Application de techniques de fouille de données en Bio

Application de techniques de fouille de donn´ees en
Bio-informatique
G´erard Ramstein
To cite this version:
G´erard Ramstein. Application de techniques de fouille de donn´ees en Bio-informatique. Bio-
informatique [q-bio.QM]. Universit´e de Nantes, 2012. <tel-00706566>
HAL Id: tel-00706566
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00706566
Submitted on 11 Jun 2012
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Ecole Centrale de Nantes Université de Nantes Ecole des Mines de Nantes
Ecole Doctorale STIM
Sciences et Technologies de l'Information et des Matériaux
Année 2012
N° E.D. : 503
HABILITATION A DIRIGER DES RECHERCHES
Spécialité : INFORMATIQUE
Présentée par
Gérard Ramstein
le 7 juin 2012
à l'Ecole polytechnique de l'université de Nantes
Application de techniques de fouille de données
en Bio-informatique
Jury
Rapporteurs : Anne-Claude Camproux, Professeur à l’université Paris Diderot
Robin Gras, Professeur associé à l’université de Windsor, Canada
Alain Guénoche, Directeur de recherche CNRS, IML, Marseille
Examinateurs : Jin-Kao Hao, Professeur à l’université d'Angers
Rémi Houlgatte, Directeur de Recherche, INSERM U954, Nancy
Pascale Kuntz-Cosperec, Professeur à l’université de Nantes
Directrice de HdR : Pascale Kuntz-Cosperec
Laboratoire : LINA (Laboratoire d’Informatique de Nantes Atlantique)

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Remerciements
Je tiens à adresser mes plus vifs remerciements aux membres du jury. Je remercie Anne-Claude
Camproux, Robin Gras et Alain Guénoche pour avoir accepté d’être mes rapporteurs, ainsi que Jin-
Kao Hao, Rémi Houlgatte et Pascale Kuntz-Cosperec pour l’intérêt porté à mes travaux.
Les travaux décrits dans ce mémoire ont été effectués au sein de l’équipe Connaissances et Décision
du Laboratoire Informatique de Nantes-Atlantique. Je suis très reconnaissant envers son
responsable Pascale Kuntz-Cosperec pour son soutien dans mes recherches. J’adresse à Pascale et
ainsi qu’à tous les membres de cette chaleureuse équipe un grand merci pour les excellentes
conditions de travail et l’ambiance stimulante qu’ils ont su développées. J’adresse tout
particulièrement ces remerciements à Henri Briand, responsable de l’équipe lors de mon arrivée au
LINA, pour m’avoir accordé sa confiance et pour m’avoir incité à ouvrir un champ de recherche
émergent et épanouissant. J’exprime également toute ma gratitude envers Régis Gras, qui m’a
permis d’aborder l’analyse bio-informatique sous l’angle de l’Analyse Statistique Implicative.
Mes travaux doivent énormément aux fructueuses collaborations entretenues avec les équipes
INSERM nantaises. Je dois beaucoup à Yannick Jacques, responsable de l’équipe Cytokines et
Récepteurs en Immuno-Cancérologie (unité Inserm U892, Centre de Recherche en Cancérologie
Nantes-Angers). Yannick m’a permis de faire mes premiers pas en analyse de séquences
biologiques, en m’apportant sa science sur de nombreux points qui me seraient sinon à jamais
demeurés obscurs. De même, sans l’expérience de Jean Léger, alors responsable de l’équipe
Génomique dans l’unité INSERM U533, je n’aurais pas pu appréhender aussi subtilement les
arcanes des puces à ADN. Son successeur, Rémi Houlgatte m’a ensuite confié l’animation de la
plate-forme de Bio-informatique de Nantes et je lui en suis infiniment reconnaissant. Grâce à lui,
mes compétences en matière d’analyse du transcriptome se sont profondément enrichies. Je
remercie son équipe et les membres de la plate-forme pour la qualité de leur accueil et les
fructueuses discussions entretenues. Ils m’ont apporté une vision plus biologique des
problématiques et ouvert de nouvelles perspectives de recherche. Ma gratitude va à Daniel Baron,
post-doctorant de l’équipe pour ses conseils avisés, ainsi qu’aux ingénieurs de la plate-forme de
bio-informatique : Audrey Bihouée, Raluca Teusan, Emeric Dubois et Edouard Hirchaud.
J’adresse mes remerciements aux doctorants que j’ai encadrés. Nicolas Beaume, Julien Lorec,
Jérôme Mikolajczak et Hoai Tuong Nguyen ont bien voulu se confronter à mes propositions de
recherche et me faire confiance dans la poursuite de leurs travaux.
Je suis enfin reconnaissant envers mes collègues enseignants de Polytech Nantes, avec lesquels je
partage de nombreux moments conviviaux dans un environnement privilégié et stimulant.

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