expose_AS03.pps

YASS : Recherche de similarités dans
les séquences d'ADN
Laurent Noé
Grégory Kucherov
Mardi 21 janvier 2003

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Plan
Alignement local et méthodes heuristiques
YASS : Méthode adoptée
•Modèle et Critères de chaînage
•Algorithme de chaînage
• Choix du critère de l’extension
Tests et Résultats

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Introduction :
Alignement local
Utilisation
•Annotation
•Localisation de transposons
Algorithme de référence
•Smith Waterman (1981)
Méthodes heuristiques
•BLAST -FASTA
•ASSIRC -PatternHunter

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Méthodes Heuristiques
Méthode Couramment adoptée
•Recherche de sous répétitions exactes
- Arbre des suffixes
•REPuter
- Hachage en k-mots (éventuellement non contigus)
•BLAST . FASTA
•PatternHunter
•Extension
-FASTA
-BLAST
-ASSIRC

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BLAST et Gapped-BLAST
BLAST
•Hachage
-k-mot : taille 11 par défaut
-hit : même k-mot sur chacune des deux séquences à
comparer
•Extension
- Test d'extension systématique de chaque « hit » à l’aide d’un
algorithme de Xdrop
Gapped-BLAST
•Extension
- « double hit » (deux hits distincts sur la même diagonale)
conduit à un test d’extension.
Sensibilité des deux méthodes
T
Q