RMN : aspects théoriques et pratiques
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RMN : aspects théoriques et pratiques Plan Introduction 1. Le phénomène de résonance 2. Le déplacement chimique 3. La notion de couplage 4. Le phénomène de relaxation 5. Développement de la RMN ? 6. Interprétation d’un spectre 1D 7. Interprétation d’un spectre 2D 7. Enregistrement d’un spectre RMN 8. Consignes de sécurité 9. Traitement du signal 10. Utilisation du logiciel NMRNotebook Introduction Quelle est l’essence même de la RMN ? - placer un échantillon dans un champ magnétique - appliquer un second champ magnétique - collecter l’onde électromagnétique générée par l’échantillon Il est inutile de : - ioniser - cristalliser - brûler - chauffer l’échantillon Il suffit simplement d’un composé en solution aqueuse ou sous forme solide : identification et caractérisation • Besoin d’un espion pour observer les molécules – informations sur la structure – informations sur les mouvements – informations sur les réactions chimiques – relativement polyvalent pour s’adapter à une large gamme de molécules et une variété de situations Noyau atomique et son magnétisme Moment magnétique nucléaire est très sensible à son environnement et interagit avec lui 1. Phénomène de résonance Molécules = chœur de clochettes Le noyau de chaque atome résonne à sa propre fréquence en fonction de sa taille, de sa forme et de ses voisins. Comme une clochette, les plus gros atomes résonnent à basse fréquence et les petits atomes résonnent à haute fréquence 1H = sopranos et 13C = basses Différence entre les cloches dans un chœur et les atomes dans une molécule est le type d’ondes produites… Cloche Création d’ondes sonores = oscillations dans la densité de l’air Fréquence de résonance dépend de la taille de la cloche et du matériel utilisé pour la fabriquer Atome Création d’ondes électromagnétiques = oscillations dans le champ électromagnétique Fréquence de résonance dépend du type d’atome et de la force du champ magnétique autour de cet atome 2. Le déplacement chimique Les essentiels de l’électromagnétisme Les électrons créent une force qui attire positivement les particules chargées, tq 1H - si l’électron reste immobile, ce champ de force négatif est appelé champ électrique - si l’électron est en mouvement, cela crée un champ magnétique perpendiculaire au mouvement des électrons La somme des 2 champs crée le champ électromagnétique Noyaux atomiques = micro capteurs Les grappes de raisin sont des capteurs microclimatiques donc produisent des nuances et des saveurs différentes dans le vin. Les noyaux ressentent les micro variations dans leur environnement électromagnétique et donc résonnent à des fréquences différentes Comment une expérience RMN permet d’observer ce phénomène ? Une expérience RMN peut se représenter comme un marteau qui fait résonner les noyaux puis on écoute les ondes électromagnétiques créées. Données RMN = collection de courbes sinusoïdales empilées les unes sur les autres Extraction des données en fréquence transformée de Fourier Définition du déplacement chimique L’unité de déplacement chimique est le ppm et est calculé selon l’équation suivante : ( fréquence de résonance de l ' atome fréquence de résonance du TMS ) 106 fréquence du spectromètre Ex : le déplacement chimique de l’eau à 500 MHz : (500.00212MHz 500.00000MHz ) 106 4.24 ppm 500MHz 3. La notion de couplage Le pendule à 5 billes : l’énergie cinétique de la 1ère bille est parfaitement transmise à travers les billes centrales pour faire réagir la dernière bille. de la même manière, les atomes résonnant dans une molécule transfèrent aussi leur énergie aux atomes voisins = transfert d’énergie magnétique. En RMN, on appelle ce transfert d’énergie le couplage Ce transfert d’énergie peut se faire si les atomes sont : - connectés entre eux par une liaison covalente : couplage scalaire J - proches dans l’espace (moins de 5 Å) : couplage dipôle-dipôle Dans les 2 cas, l’énergie transférée est l’aimantation nucléaire. Couplage scalaire J 2 atomes sont liés par liaison covalente lorsqu’ils partagent au moins 2 électrons Quand N entre en résonance, il transfère son énergie au H voisin via les électrons (= ressorts) Couplage dipôle-dipôle permet d’obtenir des informations sur des noyaux proches dans l’espace une caractéristique tridimensionnelle à cette information. Pas besoin de liaison covalente, deux noyaux séparés par 5-6 Å peuvent transférer leur aimantation instantanément lorsque ces 2 noyaux se percutent. Transfert dépend de 1/r6 où r est la distance entre les 2 atomes 4. Les phénomènes de relaxation Une véritable expérience RMN présente l’allure suivante : Oscillations non infinies, décroissent avec le temps Décroissance = relaxation 2 types de relaxation en RMN Relaxation T1 Si vous tapez de plus en plus fort dans la balle, elle va finir par osciller horizontalement autour du bâton. Que se passe t-il lorsqu’on arrête de frapper la balle ? Moment angulaire permet de faire tourner la balle un certain temps Angle diminue en fonction de la force de gravité Retour à la position d’équilibre Relaxation T1 -Relaxation spin-réseau : les noyaux redonnent leur énergie au réseau ou aux noyaux environnants lorsqu’ils retournent à l’équilibre (selon z) ou - Relaxation longitudinale : c’est le temps qu’il faut pour que les noyaux retournent sur l’axe longitudinal (axe z) Mz M0 Mz = M0(1-e-t/T1) t Relaxation T2 Si tous les noyaux résonnent en même temps et produisent exactement la même onde, ils s’amplifient mutuellement pour créer une onde unique puissante. Que se passe t-il si le chœur ne reste pas en phase ? Apparition d’une désynchronisation Apparition d’un déphasage des ondes Annulation du signal Relaxation T2 T2 = relaxation transversale Relaxation T2 - Ou relaxation spin-spin - 1/T2 est la constante de vitesse du processus Mx,y Mx,y = M0e-t/T2 t Forme de raie lorentzienne. Pour résumer Le marteau utilisé en début d’expérience est en fait un champ électromagnétique fluctuant dans le plan xy à une fréquence égale à la fréquence naturelle du noyau, la fréquence de Larmor. La résonance détectée à la fin de l’expérience est une onde électromagnétique créée par tous les petits aimants à l’intérieur du noyau en rotation autour de l’axe z. Le point clé : un champ faible peut avoir un effet significatif sur les noyaux lorsqu’il oscille à une fréquence proche de leurs fréquences de résonance. B0 2 Fréquence de Larmor 5. Développement de la RMN ? Le plus gros handicap de la RMN est : la sensibilité !!! Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 Pourquoi une telle insensibilité ? limitation du matériel bruit de l’électronique imperfections du champ magnétique Qui est responsable de cette insensibilité ? Ludwig Boltzmann (1844 – 1906) Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 w (1H) w (1H) Loi de Boltzmann Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 E exp N kT N Augmenter B0 Méga Tesla !!! A température ambiante et pour un champ de 7.05T, on a : P (13C) = 6.10-6 !! Diminuer T milli Kelvin !!! Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 Dépend du rapport gyromagnétique de l’électron Question : est ce qu’on peut utiliser la polarisation de l’électron pour augmenter la sensibilité de la RMN ? Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 Micro-onde = baguette magique Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 A quelle température raisonnable a-t-on une polarisation maximum des électrons ? Utilisation d’un cryostat à T = 1K Champ magnétique B = 3.35 T Source micro-onde f = 94 GHz Radical libre source d’électrons: ex le trityl Sami Jannin, Séminaire Lyon, 24/09/15 Comment s’y prend on ? On a besoin de 4 composants : - sonde RMN - gyrotron (source de micro-onde) - ligne de transmission - agent polarisant Préparation de l’échantillon : Trityl + échantillon Irradiation micro-onde du système Transfert de polarisation effectué 200 000 scans = 65h (µonde off) 1 scan = qques sec (µonde on) Spectres 13C de l’urée en solution Spectres 13C de proline en phase solide (mélange glycérol / H2O) Applications Méthode Prix Gain e Gain temps 400 MHz → 1000 MHz 15 M€ 4 16 Sonde froide 250 k€ 4 16 800 MHz DNP 1,5 M€ 60 32400 Synthèse de nouveaux radicaux ? 85 65000 6. Interprétation d’un spectre 1D 1. Calcul du nombre d’insaturations : nins 2nC 2 nH nX nN 2 2. Interprétation des déplacements chimiques Chaque noyau doté d’un spin apparaîtra à une valeur de déplacement chimique en fonction de son environnement En présence d’éléments électronégatifs, la valeur de déplacement chimique augmente, on dit que le signal est déblindé. En cas d’éléments électropositifs, la valeur de déplacement chimique diminue, on dit que le signal est blindé. Il existe des tables de déplacement chimique pour aider à l’interprétation. ✔ Règles simplifiées pour estimer les valeurs de déplacement chimique 1H en fonction du groupement en position ✔ Table simplifiée des valeurs de déplacement chimique 13C R3-CH C=O CHO 200 ppm C C=C COOR 150 R2-CH2 C C-OH / C-O-C 100 50 R-CH3 0 3. Interprétation de la multiplicité des signaux due au couplage scalaire Si un noyau doté d’un spin est situé à 2 ou 3 liaisons covalentes d’un autre noyau doté d’un spin, il y a couplage scalaire, noté nJ. 2J 3J | H-C-H | | | H-C-C-H | | Son signal apparaît alors sous la forme d’un multiplet rendant compte du nombre de voisins selon la formule : 2nI + 1 raies avec n = nombre voisins I = nombre de spin du voisin | | H1-C-CH | | H1 a un voisin = signal avec 2 raies | H1-C-CH2| H1 a 2 voisins équivalents = signal avec 3 raies | H1-C-CH3 | H1 a 3 voisins équivalents = signal avec 4 raies L’intensité de chaque raie de ce multiplet suit le triangle de Pascal dans le cas spin ½ | | H1-C-CH | | | H1-C-CH2| ppm doublet (d) J J J J J ppm | H1-C-CH3 | triplet (t) ppm quadruplet (q) Dans le cas de plusieurs voisins non équivalents (spin ½), le nombre de raies est égal à : (n + 1) (m + 1) où n et m sont le nombre de voisins H O M C H A Cl CH3 C HO CH3 C* M C H X H H2C A CH3 H X 7. Interprétation d’un spectre 2D 1H-1H COSY = Correlation Spectroscopy Cette séquence permet de faire apparaître sur une carte 2D des taches de corrélations entre protons couplés par couplage scalaire direct séparés par 2 (2J) ou 3 (3J) liaisons covalentes. Les taches de corrélation apparaissent de part et d’autre de la diagonale d’autocorrélation. 1H-1H TOCSY = Total Correlation Spectroscopy Cette séquence permet de faire apparaître des couplages relayés entre protons couplés par couplage scalaire direct jusqu’à 4 ou 5 liaisons covalentes. En plus des taches observées en COSY (noir sur la figure), apparaissent de nouvelles taches dus au relai entre protons (en orange sur la figure). 1H-1H NOESY ou ROESY = Nuclear Overhauser Spectroscopy ou Rotating frame Overhauser Spectroscopy Cette séquence permet de faire apparaître des taches de corrélation entre protons couplés par couplage dipolaire à travers l’espace. Lorsque la distance augmente, l’intensité de la tache diminue. Il est possible d’observer ce phénomène jusqu’à environ 5 Å. 1H-13C HSQC = Heteronuclear Single Quantum Correlation Cette séquence permet de faire apparaître des taches de corrélation entre un 1H et un 13C couplés par couplage scalaire et séparés par une seule liaison scalaire. 1H-13C HMBC = Heteronuclear Multiple Bond Correlation Cette séquence permet de faire apparaître des taches de corrélation entre un 1H et un 13C couplés par couplage scalaire et séparés par 2 (2J) ou 3 (3J) liaisons scalaires. 8. Enregistrement d’un spectre RMN Interface TOPSPIN Menus Explorateur dossier Ligne de commande Fenêtre d’acquisition et de process Barre d’état Préparation de l’échantillon 1. Quantité de produit Spectre 1H : 5 à 25 mg de produit suffisent Spectre 13C : une quantité plus importante est souvent nécessaire 2. Solvant deutéré La solution doit être limpide et homogène 3. Bien remplir le tube : environ 600 µL de solution 4. Placer le tube dans un insert 5. Utiliser une jauge pour placer correctement le tube dans l’insert 6. Etiqueter votre tube Mise en place de l’échantillon 1. Placer votre tube sur un emplacement du passeur (position 10 par ex) 2. Pour mettre en place l’échantillon dans l’aimant taper sx 10 dans la ligne de commande. L’air comprimé va se mettre en route et faire descendre progressivement l’échantillon dans l’aimant au plus près de la bobine et de la sonde. 3. Taper new dans la ligne de commande et indiquer le nom du dossier (name) et le numéro d’expérience (expno) 5. Choisir l’expérience RMN : rpar nom_exp En TP, on utilisera les expériences suivantes : - 1Hproton - 13C_CPD - APT - COSYGPQF - HSQCgp 6. Accorder la sonde : commande wobb Bad tuning Good matching Bad tuning Bad matching Good tuning Bad matching Good tuning Good matching 7. Locker le signal sur le signal du deutérium de votre solvant : commande lock Table des solvants Recherche du signal 2H Signal 2H locké 8. Ajuster les bobines de shims pour limiter au maximum l’inhomogénéité du champ : taper topshim gui et cliquer sur 1D puis Start signal le plus intense possible Interface topshim Optimisation des shims Shims optimisés 9. Régler le gain = contrôle l’amplitude de l’interférogramme avant son entrée dans le digitaliseur : commande rga 10. Lancer l’acquisition : commande zg 11. Faire le process de l’interférogramme (FID) : commande efp - e = apodisation - f = transformée de Fourier - p = phasage du spectre 12. Si la phase n’est pas correcte, il faut taper la commande apk 13. Dans le cas d’un spectre 2D, il faut taper la commande xfb 9. Consignes de sécurité 10. Traitement du signal 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. Ouvrir le fichier fid Appliquer une apodisation exponentielle - de 0,1 à 0,3 Hz pour un spectre 1H - de 1 à 3 Hz pour un spectre 13C Appliquer une correction de ligne de base Phaser le spectre si nécessaire Référencer le spectre à l’aide du signal du TMS ou du solvant Intégrer les signaux Afficher les valeurs de déplacements chimiques et indiquer la multiplicité de chaque signal dans le tableau ci-dessous Mesurer les constantes de couplage Déterminer la formule développée de la molécule ou attribuer les signaux sur la formule de la molécule donnée (ppm) Intégration (ppm) Multiplicité Type de carbone Constante couplage (Hz) Attribution possible Attribution possible 11. Utilisation du logicel NMRNotebook Interface NMRNotebook 1. Ouvrir le fichier fid : menu File / Open Process du FID Clic sur Menu Fid preparation 2. Appliquer une apodisation exponentielle - de 0,1 à 0,3 Hz pour un spectre 1H - de 1 à 3 Hz pour un spectre 13C Clic custom window puis clic ici Choix apodisation Menu Spectral analysis 3. Appliquer une correction de ligne de base Menu Post processing Menu Analysis Appuyer sur Apply lorsque tous les paramètres ont été entrés Le spectre en fréquence apparaît alors : 4. Phaser le spectre si nécessaire Menu phase La phase à l’ordre 0 permet de phaser le pic le plus intense ainsi que les pics à proximité. La phase à l’ordre 1 permet de phaser les pics les plus éloignés du pic le plus intense. Menu display 5. Référencer le spectre à l’aide du signal du TMS ou du solvant 6. Intégrer les signaux Menu intégrale Menu add integral Clic droit sur la valeur de l’intégrale pour indiquer le nombre de 1H Informations sur les intégrales 7. Afficher les valeurs de déplacements chimiques Menu peak picking 8. Mesurer les constantes de couplage Menu add J-coupling Déplacer le curseur pour faire apparaître la valeur du couplage Le spectre est prêt à être interpréter !
