syndrome pseudogrippal (fièvre, toux sèche, céphalées, myalgies, anorexie) • Phase d’état (fièvre élevée, dyspnée, toux importante ± expectorations) • Pic : été et automne • 1 cas /100 000 habitants/an • Mortalité 20% La contamination : inhalation d’eau contaminée diffusée en aérosol • Ces aérosols atteignent les alvéoles pulmonaires (1) • L’inhibition de la fusion du phagosome et des vacuoles lysosomiales permet la survie intracellulaire des légionelles et entraîne la destruction des macrophages (5). • Les légionelles infestent les macrophages alvéolaires (2) • Survivent et se multiplient dans les phagosomes à pH neutre (3 - 4). • Il n'y a pas de transmission inter-humaine. Quand demander un diagnostic bactériologique ? • Pneumonie avec : – – – – – – Absence d’amélioration sous traitement par ß-lactamine. Patient présentant un terrain favorisant. Situation épidémique. Pneumonie nosocomiale (systématique). Voyageurs. Exposition professionnelle à l’eau. • Bien préciser au biologiste : Recherche de Legionella Bactériologie • Direct – I.F directe sur le prélèvement – Antigène urinaire – Culture – PCR • Indirect – Sérodiagnostic IF Directe • • • • • • Rapide (2 heures) AC poly et monoclonaux Sensibilité (25-40%) Spécificité (60-70%) Réactions croisées Lecteur dépendant AG Solubles Urinaires • Précoce : 1 à 3 jours • Persistance : 45 jours (même si ATB) • ELISA 15 minutes • Immunochromatographie • • • • Sensibilité 80% Spécificité 99% VPN 95% VPP 86% Culture • Méthode de référence (Spécificité 100%, Sensibilité 40-60%) • Culture lente 3-10 jours • Bactérie exigeante : – Milieu BCYE : exigence en cystéine – fer – charbon (Buffered Charcoal Yeast Extract) – Aérobie stricte CO2 (2.5%) primo isolement – PH 6.85-6.95 tolère pH 5.5 – Température 35°C Culture • Colonies grises muqueuses polymorphes en verre fritté ( loupe binoculaire 30 fois ) PCR • Prélèvements – Urines, LBA ,sérums • Gènes amplifiés – Mip (détection de 50 UFC dans LBA) – Gène rrf correspondant à ARN5s ribosomal (genre Legionella) – ARN16s • Avantages: rapidité et détection de toutes les espèces de legionella Sérologie • La technique d'immunofluorescence indirecte (IFI) ou ELISA. • Les immunoglobulines totales sont détectées (IgM, IgG et IgA). • Augmentation du titre des anticorps (de 4 fois) permet de confirmer le diagnostic de légionellose. • Les inconvénients du sérodiagnostic : – tardif voire rétrospectif. – réactions croisées en IFI Définitions • Cas confirmé = Pneumopathie et/ou image radiologique + – Isolement de Legionella. – Immunofluorescence directe positive. – Présence d ’antigènes solubles urinaires. – Séroconversion. • Cas groupés = – 2 cas survenus en moins de 6 mois dans un même lieu d’exposition. Sensibilité aux ATB - traitement • Legionella : – intracellulaire antibiogramme non recommandé • Antibiotiques efficaces : – – – – Macrolides Fluoroquinolones Tétracyclines Rifampicine • Prévention : surveillance environnementale et clinique. – entretien régulier des réseaux – circulation permanente de l'eau – Température suffisante de l'eau (> 50°C)
