MC 19 671 Microbiologie alimentaire

M AITRE DE CONFERENCE
INTITULE DU POSTE : Microbiologie appliquée aux procédés alimentaires et
biotechnologiques
Département d’enseignement d’affectation : BPSA
Unité d’enseignement d’affectation : Microbiologie Alimentaire & Industrielle
Département de recherche d’affectation : ALIM-SCAN
Unité de recherche d’affectation : UMR 1014 SECALIM
NATURE DE L'EMPLOI
- Etablissement : Oniris
- N° emploi : 19 671
- Grade de recrutement : Maître de Conférences
- Section CNECA : 4
- Disciplines à pourvoir : Microbiologie Alimentaire et Industrielle
- Type de recrutement : Concours
ARGUMENTAIRES ET OBJECTIFS GENERAUX
Argumentaire enseignement. L’enseignement de la microbiologie des procédés alimentaires et
biotechnologiques a pour objectif d'apporter les connaissances scientifiques, technologiques et
réglementaires nécessaires à la conduite de procédés industriels propres, sûrs et durables. Cet
enseignement traitera notamment de l’incidence des traitements biologiques, physiques et chimiques sur
les microorganismes. Il concernera les secteurs des industries alimentaires et biotechnologiques.
Ce poste permettra de maintenir les implications de l’équipe pédagogique dans la formation initiale des
ingénieurs ONIRIS. Le MCF recruté sera également appelé à participer aux enseignements des masters
cohabilités par l’Université de Nantes, et ONIRIS. Il s’agit du Master pro « Maîtrise de la Qualité et de la
Sécurité des Aliments dans les IAA» et du Master recherche « Sciences de l’Aliment et Nutrition
Humaine ». Il participera aussi aux enseignements des licences professionnelles.
Argumentaire recherche. Au sein de la recherche en microbiologie des aliments et/ou alimentaire, l’étude
des communautés microbiennes au sens large est un champ d’investigations à fort potentiel. Soit pour en
faire l’inventaire le plus exhaustif possible, soit pour en connaitre son évolution et son fonctionnement
intime dans différentes conditions de production d’aliments par exemple. Dans une approche
nécessairement quantitative, la meilleure connaissance des communautés microbiennes, de leur évolution
et de leur fonctionnement aux seins des écosystèmes alimentaires constituent un triple enjeu : (a) cognitif
lorsqu’on s’intéresse à la communication cellulaire par exemple, (b) de développement industriel lors
d’applications et (c) réglementaire lorsqu’il s’agit de définir le statut de certaines communautés
microbiennes ou de les maintenir en dessous de certains seuils. L’objectif principal de ce recrutement est
de conserver et de développer une expertise en matière de génomique environnementale des
écosystèmes alimentaires couvrant ainsi les enjeux (a) & (b) et de l’élargir aux aspects réglementaires
(enjeu (c)) à l’interface entre deux des axes organisationnels de l’UMR SECALIM.
MISSIONS

- ENSEIGNEMENT :
L’enseignant aura pour mission de délivrer une formation professionnalisée et pluridisciplinaire en
microbiologie des procédés alimentaires et biotechnologiques.
Il participera en priorité à l'enseignement de microbiologie générale, industrielle, des procédés alimentaires
et biotechnologiques des première et deuxième années d'études de la formation d'Ingénieur ainsi qu'à
l'encadrement des étudiants de troisième année au cours de leurs projets.
L’enseignant devra avoir une connaissance de la technologie des aliments pour participer aux
enseignements dispensés dans le cadre des projets et des Enseignements Pluridisciplinaires d’Intégration.
Il sera apprécié que l’enseignant sache intégrer les apports de la biologie moléculaire à l'identification et la
caractérisation des microorganismes d’intérêt alimentaire et biotechnologique.
• Participation à l'enseignement de base (travaux dirigés, cours, travaux pratiques, enseignements sur
site).
• UV551 Microbiologie générale et alimentaire : TD-TP
• UV651 Qualité microbiologique des denrées alimentaires : Cours–TD-TP
• UV765 Stabilisation et hygiène des aliments : TP cuisson pasteurisation
• UV821 EPI jus de pomme et lait fermenté : TP lait fermenté
• UV862 Le risque microbien – Ecologie et hygiène des aliments : TP biologie moléculaire
• UV QSE Cours
• Participation au suivi des projets et des stages des Élève-ingénieurs.
• UV521 Projet Ex-libris
• UV721 Projet interdisciplinaire – Etude de la faisabilité scientifique et technique
• UV822 Projet interdisciplinaire –Conduite d’un projet
• Suivi de stages Ing3 : visite, soutenance
• Participation à l'enseignement licences professionnelles
• Cours–TD-TP et soutenance de stage
• Participation à l'enseignement approfondi dans le cadre des Masters professionnels et de recherche
Master SANH – Master CFPAI Cours–TD
- RECHERCHE :
Les activités de recherche du néo-recruté auront pour cadre l'UMR 1014 SECALIM (SECurité des Aliments
& Microbiologie) INRA/Oniris. Cette entité se propose de devenir à moyen terme un référent en matière
d'approche intégrée (de l'autopsie moléculaire à l'évaluation des risques) de la sécurité et de la salubrité
microbiologiques des aliments. A cette fin, un mode d’organisation en trois axes représentant trois échelles
d’observation microbiologique a été retenu. A l’interface entre l’étude des écosystèmes alimentaires
contaminés et l’appréciation des risques microbiens dans les aliments, les activités de recherche du néo-
recruté s’inscriront résolument dans une stratégie de maîtrise des agents d’insécurité ou d’insalubrité des
produits carnés & produits de la mer dite « microbiological solution for microbiological problem ». De fait, le
néo-recruté aura en charge, à la fois, le renforcement de l’expertise en matière de génomique
environnementale des écosystèmes alimentaire et le développement d’une expertise en ingénierie
d’écosystèmes microbiens. En collaboration avec les membres de l’UMR SECALIM, le néo-recruté mettra
en conjonction ces expertises à des fins de modélisation des interactions bactériennes dans les aliments.
Le néo-recruté devra s'intégrer à une équipe de recherche de 20 permanents et devra montrer des
aptitudes à établir des collaborations avec des équipes de recherche en France et en Europe.
PROFIL DU CANDIDAT SOUHAITE :
Titulaire d'un doctorat d’Université en microbiologie alimentaire ou assimilé, il devra démontrer par son
parcours professionnel de recherche, son intérêt pour la recherche finalisée, son autonomie, son
adaptabilité et sa polyvalence. Le candidat devra présenter de réelles aptitudes pédagogiques et
démontrer sa capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire. Il devra justifier d’une solide formation
théorique en microbiologie avec des compétences larges sur les microorganismes d’intérêt pour les
secteurs concernés : bactéries, levures, moisissures. Il disposera également de connaissances avérées en
procédés des industries agro-alimentaires et biotechnologiques. La maîtrise des techniques moléculaires
et une sensibilisation à la démarche d'assurance qualité en laboratoire constitueraient un plus.

Annexes
Présentation synthétique de l’UMR SECALIM
Au 30 juin 2010 trente-sept personnes étaient affectées pour tout ou partie de leurs activités à l’UMR
SECALIM dont vingt personnes dites « titulaires » représentant 22,85 Equivalent Temps Plein (ETP) en
recherche.
Durant le dernier quadriennal (2006 – 30 juin 2010) le nombre total de productions scientifiques de l’UMR
SECALIM est de 215 se répartissant de la manière suivante :
TYPES DE PRODUCTION NOMBRE
ACL (Articles dans des revues internationales avec comité de lecture) 83
ACLN (Articles dans des revues nationales avec comité de lecture non répertoriés dans les
bases de données internationales) 12
ASCL (Articles dans des revues sans comité de lecture) 1
INV (conférences données à l’invitation du comité d’organisation dans un congrès national
ou international) 11
ACTI (Communications avec actes dans un congrès international) 5
ACTN (Communications avec actes dans un congrès national) 10
COM (Communications orales sans actes dans un congrès national ou international) 35
AFF (Communications par affiche dans un congrès national ou international) 45
OS (Ouvrages scientifiques ou chapitres de ces ouvrages) 12
DO (Direction d’Ouvrage) 2
Durant cette même période l’UMR SECALIM a fait soutenir 13 thèses d’université et deux de ces
membres ont obtenu l’Habilitation à Diriger des Recherches.
Charges d’enseignement 2010-2011 de l’ex titulaire du poste
charges enseignement Djamel Drider
2010-2011 Heures Eq
TD
Ing1 UV551Microbiologie générale et alimentaire Cours-TD - TP 25
UV651 Qualité microbiologiques des denrées alimentaires-
cours-TD -TP 33
UV521 Projet ex-libris 10
tutorat scientifique Ingénieur par apprentissage 1ère année 2
Ing2 UV765 Stabilisation et hygiène des aliments- TP cuisson
pasteurisation 20
UV721 Projet interdisciplinaire : étude de faisbilité scientifique
et technique
UV822 Projet interdisciplinaire: conduite d'un projet 15
UV821 EPI jus de pommes et lait fermenté : TP lait fermenté 32
UV 862 Le risque microbien- Ecologie et hygiène des aliments
TP biologie moléculaire 20
Ing3 Orientation Ing3 QSE cours 7,5
ing3 stage 21
licence pro Cours - TD - TP - soutenances 20
master SANH 6
master CFPAI 7,5
+ responsabilité parcours master CFPAI
total 219