Evolution 2011 a

PHYLOGENESE et EVOLUTION
I- Les programmes
A- Collège
B- Lycée
C- CPGE (BCPST)
II- Introduction à la théorie de l’évolution
A- Qu’est-ce qu’une théorie?
B- Histoire de la pensée évolutionnaire
1. La philosophie post-platonicienne
2. La théorie chrétienne
3. Un contexte proto évolutionniste
4. La théorie darwinienne
C-La théorie de l’évolution depuis Darwin
D- L’évolution: un fait et une théorie
E- Les recherche actuelles en évolution
F- La théorie de l’évolution: ni sens, ni but, ni direction

III- La construction d’arbres phylogénétiques: Établissement de parenté
A- La cladistique (W. Henning)
1. Quelques définitions
2. L’hypothèse d’homologie : l’homologie primaire
2.1 Le caractère:
2.1.1 Les caractères morpho-anatomiques
2.1.2 Les caractères embryologiques
(2.1.3 Les caractères moléculaires)
2.2 Homologie détectée par les connexions
2.3 Homologie révélée par le développement embryonnaire
3. La polarisation des caractères
3.1 Le critère ontogénique
3.2 Le critère extra groupe
4. Codage des caractères et matrice taxon de caractères
5. Principe de construction des arbres phylogénétiques
6. Appliquer un critère de cohérence: le principe de parcimonie
7. L’homologie secondaire
8. L’Homoplasie
8.1 Convergence/parallélisme
8.2 Réversion
9. Arbre phylogénétique et clade
10. Le dernier ancêtre commun hypothétique
13. La place des fossiles

B- La phylogénie moléculaire
1. Les molécules utilisées
2. Un indicateur l’universel
3. La notion d’horloge
4. Les méthodes
4.1 L’alignement des séquences
4.2 Approche phénétique (Méthode des distances)
4.2.1 UPGMA
4.2.2 Fitch et Margoliash
4.2.3 Neighbor-joining
4.2.4 Distance observée/distance évolutive
4.2.5 Enraciner l’arbre
4.2.6 Avantages et désavantages des méthodes de distances
4.2.7 Le phénogramme: une signification phylogénétique?
4.3 Méthode de parcimonie
4.3.1 Procédure d'analyse par la méthode de parcimonie
4.3.2 Arbre consensus
4.3.3 Mesure de l'homoplasie
4.3.4 Avantages et inconvénients
4.4 Méthodes probabilistes
4.4.1 Maximum de vraisemblance
4.4.2 Inférence bayesienne
4.5 La recherche du meilleur arbre
4.6 LA robustesse de l’arbre

IV- Des bouleversement dans la classification du monde vivant
Conclusion

I- Les programmes A.1 Classe de 6
ème