P2-UE8-Miltgen-Six_bactéries
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UE8 : De l’agent infectieux à l’hôte Date : 22/02/16 Promo : P2 2015/2016 Ronéistes : AHMADALLI Farah DER KASBARIAN Léa Plage Horaire : 14h-16h Enseignant : Dr Miltgen Six Bactéries et vingt-neuf pages I. Bordetella Page 2 1. Généralités 2. Pouvoir pathogène A. B. C. D. Forme classique de l’enfant Forme du nourrisson (< 6 mois) Forme de l’adulte Physiopathologie 3. Diagnostic A. Diagnostic direct B. Diagnostic indirect 4. Traitement 5. Prévention – Vaccination II. Campylobacter Page 4 1. Généralités 2. Epidémiologie 3. 4. A. B. Pathologie : Diagnostic au laboratoire : Diagnostic direct Diagnostic indirect 5. Traitement III. Helicobacter pylori Page 8 1. Généralités A. Habitat – Pouvoir pathogène B. Epidémiologie 2. Clinique / Pathologie 3. Diagnostic A. Diagnostic direct B. Diagnostic indirect V. Legionella Pneumophila Page 17 1. Généralités A. Caractéristiques B. L’histoire d’une découverte 2. Habitat et pouvoir pathogène A. Mode de transmission de l’infection B. Clinique 3. Le diagnostic A. Diagnostic direct B. Diagnostic indirect : sérologie 4. Traitement 5. Prévention VI. Neisseria Page 22 1. Caractéristiques générales de Neisseria 2. Neisseria Gonorrhoae A. Caractéristiques de l'agent bactérien B. Clinique C. Diagnostic D. Traitement E. Conclusion 3. Neisseria Meningitis A. Epidémiologie, habitat, sérogroupes B. Pouvoir pathogène C. Diagnostic D. Traitement E. Conclusion 4. Traitement IV. Haemophilius sp Page 14 1. Généralités 2. Habitat, épidémiologie 3. Pouvoir pathogène A. Chez l’enfant B. Chez l’adulte 4. 5. 6. 7. Physiopathologie Diagnostic Traitement Prophylaxie Pour les QCMs, le prof ne cherche pas à nous piéger, il faut retenir les gros messages importants (ce qui est urgent, les principaux moyens diagnostic, le cheminement au labo...). Il ne s'arrête pas trop aux exceptions et cas particuliers. Cependant, il a dit qu'il s'inspirerait des questions de Belmonte mais ne veut pas faire les mêmes, il faut changer car sinon «vous avez toutes les annales, c'est pas marrant hahaha». Ha. 1 I. Bordetella Le prof est passé rapidement sur ce germe : inutile de s’attarder sur les détails : retenir l’essentiel 1. Généralités Coccobacilliaire, Gram négatifs Immobile Coloration bipolaire Parmi les Bordetella : B pertussis et B parapertussis sont responsables de la coqueluche (durée et intensité des symptômes moins marqués avec B parapertussis) B pertussis est strictement humain La bactérie tient son nom des quintes de toux (chant du coq) : toux rauques sèches évoluant pendant plusieurs semaines avec des quintes caractérisées par des reprises respiratoires difficiles (apnées, cyanose... vomissements (émétisantes)) B parapertussis est aussi retrouvé chez les ovins. B bronchiseptica peut être présent chez de nombreuses espèces animales 2. Pouvoir pathogène La coqueluche est une pathologie très contagieuse et présente des formes variables selon les sujets : A. Forme classique de l’enfant Dans la forme classique il y a 4 phases (il a détaillé ces phases) : - une incubation qui va durer 2 à 3 semaines - la phase catarrhale (quelques jours) : avec possibilité de purpura conjonctival - la phase d’état avec une toux quinteuse (30-40j) - une convalescence de plusieurs mois. B. Forme du nourrisson (< 6 mois) Peut provoquer une détresse respiratoire avec défaillance poly viscérale. Grave, potentiellement mortelle. C. Forme de l’adulte Toux persistante > 1 semaine : toux sèche, rauque avec quintes. La vaccination a permis une diminution considérable des infections et complications (mortalité et morbidité a diminué de 95%) en France. La protection vaccinale est de 10 ans environ s’il n’y a pas de rappels. Il y a un recul du taux de vaccination et une diminution des rappels ce qui entraine une réémergence de cette pathologie chez l’adolescent et l’adulte d’où la possible transmission vers les nourrissons (gravissime chez le bébé) La vaccination reste donc recommandée, avec des rappels pendant la petite enfance puis pendant l’adolescence. Il est également proposé une vaccination des jeunes parents, des professionnels de santé en charge d’enfants (qui sont surveillés par la médecine du travail). D. Physiopathologie La bactérie se fixe sur les cellules trachéales (adhésines) Après quelques temps -Production de toxines ayant une action locale sur le fonctionnement des cellules ciliées - = l'accumulation de mucus (paralysie du système d'épuration ciliaire) - + réaction inflammatoire Autres bordetelloses : formes respiratoires, bactériémiques voire localisées (surinfections de blessures...) 2 3. Diagnostic A. Diagnostic direct C’est une bactérie qui a des particularités de culture. On va donc privilégier la biologie moléculaire. Prélèvements : -Chez l’enfant : aspiration naso-pharyngée la plus précoce possible -Chez l’adulte : utilisation d'un écouvillon du pharynx et PCR Transport -B pertussis : bactérie fragile = transfert rapide La culture est de moins en moins utilisée - Peut être réalisée dans les 3ères semaines de la maladie (Sp 100% ms Se 50%) - En aérobiose, sur milieux spéciaux : nécessité de préciser cette suspicion au laboratoire car recherche spécifique non réalisée en routine : milieu de Bordet-Gengou ou Regan-lowe (à base de pomme de terre) - Culture à 35°C - Culture lente : colonies hémolytiques n'apparaissant qu'après J3 (J7) - Confirmation par agglutination avec anti-sérum spécifique Envoi des souches au CNR. B bronchiseptica cultive beaucoup plus aisément Autre technique = biologie moléculaire ++++ : PCR : recherche d'ADN bactérien (Se > 80%). Elle est utilisable après 3-4 semaines de signes cliniques. Niveau performances, c’est une technique rapide, avec une bonne sensibilité et spécificité ! La conservation des échantillons se fait à 4°C. Remboursé depuis jan 2011 En gros ce qui sera davantage privilégier c’est la biologie moléculaire avec la nécessité de faire un prélèvement relativement tôt (écouvillon, aspiration naso-pharyngée…) B. Diagnostic indirect Il est souvent peu contributif : on ne l’utilise plus. Il permet un diagnostic (rétrospectif ou tardif) si la consultation et le prélèvement se font après la période où la bactérie peut être recherchée directement (ELISA, immunoempreinte IgG anti-toxine). Il existe des difficultés d’interprétation. Les vaccinations créent en effet des interférences. De plus le diagnostic indirect n’est plus remboursé (car faible spécificité). 4. Traitement Macrolides (érythromycine (50 mg/kg/j en 3-4 prises pdt 14j) ou éventuellement les béta-lactamines, cotrimoxazole. C’est un traitement qui va permettre d’avoir un effet sur la diminution de la contagiosité mais l’effet sur les symptômes n’est pas toujours important à cause de la toxine. 3 5. Prévention – Vaccination La mise en place de la vaccination dans les années 60 a permis une nette diminution de l’incidence. On a modifié le calendrier vaccinal. Le vaccin est atténué (3 injections : 2, 3, 4 mois + rappel à 6 ans. Le rappel est fortement conseillé aux professionnels au contact d'enfants et potentiels parents. II. Campylobacter 1. Généralités C’est la principale cause de gastroentérites bactériennes. Ce sont des bacilles gram négatif incurvés (spiralés), de la famille des Epsilonprobacteria. Le genre Campylobacter contient 17 espèces. Les principales espèces : C jejuni (entérites), C coli (entérites), C fetus (septicémies donc souvent retrouvés dans les hémocultures ). Ce sont des zoonoses => réservoir animal important Schéma : aspect incurvé au très fort grossissement au microscope électronique. C’est presque le seul germe qui a cet aspect en bactériologie humaine. 2. Epidémiologie Ce sont des bactéries commensales du tube digestif de nombreux oiseaux et mammifères notamment du poulet, qui un réservoir naturel de Campylobacter jejuni. 40 à 80 % des carcasses de poulets sont contaminées à la distribution. Elle a une survie prolongée dans l’environnement (plusieurs semaines à 4°C) notamment dans l’eau et le lait mais elle ne peut pas se multiplier dans l’aliment (contrairement eux salmonelles par ex) On a une transmission selon 2 modes par l'alimentation : 1 : sporadique, majoritaire (consommation de la viande de poulet crue ou insuffisamment cuite, car la cuisson détruit ces bactéries). 2 : épidémique, spectaculaire mais rare (lait crus, eaux potables contaminées) De manière générale, les cas sporadiques sont dus aux aliments et les cas épidémiques aux boissons. 4 Meuh. Cycle de contamination (voie la plus fréquente par ingestion de volaille) Les Facteurs de riques sont nombreux mais ce qu’il faut retenir c’est vraiment la consommation de viande de bœuf ou de poulet crue. 3. Pathologie : Manifestations cliniques digestives, avec des troubles gastro intestinaux, des vomissements et des diarrhées. Il y a peu de variations de manifestations cliniques entre les différentes espèces de campylobacter. Il y a peu de différences par rapport aux autres infections du tube digestif. (par exemple entre shigella et campylobacter : il n’y aura pas une symptomatologie plus bruyante que l’autre). Elle survient surtout chez l’enfant de moins de 5 ans sous forme de diarrhées aigües. L’incubation est de 1 à 10 jours après ingestion de la bactérie. La phase initiale : 2jours avec fièvre élevée frissons (aspécifique) La phase digestive : nausées, vomissements, douleurs, abdos, diarrhées aqueuses puis muqueuses, sanglantes, purulentes (entéroinvasif + toxines)... (toujours aspécifique) La durée de l’expression clinique est de 8-10jours mais il y’a expulsion fécale de Campylobacter pendant plusieurs semaines post infection (contamination possible par manque d’hygiène) Ainsi on a 2 types d’épidémies : nosocomiales et communautaires On observe 25% de rechutes (symptômes moins marqués) La distribution saisonnière est moins marquée que pour Salmonella mais il y’a un pic en saison chaude L’espèce la plus fréquente est donc Campylobacter jejuni (75%). Le nombre de cas annuel estimé en France est non négligeable avec 18 000 cas/ans pour C.jejuni dont 3000 hospitalisations), avec des cas de septicémie qui sont rares (moins de 1% des infections qui surviennent plutôt pour des terrains fragilisés comme les immunodéprimes ou les âges extrêmes de la vie) pour C jejuni mais plus fréquents avec C fetus. Si on considère toutes les infections à Campylobacter pour les enfants, il y a 50% des hospitalisations pédiatriques. Donc à bien rechercher chez les enfants C’est la première cause de gastroentérite bactérienne. Des complication secondaires peuvent apparaître. Elle sont de type arthritiques (1% des complications) On peut avoir des complications graves : syndrôme de Guillain-Baré (polyradiculonévrite ascendante régressive postinfectieuse) : trouble de déglutition voire paralysie des muscles respiratoires (ventilation artificielle) mimétisme moléculaire entre le LPS de certains sérogroupes de C jejuni et la constitution des gaines de myéline Symptômes débutent en général 1 à 3 semaines après l'infection 5 Détection par les labos hospitaliers : 2/3 contre 1/3 pour les labos de ville On voit bien que l’infection à Campylobacter touche les âges extrêmes de la vie. (les Ieuvs et mioches) Sur le tableau ci-dessus, on voit que Campylobacter jejuni représente 80% des infections et on retrouve derrière coli et fetus. Les oscillations durant l’année (en Métropole) sont variables avec un pic pour la période chaude 6 4. Diagnostic au laboratoire : A. Diagnostic direct Prélèvement : surtout coproculture : selles conservation max 24h à +4°C : à acheminer rapidement en labo autres : hémocultures (C fetus +++ chez ID)... examen direct : Mobilité+++ (vol de moucherons) Gram - : aspect incurvé, en virgule. Attention les bactéries étant très petites on peut les rater à la coloration GRAM et avoir des faux négatifs. Culture réalisée sur milieux sélectifs (campylosel, karmali...) et en micoraérophilie incubation 48h à 37°C Il faut faire la culture ET le Gram Developpement de PCR et MALDI-TOFF Obtention de petites colonies « laiteuses » Oxydase + ; catalase variable Identification d'espèce basée sur : - caractères biochimiques : hippurate + (C jejuni) - sensibilité à certains ATB : cefalotine (Cj : R) et acnalidixique (Cj : S) - capacité de croissance à certaines T° (42°C) Il n’a pas insisté sur ça B. Diagnostic indirect C’est de la sérologie. Aucun intérêt dans les épisodes diarrhéiques aigus : Ac commencent à être produits et sont à de taux trop faibles pour être détec Possible si complications post infections digestives (arthrites, syndrome de Guillain baré). Technique : fixation du complément, ELISA En revanche, dans les manifestations extra digestives (atteintes articulaires, sd de Gullain barré), on est plusieurs semaines après. Les anticorps ont eu le temps d’être produits en quantités En gros : pas d’intérêt sauf pour les complications. 5. Traitement L’Antibiogramme est conseillé pour vérifier les résistances L’antibiothérapie est toujours indiquée (contrairement au cas des salmonelles où on allait vers des épisodes spontanément résolutifs). Traitement C jejuni : macrolides, FQ, cyclines Traitement septicémie (notamme à C fetus) : assoc Béta-Lactamines ou macrolide + aminosides ou FQ On va favoriser l’augmentin (amoxiciline) par rapport aux C3G car Campylobacter est plus sensible aux pénicilines qu’aux Céphalosporines 7 L’évolution des résistances bactériennes aux ATB : légère augmentation On se méfie notamment des résistances aux macrolides et FQ qui continuent d’augmenter : on essaie de ne pas les donner en 1ère intention. Les résistances à l’amoxiciline ont tendance à diminuer. On considère dont que l’amoxiciline (augmentin) et péniciline ont peu de chance de developper des résistances. Même si on a dit précédemment que le traitement principal pour Campylobacter jejuni = macrolide et Fluoroquinolone il faut regarder les résistances locales (les résistances sont différentes selon les régions). Il se rend compte que c’est un peu confus donc en gros il dit : En théorie pour le traitement c’est macrolides et Fluroquinolone (et B-lactamines) et en fonction de l’épidémiologie locale (résistances) on adaptera le traitement. III. Helicobacter pylori Tableau le plus fréquent = gastrites 1. Généralités C’est une bactérie spiralée dans l'estomac, Gram - incurvée (un peu comme Campylobacter), mobiles, à croissance difficile, découverte dès le XIX siècle... mais cultivée pour la 1ere fois en 1982 (prix nobel en 2005). C’est un germe responsable de nombreuses pathologies gastro-duodénaliennes. 8 Il colonise près de 50% de l'humanité : on n’est pas tous symptomatiques ! Il appartient à la famille de Helicobacteraceae, et est du genre Helicobacter. On distingue une 20aine d'espèces, qui sont toutes micro-aérophiles (comme Campylobacter) A. Habitat – Pouvoir pathogène Homme = réservoir exclusif. Elle se fixe au niveau de l’estomac, c’est le seul site où on peut la retrouver puisqu’elle est responsable de pathologies gastriques. La transmission est strictement inter-humaine, précoce dans l'enfance, souvent intra-familiale L’estomac est le seul site où la bactérie est isolée et cultivable, donc la symptomatologie de départ est toujours gastrique Helicobacter pylori résiste à l'acidité gastrique grâce à des facteurs de virulence comme l’enzyme uréase qui aura d’ailleurs son importance dans le dépistage) Elle possède une mobilité dans le mucus (flagelles), et à un pouvoir d’adhésion à la muqueuse(adhésines) Elle a également la capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte et à persister de manière chronique dans l’estomac (leurres Agniques, plasticitégénomique) B. Epidémiologie La prévalence augmente avec l'age : - Pays developpés : 5-10% chez enfant => 20-50% chez adulte - Pays en voie de développement : 90%. La transmission par les selles et possibles dans ces pays : il y’a des épisodes diarrhéïques fréquents, une hygiène fécale pas optimale. L’eau utilisée dans les foyer peut ne pas être bien traitée. Touche plutôt les jeunes adultes 2. Clinique / Pathologie L’infection provoque une gastrite souvent asymptomatique qui persiste toute la vie sauf traitement d'éradication Cela peut évoluer vers pathologies plus sévères : - ulcères (10% des cas) - cancers(1% des cas; 2e place des cancers ; 9000 nouveaux cas / an) - lymphome du MALT : très très rare Retenir surtout la gastrite qui peut évoluer vers la carcinogénèse 9 Mécanismes possibles de l’action de l’infection à H. Pylori sur la carcinogénèse gastrique Action indirecte de l’infection à H. pylori : +++ via l’inflammation Action directe de H. pylori lui-même - Production d’une oncoprotéine (CagA) - Inhibition des mécanismes de défense de l’hôte Référentiels de la SPIF : Société de Pathologie Infectiese française : Indications de la recherche de l’éradication de H. pylori En France, il n’est pas recommandé de rechercher H. pylori : - Chez les patients asymptomatiques (A1) - Dans le RGO et les dyspepsies (A1) Il est recommandé de rechercher H. pylori dans les situations suivantes - IPP au long cours pour RGO ou dyspepsie non ulcéreuse (A1) - Ulcère gastrique ou duodénal. L’éradication de H. pylori favorise la cicatrisation et prévient la récidive des ulcères (A1) - Lymphome du MALT (A1) - Apparentés au premier degré de patients souffrant de cancer de l’estomac - Avant d’initier un traitement par AINS au long cours. L’éradication ne dispense pas d’un traitement par IPP en cas de facteur de risque d’ulcère associé. (A1) - Utilisation d’aspirine au long cours avec antécédents d’ulcère gastro-duodénal (B2) - Anémie par carence en fer idiopathique (A1) Maladies de mal-absorption - Carence en vitamine B12 (B3) - Purpura thrombopénique immunologique (A1) 3. Diagnostic A. Diagnostic direct ► Méthodes invasives Biopsie gastrique par endoscopie - Réalisation d'une analyse anatomopathologique : - Analyse bactériologique : culture / PCR : recherche du génome bactérien dans la biopsie / recherche d'activité uréasique : permet de transformer l’urée en un produit facilement détectable. H. pylori très sensible à la dessication ! (Mettre la biopsie dans un petit peu de liquide avec sinon on perd en sensibilité). - - Intérêt : technique de diagnostic des + Se et Sp (+endoscopie permet d'observer l'ampleur des lésions) Activité uréasique : HP a une forte activité uréasique et hydrolyse l'urée en NH4 = pH ↑ = fait virer un indicateur coloré. Le prélèvement biopsique est mis en contact de réactif : lecture à 1h après incubation à 37 °C (Se 80% ; Sp 95%) Examen anapath : Se et Sp>95%, fixation biopsies au formol + coloration PCR : rapide et spécifique, ne permet cependant pas de faire un antibiogramme Culture : * Méthode diagnostique la plus spécifique * Intérêt : mise en évidence du germe + test ATB (adaptation traitement) + recherche de marqueurs de virulence (recherche) * Prélèvement et transport : 2 biopsies (Se++) ; H pylori est très sensible à la dessiccation donc acheminement au labo dans un récipient stérile + milieu de conservation dans les 2h 10 ► Méthodes non invasives Test respiratoires à l'urée marquée (A retenir) - Test global évaluant la présence du germe dans la cavité gastrique en exploitant le fait que la bactérie a cette activité uréasique qui est forte. - SE> 90% - Avant traitement ou 4 semaines après arrêt ; à jeun - CO2 marqué au carbone 13 sur urée : ingestion par le sujet (jus de fruits – acide citrique). L’activité uréasique de la bactérie va libérer l’urée. Schéma qu’il a commenté: Si une forte proportion de l’urée ingérée se retrouve dans le gaz carbonique expiré on a une forte suspicion d’Helicobacter Pylori dans l’estomac. - Recherche Ag spécifique d’Helicobacter Pylori dans les selles : peu utilisé ELISA ou ICT Utilisation d'Ac monoclonaux Rapide (15 min) Diagnostique primaire (avant ttt) ou contrôle d'éradication (>14j après arrêt du ttt) Délai réalisation test 72h au-delà : congélation PCR sur selles : réservé aux labos spécialisés - Problèmes de présence d'inhibiteurs. - Pas en routine. Dans un premier temps on fait donc le test respiratoire à l’urée marquée et on confirmera éventuellement le diagnostic par une biopsie. B. Diagnostic indirect Pas trop d’intérêt : on ne différencie pas l’infection d’une ancienne infection (car les AC persistent) - IgG anti-H pylori - Se et Sp : 90% - Le taux d’Ac reste élevé pendant la durée de l'infection. Il diminue progressivement dans les mois ou année qui suivent la disparition de la bactérie (donc aucun intérêt pour vérifier l’efficacité de traitement) - L’intérêt limité : il ne différencie pas une infection active d'une ancienne infection - Fx + si persistance de taux élevé après ttt 11 Tests diagnostiques non invasifs Bien retenir : Test respiratoire à l’urée marquée en 1ère intention : test diagnostic et le contrôle de l’efficacité après les 4 semaines de traitement (soit 4 semaines après l’arrêt des antibiotiques) 4. Traitement Problème : augmentation résistance à la clarithromycine (> 20% en France), ce qui nécessite de ne plus utiliser cette molécule en 1ère intention dans la trithérapie classique en absence d’antibiogramme. Mesure de la sensibilité aux ATB= importante devant l’évolution de la résistance des ATB de référence - Clarithromycine : 20% - Métronidazole : 35% 12 Traitement probabiliste en 1ère ligne sont recommandées pour le traitement empirique de 1èreligne -Quadrithérapies contenant du bismuth et à privilégier en France car la prévalence de la résistance à la clarithromycine est supérieure à 20% (Le bismuth permettrait de limiter l’action des adhésines) Mais AMM restrictive aux patients ayant eu un ulcère GD et fréquence des effets secondaires -Le traitement séquentiel (quadrithérapie sans bismuth) est aussi possible Suivi du traitement : Test respiratoire à l’urée marquée - au moins 4 semaines après l’arrêt des antibiotiques - au moins deux semaines après l’arrêt d’un traitement par IPP. Traitement de deuxième et troisième lignes Traitement de deuxième ligne après l'échec d'une quadrithérapie contenant du bismuth - Trithérapie contenant: amoxicilline, lévofloxacine (250 mg x 2/j) et IPP (D5) - De préférence après la pratique d’un antibiogramme Traitement de troisième ligne : traitement guidé par antibiogramme sur avis spécialisé Retenir : toujours adapter le traitement probabiliste à la prévalence des résistances dans notre région = 1ère ligne du schéma de fin. Bismuth = sel métallique qui va potentialiser l’action des ATB. 13 IV. Haemophilius sp 1. Généralités Haemophilus est une bactérie décrite à tort comme agent à l'origine de la grippe (fin XIX/ Pfeiffer/Bacillus influenzae). Elle est du genre Haemophilus, de la famille des Pasteurellaceae (16 espèces d'origine humaine ou animale) Les caractères généraux de Haemophilus influenzae - petits bacilles (voire coccobacilles) GRAM négatif - immobile - non sporulé - parfois capsulé (facteur de virulence → pathogénicité) - aérobie (anaérobie facultatif) - exigeant des facteurs présents dans le sang (facteur V (NAD) et X (Hémine))… variation des exigences en fonction des espèces (critères d'identification)) - Température optimale 37°C - Nitrate réductase +, catalase et oxydase variable 2. Habitat, épidémiologie - Flore commensale des voies aériennes supérieures et de la cavité buccale de l’homme (10 % des germes de la flore pharyngée). - Présent de manière transitoire dans le tube digestif et dans la muqueuse vaginale (risque d’infection) H. parainfluenzae = majoritaires mais non pathogènes donc ceux à rechercher en priorité sont les H. influenzae qui sont notamment plus présents chez l’enfant (75% des enfants contre 35% des adultes). Parmi les H. influenzae il y a plusieurs sous types. Le Type b = espèce encapsulée avec tropisme important pour les méninges avec un taux de méningites primitives bactériennes chez l’enfant entre 3 mois et 3 ans très importants Depuis le développement d’une vaccination systématique des enfants en bas âge, le taux de méningite à H. influenzae a nettement diminué. Il est moins contagieux que le méningocoque mais tout de même considéré comme à risque La Transmission par gouttelettes de salive par contact direct (intime, sécrétions d'un malade ou d'un porteur…) Ces bactéries sont strictement humaines et fragiles, elles survivent mal dans l’environnement (elles supportent mal la dessication). 14 3. Pouvoir pathogène C’est une bactérie pyogène capable de provoquer des infections aiguës ou chroniques sans bactériémies voire des infections invasives (via les formes capsulées) surtout avec le sous type b. Elle est fréquemment rencontré au cours d’infections communautaires (sphère ORL de l’enfant, surinfections broncho-pulmonaires de l’adulte) et pas nosocomial A. Chez l’enfant Rare pendant la période néo natale (Ac maternels protecteurs contre les formes capsulées) Si il y’a passage par la BHE → méningites souvent avant 3ans La clinique est habituelle : signes d'infection des voies aériennes supérieures (pharyngites, sinusites, otites moyennes…) associées ou non à une infection virale (forme foudroyante = rare) La mortalité est <10% mais il y’a souvent des séquelles neurologiques (20-30%) Hormis les infections respiratoires, on retrouve des infections ORL et parfois des infections extra respiratoires : Epiglottite (chez l’enfant entre 2 et 7 ans) Arthrite Cellulite Péricardite Pneumonie Orchy-épididymite Otite (OMA = localisée, forme non capsulée dans 90% des cas) Conjonctivite Il ne s'arrête pas sur les choses rares 15 B. Chez l’adulte Les formes décrites chez l'enfant peuvent être retrouvées mais la notion de terrain très importante méningite = 1-10 % des méningites purulentes atteintes pulmonaires et broncho-pulmonaires = les plus fréquentes (favorisées par une perte d'efficacité des défenses de la muqueuse bronchique) infections avec bactériémie = rares chez l'adulte (péricardite, endocardite, arthrite, cellulite…) autres =infections urinaires, biliaires, prostatiques, génitales…. 4. Physiopathologie La Colonisation se fait via pili, adhésines Concernant la virulence : il y’a présence d’une capsule (lutte contre la phagocytose, l’action du complément), et IgA protéase H. influenzae est un agent opportuniste ou de surinfection qui profite de la diminution ou de l’altération des défenses de l’organisme (atteinte du système muco-ciliaire, co infection virale…) 5. Diagnostic - uniquement des diagnostics directs (pas de sérologies) = ED et mise en culture… - importance du prélèvement = qualité et quantité → Attention à la contamination par flore buccale → Délai de transport au labo (influence l'interprétation puisque germe présent à l'état commensal) - culture bactérienne réalisée sur milieux enrichis (Fact V et X) à 37°C + CO2 6. Traitement H. influenzae est naturellement sensible à de nombreux antibiotiques. Le traitement de 1ère intention = amoxicilline ± Ac clavulanique, car acquisition de beta lactamase fréquente. R naturelle : macrolides, Lincosamide, glycopeptides... Dans les infections invasives on va privilégier les C3G par précaution. 7. Prophylaxie Il existe une vaccination contre l’hémophilus influenzae de type b par Ag capsulaire spécifique (car l’Ag est très immunisant). Elle se fait en 3 injections à 1 mois d’intervalle avant 6 mois puis rappel à 18 mois (couplé au tétanos). Dans les pays où cette vaccination s’est généralisée, les méningites à H. influenzae ont pratiquement disparues (taux de portage extrêmement faible). Au vu des complications de l’infection, la vaccination a eu de grandes répercutions. Par exemple, en France, dans les années 80, 25/100 000 enfants < 5 ans et en 1997 1 /100 000 < 5ans. Il existe d’autres types capsulaires non couverts par cette vaccination spécifique du type b. A ce jour, aucun autre H. influenzae n’a pris la place mais cela reste à surveiller. La chimioprophylaxie est constituée de rifampicine per os. 16 V. Legionella Pneumophila 1. Généralités A. Caractéristiques Appartient à la famille des legionellaceae (48 espèces dont 70 groupes sérologiques, celui qui nous intéresse est le séro groupe 1. Il existe 15 types antigéniques de Legionella pneumophila) - cocobacille GRAM négatif - exigences atmosphériques et nutritives particulières pour leur culture (bactérie difficile à rechercher) - environnement aérobie strict avec des exigences nutritives particulières. - peuvent survivre entre 25 et 45°C (problèmes sur les réseaux d’eau chaude, climatisation...) - intracellulaire facultative - maladie à déclaration obligatoire à l'ARS B. L’histoire d’une découverte La légionellose est une pathologie qui a été découverte récemment et décrite pour la première fois en 1976. Il y avait un congrès de légionnaires à Philadelphie où il y a eu une épidémie de pneumopathie avec un taux de décès important. Sur les 180 vétérans participants, 34 sont décédés. En analysant les poumons de ces 180 légionnaires, on a pu mettre en évidence une nouvelle bactérie impliquée dans ces infections respiratoires. Elle a été baptisée Legionella pneumophila en tenant compte de l’évènement qui a contribué à sa découverte. Rétrospectivement d’autres épidémies semblables avaient été décrites. Depuis de nombreux cas d’épidémie ont été relevés un peu partout et notamment en France, dans des hôpitaux ou encore en ville (tours aéroréfrigérantes..). 2. Habitat et pouvoir pathogène Ce sont des germes hydro-telluriques appréciant l'eau stagnante tiède (25-45°C) (mais détruite à 50°C) - Réservoirs naturels = réservoirs hydriques (lacs, rivières, puits, eaux de pluie stagnantes, sols…) et les gîtes (tours aéroréfrigérantes, eau chaude de stations thermales...) - Le développement est favorisé par l’eau tiède par la présence de matière organique (biofilm), la présence d’autres bactéries, des amibes libres ou de cyanobactéries Pas important → 17 A. Mode de transmission de l’infection L’infection se fait par inhalation d’aérosols contaminés de manière communautaire ou nosocomiale. Il y’a des cas de micro-aspiration mais ils sont discutés (fausse route, chir ORL) Il n y’a pas de pas transmission interhumaine, aucun argument par voie orale - L.pneumophila, c’est - 95% de légionellose chez l'Homme dont séro-groupe 1>80%. (À retenir car ça aura des conséquences au niveau diagnostic) - 0.5 à 5% des pneumopathies communautaires mais peut faire l’objet de possibles épidémies - Meilleur diagnostic = anti urinaires légionnelles B. Clinique Forme classique (maladie du légionnaire) associe des manifestations respiratoires et extra respiratoires avec début +/- progressif après une phase d’incubation de 2 à 10 jours ● Pneumopathie fébrile = toux sèche, céphalées, myalgie, anorexie, dyspnée, syndrome infectieux sévère... ● Manifestations extra pulmonaires = douleurs musculaires, troubles digestifs (diarrhée), neurologiques (25% des cas : céphalées, confusion, crises convulsives…) Suspicion de pneumopathie avec signes extra pulmonaires marqués notamment digestif → penser à légionellose Il s’agit d’une maladie grave et létale (11% en France en 2009) Autres formes : Légionellose de l’ID (Immunodéprimé) : létalité ++ (40%), manifestations extra-pulmonaires (cellulites, sinusites, péricardites, péritonites, pyélonéphrites, EI, abcès cérébraux…) rares mais possibles chez l'ID La fièvre de Pontiac : forme bégnine, atteinte respiratoire des voies aériennes supérieures. L’incubation est courte (36h), la guérison spontanée Les facteurs de risques sont = Tabagisme, éthylisme = Diabète, l’immunodépression (corticothérapie...) = Affections respiratoires chroniques = Personnes de plus de 50 ans = Sexe masculin (sexe ration = 2.5) = Exposition fréquente à des sources de contamination (voyages, hôtels, centres de loisirs...) 18 En 1997 commercialisation des tests anti urinaires du coup on détecte beaucoup mieux la légionnelle = pas de recrudescence mais meilleure détection Touche plutôt les hommes un peu âgés La France est dans la moyenne élevé (portion haute des incidences de légionnelle en Europe) 3. Le diagnostic A. Diagnostic direct (indispensable de préciser la recherche de Legionella au labo car recherche spécifique (milieux spéciaux) non réalisés en routine) Sur les prélèvements respiratoires - expectoration, fibroscopie avec aspiration bronchique ou trachéale LBA (+++) - avant prise d'ATB - délai <4h (si >conservation à +4°C) - mise en culture pour isolement du germe et recherche résistance aux ATB et facteurs de virulence (recherche CNR) 19 Sur les prélèvements urinaires (recherche d'Ag solubles) (façon la plus facile) - rapide, permet de rechercher L.pneumophila serogrp1 (SE 80%, notion à avoir, on ne détecte pas toutes les légionnelles, et parmi le séro groupe 1 on en rate encore) - nécessite une concentration des urines (SE +10%) - Ag détectable dès apparition des symptômes (ou rapidement après 2/3jrs) et pdt plusieurs mois, non influencée par prise d'ATB (détecte pas tout et à certaines périodes, ça reste longtemps positif dans les urines donc ça veut pas toujours dire qu'on est dans une infection aiguë à légionnelles) - Test ELISA ou ICT (++) avec Ac monoclonaux Fréquence, lieux et modalités de prélèvements La fréquence est au moins annuelle. Il y’a des points obligatoires (réservoirs, ballon d’eau chaude, tours auto réfrigérantes). Le prélèvement se fait par flaconnage au point d’usage, avant et après purge. En France, il y’a des normes drastiques pour décider quand et où chercher et dire s'il y a vraiment infection à légionnelle Culture méthode de référence = très spécifique mais de sensibilité moyenne (40-60%) Milieux de culture supplémentés, 37°C, 5% deCO2, incubation au moins 10j (difficile) Germe exigeant en L-cystéine : argument pour l'id (absence de culture sur milieux non suplémentés) (pas facile, faire la différence avec tous les germes qu'on peut avoir dans les voies respiratoires) Aspect macroscopique typique en verre fritté Pas d'analyse des caractéristiques biochimiques - Agglutination par latex spécifique de sérogroupes Envoi des souches au CNR (Lyon) Il ne rentre pas dans les détails → en gros si on a légionellose positive aux analyses urinaires (on a pas la souche), on fait cracher le patient pour avoir la souche pour pouvoir l'envoyer au CNR Boite de Culture spéciale en verre fritté avec un aspect assez caractéristique IF (utilisation d'Ac mono ou polyclonaux – peu sensible – peu utilisée) PCR (en développement – intérêt ++ car spécifique, sensible et rapide mais coût ++) B. Diagnostic indirect : sérologie - IFI = technique la + employée (Ac recherchés = dirigés contre le LPS) - Ac poly ou monoclonaux - Nombreuses réactions croisées (faux+) = chlamydia, mycoplasma, coxiella burnetti, campylobacter… - nécessaire d'augmenter du titre x4 sur 2 prélèvements >15jours - élévation des titres retardée/ phase aiguë = peu utilisable pour diagnostic rapide (souvent rétrospectif) - la recherche d'IgM est sans intérêt devant les tableaux aigus. On vient bien que le test urinaire a permis de diagnostiquer beaucoup plus de cas 20 4. Traitement - Bactérie à développement intracellulaire et sont naturellement résistances aux β-lactamines - ATB efficaces = macrolides, FQ, rifampicine en raison de leur diffusion intracellulaire et de concentration parenchymateuse pulmonaire largement supérieure aux CMI90 des souches de L. pneumophila (Lp) - durée de traitement est de 8 à 14jrs pour les formes non graves (5jrs pour l'azithromycine) et allongée à 21jrs dans les formes graves et/ou chez l'ID (10jrs pour l'azithromycine) - CHU dépendant, tout le monde n'est pas d'accord En gros monothérapie pour infections légères à modérées avec macrolides en 1ère intention ou bithérapie avec fluoroquinolone pour infections plus importantes 5. Prévention - surveillance environnementale = conception, entretien des réseaux = circulation continue de l'eau = élimination des bras morts = T° suffisante de l'eau pour éviter une prolifération (>50°C) = prélèvements de contrôle - post exposition (prophylaxie secondaire) → Elle ne doit être envisagée que au cas par cas dans des situations particulières (patients à très hauts risques, situation épidémique), dans le cadre d'une concertation pluridisciplinaire) → Se référer à l'avis du HCSP relatif à la place de l'antibiophrophylaxie dans la prévention des légionelloses nosocomiales 21 VI. Neisseria 1. Caractéristiques générales de Neisseria Cette bactérie fait partie de la famille Neisseriaceae comprenant deux genres : Genre Neisseria (16 espèces) Genre Kingella → Caractéristiques: • • • • • Cocci GRAM diplocoques (regroupés par deux donnant un aspect en « grain de café »). aérobie stricte Catalase + / oxydase + Chez la plupart des Neisseriaceae = présence chez l'Homme et l'animal (dans muqueuses oropharyngées et conditions de culture peu exigeante (T°, atmosphère) SAUF pour les deux qui vont nous intéresser : N gonorrhoae et N meningitidis !! (gélose nutritive, survie mal dans milieu ext, dans le prélèvement, faut emmener rapidement au labo) Il faut savoir qu'il y aura un portail asymptomatique du méningocoque dans l'oropharynx selon les personnes et les facteurs de virulence. Méningocoque comme Salmonella ou Shigella peut provoquer des infections très graves mais contrairement à elles il peut être commensal. 2. Neisseria Gonorrhoae A. Caractéristiques de l'agent bactérien Agent bactérien et épidémiologique ▪ Gonocoque responsable de la blennorragie gonococcique (tableau typique) ▪ Pathogène obligatoire (non commensal) ▪ Non capsulé et très fragile dans le milieu extérieur, ne survit pas très longtemps ▪ Strictement humain ▪ Transmission sexuelle exclusive (fragilité du germe = contacts intimes !) ▪ 2ème agent le plus souvent en cause derrière Chlamydiae trachomatis dans les MST ! Après une forte diminution entre les années 80 et 90, recrudescence actuelle du nombre de cas 22 En termes de données épidémiologiques : Evolution récente des gonococcies Forte augmentation Le + souvent quelque chose dont on ne parle pas très facilement Varie avec les pathologies Fort pourcentage de diagnostic dans les centres de dépistage anonymes et gratuits Très peu dans la médecine libérale ou centre hospitalier A la réunion, ça a été pas mal étudié, fréquence relativement plus importante, très forte prévalence chez les adolescents ou jeunes adultes, ça a été étudié dans l'océan indien par rapport à toute la France (96%)ile de france (73%) population moins importante mais incidence très élevé (donc nouveaux cas par an élevé). B. Clinique Chez l'homme La symptomatologie est beaucoup plus marquée chez l’homme que chez la femme (70% des cas chez l'homme symptômatique) urétrite le plus souvent aiguë apparaissant en 3 à 4 (2-10) jours après le contage Symptômes : ceux d’une urétrite - brûlures (notamment au moment des mictions…) - écoulements (purulent) complications si on tarde à consulter et à être traité : épididymite, prostatite… (Transmission ascendante par l'urètre) Chez la femme L’infection peut rester asymptomatique (plus grave que chez l'homme du coup car dépisté plus tard) Elle débute en général au niveau du col puis s’étend vers les régions voisines (cervicite) inflammation pelvienne possible écoulements purulents voire hémorragiques, des sécrétions donc visibles, complications = salpingite, bartholinite… (affections ascendantes) Par possible remontée du germe dans les trompes et les ovaires = stérilité (obturation homo ou bilatérale des trompes et atteinte de l'épithélium) Progression ascendante depuis la sphère génitale = manifestations générales (fièvre, vomissements, douleurs abdominales…). Si infection pendant la grossesse, il y a risque de transmission au moment de l'accouchement = atteinte oculaire avec développement d'une conjonctivite purulente → Normalement systématiquement 2 gouttes de collyres de nitrate d'Ag 23 Dans les 2 sexes possibilité d’atteintes : Anorectales Pharyngées (en fonction des pratiques sexuelles) Conjonctivite purulente (forme néo-natales par transmission lors de l’accouchement) formes disséminées : arthrites (septicémies à gonocoques)... C. Diagnostic ▪ Prélèvement locaux - par écouvillonnage urétrale chez l’homme (écouvillon en alginate de calcium pour ne pas altérer le germe) le matin avant la première miction - Récupération d'une goutte de sécrétion si écoulements purulents - A défaut sur urines (1er jet) - Chez la femme prélèvement urétral, au niveau de l’endocol et du cul de sac vaginal. - Réaliser également si besoin des prélèvements au niveau rectal, pharyngé, ponction articulaire, hémoculture…. - Transport RAPIDE au labo (<2h) La bactérie est plutôt fragile donc l’intérêt est de transférer rapidement le prélèvement vers un laboratoire. Lors des consultations gynéco, le prélèvement doit être fait sur milieu de transport. La première manière de faire un diagnostic est de faire un examen direct. ▪ Examen direct - Recherche de coccis gram – (en diplocoque) souvent intra-leucocytaires Culture : - Ensemencement sur milieux enrichis et sélectifs (condition adaptées en température) : - Délai de croissance 2 à 4j. La sérologie ne présente pas d’intérêt. → On fait uniquement du diagnostic direct. - Développement de la PCR +++ (grand rôle, très démocratisé, même dans les labos de ville, permet de faire un diagnostic rapide de gonocoques, on ferait de moins en moins la culture) D. Traitement Il s’agit d’un germe présentant une résistance croissante vis à vis de certains ATB principalement utilisés : béta lactamines (pénicilline) tétracyclines Fluoroquinolones → IMPORTANCE de l'ANTIBIOGRAMME Traitement de référence : Rocéphine (+ Cycline pour Chlamydiae associée !) ou céphalosporine /!\Important de traiter le (ou les) partenaires sexuel(le)s en parallèle ! /!\ Fluoroquinolone 24 ATB beaucoup utilisé donc maintenant il y a résistance, on ne le donne pas en 1ère intention, faut faire un antibiogramme avant On commence à avoir des résistances au C3G malheureusement E. Conclusion Importance de la prophylaxie = préservatif ! (diminution de son utilisation vu les chiffres épidémiologiques) Traitement simultané pour MST de TOUS les partenaires sexuels en même temps ! Danger (HIV, autres infections aux conséquences ++++) = dépistage Recrudescence actuelle (syphilis qui revient, maladies un peu banalisées) 3. Neisseria Meningitis A. Epidémiologie, habitat, sérogroupes Epidémiologie, habitat Le Neisseria Méningitidis est responsable d’infections graves avec : - dans 70% des cas une méningite pure - des cas de méningococcémies (30% des cas), qui est une circulation dans le sang de cette bactérie. Qui entraîne un tas de complications ainsi que la mise en jeu du pronostic vital (peut-être létal.). Présence de purpura fulminans. Bactérie strictement humaine avec un tropisme totalement différent. Présent chez l'Homme (portage sain) dans le rhinopharynx (5-15% de la population), plus prolongé chez certaines personnes (>6mois) Pour 1 personne sur 10 000 (relation portage/nombre d’infection) Ces pathologies sont plus observées chez l’enfant et les adultes jeunes La transmission se fait par voie aérienne lors de contacts directs (toux, parole, …) puis passe par voie hématogène, peut traverser la barrière hémato-encéphalique et donner une méningite Sérogroupes On s'en fiche 25 Il existe 13 sérogroupes dont les plus fréquents, connus sont les : A, B, C, X, Y, W13, avec certains sérogroupes plus présents dans certaines zones. (Pèlerinage à la Mecque...) → En France : - 500 cas d’infections systémiques diagnostiqués par an. - Les sérogroupes B (à 60%) et sérogroupe C (à 40%) sont le plus souvent rencontrés. → Au niveau mondial, la répartition est différente - épidémies - programme de l'OMS = diminuer le nombre de morts (surtout dans les pays où y a pas un accès facile aux soins) Le nombre d’infections observé connaît une variation saisonnière notamment dans les régions où il a des variations climatiques importantes. (Pas forcément en fonction des germes mais aussi en fonction des habitudes de la population) en France, augmentation des cas pendant l’hiver (puisqu’il y a une augmentation de la promiscuité, les personnes vivent plus cloisonnées). En Afrique, augmentation des cas pendant la saison sèche (sédentarisation des populations). → Plus de cas décrits si promiscuité (influence du contexte socio-économique). B. Pouvoir pathogène ▪ N meningitidis = commensal du rhinopharynx de l'Homme ▪ Acquisition asymptomatique ▪ Dans la grande majorité des cas = l'individu s'immunise Chez un petit nombre de personnes, il y a expression d'un pouvoir pathogène : jeunes nourrissons, adolescents +++ par dissémination par voie sanguine SEPTICEMIE → dont la forme la plus grave = purpura fulminans (ne s'efface pas à la vitropression /!\ souvent extensif et lésions>1cm) → Clinique - fièvre importante (40°C) - AEG - cyanose - purpura - arthralgies On peut avoir une évolution vers un état de choc sept/cardio avec parfois décès rapide… MENINGITE - franchissement de la barrière hématoméningée. → Clinique (Syndrôme méningé typique) - céphalées intenses - vomissements - raideur méningée - fièvre - photophobie - arthralgies - convulsions… → Mortalité +++ si pas de traitement par → Taux de mortalité 10% (30% si ATB purpura). 26 Ce sont les deux tableaux cliniques qu'on retient. IIM = Infection Invasive à Méningocoque → Létalité un peu plus élevé chez le méningo C que chez le B → dépend de l'âge de la population (+ chez >50 ans ou chez jeunes enfants) Exemple de purpura fulminans → ça commence par une ou deux lésions (peu étendu) puis ça se propage très vite et on se retrouve avec des enfants en réa. C. Diagnostic Le diagnostic et le traitement sont urgents !! Basé sur le diagnostic direct (pas de sérologie) Prélèvement : adapté à la symptomatologie : LCR (ponction lombaire), hémocultures, ponction tissulaire, si troubles cutanés (biopsie) N.meningitidis est un germe extrêmement fragile = transport vers le laboratoire doit être très rapide... Examen direct: cocci gram négatif, diplocoque (grain de café) souvent intra leucocytaire LCR : PNN (polylobé) ++ (aspect trouble) et dosage biochimique habituel = taux proteines élevé, taux glucose abaissé... Culture : Ce sont aussi des germes fragiles. aérobie strict sous CO2 à 37°C (atmosphère adaptée) sur milieu enrichi si possible (chocolat) sur milieu sélectif si prélèvement pluri-microbien (ex dépistage rhinopharyngé...) PCR ++ 27 Identification : caractéristiques biochimiques, protéomiques recherche d'Ag particuliers capsulaires (latex... possible directement sur LCR). éventuellement bio moléculaire... bonne technique si antibiothérapie réalisée avant l’instauration du traitement ciblé /!\ MALADIE A DECLARATION OBLIGATOIRE sur arguments biologiques (Examen Direct et/ou culture et/ou Ag solubles et/ou PCR +) et/ou cliniques évidents (purpura fulminans) critères permettant la mise en route d'une prophylaxie dans l'entourage D. Traitement → Traitement curatif : C3G = en 1ère intention pour les formes méningées (si on est sûr de l'urgence, sinon après la ponction lombaire) béta lactamines = amoxicilline (si absence de béta lactamase et de modifications des PLP = vérification in vitro par mesure des CMI) → Bactérie généralement sensible à : Rifampicine, Spiromycine, Macrolides... → La stratégie, devant tout tableau évocateur, consiste : – en une prise en charge thérapeutique hyper-précoce avant même le transfert vers une unité de soins – inconvénients : négativation des examens de laboratoire = difficulté de recherche étiologique... → Traitement préventif : Autour de tout cas avérés = concerne l'entourage proche (famille, école, clubs de sport, loisirs, emploi…) Rifampicine et si contre indication spiramycine… → Vaccination : existence d'un vaccin anti-méningo A, C, W135, Y vaccin protecteur pendant 3 ans (protecteur après 5-7j post injection, couverture efficace chez 90% après 3-4 semaines post injection...) Dans les situations épidémiques majeures (voyage prolongé en zone d'endémie ou en cas de déficit immunitaire/asplénisme, professionnels exposés (labo)) en fonction du sérogroupe incriminé: en cas de contact Depuis 2010 → vaccination contre méningo C recommandé pour tous les nourrissons entre 12-24 mois (rattrapage jusqu'à 24mois) 28 E. Conclusion /!\ URGENCE médicale ! Infection gravissime malgré prise en charge efficace, optimale. Rapidité - du transfert vers unité de soins - du traitement (curatif / préventif) - du prélèvement (fragilité du germe) Plus fréquent chez sujet jeunes +++ voire chez le nourrisson Traitement curatif ou préventif (prophylaxie entourage) 29
