Modélisation de l`interaction protéine

V. TRAN
(Roscoff avril 2014)
Spécificités de l’interaction
protéines-sucres en
modélisation moléculaire
Unité Fonctionnalité et Ingénierie des Protéines
ATELIER GlycoOuest - Interactions Sucres-Protéines

Unité Fonctionnalité et Ingénierie des Protéines
Spécificités des sucres
(nomenclature, terminologie)
partager un langage commun avec les chimistes des sucres
Comparaison protéines-sucres
2 communautés : des terminologies identiques mais des sens différents
pour éviter les ‘bourdes’ initiales …
Spécificités de l’interaction
pour bien démarrer la modélisation, des ébauches de stratégie…

biopolymères: suite de monomères
(règles de construction selon les types de polymères)
Organisation des biopolymères: Structure et fonction inséparables
Notions ( alphabet ,
règles de constructions (‘mécano’),
séquences)
caractéristiques des glucides :
* très grande richesse de l’alphabet
* Plusieurs possibilités de liaisons osidiques
Rappels
Comparaison protéines-sucres, les acteurs de l’interaction
Pourquoi cette richesse?
Liaisons peptidiques et osidiques; les différences topologiques?

‘Simplicité fonctionnelle’ des sucres
Glucides : groupements fonctionnels les plus courants ?
avec la liaison C-OH
avec la liaison C=O
Molécules organiques avec des atomes de carbone porteurs
- fonction aldéhyde ou cétone
-et fonctions alcool (primaire ou secondaire) sur (tous) les autres
dérivés polyhydroxylés (polyols)d’aldéhydes ou de cétones.

Composition et définition des oses
* ‘unités’ de base
* en général : de 3 à 7 atomes de carbone
- au moins 2 fonctions alcool (dont une fonction alcool primaire)
- une fonction réductrice carbonylée : - aldéhyde (-CHO) aldose
- cétone (>C=O) cétose
les 2 plus petits (3 atomes de carbone)
Glycéraldéhyde
(aldotriose)
Dihydroxyacétone
(cétotriose)