Partie I/chap 6 Chap 6 : Structure et géométrie des molécules organiques. Pré-requis : Structure électronique des éléments, stabilité des gaz rares, règle du duet et de l’octet, stabilisation par formation d’ions. I Formation des molécules : Les atomes peuvent « se stabiliser » en mettant en commun des électrons externes de manière à satisfaire les règles du duet ou de l’octet. Ces électrons s’associent par paire et forment alors un doublet liant encore nommé liaison covalente. La liaison covalente peut être simple, double ou triple en fonction du nombre de paire d’électrons qui se forment entre 2 mêmes atomes. Les électrons externes qui ne sont pas engagés dans une liaison s’associe par paire pour former des doublets non liants. ♦ Déterminer à l’aide des règles du « duet « et de « l’octet » le nombre de liaisons que peut établir un atome : Compléter le tableau ci-dessous. Atome Numéro atomique Formule électronique H 1 C 6 N 7 O 8 Nombre d’électrons sur la couche externe Nombre d’électrons manquants sur la couche externe Nombre de liaisons pouvant être formé Nombre de doublets non liants II Formule de Lewis : Dans la formule de Lewis d’une molécule : - les atomes sont représentés par leur symbole. - les électrons périphériques sont représentés, ils sont regroupés par paires ou doublet d’électrons. - un trait entre deux symboles de deux atomes représente un doublet liants : ici on représentera ces doublets par un trait noir. - un trait à coté du symbole d’un atome représente un doublet non liant : ici on représentera ces doublets en vert. Partie I/chap 6 ♦ Etablir la formule de Lewis de quelques molécules : Compléter le tableau ci-dessus. A l’aide de la boite de modèles construire le modèle moléculaire de chaque molécule et le dessiner dans la dernière colonne du tableau. Structure du nuage électronique H2O 16 8O 1 1H : H2 CH4 12 6C N2 14 7N NH3 CO2 : Nombre d’électrons périphériques Nombre d’électrons périphériques total Nombre de doublets de la molécule Représentation de Lewis Partie I/chap 6 La formule de Lewis permet de prévoir la géométrie des molécules : les doublets liant et non liants se repoussent, ils s’organisant de manière à être le plus éloignées possibles les uns des autres. 2 doublets 3 doublets 4 doublets ♦ Prévoir la géométrie d’une molécule à partir de la formule de Lewis : exercices 12 et13 p159 III Molécules organiques : Les molécules organiques sont formées de longues chaine d’atomes de carbone liés à des atomes de carbones parfois des atomes d’oxygènes, de carbone ou d’azote…. Exemples : Formules brute , développée, semi développée, topologiques des molécules de méthane, d’éthanol. Des isomères sont des molécules qui ont la même formule brute mais des formules développées différentes ou des géométries différentes. ♦ Formule de Lewis des molécules organiques : exercice 15 p 159 IV Isomérie géométrique Z/E: Deux molécules sont isomères géométriques si elles ont la même formule développées ne sont pas superposables (en 3D). L’isomérie ZE est une isomérie géométrique par rapport à une double liaison. H H H B C=C C=C A B A H Z (zusammen) = ensemble E (entgegen) = opposés ►Activité : - construire à l’aide des modèles moléculaire les isomères Z E des molécules suivante (s’il existent) : butène CH3-CH=CH-CH3, propène CH3-CH=CH2, chloropropène CH3-CH=CHCl. - Représenter les isomères Z E de chaque molécule sur le modèle que ci-dessus. ♦ Reconnaître des isomères Z et E : n 6 p 157, 18 p159 Partie I/chap 6 ► Activité documentaire : mécanisme de la vision et isomérie. La partie photosensible de l’œil est la rétine, elle comporte deux types de cellules : les cônes et les bâtonnets. Toute variation lumineuse entraîne au niveau de la rétine une succession de réactions photochimiques et biochimiques engendrant un signal électrique transmis au cerveau via le nerf optique. Le cerveau analyse le message nerveux et en forme une image nette colorée, si l’œil n’a pas de défauts. La molécule qui est à l’origine de la vision est le rétinal, de formule semi-développée 1 2 Dans les bâtonnets, le rétinal peut se lier à une protéine, l’opsine par sa fonction oxygénée formant la rhodopsine, photosensible. Seule la configuration Z peut se fixer en raison de la configuration spatiale des deux espèces impliquées (comme une clé pour une serrure). - CHO + H2N – (CH2)4 - W rétinal (11-Z ) – CH = N – (CH2)4 - W opsine rhodopsine La rhodopsine, sous l’effet d’un photon, subit une isomérisation : le rétinal (11-Z) se transforme en rétinal (11-E) qui ne peut pas rester attaché à l’opsine. Cela déclenche le signal électrique. – CH = N – (CH2)4 - W – CHO + H2N – (CH2)4 - W rétinal (11- E) Le rétinal (11-E), dans l’obscurité, s’isomérise grâce à une enzyme, en rétinal (11-Z) qui peut à nouveau s’associer à l’opsine et le cycle se répète. 1. Expliquer ce qu’est une réaction photochimique. 2. Représenter la formule développée de la molécule du rétinal. 3. Représenter les isomères Z et E pour la partie du rétinal intervenant dans le processus de la vision. 4. Justifier « peut se fixer en raison de la configuration spatiale des deux espèces impliquées ». 5. Que se passerait-il si l’enzyme qui permet l’isomérie du rétinal - E en rétinal - Z n’existait pas ? 6. La rhodopsine est quelquefois qualifiée de chromoprotéine, elle est rouge et on l’appelle pourpre de la vision. Quelles sont les ressemblances entre cette molécule est celle de carotène Trouver un lien entre la structure des molécules et leur capacité colorante.