Quels sont les différents types de biopuces ? Le concept utilisant le terme de « microarray » remonte à une trentaine d’années avec l’introduction de la technique du « Southern Blot » par le professeur Edwin Southern décrivant l’utilisation de molécules d’ADN marquées pour interroger par hybridation les molécules d’ADN étant attachées à un support solide. Seulement, cette approche ne concerne qu’un gène à la fois. Lorsque l’homme a relevé le défi du séquençage du génome entier humain (« Human Genome Projet »), il a soulevé un challenge encore plus grand : celui de comprendre les fonctions des gènes qui composent notre génome. Pour cela, il fallait détecter les niveaux d’expression de ces gènes selon différentes conditions, de manière à accélérer l’identification des cibles associées aux maladies et à développer de nouveaux diagnostics et thérapies. Ainsi, les premiers « arrays », (signifiant « rang ordonné ») basés sur les principes évoqués par Southern, sont apparus pour répondre aux besoins d’analyser en parallèle l’expression des multiples gènes. Le terme de « puces à ADN » est générique. D’abord, conçues sur des membranes poreuses de nylon (appelées « macroarrays » par opposition aux « microarrays ») qui imposent un marquage radioactif, difficile à employer et ne permettent l’observation que de quelques centaines de gènes à la fois. À la fin des années 90, les puces à ADN ont été progressivement mises au point sur lames de verre où des milliers de fragments d'ADN peuvent être déposés par des procédés robotisés. Ainsi, la miniaturisation, rendue possible par l’utilisation d’un support solide, de marqueurs fluorescents et par les progrès de la robotique, permet aujourd’hui de fabriquer des puces de haute densité, susceptibles de recouvrir l’intégralité du génome d’un organisme sur une simple lame de microscope. Le passage des « puces à ADN » aux « puces à protéines » semble une suite logique. Néanmoins, la réalité est différente du fait que les structures et les fonctions des protéines soient plus complexes que celles de l’ADN et moins stables. De plus, chaque type de cellules contient des milliers de protéines différentes et certaines sont spécifiques d’un type cellulaire. Aussi, le profil d’une protéine varie avec l’âge et les conditions d’environnement. Le terme « puce » concernant les protéines est étendu à des systèmes présentant une échelle de taille supérieure à la taille standard des puces à ADN et des densités beaucoup plus faibles (quelques dizaines à quelques centaines de spots). De même, les microarrays où l'agent de capture correspond à des acides nucléiques (aptamères) permettant de détecter des protéines seront également considérés. Bien qu'en termes de fabrication, il n'y ait pas de différences majeures, on peut schématiquement classer les « protein arrays » en deux catégories en fonction de leur application : les « microarrays de capture » où l'objectif est de détecter et quantifier une protéine spécifique comme des marqueurs protéiques de tumeurs et les « microarrays fonctionnels » où des paramètres plus complexes sont analysés : activités fonctionnelles (enzymatique), caractéristiques des intéractions (affinité etc...) avec des partenaires variés. Les « tissue arrays » permettent l’analyse de milliers d’échantillons de tissu sur une seule lame de verre. Ils commencent à être utilisés pour détecter les profils protéiques sur des tissus sains et malades et pour valider le potentiel de médicaments cibles. Les « puces à cellules » permettraient d’accélérer considérablement l’étude des gènes de fonctions inconnues et leurs implications potentielles dans différentes maladies en analysant les phénotypes résultant d’un excès ou l’extinction temporaire de protéines dans les îlots de cellules. Ce format de puces semble aussi particulièrement intéressant pour le criblage à haut débit de principes actifs ou de molécules pharmacologiques. La fabrication de ces puces à cellules demande de réaliser des transfections « inverses » et simultanées de plusieurs milliers d’acides nucléiques différents sur la puce. Cette technique débutante a l’avantage de permettre un microtitration, parallélisme de diminuer bien les supérieur aux volumes de plaques travail de par miniaturisation, appréciable lors de l’utilisation de cellules rares (cellules souches) ou des réactifs onéreux comme les siARN (short interfering ARN qui permet l’extinction de l’expression d’un gène) issu de synthèse chimique. Les « chemical microarrays » sont des arrays constitués de petites molécules organiques, de peptides ou de sucres. Ils permettent aux compagnies pharmaceutiques de cribler des dizaines de milliers de médicaments potentiels candidats simultanément. Pour plus d’information, contacter : INNOPSYS