Sujet proposé

Postdoctoral position : 2 years
IPHC, Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (UMR7178)
Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (contact : stephan[email protected]s.fr; [phone])
Département Sciences Analytiques (contact : [e-mail]; [phone] et fbert[email protected]; [phone])
Project title:
Quantitative proteomics: development and biological applications
Project description :
This postdoctoral project is part of grant application which will be made early in 2012 as soon as a candidate will be identified.
The main objectives are to specify the molecular mechanisms that are elicited in response to settled way of life (physical inactivity associated or not with caloric
depletion), and in response to nutritional transitions during the day (circadian rhythms) or during a longer duration of time (fasting, starvation, refeeding).
By investigating the physiology of physical inactivity, the role played by settled way of life in developing modern chronic diseases (diabetes, obesity and muscle
atrophy) will be specified and new preventive or curative ways will be opened. Moreover, by investigating the physiological limits of prolonged fasting, the
mechanisms that control protein wasting will be determined, thus allowing numerous human pathologies, in which loss of body lean mass can be lethal (e.g.
cancer, malnutrition, anorexia), to be better managed. Unravelling the molecular bases of nutritional rehabilitation for drastically emaciated organisms will allow
therapies to be better designed. Finally, by investigating the cerebellum proteome, those proteins which expression is controlled by the cerebellum clock will be
identified, as well as those possibly involved in circadian signals for refeeding.
Proteomics methodologies are well adapted for such questions. The postdoc researcher will develop strategies to improve sensitivity (e.g. fractionations, 2D-LC),
and quantify (spectral counting, 2D-DIGE, LC-SRM) simultaneously hundreds/thousands of proteins, including structure modifications (isoforms, post-
translational modifications). Within the IPHC, The Proteomics French Infrastructure (ProFI) will support all necessary developments.
Wished skills:
-Good knowledge of multidimensional liquid chromatography, 2D electrophoresis (2D-DIGE) and mass spectrometry-based analyses (nanoLC-MS/MS, LC-SRM)
-Expertise in MS data interpretation and 2D gel images analyses
-Background in metabolic pathophysiology
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Offre de Stage Postdoctoral (2 ans)
IPHC, Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (UMR7178)
Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (contact : stephan[email protected]s.fr; 0388106903)
Département Sciences Analytiques (contact : [e-mail]; 0368852782 et [e-mail]; 0368852681)
Intitulé du projet de recherche :
Développement des stratégies d’analyses protéomiques « quantitatives » et applications biologiques
Description du projet de recherche :
Ce projet de stage postdoctoral s’inscrit dans le cadre d’une demande de financement qui sera réalisée début 2012 mais pour laquelle un candidat doit être
identifié.
Les objectifs du projet sont de préciser les mécanismes moléculaires qui sont mis en place en réponse à la sédentarité (inactivité physique associée ou non à une
déplétion calorique) et en réponse à des transitions nutritionnelles soit à l’échelle de la journée (rythmes circadiens) soit sur une durée plus longue (jeûne plus
ou moins prolongé et réalimentation).
En abordant de manière originale la physiologie de l'inactivité physique, le rôle de la sédentarité chez l'homme dans le développement des maladies chroniques
modernes (diabète, obésité et atrophie musculaire) pourra être précisé et de nouvelles voies préventives voire curatives ouvertes. De plus, en étudiant les
limites physiologiques du jeûne prolongé, le contrôle de la fonte protéique sera mieux défini, ce qui permettra de mieux appréhender les nombreuses
pathologies humaines dans lesquelles cette fonte est souvent létale (e.g. cancer, malnutrition, anorexie). La détermination des bases moléculaires de la
réhabilitation nutritionnelle d’organismes fortement dénutris permettra en outre de mieux concevoir la thérapie des patients émaciés. Enfin, en étudiant le
protéome du cervelet, les protéines dont l’expression dépend de l’horloge cérébelleuse seront identifiées, de même que celles susceptibles d’être impliquées
dans les signaux circadiens de réalimentation.
Les méthodologies protéomiques, pourvu qu’on les adapte, permettent de répondre à ces problématiques. Le travail postdoctoral développera les
méthodologies pour améliorer la sensibilité en protéomique (e.g. fractionnements, 2D-LC), et quantifier de façon simultanée des centaines/milliers de protéines
identifiées en incluant les modifications structurales (isoformes, modifications post-traductionnelles (comptage des spectres, 2D-DIGE, LC-SRM). Au sein de
l’IPHC, l’infrastructure nationale protéomique (Proteomics French Infrastructure ; ProFI) supportera les développements nécessaires à la réalisation de ce stage
postdoctoral.
Profil du poste:
-Bonne expérience des séparations par chromatographie liquide multidimensionnelle, électrophorèse bidimensionnelle (2D-DIGE) et des analyses en
spectrométrie de masse (nanoLC-MS/MS, LC-SRM)
-Expertise dans l’interprétation des données MS et l’analyse des images de gels 2D
-Notions de physiopathologie métabolique
-Bonne aptitude au travail en équipe, à la présentation des résultats et bonne connaissance de la langue anglaise
-Motivation, rigueur, autonomie et initiatives