Classification phylogénétique du vivant
Classification phylogénétique du
vivant
Classification cladistique vs
phénétique
phénétique
•Quantification des similitudes
•Ressemblance générale chiffrée => distance
•Particulièrement adapté aux données
moléculaires ou chaque position dans la
séquence correspond à un caractère
Cinq étapes de l’analyse
phylogénétique
•1. Choix du jeu de données
–Une bonne connaissance des séquences que l’on analyse
–S’assurer de la validité du jeu de donnée (qualité des
séquences et cohérence du JDD)
•2. Alignement des séquences
–Obtenir un bon alignement
–Tester différents méthodes et revenir à la main sur les
résultats
•3. Détermination du modèle de substitution
•4. Construction des arbres
•5. Evaluation des arbres
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
1
/
48
100%
