Le PHP appliqué à la BioInformatique

<? Le PHP appliqué à la BioInformatique ?>
Thomas Mouilleseaux
Cours IFT6291 : Projet de Recherche
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Sommaire ?>





Introduction
Le projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
2
Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Introduction ?>

Pourquoi ce sujet ?
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Le Projet BioPHP ?>

BioJava, BioPython, BioPerl, BioXml…

Vise à étendre le langage de script PHP pour l'utilisation
en biologie

Une collection d'outils pour aider les programmeurs PHP à
réaliser des applications bioinformatiques

Lie ensemble des applications et des bases de données
bioinformatiques locales et distantes
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? PHP pour calcul biologique ?>

Lire les données de Genbank, Swissprot, Fasta, et Clustal

Effectuer des analyses simples
(calculs poids moléculaires, calcul de charge, chaînes de
consensus…)

Rechercher des motifs dans des séquences
(codons, miroirs, palindromes)

Digérer une séquence nucléique en utilisant une ou plusieurs
enzymes ou ribonucléases de restriction

Communiquer avec des programmes externes tels que Clustal,
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pour aligner plusieurs séquences
Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Travaux avec BioPHP ?>

Trouvaille Mirror / Palindrome dans un ordre

Fragments de trouvaille de sommaire d’enzymes de
restriction

Mes applications
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Trouvaille Mirror/Palindrome
dans un ordre ?>

Recherches des miroirs génétiques et palindromes dans un
ordre nucléique donné
Choix Miroir/Palindrome
Long Palindrome
Long Subseq
Ordre nucléique
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Fragments de trouvaille de
sommaire d’enzymes de
restriction ?>

Digère complètement (des coupes) un ordre donné de nucléotide
en utilisant une enzyme donnée de restriction
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Mes applications ?>

Exemples de scripts utilisants les classes







Protéine
Resten
Seq
SeqAlign
SeqDB
SeqMatch
SubMatrix
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Mes travaux en PHP ?>



Algorithme des 4 Russes
Arbre des suffixes
Algorithme de Boyer-Moore
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Algorithme des 4 Russes ?>
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Arbre des suffixes ?>
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Algorithme de Boyer-Moore ?>

A Venir…

En cours de développement…
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Intro
Le Projet BioPHP
Travaux avec BioPHP
Mes travaux en PHP
Conclusion
<? Conclusion ?>

Que m’a apporté ce projet ?
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