Le PHP appliqué à la BioInformatique

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<? Le PHP appliqué à la BioInformatique ?>
Thomas Mouilleseaux
Cours IFT6291 : Projet de Recherche

2
<? Sommaire ?>
Introduction
Le projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion

3
<? Introduction ?>
Pourquoi ce sujet ?
Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion

4
<? Le Projet BioPHP ?>
BioJava, BioPython, BioPerl, BioXml…
Vise à étendre le langage de script PHP pour l'utilisation
en biologie
Une collection d'outils pour aider les programmeurs PHP à
réaliser des applications bioinformatiques
Lie ensemble des applications et des bases de données
bioinformatiques locales et distantes
Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion

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<? PHP pour calcul biologique ?>
Lire les données de Genbank, Swissprot, Fasta, et Clustal
Effectuer des analyses simples
(calculs poids moléculaires, calcul de charge, chaînes de
consensus…)
Rechercher des motifs dans des séquences
(codons, miroirs, palindromes)
Digérer une séquence nucléique en utilisant une ou plusieurs
enzymes ou ribonucléases de restriction
Communiquer avec des programmes externes tels que Clustal,
pour aligner plusieurs séquences
Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion