dea.pps - CRIStAL

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Recherche de répétitions distantes dans
les séquences
Etudiant : Laurent NOE Encadrant : Gregory KUCHEROV

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Plan
1. Introduction au problème
2. Les programmes existants
3. La méthode adoptée
4. L’algorithme
5. Résultats obtenus et extensions envisagées
6. Conclusion

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1. Introduction
L’ADN
•La molécule
• L’information contenue
Extraction de l’information (séquençage)
Gènes et fonctions
Aspects automatisables

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Recherche de répétitions
• Problème connu de l’algorithmique du texte
• Spécificité de l’ADN : répétitions approchées
•Sous-répétitions exactes (graines)
•Approche choisie

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Evolution des occurrences d’une
répétition
s
1 2 3 123
d
1 3 4
5
1435
i