Suites de l`attaque à l`anthrax aux USA en 2001

Coronavirus (MERS-CoV) NEWS n° 8 –1er mars - 31 juillet 2015
Un nouveau coronavirus, le MERS-CoV, responsable de syndromes respiratoires sévères, a
émergé en juin 2012 en Arabie Saoudite (et probablement en avril 2012 en Jordanie), la
maladie ayant été signalée pour la première fois en septembre 2012 chez un patient atteint
d’une pneumonie mortelle.
L’OMS a lancé une alerte mondiale en septembre 20121.
Le virus est apparenté à des coronavirus de chauves-souris, considérées comme des
réservoirs du virus et comporte au moins un hôte intermédiaire, le dromadaire.
La maladie touche principalement l’Arabie Saoudite mais des cas de MERS-CoV ont été
rapportés en Jordanie, au sultanat d’Oman, au Qatar, aux Emirats Arabes Unis et au Yémen.
Les pays asiatiques, européens, d’Afrique du Nord, l’Egypte, les USA et l’Iran ont rapportés
des cas chez des voyageurs en provenance des pays du Golfe Persique mais seule la Corée du
Sud a vu se développer une flambée de cas en raison d’un retard au diagnostic du cas index.
Au 29 juillet, l’OMS avait comptabilisé 1384 cas chez l’homme avec 495 décès soit autant de
morts en moins de 3 ans qu’en 11 ans avec le virus H5N1.
Plus de deux ans après la première description de la maladie, l’épidémie est loin d’être sous
contrôle2.
De la chauve-souris à l’homme : le dromadaire
Plusieurs études avaient montré la présence de bêtacoronavirus 2c apparentés au MERS-CoV
chez la chauve-souris (voir les précédents numéros de cette note et cette revue sur leur rôle
de réservoir de virus émergents3) et seuls 2 représentants de cette famille de virus avaient été
retrouvés chez des chauves-souris asiatiques : le Ty-BatCoV HKU4 et le Pi-BatCoV HKU5.
Ces virus ont été découverts par des chercheurs de l’université de Hong Kong en 2006 chez le
vespertilion du bambou (Tylonycteris pachypus) et la pipistrelle japonaise (Pipistrellus
abramus), petites chauves-souris insectivores présentes en Chine et d’autres régions d’Asie.
Depuis, des virus apparentés au MERS-CoV ont été retrouvés dans les échantillons fécaux de
15% des pipistrelles européennes et 25% des nyctères africaines4. En fait, une seule chauve-
souris (Taphozous perforatus), capturée en octobre 2012 à Bisha (Arabie Saoudite) a permis
de détecter un coronavirus dont la séquence génétiques de fragments est 100% identique à
celle du MERS-CoV d’un cas index à Bisha5.
La question a été rapidement posée de l’existence d’un hôte intermédiaire entre la chauve-
souris et l’homme. Les dromadaires ont été suspectés d’être un hôte pour le virus en même
temps qu’une source de contamination de l’homme en raison de la prévalence élevée
d’anticorps, témoins d’une affection passée par un virus de type MERS-CoV ou apparenté
chez cet animal dans différents pays du Golfe Persique et d’Afrique (voir les précédents
1 Ce virus quoique apparenté, n’est pas le virus du SRAS le titre de cette note a été modifié pour éviter toute
confusion en utilisant les recommandations de l’ICTV.
2 Sharif-Yakan A, Kanj SS (2014) Emergence of MERS-CoV in the Middle East: Origins, Transmission,
Treatment, and Perspectives. PLoS Pathog 10(12): e1004457. doi:10.1371/journal.ppat.1004457
3 Han HJ, Wen HL, Zhou CM, Chen FF, Luo LM, Liu JW, Yu XJ. Bats as reservoirs of severe emerging
infectious diseases. Virus Res, 2015,205:1-6. doi: 10.1016/j.virusres.2015.05.006
4 http://www.sciencesetavenir.fr/infographies/20130628.OBS5847/les-chauves-souris-un-reservoir-de-virus-
emergents.html
5 http://www.cidrap.umn.edu/news-perspective/2013/08/mers-cov-found-bat-hunt-other-sources-goes

numéros de cette note). La description d’un cas de contamination de l’homme par un
dromadaire chez lequel le virus a été isolé6 - les virus humain et du dromadaire se sont
révélées identiques – a apporté la preuve d’une transmission interespèces. D’autres travaux
ont confirmé cette hypothèse7,8,9,10,11,12.
Une étude réalisée en 2014 chez 800 dromadaires de plusieurs fermes d’élevage, dont 24
paires mère-veau, a montré une séroprévalence de plus de 95% chez les animaux de plus de 2
ans et de plus de 80% pour les plus jeunes. Du virus est retrouvé seulement chez les plus
jeunes (moins de 4 ans). Trois lignées phylogénétiques différentes de virus ont été identifiées
chez les veaux. L’excrétion du virus est probablement de très courte durée chez ces animaux
et le virus viable ne semble pas persister chez ces animaux13.
Une autre étude a suivi 2 groupes indépendants de dromadaires entre avril 2013 et mai 2014
en Arabie Saoudite, recherchant le MERS-CoV par RT-PCR tous les 1-2 mois dans des
écouvillons nasaux ou des carcasses (échantillons de tissus pulmonaire). 29% des animaux
vivants testés (28/96) au niveau des sécrétions nasales et 61% des tissus pulmonaires (56/91)
ont été positifs. Parmi les positifs, les animaux de moins de 4 ans sont les plus fréquents et le
maximum de détection s’est situé entre novembre 2013 et janvier 2014 et le minimum entre
mars et mai 201414.
Modes de contamination de l’homme
Cette nouvelle étude réalisée chez 191 personnes ayant été au contact d’un troupeau de
dromadaires infectés montre qu’aucun sujet n’a présenté de signe sérologique d’une infection
par le MERS-CoV ; la transmission du dromadaire à l’homme reste donc un phénomène rare,
confirmant les études précédentes (voir Mers-CoV news n° 7)15.
Selon une étude réalisée à Dubaï sur 1000 dromadaires, les animaux ne semblent pas être la
6 Memish ZA, Cotton M, Meyer B, Watson SJ, Alsahafi AJ, Al Rabeeah AA, et al. Human infection with MERS
coronavirus after exposure to infected camels, Saudi Arabia, 2013. Emerg Infect Dis [Internet]. 2014 Jun [date
cited]. DOI: 10.3201/eid2006.140402
7 Stalin Raj V, Farag EABA, Reusken CBEM, Lamers MM, Pas SD, Voermans J, et al. Isolation of MERS
coronavirus from dromedary camel, Qatar, 2014. Emerg Infect Dis [Internet]. 2014 Aug [date cited].
http://dx.doi.org/10.3201/eid2008.140663
8 Chu DKW, Poon LLM, Gomaa MM, Shehata MM, Perera RAPM, Zeid DA, et al. MERS coronaviruses in
dromedary camels, Egypt. Emerg Infect Dis [Internet]. 2014 Jun [date cited].
http://dx.doi.org/10.3201/eid2006.140299
9http://www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/Reviewreport/Review?
page_refer=MapFullEventReport&reportid=15407
10 http://www.oie.int/wahis_2/temp/reports/en_fup_0000015380_20140610_175414.pdf
11 http://en.trend.az/iran/society/2326285.html
12http://www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/Reviewreport/Review?
page_refer=MapFullEventReport&reportid=16411
13 Wernery U, Corman VM, Wong EYM, Tsang AKL, Muth D, Lau SKP, et al. Acute Middle East respiratory
syndrome coronavirus infection in livestock dromedaries, Dubai, 2014. Emerg Infect Dis. 2015 Jun [date
cited]. http://dx.doi.org/10.3201/eid2106.150038
14 Khalafalla AI, Lu X, Al-Mubarak AIA, Dalab AHS, Al-Busadah KAS, Erdman DD. MERS-CoV in upper
respiratory tract and lungs of dromedary camels, Saudi Arabia, 2013–2014. Emerg Infect Dis. 2015 Jul [date
cited]. http://dx.doi.org/10.3201/eid2107.150070
15 Hemida MG, Al-Naeem A, Perera RAPM, Chin AWH, Poon LLM, Peiris M. Lack of Middle East respiratory
syndrome coronavirus transmission from infected camels. Emerg Infect Dis. 2015 Apr [date
cited]. http://dx.doi.org/10.3201/eid2104.141949

source principale de contamination de l’homme. Le virus n’est retrouvé que chez des jeunes
animaux de moins de 6 mois qui, compte tenu de leurs modes d’élevage, ont peu de chance de
contaminer l’homme. Au moins 95% des dromadaires adultes sont à l’abri du virus, 80% des
animaux de moins d’un an ont développé une immunité au virus selon le professeur Ulli
Wernery, directeur scientifique du Laboratoire central de recherche vétérinaire. La plupart de
la dissémination du virus a lieu en milieu hospitalier. Chez les jeunes dromadaires, le virus
n’est présent que dans le nez pendant quelques jours (7 en général) et tout se passe comme si
les animaux s’autovaccinaient. La recrudescence des cas en hiver et au printemps et la période
de naissance des dromadaires peuvent être liées, mais nous ne savons toujours pas comment
les animaux s’infectent16. 90% des dromadaires d’Arabie Saoudite présentent des anticorps
dirigés contre le MERS-CoV et ne sont pas
porteurs du virus17
La séquence génomique d’un cas de MERS
diagnostiqué en mars en Allemagne a été
publiée18. Le virus appartient à un clade détecté
en 2013 en Arabie Saoudite et au Qatar mais
non aux Emirats Arabes Unis où le malade
allemand aurait été contaminé. Il est aussi
proche d’un virus responsable d’une flambée au
printemps 2014 à Jeddah.
I - L’émergence d’un nouveau
coronavirus responsable de syndrome
respiratoire sévère chez l’homme –
point sur l’évolution de l’épidémie
L’organisation mondiale de la santé19, le CDC20,
l’ECDC21 le forum de FluTracker22, le ministère
de la Santé d’Arabie Saoudite (pays le plus
touché par la maladie avec environ 85% des
cas)23 et d’autres agences font un point régulier
de l’évolution de l’épidémie de MERS-CoV.
Nous rapportons ici le suivi des cas confirmés au laboratoire depuis le 1er mars 2015, tel
qu’il est publié par l’OMS24 ; le tableau ci-contre correspond à des données de sources
différentes du 29 juillet (relative imprécision entre les données de l’OMS et celles d’autres
sources).
16 ProMed-Mail, Fri, 27 Feb 2015. Source: Khaleej Times
17 ProMed-Mail, Tue, 3 Mar 2015. From: U Wernery
18 http://www.virology-bonn.de/
19 http://www.who.int/csr/don/archive/disease/coronavirus_infections/en/
20 http://www.cdc.gov/coronavirus/mers/
21 http://www.ecdc.europa.eu/en/healthtopics/coronavirus-infections/Pages/publications.aspx
22 https://flutrackers.com/forum/forum/novel-coronavirus-ncov-mers-2012-2014/146270-2012-2015-case-list-of-
moh-who-novel-coronavirus-mers-ncov-announced-cases
23 http://www.moh.gov.sa/en/CCC/PressReleases/Pages/default.aspx
24 http://www.who.int/csr/don/archive/disease/coronavirus_infections/en/
Pays Cas Décès
Arabie Saoudite 1057 467
Emirats Arabes Unis 79 9
Qatar 15 6
Jordanie 17 5
Sultanat d’Oman 7 2
Koweït 3 1
Egypte 1 0
Yémen 1 1
Liban 1 0
Iran 6 2
Royaume Uni 2 1
Allemagne 2 1
France 2 1
Italie 2 0
Grèce 1 1
Pays Bas 2 0
Tunisie 3 1
Algérie 2 1
Corée du Sud (RC) 136 36
Malaisie 1 1
Bangladesh 1 0
Philippines 1 0
Malaisie
Etats-Unis 2 0
Total 1384 495

- 23 - 25 Février 2015, 10 cas en Arabie Saoudite (7 en état critique) + 2 décès25
- 26 février – 2 mars : 18 cas en Arabie Saoudite dont 5 décès et 5 en situation critique + 6 décès26
- 3 – 10 mars : 15 cas en Arabie Saoudite dont 5 décès et 6 en situation critique + 5 décès27
- 7 mars : 1 cas en Allemagne28
- 9 mars : 1 cas au Qatar en situation critique29
- 11 – 22 mars : 15 cas en Arabie Saoudite dont 3 décès et 2 en situation critique + 5 décès30
- 24 – 31 mars : 12 cas en Arabie Saoudite dont 2 décès et 1 en situation critique + 2 décès31
- 2 – 12 avril : 4 cas en Arabie Saoudite dont 2 décès + 2 décès32
- 14 – 20 avril : 4 cas en Arabie Saoudite dont 1 décès33
- 1er mai : 1 cas en Arabie Saoudite34
- 1er mai : 1 cas en Iran35
- 4 – 9 mai : 5 cas en Arabie Saoudite dont 1 décès et 3 en situation critique36
- 11-13 mai : 12 cas en Arabie Saoudite dont 2 décès + 2 décès37
- 13 mai : 1 cas aux Emirats Arabes Unis38 et un second cas le 18 mai39
- 20 mai : 1er cas en République de Corée (Corée du Sud), suivi de 2 cas le 21 mai qui ont été au contact
du cas index40
- 18-23 mai : 4 cas en Arabie Saoudite dont 1 décès et 2 en situation critique + 3 décès41
- 24 mai : 1 cas au Qatar42, 1 autre cas le 22 mai43
- 24-25 mai : 2 cas dont 1 décès en Arabie Saoudite + 2 décès44
- 26-30 mai : 9 cas dont 4 décès et 1 en situation critique en Arabie Saoudite + 2 décès45
- 26-29 mai : 8 cas en Corée du Sud46 et 1 cas le 30 mai47
- 29 mai : 1 cas en Chine48
- 29 mai : 1 cas au Sultanat d’Oman49
- 31 mai : 2 cas en Corée du Sud50
- 1-4 juin : 5 cas dont 1 décès en Arabie Saoudite + 3 décès51
- 1-3 juin : 15 cas en Corée du Sud dont 1 décès, soit un total de 30 avec 2 décès (incluant le cas en Chine
25 http://www.who.int/csr/don/6-march-2015-mers-saudi-arabia/en/
26 http://www.who.int/csr/don/11-march-2015-mers-saudi-arabia/en/
27 http://www.who.int/csr/don/20-march-2015-mers-saudi-arabia/en/
28 http://www.who.int/csr/don/9-march-2015-mers-germany/en/
29 http://www.who.int/csr/don/11-march-2015-mers-qatar/en/
30 http://www.who.int/csr/don/26-march-2015-mers-saudi-arabia/en/
31 http://www.who.int/csr/don/9-april-2015-mers-saudi-arabia/en/
32 http://www.who.int/csr/don/16-april-2015-mers-saudi-arabia/en/
33 http://www.who.int/csr/don/29-april-2015-mers-saudi-arabia/en/
34 http://www.who.int/csr/don/8-may-2015-mers-saudi-arabia/en/
35 http://www.who.int/csr/don/8-may-2015-mers-iran/en/
36 http://www.who.int/csr/don/17-may-2015-mers-saudi-arabia/en/
37 http://www.who.int/csr/don/24-may-2015-mers-saudi-arabia/en/
38 http://www.who.int/csr/don/18-may-2015-mers-are/en/
39 http://www.who.int/csr/don/24-may-2015-mers-are/en/
40 http://www.who.int/csr/don/24-may-2015-mers-korea/en/
41 http://www.who.int/csr/don/25-may-2015-mers-saudi-arabia/en/
42 http://www.who.int/csr/don/24-may-2015-mers-qatar/en/
43 http://www.who.int/csr/don/31-may-2015-mers-qatar/en/
44 http://www.who.int/csr/don/01-june-2015-mers-saudi-arabia/en/
45 http://www.who.int/csr/don/04-june-2015-mers-saudi-arabia/en/
46 http://www.who.int/csr/don/30-may-2015-mers-korea/en/
47 http://www.who.int/csr/don/31-may-2015-mers-korea/en/
48 http://www.who.int/csr/don/30-may-2015-mers-china/en/
49 http://www.who.int/csr/don/04-june-2015-mers-oman/en/
50 http://www.who.int/csr/don/01-june-2015-mers-korea/en/
51 http://www.who.int/csr/don/06-june-2015-mers-saudi-arabia/en/

du 29 mai)52
- 1 cas aux Emirats Arabes Unis53
- 4 juin : 6 cas en Corée du Sud dont 1 décès54 et 5 cas dont 1 décès le 5 juin55
- 6 juin : 9 cas en Corée du Sud56 et 14 cas le 7 juin avec 1 décès57
- 5-8 juin, 8 cas en Arabie Saoudite dont 3 en situation critique58
- 9-12 juin : 3 cas en Arabie Saoudite dont 1 décès et 1 en situation critique + 2 décès59
- 13-17 juin : 5 cas en Arabie Saoudite dont 1 en situation critique + 5 décès60
- 8-12 juin, 62 cas dont 6 décès en Corée du Sud. Tous les cas décrit sont inclus dans une même chaîne de
transmission et associés à des établissements de soins (44 hôpitaux) ; le virus ne semble pas plus
transmissible (analyses génomiques) et il faut chercher ailleurs la cause de cette flambée61
- 13-16 juin : 28 cas avec 8 décès en Corée du Sud, soit un total de 154 cas/19 décès62
- 17-19 juin : 12 cas avec 5 décès en Corée du Sud63
- 15 juin : 1 cas aux Emirats Arabes Unis64
- 18 juin : 1 premier cas en Thaïlande65, le sujet provenait d’Oman
- 20-23 juin : 9 cas en Corée du Sud et 3 décès (total 127/27)66
- 21 juin : 2 cas aux Emirats Arabes Unis + 1 décès67
- 24-26 juin : 6 cas en Corée du Sud et 4 décès68
- 26-30 juin : 1 cas en Corée du Sud et 2 décès69
- 19-30 juin : 6 cas en Arabie saoudite dont 3 en situation critique + 1 décès70
- 1-3 juillet : 2 cas en Corée du Sud71
- 4-7 juillet : 2 cas en Corée du Sud72
- 6 juillet : 1 cas aux Philippines73
- 8-10 juillet : 2 décès en Corée du Sud sans nouveaux cas74
- 11-14 juillet : 1 décès mais pas de nouveau cas en Corée du Sud, soit un total de 186 cas/36 décès75 ; pas
de nouveau cas au 31 juillet
- 1er au 14 juillet : 6 cas en Arabie Saoudite dont 1 en situation critique76
- 15-25 juillet : 8 cas en Arabie Saoudite dont 3 en situation critique et 1 décès + 2 décès77
- 28-29 juillet : 2 cas en Arabie Saoudite dont 1 en situation critique + 2 décès78 ; à cette date, 1384 cas
ont été déclarés à l’OMS avec au moins 495 décès.
52 http://www.who.int/csr/don/04-june-2015-mers-korea/en/
53 http://www.who.int/csr/don/09-june-2015-mers-korea/en/
54 http://www.who.int/csr/don/05-june-2015-mers-korea/en/
55 http://www.who.int/csr/don/06-june-2015-mers-korea/en/
56 http://www.who.int/csr/don/08-june-2015-mers-korea/en/
57 http://www.who.int/csr/don/09-june-2015-mers-korea/en/
58 http://www.who.int/csr/don/11-june-2015-mers-saudi-arabia/en/
59 http://www.who.int/csr/don/16-june-2015-mers-saudi-arabia/en/
60 http://www.who.int/csr/don/23-june-2015-mers-saudi-arabia/en/
61 http://www.who.int/csr/don/12-june-2015-mers-korea/en/
62 http://www.who.int/csr/don/16-june-2015-mers-korea/en/
63 http://www.who.int/csr/don/19-june-2015-mers-korea/en/
64 http://www.who.int/csr/don/16-june-2015-mers-are/en/
65 http://www.who.int/csr/don/20-june-2015-mers-thailand/en/
66 http://www.who.int/csr/don/23-june-2015-mers-korea/en/
67 http://www.who.int/csr/don/26-june-2015-mers-are/en/
68 http://www.who.int/csr/don/26-june-2015-mers-korea/en/
69 http://www.who.int/csr/don/30-june-2015-mers-korea/en/
70 http://www.who.int/csr/don/03-july-2015-mers-saudi-arabia/en/
71 http://www.who.int/csr/don/03-july-2015-mers-korea/en/
72 http://www.who.int/csr/don/07-july-2015-mers-korea/en/
73 http://www.who.int/csr/don/08-july-2015-mers-philippines/en/
74 http://www.who.int/csr/don/10-july-2015-mers-korea/en/
75 http://www.who.int/csr/don/14-july-2015-mers-korea/en/
76 http://www.who.int/csr/don/24-july-2015-mers-saudi-arabia/en/
77 http://www.who.int/csr/don/29-july-2015-mers-saudi-arabia/en/