Author`s personal copy - Université Bordeaux 1

N° d’ordre: 4045
Philippe BOËT, Directeur de recherche, Ecosema, Cemagref, BordeauxDirecteur de thèse :
Jan BREINE, Directeur de recherche, INBO, Groenendaal, Belgique
Antoine GRÉMARE, Professeur, EPOC, Université de BordeauxI, Arcachon
Olivier LE PAPE, Professeur, Pôle Halieutique, Agrocampus Ouest, Rennes
Examinateurs :
Mike ELLIOTT, Professeur, IECS, Université de Hull, Angleterre
Patrice FRANCOUR, Professeur, ECOMERS, Université de Nice-Sophia Antipolis
Rapporteurs :
UNIVERSITÉ DE BORDEAUX I
ÉCOLE DOCTORALE SCIENCES & ENVIRONNEMENT
THÈSE
pour obtenir le grade de
DOCTEUR SPÉCIALITÉ ÉCOLOGIE AQUATIQUE
DES POISSONS SOUS INFLUENCE ?
UNE ANALYSE À LARGE ÉCHELLE DES RELATIONS
ENTRE LES GRADIENTS ABIOTIQUES ET L’ICHTYOFAUNE
DES ESTUAIRES TIDAUX EUROPÉENS
Soutenue publiquement le 2 Juillet 2010
par
Delphine NICOLAS
devant le jury composéde:

i
‘Relations’,‘liens’,‘interactions’…sontlesmaîtres‐motsdecettethèse,quis’intéresseàl’influenced’un
milieucomplexeetdynamique,l’estuaire,sursacomposanteichtyofaunistique,lespoissons.L’estuaire,unlieu
detransitionauxmultiplesfacettes,oùdanseavecplusoumoinsd’harmonieunepanopliedeprocessusà
diverseséchelles.Despoissonsquientrentdanscettemouvance,s’enivrentdesressources,jouentaveclesflux…
Au‐delà,cettethèserimeavec‘relations’detravailet‘liens’decollaboration,nonseulementàune
échellelocale,auseindemonlaboratoired’accueil,leCemagref,maiségalementàuneéchellenationale
(UniversitédeBordeaux1,AgrocampusOuestdeRennes,Agencesdel’eau)etsurtout,àtraverslacollectedes
données,àuneéchelleeuropéenne(UniversitédeHull,Agencedel’environnement–Angleterre,Universitéde
Lisbonne–Portugal,AZTI–PaysBasqueEspagnol).Deplus,lacommunicationetlapublicationdesrésultatsont
apportéunedimensioninternationaleàceséchanges(participationsauxcolloquesECSA44‐BahiaBlanca,
Argentine–etECSA47–FigueiraDaFoz,Portugal).
Parailleurs,cettethèseaétépourmoil’opportunitéd’explorerlarégionAquitaine,sacapitaleBordeaux,
sonestuairegirondin,sesgrandsespaceslandais,sesvagues…«Mathèse»résonneavecl’universquejem’y
suiscréédepuismonarrivée.Troisansetdemidecheminement,derencontresetd’expériencesquim’auront
certainementaidéeàdevenirune‘grande’,commediraitProfesseurLePape.Tantdepersonnesquiont
compté,deprèscommedeloin,àquij’adresseicimesplussincèresremerciements.
JevoudraiscommencerparremercierPaulGonthier,chefdel’unitéderecherche‘Ecosystèmesestuariens
etPoissonsMigrateursamphihalins’(EPBX),poursonaccueilamical,samaîtrisedessoucisadministratifset
plusencore,sonimpressionnantecapacitédetravail.
Jetienségalementàremerciertouslesmembresdemonjurydethèsequiontprisletempsd’évaluer
montravailetqui,duranttoutelasoutenance,ontrésistéavecpatienceàlachaleur…sansventilo!Unmerci
toutparticulierauxdeuxrapporteursdecemanuscrit,ProfesseurMikeElliottetson‘traducteur‐décrypteur’
niçois,ProfesseurPatriceFrancour.
Mike,thankyouverymuchforyourwelcomeinyourIECSlab(whereIstayedforthetwobestmonthsof
theyear:FebruaryandMarch2007).Ihadagreattimewithyourteam(Shona,Daryl,Krysia,Krystal,Nick,Will,
Chris,Paul…).Itwasshort,freezingbutIkeepplentyofextraordinarysouvenirs:themoodyfishingsurveyswith
RafaelandOliver,theseabirdsurveywithLucas,thewetmountaintrip,theDeep,andsomanygoodmoments
withSueTravers,mylovelyhost.J’enprofiteicipourremercierSteveCoatesettoutesonéquipepourleur
accueilROYALpendantunesemainedansleuragencedel’environnementàGreenwich.
MerciàJanBreine,partenairebelgeDCE(DirectiveeuropéenneCadresurl’Eau),poursonhumour,sa
sympathieetsesquestionspertinentes.MerciàAntoineGrémare,directeurdelastationd’Arcachon,poursa
présidence,sesremarquesjudicieusesetsapropositionpourassurerdescoursdestats.
MerciàOlivierLePape.JegardeunexcellentsouvenirdemonpassageàRennes,oùtum’aslancéavec
patiencesurlavoiedesstatsetde‘l’halieutisme’.Tesconseilsd’organisationontétéappliquésàlalettre
pendanttoutecettethèse.Etunimmensemercipourtonsuiviàdistanceavectaclairvoyanceettaréactivité
toujoursrecord.
JeremercievivementPhilippeBoët,mondirecteurdethèse.Mercipourtagrandeécoute,ton
humanismeettonsoutienàtouteépreuve.Cettethèsen’auraitpaseusonpareilsanstesgrandesidées
écologiques.Etdorénavant,jeneverraipluslesarticulationslogiquesdelamêmemanière!

ii
JeremerciechaleureusementJérémyLobry,monassistantparticulierdethèse.Mercipourtonregard
d’écologueavisé,taplume,tasensibilité,tondonpourreleverlespointspositifsettonsoutientotal.
Ungrandmerciàsoncompère,HilaireDrouineau,animateurdansl’âme(l’algecon).Mercipourton
apportinespéréenstatistiquesenfindethèseettesremarquesjudicieusessurlemanuscrit.
UnepenséeàMaudCottet,exiléeauLaos,quifutunerécolteusededonnéesenor.Mercipourton
efficacitéettonénergie.
MerciàAurélieChaalali,‘ma’stagiaireM2,amatricedestats.Mercipourtonsérieuxetton
enthousiasme.
MerciàAnaïsJust,lerayondesoleil,etAymericGuibert,le‘bogoss’hyperactif,pourleurbonnehumeur
communicativeetleuraideenSIG.
Enfin,pourenfiniravecles«remerciementsprofessionnelsdethèse»,merciàtousceuxsansquicette
thèsen’auraitpuexister:laDCE,lesinstitutsderechercheeuropéensassociés,touslespêcheursquisont
intervenusdurantlescampagnesdepêcheDCE,lesexpertslocauxquiontréponduàl’appelderecherchede
donnéeshydromorphologiques...etsurtout,mentionspécialeànotrestarlocale,MarioLepage,leroidela
DanseCountryetdeshistoiresàsuspens(PimPamPoum),quim’apermisd’avoiraccèsàl’ensembledes
donnéesdepêcheeuropéennes.
Jevoudraiségalementremerciertoutel’unitéEPBX,etpluslargement,denombreuxmembresdu
CemagrefBordeaux.Plusquedescollègues,beaucoupsontdevenusdesamis:
Uneunitéderecherchequis’estmultipliéeautourdespermanents:MichelGirardin(l’Argentine,la
Charente),PierreElie(tesconseilsenmatièred’écologie,d’enseignementetdegarage),EricRochard(ton
accueil,tesconseilstoujoursbienvenus),PatrickLambert(lemodélisateurvénéré,mercipourtesréponsesà
mesquestionsmathématiquesetlecoachingpourlasoutenance),ChristianRigaud(lesourire),Gérard
Castelnaud(Bonjour!),JacquesMassé,CharlieRoqueplo,PhilippeJateau,ChristineGazeau,FrançoiseDaverat
(lasurfeuse,lescheveuxdanslevent,mêmepaspeur!Mercipourlesdiscussionspostdocetlesdélicieuses
soiréesdanstonjardin).
Merciauxpêcheurs:BernardBaillonetJean‐FrançoisBigot(session24hcrevettes,lerayonvert)et
RomaricLeBahr(ladiscrétionduchasseur,lerepasfruitsdelaCharente).
Auxnouveauxpermanents:AlainLechêne(lerire,spécialisteblagues,japonaisetfondantauchocolatà
lavapeur),MaudPierre(lafraîcheurverte),FrédériqueBau(lafraîcheurorange,lechocolatàlafleurdesel).
Auxtemporairesquipersistent:ChristineDelpech(lajoyeusetranquillité,lebrownie),MélissaEon(le
souriremalicieux,lachef‐cuisto),VincentBouju(lacoolattitude,l’identificationdesespècesdepoissons),Julien
Kouss(lapeaceattitude,l’Adour),EmyRouleau(lafolleattitude),etMarie‐LaureAcolas,CathyTavernyet
JérémyDon(leurdouceattitude).
Auxtemporairesenvolés:AudeLochet(l’expatriéeauxUSA,lesourirechaleureux),KatiaCharles(la
gentillesse),JeanMartin(leréveilbrutalautoc‐tocdumatin,lapêche–ausenspropreetfiguré),Joanna
Martinet(latrieusedecrevettes),JulienBergé(lecomiquecompteurd’œufsdecrevettes),SébastienRochette
(lesscriptsdecourbederaréfaction),SylvainMénégat(l’exiléauQuébec,l’Aveyron).
Auxpassagersactuels:MajaLarsen(ladanoiseimperturbable),JoëlCarlu(lapaisibleattitude),Anne
Courrat(l’efficacité),JonathanSelleslagh(lechampiondepêche,lePortugal).
Auclandesdoctorants/docteurs:StéphaniePasquaud(lesestomacsdepoissons,lessortiestoutterrains,
l’îleauxoiseaux,lessushis,lessoiréesapéros,lagénérosité,ledynamismeetlerirecommunicatif),Hélène
Imbert(l’anguille,mamarrainedesdébuts,lesapparts,lesmulti‐activités,l’énergiedébordante,lemythique
gâteaupoire‐chocolat,lemonitorat),GéraldineLassalle(leglobalclimatechange,masupportricedebureau,la
transformation,laBordelaise,mercipourtonentièredisponibilitéettoustesencouragements),SarahBureau

iii
DuColombiers(l’anguillebis,lecharme,lessoiréesjeux,lejogging),MélanieBéguer(misscrevettes,le
catamaran,lessoiréescrêpes,labellemariéeexpatriéeàMontréal),ThomasTrancart(thalassotok‐addict,la
glisseattitude),Jean‐SébNelvaPasqual(lesréseauxcompliqués,lesfousrires,lacourseenjean),Valérie
Samedy(l’acoustique,laSalsa,leschaussures,laviveattitude).
Merciauxsecrétairessisympathiques,Laurence,ElisabethetNathalie.MerciàMaryse,Christineet
monsieurVernierpours’êtrepenchésàmaintesreprisessurmessoucisadministratifs.MerciàPhilippeCamoin
(leréalisateurdemesdessinsetmontagesphotosrêvés),ChantalGardes(notredélicieusedocumentaliste,les
fêtesdelaScience,lemarque‐ta‐page),Jean‐MaxCaupenne(notrecalmeetgentilinformaticien),Patou(notre
accueilsourire),Pascal(notrecuisto)…EtmerciàJean‐LouisetFranckpourm’avoirdépannéplusd’unefois.
Unepenséeégalementàtoutel’équipedeBiologieanimaledel’UniversitédeBordeauxI,avecquij’ai
passédelonguesmaissympathiquesjournéesdedissectionsetdesmidishilarants:JacquesPuiroux(l’accueil,
leregardamusésurmesrepasdiététiques,leshistoires),IsabelleRondot(l’énergie,l’organisation),Flora(la
propreté,lesourire),Angela(lesérieux,ladouceur),Marius(lesstatistiquesR,ledjembé)…
Unepenséeémueàmesnombreuxpartenairesdesport:
YounèsetFlorian(mesdeuxcompèresdeStMichel,lessurprises,lesmatchsd’impro,lamusique,le
vélo…),Arnaud,Baptiste,Frédéric,Elodiepourlespartieseffrénéesdebadmintonetquelquesfoisdesquash.
Maria,formidablevénézuélienne,mapartenairedeRollersurlesquais.
Julien,monadorablecoach‘Duras‐cellois’decourseàpiedetdeVTT,presqu’infatigableetpas
complètementfou.
Unclind’œilauxcopsdeladanseafricaine(Hélène,Sabrina,Jessica,Laetitia)etmaprofNéné.
SpécialedédicaceàmesamisBBHiensdu‘HCL100%Bodyboard+Surf’àLacanauOcéan:Monne&
Karine,Roro,Marc,Péïo,Emilie,Alex,Matt…avecquij’aipartagétantd’émotionsetdesensationsfortestout
aulongdel’année.MerciàmoncoachCédric,poursapédagogiephilosophiqueetpourm’avoirpousséeà
deveniruneguerrièredesvagues.UnepenséeàGilles,moninformaticienpréféré,poursesgrandesoreilles,son
regarddepoèteetsasensibilitéauxrythmes.MerciàLudo,monangegardien,pourlesgrandesdiscussionsau
coursdesinnombrablesallers‐retoursPessac‐Océanetlesrencontres‘palombière’.
Unimmenseremerciementàmesparents,mesplusgrandssupporters.Merciàmonpapapourl’esprit
sportif,lamontagneetlavoile.Merciàmamamanpourl’énergie,lenatureletleclown.Jeremercieégalement
toutemafamilleavecunepenséeparticulièreàMarion(monamourdesoeurette)&Raphaël,Fanfoune,
Nanard&Dany,Juju,Flo,Tiphaine,Manu,Pascal,…mesvoisinsYves&Claudieetmatendreamied’enfance,
Gabi.JeremerciechaleureusementEdgar&Anne‐Mariepourleuraccueilgrandioseàmonarrivéesur
Bordeaux.UnepenséeégalementàmesamisVoileuxdeCannes,Quentin,Julien,Yann,Deb,Sandrine,Jacques,
Claude&Christian…Deugiens,Marilyne,…Erasmusiens,Aurélia,Marie‐Alix,Dominique,Cécile,Anabelle…
Masteriens,Antoine,Aurélie,...Mêmedeloin,votresoutienaétéessentiel.
Etmaintenantàvous,amilecteur,jevoussouhaiteunebonnelecture!